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タイトルInteractome Rewiring Following Pharmacological Targeting of BET Bromodomains.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 73, Issue 3, Page 621-638.e17, Year 2019
掲載日2019年2月7日
著者Jean-Philippe Lambert / Sarah Picaud / Takao Fujisawa / Huayun Hou / Pavel Savitsky / Liis Uusküla-Reimand / Gagan D Gupta / Hala Abdouni / Zhen-Yuan Lin / Monika Tucholska / James D R Knight / Beatriz Gonzalez-Badillo / Nicole St-Denis / Joseph A Newman / Manuel Stucki / Laurence Pelletier / Nuno Bandeira / Michael D Wilson / Panagis Filippakopoulos / Anne-Claude Gingras /
PubMed 要旨Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, ...Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, BRD3, BRD4, and BRDT following treatment with the pan-BET BRD inhibitor JQ1, revealing broad rewiring of the interaction landscape, with three distinct classes of behavior for the 603 unique interactors identified. A group of proteins associate in a JQ1-sensitive manner with BET BRDs through canonical and new binding modes, while two classes of extra-terminal (ET)-domain binding motifs mediate acetylation-independent interactions. Last, we identify an unexpected increase in several interactions following JQ1 treatment that define negative functions for BRD3 in the regulation of rRNA synthesis and potentially RNAPII-dependent gene expression that result in decreased cell proliferation. Together, our data highlight the contributions of BET protein modules to their interactomes allowing for a better understanding of pharmacological rewiring in response to JQ1.
リンクMol Cell / PubMed:30554943 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron) / X線回折
解像度1.15 - 2.22 Å
構造データ

SASDCR2:
Bromodomain-containing protein 4 (BRD4) tandem bromodomains
手法: SAXS/SANS

SASDCS2:
Bromodomain-containing protein 3 (BRD3) tandem bromodomains
手法: SAXS/SANS

SASDCT2:
Bromodomain-containing protein 2 (BRD2) tandem bromodomains
手法: SAXS/SANS

SASDCU2:
Bromodomain testis-specific protein (BRDT) tandem bromodomains
手法: SAXS/SANS

PDB-5nnc:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a diacetylated histone 4 peptide (H3K9ac/K14ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.22 Å

PDB-5nnd:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a diacetylated histone 4 peptide (H3K9ac/K14ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-5nne:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a diacetylated TOP2A peptide (K1201ac/K1204ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-5nnf:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated BAZ1B peptide (K221ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-5nng:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated SRPK1 peptide (K585ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.2 Å

PDB-6g0o:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated ATRX peptide (K1030ac/K1033ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-6g0p:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated E2F1 peptide (K117ac/K120ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-6g0q:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated GATA1 peptide (K312ac/K315ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-6g0r:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated POLR2A peptide (K775ac/K778ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-6g0s:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated SIRT7 peptide (K272ac/K275ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.48 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain / complex / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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