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タイトルConvergent allostery in ribonucleotide reductase.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 2653, Year 2019
掲載日2019年6月14日
著者William C Thomas / F Phil Brooks / Audrey A Burnim / John-Paul Bacik / JoAnne Stubbe / Jason T Kaelber / James Z Chen / Nozomi Ando /
PubMed 要旨Ribonucleotide reductases (RNRs) use a conserved radical-based mechanism to catalyze the conversion of ribonucleotides to deoxyribonucleotides. Within the RNR family, class Ib RNRs are notable for ...Ribonucleotide reductases (RNRs) use a conserved radical-based mechanism to catalyze the conversion of ribonucleotides to deoxyribonucleotides. Within the RNR family, class Ib RNRs are notable for being largely restricted to bacteria, including many pathogens, and for lacking an evolutionarily mobile ATP-cone domain that allosterically controls overall activity. In this study, we report the emergence of a distinct and unexpected mechanism of activity regulation in the sole RNR of the model organism Bacillus subtilis. Using a hypothesis-driven structural approach that combines the strengths of small-angle X-ray scattering (SAXS), crystallography, and cryo-electron microscopy (cryo-EM), we describe the reversible interconversion of six unique structures, including a flexible active tetramer and two inhibited helical filaments. These structures reveal the conformational gymnastics necessary for RNR activity and the molecular basis for its control via an evolutionarily convergent form of allostery.
リンクNat Commun / PubMed:31201319 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / X線回折
解像度2.5 - 6.0 Å
構造データ

9272

6mw3

EMDB-9272, PDB-6mw3:
EM structure of Bacillus subtilis ribonucleotide reductase inhibited filament composed of NrdE alpha subunit and NrdF beta subunit with dATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.65 Å

9293

6myx

EMDB-9293, PDB-6myx:
EM structure of Bacillus subtilis ribonucleotide reductase inhibited double-helical filament of NrdE alpha subunit with dATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.0 Å

PDB-6mt9:
X-ray crystal structure of Bacillus subtilis ribonucleotide reductase NrdE alpha subunit with TTP, ATP, and ADP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-6mv9:
X-ray crystal structure of Bacillus subtilis ribonucleotide reductase NrdE alpha subunit with TTP and ADP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.95 Å

PDB-6mve:
Reduced X-ray crystal structure of Bacillus subtilis ribonucleotide reductase NrdE alpha subunit with TTP, ATP, and ADP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.55 Å

化合物

ChemComp-TTP:
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP / チミジン三リン酸

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-DTP:
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP / デオキシアデノシン三リン酸

由来
  • bacillus subtilis (枯草菌)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ribonucleotide reductase (リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ) / allostery (アロステリック効果) / nucleotide metabolism (ヌクレオチド) / dATP (デオキシアデノシン三リン酸) / ATP (アデノシン三リン酸) / filament / PROTEIN FIBRIL

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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