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Structure paper

タイトルStructural insights into distinct mechanisms of RNA polymerase II and III recruitment to snRNA promoters.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 141, Year 2025
掲載日2025年1月2日
著者Syed Zawar Shah / Thomas N Perry / Andrea Graziadei / Valentina Cecatiello / Thangavelu Kaliyappan / Agata D Misiaszek / Christoph W Müller / Ewan P Ramsay / Alessandro Vannini /
PubMed 要旨RNA polymerase III (Pol III) transcribes short, essential RNAs, including the U6 small nuclear RNA (snRNA). At U6 snRNA genes, Pol III is recruited by the snRNA Activating Protein Complex (SNAPc) and ...RNA polymerase III (Pol III) transcribes short, essential RNAs, including the U6 small nuclear RNA (snRNA). At U6 snRNA genes, Pol III is recruited by the snRNA Activating Protein Complex (SNAPc) and a Brf2-containing TFIIIB complex, forming a pre-initiation complex (PIC). Uniquely, SNAPc also recruits Pol II at the remaining splicesosomal snRNA genes (U1, 2, 4 and 5). The mechanism of SNAPc cross-polymerase engagement and the role of the SNAPC2 and SNAPC5 subunits remain poorly defined. Here, we present cryo-EM structures of the full-length SNAPc-containing Pol III PIC assembled on the U6 snRNA promoter in the open and melting states at 3.2-4.2 Å resolution. The structural comparison revealed differences with the Saccharomyces cerevisiae Pol III PIC and the basis of selective SNAPc engagement within Pol III and Pol II PICs. Additionally, crosslinking mass spectrometry localizes SNAPC2 and SNAPC5 near the promoter DNA, expanding upon existing descriptions of snRNA Pol III PIC structure.
リンクNat Commun / PubMed:39747245 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.28 - 4.14 Å
構造データ

50730

9fso

EMDB-50730, PDB-9fso:
Human RNA Polymerase III Class III Open Pre-initiation Complex 1 (OC1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

50731

9fsp

EMDB-50731, PDB-9fsp:
RNA Polymerase III Class III Open Pre-initation Complex 2 (OC2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

50732

9fsq

EMDB-50732, PDB-9fsq:
RNA Polymerase III Class III Melting Pre-Initiation Complex (MC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

50733

9fsr

EMDB-50733, PDB-9fsr:
RNA Polymerase III Class III Open Mini Pre-initiation Complex 1 (OC1-mini)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

50734

9fss

EMDB-50734, PDB-9fss:
RNA Polymerase III Class III Open Mini Pre-Initiation complex 2 (OC2-mini)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.14 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • homo (哺乳類)
キーワードTRANSCRIPTION / RNA Polymerase / SNAPc / TFIIIB / snRNA / pre-initiation complex / U6_2 / RNA Polymerase III

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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