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- EMDB-50733: RNA Polymerase III Class III Open Mini Pre-initiation Complex 1 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50733
タイトルRNA Polymerase III Class III Open Mini Pre-initiation Complex 1 (OC1-mini)
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA Polymerase III Class III Open Mini Pre-initiation Complex 1
    • 複合体: SNAPc
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: TFIIIB
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 2種
    • 複合体: RNA Polymerase III
      • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 3種
キーワードRNA Polymerase III / SNAPc / TFIIIB / snRNA / Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / transcription preinitiation complex assembly / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA Polymerase III Chain Elongation / TFIIIC-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA Polymerase III Transcription Termination ...snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / transcription preinitiation complex assembly / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA Polymerase III Chain Elongation / TFIIIC-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA Polymerase III Transcription Termination / calcitonin gene-related peptide receptor activity / DNA/RNA hybrid binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / snRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / DNA polymerase III complex / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / male pronucleus / positive regulation of innate immune response / female pronucleus / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nucleobase-containing compound metabolic process / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / mRNA Splicing - Minor Pathway / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / neuropeptide signaling pathway / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase III complex / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Transcription Elongation / : / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / DNA-directed RNA polymerase activity / Inhibition of DNA recombination at telomere / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of interferon-beta production / male germ cell nucleus / acrosomal vesicle / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / DNA-templated transcription initiation / Transcriptional regulation by small RNAs / mRNA transcription by RNA polymerase II / euchromatin
類似検索 - 分子機能
snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex, subunit 3 / Small nuclear RNA activating complex (SNAPc), subunit 1 / snRNA-activating protein complex (SNAPc), subunit 3 / : / : / BRF2-like, C-terminal cyclin repeat / Transcription factor TFIIIB component B'', Myb domain / Myb DNA-binding like / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5, C-terminal ...snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex, subunit 3 / Small nuclear RNA activating complex (SNAPc), subunit 1 / snRNA-activating protein complex (SNAPc), subunit 3 / : / : / BRF2-like, C-terminal cyclin repeat / Transcription factor TFIIIB component B'', Myb domain / Myb DNA-binding like / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III RPC4 / DNA-directed RNA polymerase III, subunit Rpc31 / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc31 / Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 / : / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, C-terminal / RPC5 protein / RNA polymerase III, subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit Rpc25 / RNA polymerase Rpc34 / RNA polymerase III Rpc82, C -terminal / RNA polymerase Rpc34-like / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / : / RNA polymerase Rpc34 subunit / RNA polymerase III subunit RPC82 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3, helical hairpin domain / POLR3C, C-terminal winged-helix domain / RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix / RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain / Myb-like domain profile. / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Myb-like DNA-binding domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Myb domain / SANT domain / TBP domain superfamily / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Cyclin-like superfamily / Zinc finger TFIIS-type signature. / SANT/Myb domain / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor TFIIIB component B'' homolog / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / TATA-box-binding protein / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 ...Transcription factor TFIIIB component B'' homolog / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / TATA-box-binding protein / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex subunit 4 / snRNA-activating protein complex subunit 3 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6 / Transcription factor IIIB 50 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Shah SZ / Ramsay EP / Cecatiello V / Perry TN / Vannini A
資金援助 イタリア, 1件
OrganizationGrant number国
Other government イタリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into distinct mechanisms of RNA polymerase II and III recruitment to snRNA promoters.
著者: Syed Zawar Shah / Thomas N Perry / Andrea Graziadei / Valentina Cecatiello / Thangavelu Kaliyappan / Agata D Misiaszek / Christoph W Müller / Ewan P Ramsay / Alessandro Vannini /
要旨: RNA polymerase III (Pol III) transcribes short, essential RNAs, including the U6 small nuclear RNA (snRNA). At U6 snRNA genes, Pol III is recruited by the snRNA Activating Protein Complex (SNAPc) and ...RNA polymerase III (Pol III) transcribes short, essential RNAs, including the U6 small nuclear RNA (snRNA). At U6 snRNA genes, Pol III is recruited by the snRNA Activating Protein Complex (SNAPc) and a Brf2-containing TFIIIB complex, forming a pre-initiation complex (PIC). Uniquely, SNAPc also recruits Pol II at the remaining splicesosomal snRNA genes (U1, 2, 4 and 5). The mechanism of SNAPc cross-polymerase engagement and the role of the SNAPC2 and SNAPC5 subunits remain poorly defined. Here, we present cryo-EM structures of the full-length SNAPc-containing Pol III PIC assembled on the U6 snRNA promoter in the open and melting states at 3.2-4.2 Å resolution. The structural comparison revealed differences with the Saccharomyces cerevisiae Pol III PIC and the basis of selective SNAPc engagement within Pol III and Pol II PICs. Additionally, crosslinking mass spectrometry localizes SNAPC2 and SNAPC5 near the promoter DNA, expanding upon existing descriptions of snRNA Pol III PIC structure.
履歴
登録2024年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50733.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 420 pix.
= 401.1 Å		0.96 Å/pix.
x 420 pix.
= 401.1 Å		0.96 Å/pix.
x 420 pix.
= 401.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.955 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.045306288 - 0.07081879
平均 (標準偏差)0.000111083275 (±0.0013375285)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 401.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50733_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50733_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA Polymerase III Class III Open Mini Pre-initiation Complex 1

全体名称: RNA Polymerase III Class III Open Mini Pre-initiation Complex 1
要素
  • 複合体: RNA Polymerase III Class III Open Mini Pre-initiation Complex 1
    • 複合体: SNAPc
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 3
    • 複合体: TFIIIB
      • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor TFIIIB component B'' homolog
    • 複合体: DNA
      • DNA: U6_2_Template
      • DNA: U6_2_Non template
    • 複合体: RNA Polymerase III
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

+
超分子 #1: RNA Polymerase III Class III Open Mini Pre-initiation Complex 1

超分子名称: RNA Polymerase III Class III Open Mini Pre-initiation Complex 1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#25

+
超分子 #2: SNAPc

超分子名称: SNAPc / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #21-#22, #25
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: TFIIIB

超分子名称: TFIIIB / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #18-#20
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #23-#24
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: RNA Polymerase III

超分子名称: RNA Polymerase III / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 155.860125 KDa
配列文字列: MVKEQFRETD VAKKISHICF GMKSPEEMRQ QAHIQVVSKN LYSQDNQHAP LLYGVLDHRM GTSEKDRPCE TCGKNLADCL GHYGYIDLE LPCFHVGYFR AVIGILQMIC KTCCHIMLSQ EEKKQFLDYL KRPGLTYLQK RGLKKKISDK CRKKNICHHC G AFNGTVKK ...文字列:
MVKEQFRETD VAKKISHICF GMKSPEEMRQ QAHIQVVSKN LYSQDNQHAP LLYGVLDHRM GTSEKDRPCE TCGKNLADCL GHYGYIDLE LPCFHVGYFR AVIGILQMIC KTCCHIMLSQ EEKKQFLDYL KRPGLTYLQK RGLKKKISDK CRKKNICHHC G AFNGTVKK CGLLKIIHEK YKTNKKVVDP IVSNFLQSFE TAIEHNKEVE PLLGRAQENL NPLVVLNLFK RIPAEDVPLL LM NPEAGKP SDLILTRLLV PPLCIRPSVV SDLKSGTNED DLTMKLTEII FLNDVIKKHR ISGAKTQMIM EDWDFLQLQC ALY INSELS GIPLNMAPKK WTRGFVQRLK GKQGRFRGNL SGKRVDFSGR TVISPDPNLR IDEVAVPVHV AKILTFPEKV NKAN INFLR KLVQNGPEVH PGANFIQQRH TQMKRFLKYG NREKMAQELK YGDIVERHLI DGDVVLFNRQ PSLHKLSIMA HLARV KPHR TFRFNECVCT PYNADFDGDE MNLHLPQTEE AKAEALVLMG TKANLVTPRN GEPLIAAIQD FLTGAYLLTL KDTFFD RAK ACQIIASILV GKDEKIKVRL PPPTILKPVT LWTGKQIFSV ILRPSDDNPV RANLRTKGKQ YCGKGEDLCA NDSYVTI QN SELMSGSMDK GTLGSGSKNN IFYILLRDWG QNEAADAMSR LARLAPVYLS NRGFSIGIGD VTPGQGLLKA KYELLNAG Y KKCDEYIEAL NTGKLQQQPG CTAEETLEAL ILKELSVIRD HAGSACLREL DKSNSPLTMA LCGSKGSFIN ISQMIACVG QQAISGSRVP DGFENRSLPH FEKHSKLPAA KGFVANSFYS GLTPTEFFFH TMAGREGLVD TAVKTAETGY MQRRLVKSLE DLCSQYDLT VRSSTGDIIQ FIYGGDGLDP AAMEGKDEPL EFKRVLDNIK AVFPCPSEPA LSKNELILTT ESIMKKSEFL C CQDSFLQE IKKFIKGVSE KIKKTRDKYG INDNGTTEPR VLYQLDRITP TQVEKFLETC RDKYMRAQME PGSAVGALCA QS IGEPGTQ MTLKTFHFAG VASMNITLGV PRIKEIINAS KAISTPIITA QLDKDDDADY ARLVKGRIEK TLLGEISEYI EEV FLPDDC FILVKLSLER IRLLRLEVNA ETVRYSICTS KLRVKPGDVA VHGEAVVCVT PRENSKSSMY YVLQFLKEDL PKVV VQGIP EVSRAVIHID EQSGKEKYKL LVEGDNLRAV MATHGVKGTR TTSNNTYEVE KTLGIEAART TIINEIQYTM VNHGM SIDR RHVMLLSDLM TYKGEVLGIT RFGLAKMKES VLMLASFEKT ADHLFDAAYF GQKDSVCGVS ECIIMGIPMN IGTGLF KLL HKADRDPNPP KRPLIFDTNE FHIPLVT

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.953891 KDa
配列文字列: MDVLAEEFGN LTPEQLAAPI PTVEEKWRLL PAFLKVKGLV KQHIDSFNYF INVEIKKIMK ANEKVTSDAD PMWYLKYLNI YVGLPDVEE SFNVTRPVSP HECRLRDMTY SAPITVDIEY TRGSQRIIRN ALPIGRMPIM LRSSNCVLTG KTPAEFAKLN E CPLDPGGY ...文字列:
MDVLAEEFGN LTPEQLAAPI PTVEEKWRLL PAFLKVKGLV KQHIDSFNYF INVEIKKIMK ANEKVTSDAD PMWYLKYLNI YVGLPDVEE SFNVTRPVSP HECRLRDMTY SAPITVDIEY TRGSQRIIRN ALPIGRMPIM LRSSNCVLTG KTPAEFAKLN E CPLDPGGY FIVKGVEKVI LIQEQLSKNR IIVEADRKGA VGASVTSSTH EKKSRTNMAV KQGRFYLRHN TLSEDIPIVI IF KAMGVES DQEIVQMIGT EEHVMAAFGP SLEECQKAQI FTQMQALKYI GNKVRRQRMW GGGPKKTKIE EARELLASTI LTH VPVKEF NFRAKCIYTA VMVRRVILAQ GDNKVDDRDY YGNKRLELAG QLLSLLFEDL FKKFNSEMKK IADQVIPKQR AAQF DVVKH MRQDQITNGM VNAISTGNWS LKRFKMDRQG VTQVLSRLSY ISALGMMTRI SSQFEKTRKV SGPRSLQPSQ WGMLC PSDT PEGEACGLVK NLALMTHITT DMEDGPIVKL ASNLGVEDVN LLCGEELSYP NVFLVFLNGN ILGVIRDHKK LVNTFR LMR RAGYINEFVS ISTNLTDRCV YISSDGGRLC RPYIIVKKQK PAVTNKHMEE LAQGYRNFED FLHESLVEYL DVNEEND CN IALYEHTINK DTTHLEIEPF TLLGVCAGLI PYPHHNQSPR NTYQCAMGKQ AMGTIGYNQR NRIDTLMYLL AYPQKPMV K TKTIELIEFE KLPAGQNATV AVMSYSGYDI EDALVLNKAS LDRGFGRCLV YKNAKCTLKR YTNQTFDKVM GPMLDAATR KPIWRHEILD ADGICSPGEK VENKQVLVNK SMPTVTQIPL EGSNVPQQPQ YKDVPITYKG ATDSYIEKVM ISSNAEDAFL IKMLLRQTR RPEIGDKFSS RHGQKGVCGL IVPQEDMPFC DSGICPDIIM NPHGFPSRMT VGKLIELLAG KAGVLDGRFH Y GTAFGGSK VKDVCEDLVR HGYNYLGKDY VTSGITGEPL EAYIYFGPVY YQKLKHMVLD KMHARARGPR AVLTRQPTEG RS RDGGLRL GEMERDCLIG YGASMLLLER LMISSDAFEV DVCGQCGLLG YSGWCHYCKS SCHVSSLRIP YACKLLFQEL QSM NIIPRL KLSKYNE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.692555 KDa
配列文字列: MTQAEIKLCS LLLQEHFGEI VEKIGVHLIR TGSQPLRVIA HDTGTSLDQV KKALCVLVQH NLVSYQVHKR GVVEYEAQCS RVLRMLRYP RYIYTTKTLY SDTGELIVEE LLLNGKLTMS AVVKKVADRL TETMEDGKTM DYAEVSNTFV RLADTHFVQR C PSVPTTEN ...文字列:
MTQAEIKLCS LLLQEHFGEI VEKIGVHLIR TGSQPLRVIA HDTGTSLDQV KKALCVLVQH NLVSYQVHKR GVVEYEAQCS RVLRMLRYP RYIYTTKTLY SDTGELIVEE LLLNGKLTMS AVVKKVADRL TETMEDGKTM DYAEVSNTFV RLADTHFVQR C PSVPTTEN SDPGPPPPAP TLVINEKDMY LVPKLSLIGK GKRRRSSDED AAGEPKAKRP KYTTDNKEPI PDDGIYWQAN LD RFHQHFR DQAIVSAVAN RMDQTSSEIV RTMLRMSEIT TSSSAPFTQP LSSNEIFRSL PVGYNISKQV LDQYLTLLAD DPL EFVGKS GDSGGGMYVI NLHKALASLA TATLESVVQE RFGSRCARIF RLVLQKKHIE QKQVEDFAMI PAKEAKDMLY KMLS ENFMS LQEIPKTPDH APSRTFYLYT VNILSAARML LHRCYKSIAN LIERRQFETK ENKRLLEKSQ RVEAIIASMQ ATGAE EAQL QEIEEMITAP ERQQLETLKR NVNKLDASEI QVDETIFLLE SYIECTMKRQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.471875 KDa
配列文字列: MSEGNAAGEP STPGGPRPLL TGARGLIGRR PAPPLTPGRL PSIRSRDLTL GGVKKKTFTP NIISRKIKEE PKEEVTVKKE KRERDRDRQ REGHGRGRGR PEVIQSHSIF EQGPAEMMKK KGNWDKTVDV SDMGPSHIIN IKKEKRETDE ETKQILRMLE K DDFLDDPG ...文字列:
MSEGNAAGEP STPGGPRPLL TGARGLIGRR PAPPLTPGRL PSIRSRDLTL GGVKKKTFTP NIISRKIKEE PKEEVTVKKE KRERDRDRQ REGHGRGRGR PEVIQSHSIF EQGPAEMMKK KGNWDKTVDV SDMGPSHIIN IKKEKRETDE ETKQILRMLE K DDFLDDPG LRNDTRNMPV QLPLAHSGWL FKEENDEPDV KPWLAGPKEE DMEVDIPAVK VKEEPRDEEE EAKMKAPPKA AR KTPGLPK DVSVAELLRE LSLTKEEELL FLQLPDTLPG QPPTQDIKPI KTEVQGEDGQ VVLIKQEKDR EAKLAENACT LAD LTEGQV GKLLIRKSGR VQLLLGKVTL DVTMGTACSF LQELVSVGLG DSRTGEMTVL GHVKHKLVCS PDFESLLDHK HR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.004031 KDa
配列文字列: MANEEDDPVV QEIDVYLAKS LAEKLYLFQY PVRPASMTYD DIPHLSAKIK PKQQKVELEM AIDTLNPNYC RSKGEQIALN VDGACADET STYSSKLMDK QTFCSSQTTS NTSRYAAALY RQGELHLTPL HGILQLRPSF SYLDKADAKH REREAANEAG D SSQDEAED ...文字列:
MANEEDDPVV QEIDVYLAKS LAEKLYLFQY PVRPASMTYD DIPHLSAKIK PKQQKVELEM AIDTLNPNYC RSKGEQIALN VDGACADET STYSSKLMDK QTFCSSQTTS NTSRYAAALY RQGELHLTPL HGILQLRPSF SYLDKADAKH REREAANEAG D SSQDEAED DVKQITVRFS RPESEQARQR RVQSYEFLQK KHAEEPWVHL HYYGLRDSRS EHERQYLLCP GSSGVENTEL VK SPSEYLM MLMPPSQEEE KDKPVAPSNV LSMAQLRTLP LADQIKILMK NVKVMPFANL MSLLGPSIDS VAVLRGIQKV AML VQGNWV VKSDILYPKD SSSPHSGVPA EVLCRGRDFV MWKFTQSRWV VRKEVATVTK LCAEDVKDFL EHMAVVRINK GWEF ILPYD GEFIKKHPDV VQRQHMLWTG IQAKLEKVYN LVKETMPKKP DAQSGPAGLV CGDQRIQVAK TKAQQNHALL ERELQ RRKE QLRVPAVPPG VRIKEEPVSE EGEEDEEQEA EEEPMDTSPS GLHSKLANGL PLGRAAGTDS FNGHPPQGCA STPVAR ELK AFVEATFQRQ FVLTLSELKR LFNLHLASLP PGHTLFSGIS DRMLQDTVLA AGCKQILVPF PPQTAASPDE QKVFALW ES GDMSDQHRQV LLEIFSKNYR VRRNMIQSRL TQECGEDLSK QEVDKVLKDC CVSYGGMWYL KGTVQS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.726914 KDa
配列文字列: MAEVKVKVQP PDADPVEIEN RIIELCHQFP HGITDQVIQN EMPHIEAQQR AVAINRLLSM GQLDLLRSNT GLLYRIKDSQ NAGKMKGSD NQEKLVYQII EDAGNKGIWS RDIRYKSNLP LTEINKILKN LESKKLIKAV KSVAASKKKV YMLYNLQPDR S VTGGAWYS ...文字列:
MAEVKVKVQP PDADPVEIEN RIIELCHQFP HGITDQVIQN EMPHIEAQQR AVAINRLLSM GQLDLLRSNT GLLYRIKDSQ NAGKMKGSD NQEKLVYQII EDAGNKGIWS RDIRYKSNLP LTEINKILKN LESKKLIKAV KSVAASKKKV YMLYNLQPDR S VTGGAWYS DQDFESEFVE VLNQQCFKFL QSKAETARES KQNPMIQRNS SFASSHEVWK YICELGISKV ELSMEDIETI LN TLIYDGK VEMTIIAAKE GTVGSVDGHM KLYRAVNPII PPTGLVRAPC GLCPVFDDCH EGGEISPSNC IYMTEWLEF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.95351 KDa
配列文字列: MAGNKGRGRA AYTFNIEAVG FSKGEKLPDV VLKPPPLFPD TDYKPVPLKT GEGEEYMLAL KQELRETMKR MPYFIETPEE RQDIERYSK RYMKVYKEEW IPDWRRLPRE MMPRNKCKKA GPKPKKAKDA GKGTPLTNTE DVLKKMEELE KRGDGEKSDE E NEEKEGSK ...文字列:
MAGNKGRGRA AYTFNIEAVG FSKGEKLPDV VLKPPPLFPD TDYKPVPLKT GEGEEYMLAL KQELRETMKR MPYFIETPEE RQDIERYSK RYMKVYKEEW IPDWRRLPRE MMPRNKCKKA GPKPKKAKDA GKGTPLTNTE DVLKKMEELE KRGDGEKSDE E NEEKEGSK EKSKEGDDDD DDDAAEQEEY DEEEQEEEND YINSYFEDGD DFGADSDDNM DEATY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.938846 KDa
配列文字列: MFVLVEMVDT VRIPPWQFER KLNDSIAEEL NKKLANKVVY NVGLCICLFD ITKLEDAYVF PGDGASHTKV HFRCVVFHPF LDEILIGKI KGCSPEGVHV SLGFFDDILI PPESLQQPAK FDEAEQVWVW EYETEEGAHD LYMDTGEEIR FRVVDESFVD T SPTGPSSA ...文字列:
MFVLVEMVDT VRIPPWQFER KLNDSIAEEL NKKLANKVVY NVGLCICLFD ITKLEDAYVF PGDGASHTKV HFRCVVFHPF LDEILIGKI KGCSPEGVHV SLGFFDDILI PPESLQQPAK FDEAEQVWVW EYETEEGAHD LYMDTGEEIR FRVVDESFVD T SPTGPSSA DATTSSEELP KKEAPYTLVG SISEPGLGLL SWWTSN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.89399 KDa
配列文字列:
MEVKDANSAL LSNYEVFQLL TDLKEQRKES GKNKHSSGQQ NLNTITYETL KYISKTPCRH QSPEIVREFL TALKSHKLTK AEKLQLLNH RPVTAVEIQL MVEESEERLT EEQIEALLHT VTSILPAEPE AEQKKNTNSN VAMDEEDPA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.354104 KDa
配列文字列:
MLLFCPGCGN GLIVEEGQRC HRFSCNTCPY VHNITRKVTN RKYPKLKEVD DVLGGAAAWE NVDSTAESCP KCEHPRAYFM QLQTRSADE PMTTFYKCCN AQCGHRWRD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.301672 KDa
配列文字列: MAASQAVEEM RSRVVLGEFG VRNVHTTDFP GNYSGYDDAW DQDRFEKNFR VDVVHMDENS LEFDMVGIDA AIANAFRRIL LAEVPTMAV EKVLVYNNTS IVQDEILAHR LGLIPIHADP RLFEYRNQGD EEGTEIDTLQ FRLQVRCTRN PHAAKDSSDP N ELYVNHKV ...文字列:
MAASQAVEEM RSRVVLGEFG VRNVHTTDFP GNYSGYDDAW DQDRFEKNFR VDVVHMDENS LEFDMVGIDA AIANAFRRIL LAEVPTMAV EKVLVYNNTS IVQDEILAHR LGLIPIHADP RLFEYRNQGD EEGTEIDTLQ FRLQVRCTRN PHAAKDSSDP N ELYVNHKV YTRHMTWIPL GNQADLFPEG TIRPVHDDIL IAQLRPGQEI DLLMHCVKGI GKDHAKFSPV ATASYRLLPD IT LLEPVEG EAAEELSRCF SPGVIEVQEV QGKKVARVAN PRLDTFSREI FRNEKLKKVV RLARVRDHYI FSVESTGVLP PDV LVSEAI KVLMGKCRRF LDELDAVQMD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.259222 KDa
配列文字列:
MEEDQELERK ISGLKTSMAE GERKTALEMV QAAGTDRHCV TFVLHEEDHT LGNSLRYMIM KNPEVEFCGY TTTHPSESKI NLRIQTRGT LPAVEPFQRG LNELMNVCQH VLDKFEASIK DYKDQKASRN ESTF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

+
分子 #13: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.584223 KDa
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQSGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQSGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #14: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.491026 KDa
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIITD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #15: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.162273 KDa
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #16: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.018244 KDa
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #17: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.655123 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #18: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.61573 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAHHHHHHVG TLEVLFQGPS GIVPQLQNIV STVNLGCKLD LKTIALRARN AEYNPKRFAA VIMRIREPRT TALIFSSGKM VCTGAKSEE QSRLAARKYA RVVQKLGFPA KFLDFKIQNM VGSCDVKFPI RLEGLVLTHQ QFSSYEPELF PGLIYRMIKP R IVLLIFVS ...文字列:
MAHHHHHHVG TLEVLFQGPS GIVPQLQNIV STVNLGCKLD LKTIALRARN AEYNPKRFAA VIMRIREPRT TALIFSSGKM VCTGAKSEE QSRLAARKYA RVVQKLGFPA KFLDFKIQNM VGSCDVKFPI RLEGLVLTHQ QFSSYEPELF PGLIYRMIKP R IVLLIFVS GKVVLTGAKV RAEIYEAFEN IYPILKGFRK TT

UniProtKB: TATA-box-binding protein

+
分子 #19: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit

分子名称: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.587355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPGRGRCPDC GSTELVEDSH YSQSQLVCSD CGCVVTEGVL TTTFSDEGNL REVTYSRSTG ENEQVSRSQQ RGLRRVRDLC RVLQLPPTF EDTAVAYYQQ AYRHSGIRAA RLQKKEVLVG CCVLITCRQH NWPLTMGAIC TLLYADLDVF SSTYMQIVKL L GLDVPSLC ...文字列:
MPGRGRCPDC GSTELVEDSH YSQSQLVCSD CGCVVTEGVL TTTFSDEGNL REVTYSRSTG ENEQVSRSQQ RGLRRVRDLC RVLQLPPTF EDTAVAYYQQ AYRHSGIRAA RLQKKEVLVG CCVLITCRQH NWPLTMGAIC TLLYADLDVF SSTYMQIVKL L GLDVPSLC LAELVKTYCS SFKLFQASPS VPAKYVEDKE KMLSRTMQLV ELANETWLVT GRHPLPVITA ATFLAWQSLQ PA DRLSCSL ARFCKLANVD LPYPASSRLQ ELLAVLLRMA EQLAWLRVLR LDKRSVVKHI GDLLQHRQSL VRSAFRDGTA EVE TREKEP PGWGQGQGEG EVGNNSLGLP QGKRPASPAL LLPPCMLKSP KRICPVPPVS TVTGDENISD SEIEQYLRTP QEVR DFQRA QAARQAATSV PNPP

UniProtKB: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit

+
分子 #20: Transcription factor TFIIIB component B'' homolog

分子名称: Transcription factor TFIIIB component B'' homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.103477 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFRRARLSVK PNVRPGVGAR GSTASNPQRG RESPRPPDPA TDSASKPAEP TDVPTVDFGG AEPQEKAPRS STEKTGGDND VEESSRSSS TVSQRRKRIS STSSLVKSSV SVPSESHPLS TINQEAPQPT ATSTKEKQPC SDRYRIYKAQ KLREMLKEEL R KEKKQWKN ...文字列:
MFRRARLSVK PNVRPGVGAR GSTASNPQRG RESPRPPDPA TDSASKPAEP TDVPTVDFGG AEPQEKAPRS STEKTGGDND VEESSRSSS TVSQRRKRIS STSSLVKSSV SVPSESHPLS TINQEAPQPT ATSTKEKQPC SDRYRIYKAQ KLREMLKEEL R KEKKQWKN KYAINESQRP PDRSKMTMRD FIYYLPDNNP MTSSLEQEKK TEKPSTPVQT REQEGKSTPN AEDNEMEEET DD GPLLVPR VKVAEDGSII LDEESLTVEV LRTKGPCVVE ENDPIFERGS TTTYSSFRKN YYSKPWSNKE TDMFFLAISM VGT DFSMIG QLFPHRARIE IKNKFKREEK TNGWRIDKAF QEKRPFDFDF FAHLLQKVLA EEEKRKQKSV KNHSLKEKKS TKPR KNVKV KKVACEGVNN DPDESMSSRI SDTERSQKDA QTVEEESLTL SREDAEQVAL EVDLNQKKRR RKKQDGANEL GVNNL LENA

UniProtKB: Transcription factor TFIIIB component B'' homolog

+
分子 #21: snRNA-activating protein complex subunit 1

分子名称: snRNA-activating protein complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.074473 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGTPPGLQTD CEALLSRFQE TDSVRFEDFT ELWRNMKFGT IFCGRMRNLE KNMFTKEALA LAWRYFLPPY TFQIRVGALY LLYGLYNTQ LCQPKQKIRV ALKDWDEVLK FQQDLVNAQH FDAAYIFRKL RLDRAFHFTA MPKLLSYRMK KKIHRAEVTE E FKDPSDRV ...文字列:
MGTPPGLQTD CEALLSRFQE TDSVRFEDFT ELWRNMKFGT IFCGRMRNLE KNMFTKEALA LAWRYFLPPY TFQIRVGALY LLYGLYNTQ LCQPKQKIRV ALKDWDEVLK FQQDLVNAQH FDAAYIFRKL RLDRAFHFTA MPKLLSYRMK KKIHRAEVTE E FKDPSDRV MKLITSDVLE EMLNVHDHYQ NMKHVISVDK SKPDKALSLI KDDFFDNIKN IVLEHQQWHK DRKNPSLKSK TN DGEEKME GNSQETERCE RAESLAKIKS KAFSVVIQAS KSRRHRQVKL DSSDSDSASG QGQVKATRKK EKKERLKPAG RKM SLRNKG NVQNIHKEDK PLSLSMPVIT EEEENESLSG TEFTASKKRR KH

UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 1

+
分子 #22: snRNA-activating protein complex subunit 4

分子名称: snRNA-activating protein complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 165.124812 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGSGGGSW SHPQFEKGGG SENLYFQGSA DVDAEREKIT QEIKELERIL DPGSSGSHVE ISESSLESDS EADSLPSED LDPADPPISE EERWGEASND EDDPKDKTLP EDPETCLQLN MVYQEVIQEK LAEANLLLAQ NREQQEELMR D LAGSKGTK ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGSGGGSW SHPQFEKGGG SENLYFQGSA DVDAEREKIT QEIKELERIL DPGSSGSHVE ISESSLESDS EADSLPSED LDPADPPISE EERWGEASND EDDPKDKTLP EDPETCLQLN MVYQEVIQEK LAEANLLLAQ NREQQEELMR D LAGSKGTK VKDGKSLPPS TYMGHFMKPY FKDKVTGVGP PANEDTREKA AQGIKAFEEL LVTKWKNWEK ALLRKSVVSD RL QRLLQPK LLKLEYLHQK QSKVSSELER QALEKQGREA EKEIQDINQL PEEALLGNRL DSHDWEKISN INFEGSRSAE EIR KFWQNS EHPSINKQEW SREEEERLQA IAAAHGHLEW QKIAEELGTS RSAFQCLQKF QQHNKALKRK EWTEEEDRML TQLV QEMRV GSHIPYRRIV YYMEGRDSMQ LIYRWTKSLD PGLKKGYWAP EEDAKLLQAV AKYGEQDWFK IREEVPGRSD AQCRD RYLR RLHFSLKKGR WNLKEEEQLI ELIEKYGVGH WAKIASELPH RSGSQCLSKW KIMMGKKQGL RRRRRRARHS VRWSST SSS GSSSGSSGGS SSSSSSSSEE DEPEQAQAGE GDRALLSPQY MVPDMDLWVP ARQSTSQPWR GGAGAWLGGP AASLSPP KG SSASQGGSKE ASTTAAAPGE ETSPVQVPAR AHGPVPRSAQ ASHSADTRPA GAEKQALEGG RRLLTVPVET VLRVLRAN T AARSCTQKEQ LRQPPLPTSS PGVSSGDSVA RSHVQWLRHR ATQSGQRRWR HALHRRLLNR RLLLAVTPWV GDVVVPCTQ ASQRPAVVQT QADGLREQLQ QARLASTPVF TLFTQLFHID TAGCLEVVRE RKALPPRLPQ AGARDPPVHL LQASSSAQST PGHLFPNVP AQEASKSASH KGSRRLASSR VERTLPQASL LASTGPRPKP KTVSELLQEK RLQEARAREA TRGPVVLPSQ L LVSSSVIL QPPLPHTPHG RPAPGPTVLN VPLSGPGAPA AAKPGTSGSW QEAGTSAKDK RLSTMQALPL APVFSEAEGT AP AASQAPA LGPGQISVSC PESGLGQSQA PAASRKQGLP EAPPFLPAAP SPTPLPVQPL SLTHIGGPHV ATSVPLPVTW VLT AQGLLP VPVPAVVSLP RPAGTPGPAG LLATLLPPLT ETRAAQGPRA PALSSSWQPP ANMNREPEPS CRTDTPAPPT HALS QSPAE ADGSVAFVPG EAQVAREIPE PRTSSHADPP EAEPPWSGRL PAFGGVIPAT EPRGTPGSPS GTQEPRGPLG LEKLP LRQP GPEKGALDLE KPPLPQPGPE KGALDLGLLS QEGEAATQQW LGGQRGVRVP LLGSRLPYQP PALCSLRALS GLLLHK KAL EHKATSLVVG GEAERPAGAL QASLGLVRGQ LQDNPAYLLL RARFLAAFTL PALLATLAPQ GVRTTLSVPS RVGSESE DE DLLSELELAD RDGQPGCTTA TCPIQGAPDS GKCSASSCLD TSNDPDDLDV LRTRHARHTR KRRRLVAHHH HHHHHHH

UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 4

+
分子 #25: snRNA-activating protein complex subunit 3

分子名称: snRNA-activating protein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.812605 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAEGSRGGPT CSGVGGRQDP VSGSGGCNFP EYELPELNTR AFHVGAFGEL WRGRLRGAGD LSLREPPASA LPGSQAADSD REDAAVARD LDCSLEAAAE LRAVCGLDKL KCLEDGEDPE VIPENTDLVT LGVRKRFLEH REETITIDRA CRQETFVYEM E SHAIGKKP ...文字列:
MAEGSRGGPT CSGVGGRQDP VSGSGGCNFP EYELPELNTR AFHVGAFGEL WRGRLRGAGD LSLREPPASA LPGSQAADSD REDAAVARD LDCSLEAAAE LRAVCGLDKL KCLEDGEDPE VIPENTDLVT LGVRKRFLEH REETITIDRA CRQETFVYEM E SHAIGKKP ENSADMIEEG ELILSVNILY PVIFHKHKEH KPYQTMLVLG SQKLTQLRDS IRCVSDLQIG GEFSNTPDQA PE HISKDLY KSAFFYFEGT FYNDKRYPEC RDLSRTIIEW SESHDRGYGK FQTARMEDFT FNDLCIKLGF PYLYCHQGDC EHV IVITDI RLVHHDDCLD RTLYPLLIKK HWLWTRKCFV CKMYTARWVT NNDSFAPEDP CFFCDVCFRM LHYDSEGNKL GEFL AYPYV DPGTFN

UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 3

+
分子 #23: U6_2_Template

分子名称: U6_2_Template / タイプ: dna / ID: 23 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.177291 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA) (DC)(DC)(DT)(DA)(DT) ...文字列:
(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA) (DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA) (DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DG)(DG) (DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DT)

+
分子 #24: U6_2_Non template

分子名称: U6_2_Non template / タイプ: dna / ID: 24 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.280418 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA) (DT) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG) ...文字列:
(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA) (DT) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG) (DT)(DG) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG) (DT)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG) (DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DC)

+
分子 #26: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 9 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #27: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #28: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
25.0 mMHEPES
150.0 mMSodium Chloride
5.0 mMMagnesium Chloride
3.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 150 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
詳細FEI Titan Krios G4 (operating at 300 KeV)
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 19060 / 平均露光時間: 6.26 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 15386
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1), RELION (ver. 4.0))
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1), RELION (ver. 4.0))
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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