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タイトルStructural basis of transcription reduction by a promoter-proximal +1 nucleosome.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 83, Issue 11, Page 1798-11809.e7, Year 2023
掲載日2023年6月1日
著者Julio Abril-Garrido / Christian Dienemann / Frauke Grabbe / Taras Velychko / Michael Lidschreiber / Haibo Wang / Patrick Cramer /
PubMed 要旨At active human genes, the +1 nucleosome is located downstream of the RNA polymerase II (RNA Pol II) pre-initiation complex (PIC). However, at inactive genes, the +1 nucleosome is found further ...At active human genes, the +1 nucleosome is located downstream of the RNA polymerase II (RNA Pol II) pre-initiation complex (PIC). However, at inactive genes, the +1 nucleosome is found further upstream, at a promoter-proximal location. Here, we establish a model system to show that a promoter-proximal +1 nucleosome can reduce RNA synthesis in vivo and in vitro, and we analyze its structural basis. We find that the PIC assembles normally when the edge of the +1 nucleosome is located 18 base pairs (bp) downstream of the transcription start site (TSS). However, when the nucleosome edge is located further upstream, only 10 bp downstream of the TSS, the PIC adopts an inhibited state. The transcription factor IIH (TFIIH) shows a closed conformation and its subunit XPB contacts DNA with only one of its two ATPase lobes, inconsistent with DNA opening. These results provide a mechanism for nucleosome-dependent regulation of transcription initiation.
リンクMol Cell / PubMed:37148879 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 4.5 Å
構造データ

EMDB-16274, PDB-8bvw:
RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-16331, PDB-8byq:
RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (PIC-Nuc10W)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-16335, PDB-8bz1:
RNA polymerase II core pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (cPIC-Nuc10W)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-16336: RNA polymerase II core pre-initiation complex focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-16337: Proximal +1 nucleosome focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-16338: RNA polymerase II core pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-16339: RNA polymerase II core pre-initiation complex focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-16340: Proximal +1 nucleosome focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-16341: TFIIH subcomplex CDK-activating kinase module focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-16342: General transcription factor IIH in closed conformation focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-16343: RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-16365: RNA polymerase II core pre-initiation complex focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-16366: Distal +1 nucleosome focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-16367: General transcription factor IIH in open conformation focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-16368: TFIIH subcomplex CDK-activating kinase module focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-16369: RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • sus scrofa (ブタ)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • unidentified adenovirus (ウイルス)
キーワードTRANSCRIPTION / Mammalian PIC / +1 nucleosome / transcription initiation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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