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タイトルStructures of an active type III-A CRISPR effector complex.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 30, Issue 8, Page 1109-11128.e6, Year 2022
掲載日2022年8月4日
著者Eric M Smith / Sé Ferrell / Valerie L Tokars / Alfonso Mondragón /
PubMed 要旨Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their CRISPR-associated proteins (Cas) provide many prokaryotes with an adaptive immune system against invading genetic material. ...Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their CRISPR-associated proteins (Cas) provide many prokaryotes with an adaptive immune system against invading genetic material. Type III CRISPR systems are unique in that they can degrade both RNA and DNA. In response to invading nucleic acids, they produce cyclic oligoadenylates that act as secondary messengers, activating cellular nucleases that aid in the immune response. Here, we present seven single-particle cryo-EM structures of the type III-A Staphylococcus epidermidis CRISPR effector complex. The structures reveal the intact S. epidermidis effector complex in an apo, ATP-bound, cognate target RNA-bound, and non-cognate target RNA-bound states and illustrate how the effector complex binds and presents crRNA. The complexes bound to target RNA capture the type III-A effector complex in a post-RNA cleavage state. The ATP-bound structures give details about how ATP binds to Cas10 to facilitate cyclic oligoadenylate production.
リンクStructure / PubMed:35714601 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.49 - 4.97 Å
構造データ

EMDB-26920, PDB-7uzw:
Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR effector subcomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

EMDB-26921, PDB-7uzx:
Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR effector subcomplex with non-self target RNA bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-26922, PDB-7uzy:
Staphylococcus epidermidis RP62A CRISPR effector complex with non-self target RNA 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.05 Å

EMDB-26923, PDB-7uzz:
Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR tall effector complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.45 Å

EMDB-26924, PDB-7v00:
Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR tall effector complex with bound ATP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.87 Å

EMDB-26925, PDB-7v01:
Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR short effector complex with self RNA target and ATP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

EMDB-26926: Staphylococcus epidermidis RP62A CRISPR effector complex with non-self target RNA 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.06 Å

EMDB-26927, PDB-7v02:
Staphylococcus epidermidis RP62A CRISPR short effector complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.97 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • staphylococcus epidermidis rp62a (表皮ブドウ球菌)
  • staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Type IIIA CRISPR / effector complex / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / HYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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