[日本語] English
万見
- EMDB-26926: Staphylococcus epidermidis RP62A CRISPR effector complex with non... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26926
タイトルStaphylococcus epidermidis RP62A CRISPR effector complex with non-self target RNA 1
マップデータ
試料
  • 複合体: Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR effector complex with non-self target RNA
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm4
    • RNA: RNA (37-MER)
    • RNA: RNA (40-MER)
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) / Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.06 Å
データ登録者Smith EM / Ferrell SH / Tokars VL / Mondragon A
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM118108 米国
American Cancer Society134255-PF-20-041-01-DMC 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM129541 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM129539 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structures of an active type III-A CRISPR effector complex.
著者: Eric M Smith / Sé Ferrell / Valerie L Tokars / Alfonso Mondragón /
要旨: Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their CRISPR-associated proteins (Cas) provide many prokaryotes with an adaptive immune system against invading genetic material. ...Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their CRISPR-associated proteins (Cas) provide many prokaryotes with an adaptive immune system against invading genetic material. Type III CRISPR systems are unique in that they can degrade both RNA and DNA. In response to invading nucleic acids, they produce cyclic oligoadenylates that act as secondary messengers, activating cellular nucleases that aid in the immune response. Here, we present seven single-particle cryo-EM structures of the type III-A Staphylococcus epidermidis CRISPR effector complex. The structures reveal the intact S. epidermidis effector complex in an apo, ATP-bound, cognate target RNA-bound, and non-cognate target RNA-bound states and illustrate how the effector complex binds and presents crRNA. The complexes bound to target RNA capture the type III-A effector complex in a post-RNA cleavage state. The ATP-bound structures give details about how ATP binds to Cas10 to facilitate cyclic oligoadenylate production.
履歴
登録2022年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2022年8月17日-
現状2022年8月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26926.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26926.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 420 pix.
= 462. Å		1.1 Å/pix.
x 420 pix.
= 462. Å		1.1 Å/pix.
x 420 pix.
= 462. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.43728274 - 1.4034503
平均 (標準偏差)-0.00048015686 (±0.031459466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 462.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_26926_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_26926_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_26926_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR effector complex with non...

全体名称: Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR effector complex with non-self target RNA
要素
  • 複合体: Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR effector complex with non-self target RNA
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm4
    • RNA: RNA (37-MER)
    • RNA: RNA (40-MER)

-
超分子 #1: Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR effector complex with non...

超分子名称: Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR effector complex with non-self target RNA
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: RP62A

-
分子 #1: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1...

分子名称: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
配列文字列: MNKKNILMYG SLLHDIGKII YRSGDHTFSR GTHSKLGHQF LSQFSEFKDN EVLDNVAYHH YKELAKANL DNDNTAYITY IADNIASGID RRDIIEEGDE EYEKQLFNFD KYTPLYSVFN I VNSEKLKQ TNGKFKFSNE SNIEYPKTEN IQYSSGNYTT LMKDMSHDLE ...文字列:
MNKKNILMYG SLLHDIGKII YRSGDHTFSR GTHSKLGHQF LSQFSEFKDN EVLDNVAYHH YKELAKANL DNDNTAYITY IADNIASGID RRDIIEEGDE EYEKQLFNFD KYTPLYSVFN I VNSEKLKQ TNGKFKFSNE SNIEYPKTEN IQYSSGNYTT LMKDMSHDLE HKLSIKEGTF PS LLQWTES LWQYVPSSTN KNQLIDISLY DHSRITCAIA SCIFDYLNEN NIHNYKDELF SKY ENTKSF YQKEAFLLLS MDMSGIQDFI YNISGSKALK SLRSRSFYLE LMLEVIVDQL LERL ELARA NLLYTGGGHA YLLVSNTDKV KKKITQFNNE LKKWFMSEFT TDLSLSMAFE KCSGD DLMN TSGNYRTIWR NVSSKLSDIK AHKYSAEDIL KLNHFHSYGD RECKECLRSD IDINDD GLC SICEGIINIS NDLRDKSFFV LSETGKLKMP FNKFISVIDY EEAEMLVQNN NQVRIYS KN KPYIGIGIST NLWMCDYDYA SQNQDMREKG IGSYVDREEG VKRLGVVRAD IDNLGATF I SGIPEKYNSI SRTATLSRQL SLFFKYELNH LLENYQITAI YSGGDDLFLI GAWDDIIEA SIYINDKFKE FTLDKLTLSA GVGMFSGKYP VSKMAFETGR LEEAAKTGEK NQISLWLQEK VYNWDEFKK NILEEKLLVL QQGFSQTDEH GKAFIYKMLA LLRNNEAINI ARLAYLLARS K MNEDFTSK IFNWAQNDKD KNQLITALEY YIYQIREAD

-
分子 #2: CRISPR system Cms protein Csm2

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
配列文字列:
MTFAHEVVKS NVKNVKDRKG KEKQVLFNGL TTSKLRNLME QVNRLYTIAF NSNEDQLNEE FIDELEYLK IKFYYEAGRE KSVDEFLKKT LMFPIIDRVI KKESKKFFLD YCKYFEALVA Y AKYYQKED

-
分子 #3: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

分子名称: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
配列文字列: MYSKIKISGT IEVVTGLHIG GGGESSMIGA IDSPVVRDLQ TKLPIIPGSS IKGKMRNLLA KHFGLKMKQ ESHNQDDERV LRLFGSSEKG NIQRARLQIS DAFFSEKTKE HFAQNDIAYT E TKFENTIN RLTAVANPRQ IERVTRGSEF DFVFIYNVDE ESQVEDDFEN ...文字列:
MYSKIKISGT IEVVTGLHIG GGGESSMIGA IDSPVVRDLQ TKLPIIPGSS IKGKMRNLLA KHFGLKMKQ ESHNQDDERV LRLFGSSEKG NIQRARLQIS DAFFSEKTKE HFAQNDIAYT E TKFENTIN RLTAVANPRQ IERVTRGSEF DFVFIYNVDE ESQVEDDFEN IEKAIHLLEN DY LGGGGTR GNGRIQFKDT NIETVVGEYD STNLKIK

-
分子 #4: CRISPR system Cms protein Csm4

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
配列文字列: MTLATKVFKL SFKTPVHFGK KRLSDGEMTI TADTLFSALF IETLQLGKDT DWLLNDLIIS DTFPYENEL YYLPKPLIKI DSKEEDNHKA FKKLKYVPVH HYNQYLNGEL SAEDATDLND I FNIGYFSL QTKVSLIAQE TDSSADSEPY SVGTFTFEPE AGLYFIAKGS ...文字列:
MTLATKVFKL SFKTPVHFGK KRLSDGEMTI TADTLFSALF IETLQLGKDT DWLLNDLIIS DTFPYENEL YYLPKPLIKI DSKEEDNHKA FKKLKYVPVH HYNQYLNGEL SAEDATDLND I FNIGYFSL QTKVSLIAQE TDSSADSEPY SVGTFTFEPE AGLYFIAKGS EETLDHLNNI MT ALQYSGL GGKRNAGYGQ FEYEIINNQQ LSKLLNQNGK HSILLSTAMA KKEEIESALK EAR YILTKR SGFVQSTNYS EMLVKKSDFY SFSSGSVFKN IFNGDIFNVG HNGKHPVYRY AKPL WLEV

-
分子 #5: RNA (37-MER)

分子名称: RNA (37-MER) / タイプ: rna / ID: 5
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
配列文字列:
ACGAGAACUA GUAAUAAUUG UCAUUUGCAU ACGUUAC

-
分子 #6: RNA (40-MER)

分子名称: RNA (40-MER) / タイプ: rna / ID: 6
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: RP62A
配列文字列:
AGCCUGGUAA CGUAUGCAAA UGACAAUUAU UACUAUCCAG

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO32-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol
250.0 mMNaClNaCl
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細: cryo-EM grids were prepared by glow discharging for 10 seconds at 15 mA in a Pelco easiGlow glow discharger.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 ul of the protein-RNA complex were added to the grid and allowed to incubate for 10 seconds. After incubation the grid was blotted in a Vitrobot Mark IV (FEI Thermo Fischer) (humidity 95% ...詳細: 3 ul of the protein-RNA complex were added to the grid and allowed to incubate for 10 seconds. After incubation the grid was blotted in a Vitrobot Mark IV (FEI Thermo Fischer) (humidity 95% and temperature 4 C) for 3 seconds with a force of 0 before plunge freezing in liquid ethane..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2455 / 平均電子線量: 49.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 44454 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2368249
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 53034
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る