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タイトルStructural mechanism of two gain-of-function cardiac and skeletal RyR mutations at an equivalent site by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 6, Issue 31, Page eabb2964, Year 2020
掲載日2020年7月29日
著者Kavita A Iyer / Yifan Hu / Ashok R Nayak / Nagomi Kurebayashi / Takashi Murayama / Montserrat Samsó /
PubMed 要旨Mutations in ryanodine receptors (RyRs), intracellular Ca channels, are associated with deadly disorders. Despite abundant functional studies, the molecular mechanism of RyR malfunction remains ...Mutations in ryanodine receptors (RyRs), intracellular Ca channels, are associated with deadly disorders. Despite abundant functional studies, the molecular mechanism of RyR malfunction remains elusive. We studied two single-point mutations at an equivalent site in the skeletal (RyR1 R164C) and cardiac (RyR2 R176Q) isoforms using ryanodine binding, Ca imaging, and cryo-electron microscopy (cryo-EM) of the full-length protein. Loss of the positive charge had greater effect on the skeletal isoform, mediated via distortion of a salt bridge network, a molecular latch inducing rotation of a cytoplasmic domain, and partial progression to open-state traits of the large cytoplasmic assembly accompanied by alteration of the Ca binding site, which concur with the major "hyperactive" feature of the mutated channel. Our cryo-EM studies demonstrated the allosteric effect of a mutation situated ~85 Å away from the pore and identified an isoform-specific structural effect.
リンクSci Adv / PubMed:32832689 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.27 - 5.1 Å
構造データ

21860

6wot

EMDB-21860, PDB-6wot:
Cryo-EM structure of recombinant rabbit Ryanodine Receptor type 1 mutant R164C in complex with FKBP12.6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

21861

6wou

EMDB-21861, PDB-6wou:
Cryo-EM structure of recombinant mouse Ryanodine Receptor type 2 mutant R176Q in complex with FKBP12.6 in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

21862

6wov

EMDB-21862, PDB-6wov:
Cryo-EM structure of recombinant mouse Ryanodine Receptor type 2 wild type in complex with FKBP12.6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN/ISOMERASE / Ryanodine receptor / Calcium channel / Mutation / NTDA mutation / RyR1 / malignant hyperthermia / central core disease / TRANSPORT PROTEIN-ISOMERASE complex / RyR2 / Polymorphic catecholergic ventricular tachycardia / Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia 2 / CICR / excitation-contraction coupling

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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