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- EMDB-1869: Procapsid of Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1869
タイトルProcapsid of Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1
マップデータTwofold (222) view of isosurface representation of Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 (SaPI1) procapsid icosahedral reconstruction.
試料
  • 試料: Staphylococcus aureus ST63 (Bacteriophage 80alpha delta(terS) SaPI1 delta(terS))
  • ウイルス: Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 procapsid (黄色ブドウ球菌)
キーワードStaphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / bacteriophage (ファージ) / capsid (カプシド) / procapsid (カプシド) / size determination / pathogenicity island (病原性遺伝子島)
生物種Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 procapsid (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.99 Å
データ登録者Dearborn AD / Spilman MS / Damle PK / Chang JR / Monroe EB / Saad JS / Christie GE / Dokland T
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011
タイトル: The Staphylococcus aureus pathogenicity island 1 protein gp6 functions as an internal scaffold during capsid size determination.
著者: Altaira D Dearborn / Michael S Spilman / Priyadarshan K Damle / Jenny R Chang / Eric B Monroe / Jamil S Saad / Gail E Christie / Terje Dokland /
要旨: Staphylococcus aureus pathogenicity island 1 (SaPI1) is a mobile genetic element that carries genes for several superantigen toxins. SaPI1 is normally stably integrated into the host genome but can ...Staphylococcus aureus pathogenicity island 1 (SaPI1) is a mobile genetic element that carries genes for several superantigen toxins. SaPI1 is normally stably integrated into the host genome but can become mobilized by "helper" bacteriophage 80α, leading to the packaging of SaPI1 genomes into phage-like transducing particles that are composed of structural proteins supplied by the helper phage but having smaller capsids. We show that the SaPI1-encoded protein gp6 is necessary for efficient formation of small capsids. The NMR structure of gp6 reveals a dimeric protein with a helix-loop-helix motif similar to that of bacteriophage scaffolding proteins. The gp6 dimer matches internal densities that bridge capsid subunits in cryo-electron microscopy reconstructions of SaPI1 procapsids, suggesting that gp6 acts as an internal scaffolding protein in capsid size determination.
履歴
登録2011年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年3月15日-
マップ公開2012年3月15日-
更新2012年3月15日-
現状2012年3月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

image1869.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1869.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Twofold (222) view of isosurface representation of Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 (SaPI1) procapsid icosahedral reconstruction.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.048 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.1 / ムービー #1: 3.1
最小 - 最大-2.80164194 - 7.15723228
平均 (標準偏差)-0.70188761 (±1.50645566)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-70-70-70
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 589.82404 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.0482.0482.048
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z589.824589.824589.824
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-160-160-159
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-70-70-70
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-2.8027.157-0.702

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus aureus ST63 (Bacteriophage 80alpha delta(terS) SaP...

全体名称: Staphylococcus aureus ST63 (Bacteriophage 80alpha delta(terS) SaPI1 delta(terS))
要素
  • 試料: Staphylococcus aureus ST63 (Bacteriophage 80alpha delta(terS) SaPI1 delta(terS))
  • ウイルス: Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 procapsid (黄色ブドウ球菌)

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超分子 #1000: Staphylococcus aureus ST63 (Bacteriophage 80alpha delta(terS) SaP...

超分子名称: Staphylococcus aureus ST63 (Bacteriophage 80alpha delta(terS) SaPI1 delta(terS))
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Purified by CsCl and sucrose gradient centrifugation
Number unique components: 1
分子量理論値: 8.4 MDa

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超分子 #1: Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 procapsid

超分子名称: Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 procapsid
タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: SaPI1 procapsid
生物種: Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 procapsid
ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: SaPI1 procapsid
宿主生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量実験値: 8.4 MDa / 理論値: 8.4 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: procapsid / 直径: 370 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 2 mM CaCl2
グリッド詳細: 400 mesh holey film C-flat R 2/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 108 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual / 手法: Blotted for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 62000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 97 K
日付2008年11月18日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.3 µm / 実像数: 83 / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: Scanned images were binned to 12.6 microns per pixel
Od range: 2 / ビット/ピクセル: 16
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: Final maps were calculated to 8A and filtered at 5A resolution
使用した粒子像数: 3944

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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