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- EMDB-7097: Doubly PafE-capped 20S core particle in Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7097
タイトルDoubly PafE-capped 20S core particle in Mycobacterium tuberculosis
マップデータDoubly PafE-capped 20S CP
試料
  • 複合体: Doubly PafE-capped 20S CP
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial proteasome activator
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
キーワードProtein degradation / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defenses / proteasome accessory complex / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / zymogen binding / proteasome binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process ...symbiont-mediated perturbation of host defenses / proteasome accessory complex / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / zymogen binding / proteasome binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome complex / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / modification-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial proteasome activator / Bacterial proteasome activator / Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit ...Bacterial proteasome activator / Bacterial proteasome activator / Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit alpha / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha / Bacterial proteasome activator / Bacterial proteasome activator
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li H / Hu K
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018
タイトル: Proteasome substrate capture and gate opening by the accessory factor PafE from .
著者: Kuan Hu / Jordan B Jastrab / Susan Zhang / Amanda Kovach / Gongpu Zhao / K Heran Darwin / Huilin Li /
要旨: In all domains of life, proteasomes are gated, chambered proteases that require opening by activators to facilitate protein degradation. Twelve proteasome accessory factor E (PafE) monomers assemble ...In all domains of life, proteasomes are gated, chambered proteases that require opening by activators to facilitate protein degradation. Twelve proteasome accessory factor E (PafE) monomers assemble into a single dodecameric ring that promotes proteolysis required for the full virulence of the human bacterial pathogen Whereas the best characterized proteasome activators use ATP to deliver proteins into a proteasome, PafE does not require ATP. Here, to unravel the mechanism of PafE-mediated protein targeting and proteasome activation, we studied the interactions of PafE with native substrates, including a newly identified proteasome substrate, the ParA-like protein, Rv3213c, and with proteasome core particles. We characterized the function of a highly conserved feature in bacterial proteasome activator proteins: a glycine-glutamine-tyrosine-leucine (GQYL) motif at their C termini that is essential for stimulating proteolysis. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we found that the GQYL motif of PafE interacts with specific residues in the α subunits of the proteasome core particle to trigger gate opening and degradation. Finally, we also found that PafE rings have 40-Å openings lined with hydrophobic residues that form a chamber for capturing substrates before they are degraded, suggesting PafE has a previously unrecognized chaperone activity. In summary, we have identified the interactions between PafE and the proteasome core particle that cause conformational changes leading to the opening of the proteasome gate and have uncovered a mechanism of PafE-mediated substrate degradation. Collectively, our results provide detailed insights into the mechanism of ATP-independent proteasome degradation in bacteria.
履歴
登録2017年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月24日-
マップ公開2018年2月14日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00742
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00742
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6bgl
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7097.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Doubly PafE-capped 20S CP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 436. Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 436. Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 436. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00742 / ムービー #1: 0.00742
最小 - 最大-0.011481893 - 0.030812554
平均 (標準偏差)0.000029359235 (±0.0011126738)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 436.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z436.000436.000436.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0110.0310.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Doubly PafE-capped 20S CP

全体名称: Doubly PafE-capped 20S CP
要素
  • 複合体: Doubly PafE-capped 20S CP
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial proteasome activator
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta

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超分子 #1: Doubly PafE-capped 20S CP

超分子名称: Doubly PafE-capped 20S CP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: Proteasome subunit alpha

分子名称: Proteasome subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 26.911039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSFPYFISPE QAMRERSELA RKGIARAKSV VALAYAGGVL FVAENPSRSL QKISELYDRV GFAAAGKFNE FDNLRRGGIQ FADTRGYAY DRRDVTGRQL ANVYAQTLGT IFTEQAKPYE VELCVAEVAH YGETKRPELY RITYDGSIAD EPHFVVMGGT T EPIANALK ...文字列:
MSFPYFISPE QAMRERSELA RKGIARAKSV VALAYAGGVL FVAENPSRSL QKISELYDRV GFAAAGKFNE FDNLRRGGIQ FADTRGYAY DRRDVTGRQL ANVYAQTLGT IFTEQAKPYE VELCVAEVAH YGETKRPELY RITYDGSIAD EPHFVVMGGT T EPIANALK ESYAENASLT DALRIAVAAL RAGSADTSGG DQPTLGVASL EVAVLDANRP RRAFRRITGS ALQALLVDQE SP QSDGESS G

UniProtKB: Proteasome subunit alpha

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分子 #2: Bacterial proteasome activator

分子名称: Bacterial proteasome activator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 18.963232 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MVIGLSTGSD DDDVEVIGGV DPRLIAVQEN DSDESSLTDL VEQPAKVMRI GTMIKQLLEE VRAAPLDEAS RNRLRDIHAT SIRELEDGL APELREELDR LTLPFNEDAV PSDAELRIAQ AQLVGWLEGL FHGIQTALFA QQMAARAQLQ QMRQGALPPG V GKSGQHGH GTGQYL

UniProtKB: Bacterial proteasome activator

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分子 #3: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 25.274264 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TTIVALKYPG GVVMAGDRRS TQGNMISGRD VRKVYITDDY TATGIAGTAA VAVEFARLYA VELEHYEKLE GVPLTFAGKI NRLAIMVRG NLAAAMQGLL ALPLLAGYDI HASDPQSAGR IVSFDAAGGW NIEEEGYQAV GSGSLFAKSS MKKLYSQVTD G DSGLRVAV ...文字列:
TTIVALKYPG GVVMAGDRRS TQGNMISGRD VRKVYITDDY TATGIAGTAA VAVEFARLYA VELEHYEKLE GVPLTFAGKI NRLAIMVRG NLAAAMQGLL ALPLLAGYDI HASDPQSAGR IVSFDAAGGW NIEEEGYQAV GSGSLFAKSS MKKLYSQVTD G DSGLRVAV EALYDAADDD SATGGPDLVR GIFPTAVIID ADGAVDVPES RIAELARAII ESRSGADTFG SDGGEKHHHH HH

UniProtKB: Proteasome subunit beta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 51091
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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