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万見
- EMDB-60199: portal-tail of Vibrio cholerae typing phage release VP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60199
タイトルportal-tail of Vibrio cholerae typing phage release VP1
マップデータ
試料
  • ウイルス: Vibrio cholerae phage (コレラ菌)
    • タンパク質・ペプチド: ring protein of release VP1
    • タンパク質・ペプチド: adaptor of release VP1
    • タンパク質・ペプチド: nozzle of release VP1
    • タンパク質・ペプチド: portal of release VP1
キーワードphage / virus / vibrio cholera phage / VIRAL PROTEIN
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌) / Vibrio cholerae phage (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Liu HR / Pang H
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Three-dimensional structures of Vibrio cholerae typing podophage VP1 in two states
著者: Liu HR / Pang H
履歴
登録2024年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60199.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60199.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-4.463806 - 8.025615999999999
平均 (標準偏差)0.0031640257 (±0.52650577)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60199_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60199_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vibrio cholerae phage

全体名称: Vibrio cholerae phage (コレラ菌)
要素
  • ウイルス: Vibrio cholerae phage (コレラ菌)
    • タンパク質・ペプチド: ring protein of release VP1
    • タンパク質・ペプチド: adaptor of release VP1
    • タンパク質・ペプチド: nozzle of release VP1
    • タンパク質・ペプチド: portal of release VP1

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超分子 #1: Vibrio cholerae phage

超分子名称: Vibrio cholerae phage / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 666 / 生物種: Vibrio cholerae phage / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)

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分子 #1: ring protein of release VP1

分子名称: ring protein of release VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 26.311119 KDa
配列文字列: MSSWDRFDTP WDSIIDESTW EHYTFKYDAS FEAFSSMEVD EDLTITVSVL FASTSDNTVT VGQVLGLTMD NRAGSYFGAG SSWTSEAAV NNEAGSGFQS SHALQLSYSV EDGVISSFGS EAFCSFYNTV SFESSSDVQA AVNSLYNLDV LFSSGSGDSE Q HYVVFGET ...文字列:
MSSWDRFDTP WDSIIDESTW EHYTFKYDAS FEAFSSMEVD EDLTITVSVL FASTSDNTVT VGQVLGLTMD NRAGSYFGAG SSWTSEAAV NNEAGSGFQS SHALQLSYSV EDGVISSFGS EAFCSFYNTV SFESSSDVQA AVNSLYNLDV LFSSGSGDSE Q HYVVFGET ASFESLAEHE TSSQYITHVE CMFNSVVEFE VKTYDWGRPV KPVGSDWSTD TPVVGVWVNE IYNGNKDWGE S

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分子 #2: adaptor of release VP1

分子名称: adaptor of release VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 23.59285 KDa
配列文字列: MDKATLVKTI AYRMGNVKGQ DTAIDFELAL SIERLEGQEF VPWFLLSENN FFEGTAQENR IPVPRGFIRE YEEGSLYLRR VAGTGKCLI KKSQDQLLKY EGMTGEPSHY SLTNQYFRIY PVPQEDFKVE LLFYRKSSTL NVEDNPWYEY AAELLVAETI W AMLSARRD ...文字列:
MDKATLVKTI AYRMGNVKGQ DTAIDFELAL SIERLEGQEF VPWFLLSENN FFEGTAQENR IPVPRGFIRE YEEGSLYLRR VAGTGKCLI KKSQDQLLKY EGMTGEPSHY SLTNQYFRIY PVPQEDFKVE LLFYRKSSTL NVEDNPWYEY AAELLVAETI W AMLSARRD KMADYWKSVA ADQMRRLTIL DAERRLANQE IFMG

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分子 #3: nozzle of release VP1

分子名称: nozzle of release VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 58.925699 KDa
配列文字列: MEVTHKQFDL SGFLPDQAPD TLKSGAISRG FNVKPTILGW EKSGGFRETN TAPTNEKDFI FFWSPAIGDN RWFSGGDKTV QQVEGNVVS DVSRTGGYTA AAAARWNAVN FNGVLLMNNE LDSPQYLAAS GKLEDFPNLP SNVRFRTVAV YKNFILGLGV N FGSGFLDD ...文字列:
MEVTHKQFDL SGFLPDQAPD TLKSGAISRG FNVKPTILGW EKSGGFRETN TAPTNEKDFI FFWSPAIGDN RWFSGGDKTV QQVEGNVVS DVSRTGGYTA AAAARWNAVN FNGVLLMNNE LDSPQYLAAS GKLEDFPNLP SNVRFRTVAV YKNFILGLGV N FGSGFLDD EIYWSHQADP GTMPPNWDYA NAASDSGRTP LPSEGYCVTS EELGSMNIVY KSDSIWTMQL IGGQWIFRFE NK FPGQGIL NKKSVVSFEG KHFVVTQKDI IVHDGYQVRS VADKRVRNFF FTDMNSDYFE RVFVVKDPRV AEVYVFYPSK NSV DGLCDR ALVWNWRDDV WSLLNLRPLK HAAYGYEITG VSITWDNFVG GWESTGLWQA DEDVAKYAPV LHYSFRDVPK LLAP TPQAL FIDEEIEAVW EREDIVIGSI SRDGVPYQDY ERNKSVSSIS FDVDTTEPFD VYIGYKGSLE DSVEWEFAGT VNPME DKRL FCLLTAGLFS MRIISKAQTF ILRSYKITYE FAGEMWA

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分子 #4: portal of release VP1

分子名称: portal of release VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 66.026672 KDa
配列文字列: MEILYTGASE SLHSTILKAL LERIDLGDTF ISDNYTRWQA TERYYMMYKI PNKKDKAAIE KWNKGDTDFK SLVMPYSYAQ LMTAHAYMV NVFLNRDPIF QTDSLNGDGT ERELALESML QYQVKAGEME PSLLVWFMDA LRYGVGVLGD YWEEHVFHQT V FEVKKTRV ...文字列:
MEILYTGASE SLHSTILKAL LERIDLGDTF ISDNYTRWQA TERYYMMYKI PNKKDKAAIE KWNKGDTDFK SLVMPYSYAQ LMTAHAYMV NVFLNRDPIF QTDSLNGDGT ERELALESML QYQVKAGEME PSLLVWFMDA LRYGVGVLGD YWEEHVFHQT V FEVKKTRV VKGYEGCKTF NVMVYDFIPD PRVALCKYQE GEFFGRRLDL NVLDLKKGAK FGKYFNVEHA EALVAASKEE MY RRDPSIG QQRSLKDSTM TPKGKQVGDI SCVEIFVRLV PKDWGLGDSE FPEMWVFTVA DKKYIVAAEP VNTLDDKFPF HIL ECEIDG YMNKSRGLLE ISAPMNDILT WLFDSHMYNK RQIMNNQFIG DPSALVVKDV ESKEPGKFIR LRPIISQLPV TDVT AQNIQ DVQVVERNMQ RIVGVNDDVA GQSSPSSRRS ATEFRGTTSF ASSRLANLAY FFSVTGFRSL AKSLIVKTQQ LYTVE MKVK VAGDNIKGAQ SIIVKPEDIS GQFDIMPVDG TLPVDRMAQA QFWMQIMSMV AGNPVLGAEY RLGDIFSYTA RLAGLK GID KMKIRILDDD QILALILA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1698
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1698
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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