[日本語] English
万見
- EMDB-23516: Hum8 capsid -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23516
タイトルHum8 capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
キーワードIcosahedral Capsid / AAV8 / Hum8 / capsid engineering / Adeno-associated virus / Parvovirus / Gene Therapy / VIRUS
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス) / Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Mietzsch M / Agbandje-McKenna M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Receptor Switching in Newly Evolved Adeno-associated Viruses.
著者: L Patrick Havlik / Anshuman Das / Mario Mietzsch / Daniel K Oh / Jonathan Ark / Robert McKenna / Mavis Agbandje-McKenna / Aravind Asokan /
要旨: Adeno-associated viruses utilize different glycans and the AAV receptor (AAVR) for cellular attachment and entry. Directed evolution has yielded new AAV variants; however, structure-function ...Adeno-associated viruses utilize different glycans and the AAV receptor (AAVR) for cellular attachment and entry. Directed evolution has yielded new AAV variants; however, structure-function correlates underlying their improved transduction are generally overlooked. Here, we report that infectious cycling of structurally diverse AAV surface loop libraries yields functionally distinct variants. Newly evolved variants show enhanced cellular binding, uptake, and transduction, but through distinct mechanisms. Using glycan-based and genome-wide CRISPR knockout screens, we discover that one AAV variant acquires the ability to recognize sulfated glycosaminoglycans, while another displays receptor switching from AAVR to integrin β1 (ITGB1). A previously evolved variant, AAVhum.8, preferentially utilizes the ITGB1 receptor over AAVR. Visualization of the AAVhum.8 capsid by cryoelectron microscopy at 2.49-Å resolution localizes the newly acquired integrin recognition motif adjacent to the AAVR footprint. These observations underscore the new finding that distinct AAV surface epitopes can be evolved to exploit different cellular receptors for enhanced transduction. Understanding how viruses interact with host cells through cell surface receptors is central to discovery and development of antiviral therapeutics, vaccines, and gene transfer vectors. Here, we demonstrate that distinct epitopes on the surface of adeno-associated viruses can be evolved by infectious cycling to recognize different cell surface carbohydrates and glycoprotein receptors and solve the three-dimensional structure of one such newly evolved AAV capsid, which provides a roadmap for designing viruses with improved attributes for gene therapy applications.
履歴
登録2021年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ltm
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ltm
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23516.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23516.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.096 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-10.276827000000001 - 18.198957
平均 (標準偏差)0.000000002410546 (±1.0000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-210-210-210
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 460.31998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0961.0961.096
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z460.320460.320460.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-210-210-210
NX/NY/NZ420420420
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-210-210-210
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-10.27718.1990.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Adeno-associated virus

全体名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE

-
超分子 #1: Adeno-associated virus

超分子名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / Sci species strain: Hum8 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

-
分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 58.491398 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DGVGSSSGNW HCDSTWLGDR VITTSTRTWA LPTYNNHLYK QISNGTSGGA TNDNTYFGYS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW QRLINNNWG FRPKRLSFKL FNIQVKEVTQ NEGTKTIANN LTSTIQVFTD SEYQLPYVLG SAHQGCLPPF PADVFMIPQY G YLTLNNGS ...文字列:
DGVGSSSGNW HCDSTWLGDR VITTSTRTWA LPTYNNHLYK QISNGTSGGA TNDNTYFGYS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW QRLINNNWG FRPKRLSFKL FNIQVKEVTQ NEGTKTIANN LTSTIQVFTD SEYQLPYVLG SAHQGCLPPF PADVFMIPQY G YLTLNNGS QAVGRSSFYC LEYFPSQMLR TGNNFQFTYT FEDVPFHSSY AHSQSLDRLM NPLIDQYLYY LSRTQTTSNG RG VTLGFSQ GGPNTMANQA KNWLPGPCYR QQRVSTYPLQ NNNSNFAWTA GTKYHLNGRN SLANPGIAMA THKDDEERFF PSN GILIFG KQNAARDNAD YSDVMLTSEE EIKTTNPVAT EEYGIVADNG QTQTTAPQIG TVNSQGALPG MVWQNRDVYL QGPI WAKIP HTDGNFHPSP LMGGFGLKHP PPQILIKNTP VPADPRSTFN GDKLNSFITQ YSTGQVSVEI EWELQKENSK RWNPE IQYT SNYYKSTSVD FAVNTEGVYS EPRPIGTRYL TRNL

UniProtKB: Capsid protein

-
分子 #2: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 60 / 式: D5M
分子量理論値: 331.222 Da
Chemical component information

ChemComp-D5M:
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 275883
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る