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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22816 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) in complex with SdhB in the presence of AMP-PNP | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex II, succinate dehydrogenase complex (ubiquinone) / succinate dehydrogenase (quinone) activity / : / コハク酸デヒドロゲナーゼ / Citric acid cycle (TCA cycle) / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding ...translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex II, succinate dehydrogenase complex (ubiquinone) / succinate dehydrogenase (quinone) activity / : / コハク酸デヒドロゲナーゼ / Citric acid cycle (TCA cycle) / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / ubiquinone binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / chaperone-mediated protein folding / 細胞呼吸 / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / クエン酸回路 / respiratory electron transport chain / cell periphery / ミトコンドリア / ATP-dependent protein folding chaperone / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / unfolded protein binding / フォールディング / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / electron transfer activity / ミトコンドリアマトリックス / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Liu YX / Agard DA | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM reveals the dynamic interplay between mitochondrial Hsp90 and SdhB folding intermediates 著者: Liu YX / Agard DA / Elnatan D / Sun M / Myasnikov AG | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22816.map.gz | 117.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22816-v30.xml emd-22816.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22816_fsc.xml | 11.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22816.png | 98.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22816 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22816 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.814 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human Trap1 in complex with SdhB in the presence of AMP-PNP
全体 | 名称: human Trap1 in complex with SdhB in the presence of AMP-PNP |
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要素 |
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-超分子 #1: human Trap1 in complex with SdhB in the presence of AMP-PNP
超分子 | 名称: human Trap1 in complex with SdhB in the presence of AMP-PNP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 162 KDa |
-分子 #1: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
分子 | 名称: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 74.17757 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GIDPFTSTQT AEDKEEPLHS IISSTESVQG STSKHEFQAE TKKLLDIVAR SLYSEKEVFI RELISNASDA LEKLRHKLVS DGQALPEME IHLQTNAEKG TITIQDTGIG MTQEELVSNL GTIARSGSKA FLDALQNQAE ASSKIIGQFG VGFYSAFMVA D RVEVYSRS ...文字列: GIDPFTSTQT AEDKEEPLHS IISSTESVQG STSKHEFQAE TKKLLDIVAR SLYSEKEVFI RELISNASDA LEKLRHKLVS DGQALPEME IHLQTNAEKG TITIQDTGIG MTQEELVSNL GTIARSGSKA FLDALQNQAE ASSKIIGQFG VGFYSAFMVA D RVEVYSRS AAPGSLGYQW LSDGSGVFEI AEASGVRTGT KIIIHLKSDC KEFSSEARVR DVVTKYSNFV SFPLYLNGRR MN TLQAIWM MDPKDVGEWQ HEEFYRYVAQ AHDKPRYTLH YKTDAPLNIR SIFYVPDMKP SMFDVSRELG SSVALYSRKV LIQ TKATDI LPKWLRFIRG VVDSEDIPLN LSRELLQESA LIRKLRDVLQ QRLIKFFIDQ SKKDAEKYAK FFEDYGLFMR EGIV TATEQ EVKEDIAKLL RYESSALPSG QLTSLSEYAS RMRAGTRNIY YLCAPNRHLA EHSPYYEAMK KKDTEVLFCF EQFDE LTLL HLREFDKKKL ISVETDIVVD HYKEEKFEDR SPAAECLSEK ETEELMAWMR NVLGSRVTNV KVTLRLDTHP AMVTVL EMG AARHFLRMQQ LAKTQEERAQ LLQPTLEINP RHALIKKLNQ LRASEPGLAQ LLVDQIYENA MIAAGLVDDP RAMVGRL NE LLVKALERH |
-分子 #2: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitocho...
分子 | 名称: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 15.097539 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSAQTAAATA PRIKKFAIYR WDPDKAGDKP HMQTYEVDLN KCGPMVLDAL IKIKNEVDST LTFRRSCREG ICGSCAMNIN GGNTLACTR RIDTNLNKVS KIYPLPHMYV IKDLVPDLSN FYAQYKSIEP YLKKK |
-分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ANP |
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分子量 | 理論値: 506.196 Da |
Chemical component information | ChemComp-ANP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #6: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子 | 名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: FES |
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分子量 | 理論値: 175.82 Da |
Chemical component information | ChemComp-FES: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 72.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |