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万見
- EMDB-21139: Structure of mono-ubiquitinated FANCD2 bound to non-ubiquitinated... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21139
タイトルStructure of mono-ubiquitinated FANCD2 bound to non-ubiquitinated FANCI and to DNA.
マップデータconsensus reconstruction
試料
  • 複合体: Mono-ubiquitinated FANCD2 bound to non-ubiquitinated FANCI and to DNA
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia, complementation group I
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • DNA: DNA (29-MER)
    • DNA: DNA (29-MER)
キーワードDNA clamp / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of CD40 signaling pathway / gamete generation / regulation of regulatory T cell differentiation / homologous chromosome pairing at meiosis / neuronal stem cell population maintenance / double-strand break repair involved in meiotic recombination / brain morphogenesis / DNA repair complex / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / interstrand cross-link repair ...regulation of CD40 signaling pathway / gamete generation / regulation of regulatory T cell differentiation / homologous chromosome pairing at meiosis / neuronal stem cell population maintenance / double-strand break repair involved in meiotic recombination / brain morphogenesis / DNA repair complex / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / interstrand cross-link repair / condensed chromosome / DNA polymerase binding / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / NF-kB is activated and signals survival / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NRIF signals cell death from the nucleus / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Regulation of PTEN localization / VLDLR internalisation and degradation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / positive regulation of protein ubiquitination / Translesion synthesis by REV1 / Regulation of BACH1 activity / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / response to gamma radiation / TCF dependent signaling in response to WNT / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / Regulation of NF-kappa B signaling / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Asymmetric localization of PCP proteins / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of signaling by CBL / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Fanconi Anemia Pathway / Peroxisomal protein import / Negative regulation of FGFR3 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Stabilization of p53 / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Degradation of DVL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling
類似検索 - 分子機能
Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain / FANCI solenoid 4 domain / FANCI solenoid 2 domain / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 ...Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain / FANCI solenoid 4 domain / FANCI solenoid 2 domain / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 / FANCI solenoid 2 / FANCI solenoid 3 / FANCI solenoid 4 / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / Fanconi anaemia protein FANCD2 / Fanconi anaemia protein FancD2 nuclease / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fanconi anemia, complementation group I / Polyubiquitin-C / Fanconi anemia group D2 protein / Fanconi anemia group I protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Pavletich NP
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: DNA clamp function of the monoubiquitinated Fanconi anaemia ID complex.
著者: Renjing Wang / Shengliu Wang / Ankita Dhar / Christopher Peralta / Nikola P Pavletich /
要旨: The ID complex, involving the proteins FANCI and FANCD2, is required for the repair of DNA interstrand crosslinks (ICL) and related lesions. These proteins are mutated in Fanconi anaemia, a disease ...The ID complex, involving the proteins FANCI and FANCD2, is required for the repair of DNA interstrand crosslinks (ICL) and related lesions. These proteins are mutated in Fanconi anaemia, a disease in which patients are predisposed to cancer. The Fanconi anaemia pathway of ICL repair is activated when a replication fork stalls at an ICL; this triggers monoubiquitination of the ID complex, in which one ubiquitin molecule is conjugated to each of FANCI and FANCD2. Monoubiquitination of ID is essential for ICL repair by excision, translesion synthesis and homologous recombination; however, its function remains unknown. Here we report a cryo-electron microscopy structure of the monoubiquitinated human ID complex bound to DNA, and reveal that it forms a closed ring that encircles the DNA. By comparison with the structure of the non-ubiquitinated ID complex bound to ICL DNA-which we also report here-we show that monoubiquitination triggers a complete rearrangement of the open, trough-like ID structure through the ubiquitin of one protomer binding to the other protomer in a reciprocal fashion. These structures-together with biochemical data-indicate that the monoubiquitinated ID complex loses its preference for ICL and related branched DNA structures, and becomes a sliding DNA clamp that can coordinate the subsequent repair reactions. Our findings also reveal how monoubiquitination in general can induce an alternative protein structure with a new function.
履歴
登録2019年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年3月18日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vaf
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21139.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈consensus reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.648 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.648 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.648 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08847 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.05155352 - 0.09800101
平均 (標準偏差)0.0000012192612 (±0.002962743)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 278.64832 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.088468751.088468751.08846875
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z278.648278.648278.648
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0520.0980.000

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添付データ

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追加マップ: focus1 map

ファイルemd_21139_additional_1.map
注釈focus1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focus2 map

ファイルemd_21139_additional_2.map
注釈focus2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focus3 map

ファイルemd_21139_additional_3.map
注釈focus3 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: refmac composite map

ファイルemd_21139_additional_4.map
注釈refmac composite map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mono-ubiquitinated FANCD2 bound to non-ubiquitinated FANCI and to DNA

全体名称: Mono-ubiquitinated FANCD2 bound to non-ubiquitinated FANCI and to DNA
要素
  • 複合体: Mono-ubiquitinated FANCD2 bound to non-ubiquitinated FANCI and to DNA
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia, complementation group I
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • DNA: DNA (29-MER)
    • DNA: DNA (29-MER)

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超分子 #1: Mono-ubiquitinated FANCD2 bound to non-ubiquitinated FANCI and to DNA

超分子名称: Mono-ubiquitinated FANCD2 bound to non-ubiquitinated FANCI and to DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fanconi anemia, complementation group I

分子名称: Fanconi anemia, complementation group I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 149.566047 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDQKILSLAA EKTADKLQEF LQTLREGDLT NLLQNQAVKG KVAGALLRAI FKGSPCSEEA GTLRRRKIYT CCIQLVESGD LQKEIVSEI IGLLMLEAHH FPGPLLVELA NEFISAVREG SLVNGKSLEL LPIILTVLAT KKENLAYGKG VLSGEECKKQ L INTLCSGR ...文字列:
MDQKILSLAA EKTADKLQEF LQTLREGDLT NLLQNQAVKG KVAGALLRAI FKGSPCSEEA GTLRRRKIYT CCIQLVESGD LQKEIVSEI IGLLMLEAHH FPGPLLVELA NEFISAVREG SLVNGKSLEL LPIILTVLAT KKENLAYGKG VLSGEECKKQ L INTLCSGR WDQQYVIQLT SMFKDVPLTA EEVEFVVEKA LSMFSKMNLQ EIPPLVYQLL VLSSKGSRKS VLEGIIAFFS AL DKQHNEE QSGDELLDVV TVPSGELRHV EGTIILHIVF AIKLDYELGR ELVKHLKVGQ QGDSNNNLSP FSIALLLSVT RIQ RFQDQV LDLLKTSVVK SFKDLQLLQG SKFLQNLVPH RSYVSTMILE VVKNSVHSWD HVTQGLVELG FILMDSYGPK KVLD GKTIE TSPSLSRMPN QHACKLGANI LLETFKIHEM IRQEILEQVL NRVVTRASSP ISHFLDLLSN IVMYAPLVLQ NCSSK VTEA FDYLSFLPLQ TVQRLLKAVQ PLLKVSMSMR DCLILVLRKA MFANQLDARK SAVAGFLLLL KNFKVLGSLS SSQCSQ SLS VSQVHVDVHS HYNSVANETF CLEIMDSLRR CLSQQADVRL MLYEGFYDVL RRNSQLANSV MQTLLSQLKQ FYEPEPD LL PPLKLEACIL TQGDQISLQE PLDYLLCCIQ HCLAWYKNTV IPLQQGEEEE EEEEAFYEDL DDILESITNR MIKSELED F ELDKSADFSQ STSIGIKNNI SAFLVMGVCE VLIEYNFSIS SFSKNRFEDI LSLFMCYKKL SDILNEKAGK AKTKMANKT SDSLLSMKFV SSLLTALFRD SIQSHQESLS VLRSSNEFMR YAVNVALQKV QQLKETGHVS GPDGQNPEKI FQNLCDLTRV LLWRYTSIP TSVEESGKKE KGKSISLLCL EGLQKIFSAV QQFYQPKIQQ FLRALDVTDK EGEEREDADV SVTQRTAFQI R QFQRSLLN LLSSQEEDFN SKEALLLVTV LTSLSKLLEP SSPQFVQMLS WTSKICKENS REDALFCKSL MNLLFSLHVS YK SPVILLR DLSQDIHGHL GDIDQDVEVE KTNHFAIVNL RTAAPTVCLL VLSQAEKVLE EVDWLITKLK GQVSQETLSE EAS SQATLP NQPVEKAIIM QLGTLLTFFH ELVQTALPSG SCVDTLLKDL CKMYTTLTAL VRYYLQVCQS SGGIPKNMEK LVKL SGSHL TPLCYSFISY VQNKSKSLNY TGEKKEKPAV VATAMARVLR ETKPIPNLIF AIEQYEKFLI HLSKKSKVSL MQHMK LSTS RDFKIKGNIL DMVLREDGED ENEEGTASEH GGQNKEPAKK KRKK

UniProtKB: Fanconi anemia, complementation group I

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分子 #2: Fanconi anemia group D2 protein

分子名称: Fanconi anemia group D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 164.314516 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSKRRLSKS EDKESLTEDA SKTRKQPLSK KTKKSHIANE VEENDSIFVK LLKISGIILK TGESQNQLAV DQIAFQKKLF QTLRRHPSY PKIIEEFVSG LESYIEDEDS FRNCLLSCER LQDEEASMGA SYSKSLIKLL LGIDILQPAI IKTLFEKLPE Y FFENKNSD ...文字列:
MVSKRRLSKS EDKESLTEDA SKTRKQPLSK KTKKSHIANE VEENDSIFVK LLKISGIILK TGESQNQLAV DQIAFQKKLF QTLRRHPSY PKIIEEFVSG LESYIEDEDS FRNCLLSCER LQDEEASMGA SYSKSLIKLL LGIDILQPAI IKTLFEKLPE Y FFENKNSD EINIPRLIVS QLKWLDRVVD GKDLTTKIMQ LISIAPENLQ HDIITSLPEI LGDSQHADVG KELSDLLIEN TS LTVPILD VLSSLRLDPN FLLKVRQLVM DKLSSIRLED LPVIIKFILH SVTAMDTLEV ISELREKLDL QHCVLPSRLQ ASQ VKLKSK GRASSSGNQE SSGQSCIILL FDVIKSAIRY EKTISEAWIK AIENTASVSE HKVFDLVMLF IIYSTNTQTK KYID RVLRN KIRSGCIQEQ LLQSTFSVHY LVLKDMCSSI LSLAQSLLHS LDQSIISFGS LLYKYAFKFF DTYCQQEVVG ALVTH ICSG NEAEVDTALD VLLELVVLNP SAMMMNAVFV KGILDYLDNI SPQQIRKLFY VLSTLAFSKQ NEASSHIQDD MHLVIR KQL SSTVFKYKLI GIIGAVTMAG IMAADRSESP SLTQERANLS DEQCTQVTSL LQLVHSCSEQ SPQASALYYD EFANLIQ HE KLDPKALEWV GQTICNDFQD AFVVDSCVVP EGDFPFPVKA LYGLEEYDTQ NGIAINLLPL LFSQDFAKDG GPVTSQES G QKLVSPLCLA PYFRLLRLCV ERQHNGNLEE IDGLLDCPIF LTDLEPGEKL ESMSAKERSF MCSLIFLTLN WFREIVNAF CQETSPEMKG KVLTRLKHIV ELQIILEKYL AVTPDYVPPL GNFDVETLDI TPHTVTAISA KIRKKGKIER KQKTDGSKTS SSDTLSEEK NSECDPTPSH RGQLNKEFTG KEEKTSLLLH NSHAFFRELD IEVFSILHCG LVTKFILDTE MHTEATEVVQ L GPPELLFL LEDLSQKLES MLTPPIARRV PFLKNKGSRN IGFSHLQQRS AQEIVHCVFQ LLTPMCNHLE NIHNYFQCLA AE NHGVVDG PGVKVQEYHI MSSCYQRLLQ IFHGLFAWSG FSQPENQNLL YSALHVLSSR LKQGEHSQPL EELLSQSVHY LQN FHQSIP SFQCALYLIR LLMVILEKST ASAQNKEKIA SLARQFLCRV WPSGDKEKSN ISNDQLHALL CIYLEHTESI LKAI EEIAG VGVPELINSP KDASSSTFPT LTRHTFVVFF RVMMAELEKT VKKIEPGTAA DSQQIHEEKL LYWNMAVRDF SILIN LIKV FDSHPVLHVC LKYGRLFVEA FLKQCMPLLD FSFRKHREDV LSLLETFQLD TRLLHHLCGH SKIHQDTRLT QHVPLL KKT LELLVCRVKA MLTLNNCREA FWLGNLKNRD LQGEEIKSQN SQESTADESE DDMSSQASKS KATEDGEEDE VSAGEKE QD SDESYDDSD

UniProtKB: Fanconi anemia group D2 protein

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分子 #3: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.576831 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG

UniProtKB: Polyubiquitin-C

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分子 #4: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.951746 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)

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分子 #5: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.880711 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57993
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3s4w


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 195 / 当てはまり具合の基準: R-factor
得られたモデル

PDB-6vaf:
Structure of mono-ubiquitinated FANCD2 bound to non-ubiquitinated FANCI and to DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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