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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20235 | |||||||||
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タイトル | Structure of a complex | |||||||||
マップデータ | Composite map created by combining the best parts of consensus and multi-body maps | |||||||||
試料 |
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キーワード | DNA binding (デオキシリボ核酸) / enzyme (酵素) / catalysis / regulation (規制) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / dna binding protein-dna complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 delta DNA polymerase complex / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / DNA amplification / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / DNA replication, removal of RNA primer / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity ...delta DNA polymerase complex / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / DNA amplification / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / DNA replication, removal of RNA primer / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / double-strand break repair via break-induced replication / lagging strand elongation / postreplication repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA metabolic process / leading strand elongation / DNAミスマッチ修復 / base-excision repair, gap-filling / DNA複製 / nucleotide-excision repair / 塩基除去修復 / DNA-templated DNA replication / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / molecular adaptor activity / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Jain R / Rice W / Aggarwal AK | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure and dynamics of eukaryotic DNA polymerase δ holoenzyme. 著者: Rinku Jain / William J Rice / Radhika Malik / Robert E Johnson / Louise Prakash / Satya Prakash / Iban Ubarretxena-Belandia / Aneel K Aggarwal / 要旨: DNA polymerase δ (Polδ) plays pivotal roles in eukaryotic DNA replication and repair. Polδ is conserved from yeast to humans, and mutations in human Polδ have been implicated in various cancers. ...DNA polymerase δ (Polδ) plays pivotal roles in eukaryotic DNA replication and repair. Polδ is conserved from yeast to humans, and mutations in human Polδ have been implicated in various cancers. Saccharomyces cerevisiae Polδ consists of catalytic Pol3 and the regulatory Pol31 and Pol32 subunits. Here, we present the near atomic resolution (3.2 Å) cryo-EM structure of yeast Polδ holoenzyme in the act of DNA synthesis. The structure reveals an unexpected arrangement in which the regulatory subunits (Pol31 and Pol32) lie next to the exonuclease domain of Pol3 but do not engage the DNA. The Pol3 C-terminal domain contains a 4Fe-4S cluster and emerges as the keystone of Polδ assembly. We also show that the catalytic and regulatory subunits rotate relative to each other and that this is an intrinsic feature of the Polδ architecture. Collectively, the structure provides a framework for understanding DNA transactions at the replication fork. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20235.map.gz | 92.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20235-v30.xml emd-20235.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20235.png | 159.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20235.cif.gz | 6.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20235 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20235 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20235.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map created by combining the best parts of consensus and multi-body maps | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8549 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : enzymatic complex with ligands
全体 | 名称: enzymatic complex with ligands |
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要素 |
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-超分子 #1: enzymatic complex with ligands
超分子 | 名称: enzymatic complex with ligands / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 220 KDa |
-分子 #1: DNA polymerase delta catalytic subunit
分子 | 名称: DNA polymerase delta catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 127.438164 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKG DHNHRHKHGD PHMSEKRSLP MVDVKIDDED TPQLEKKIKR QSIDHGVGSE PVSTIEIIPS DSFRKYNSQG FKAKDTDLM GTQLESTFEQ ELSQMEHDMA DQEEHDLSSF ERKKLPTDFD PSLYDISFQQ IDAEQSVLNG IKDENTSTVV R FFGVTSEG ...文字列: MDYKDDDDKG DHNHRHKHGD PHMSEKRSLP MVDVKIDDED TPQLEKKIKR QSIDHGVGSE PVSTIEIIPS DSFRKYNSQG FKAKDTDLM GTQLESTFEQ ELSQMEHDMA DQEEHDLSSF ERKKLPTDFD PSLYDISFQQ IDAEQSVLNG IKDENTSTVV R FFGVTSEG HSVLCNVTGF KNYLYVPAPN SSDANDQEQI NKFVHYLNET FDHAIDSIEV VSKQSIWGYS GDTKLPFWKI YV TYPHMVN KLRTAFERGH LSFNSWFSNG TTTYDNIAYT LRLMVDCGIV GMSWITLPKG KYSMIEPNNR VSSCQLEVSI NYR NLIAHP AEGDWSHTAP LRIMSFDIEC AGRIGVFPEP EYDPVIQIAN VVSIAGAKKP FIRNVFTLNT CSPITGSMIF SHAT EEEML SNWRNFIIKV DPDVIIGYNT TNFDIPYLLN RAKALKVNDF PYFGRLKTVK QEIKESVFSS KAYGTRETKN VNIDG RLQL DLLQFIQREY KLRSYTLNAV SAHFLGEQKE DVHYSIISDL QNGDSETRRR LAVYCLKDAY LPLRLMEKLM ALVNYT EMA RVTGVPFSYL LARGQQIKVV SQLFRKCLEI DTVIPNMQSQ ASDDQYEGAT VIEPIRGYYD VPIATLDFNS LYPSIMM AH NLCYTTLCNK ATVERLNLKI DEDYVITPNG DYFVTTKRRR GILPIILDEL ISARKRAKKD LRDEKDPFKR DVLNGRQL A LKISANSVYG FTGATVGKLP CLAISSSVTA YGRTMILKTK TAVQEKYCIK NGYKHDAVVV YGDTDSVMVK FGTTDLKEA MDLGTEAAKY VSTLFKHPIN LEFEKAYFPY LLINKKRYAG LFWTNPDKFD KLDQKGLASV RRDSCSLVSI VMNKVLKKIL IERNVDGAL AFVRETINDI LHNRVDISKL IISKTLAPNY TNPQPHAVLA ERMKRREGVG PNVGDRVDYV IIGGNDKLYN R AEDPLFVL ENNIQVDSRY YLTNQLQNPI ISIVAPIIGD KQANGMFVVK SIKINTGSQK GGLMSFIKKV EACKSCKGPL RK GEGPLCS NCLARSGELY IKALYDVRDL EEKYSRLWTQ CQRCAGNLHS EVLCSNKNCD IFYMRVKVKK ELQEKVEQLS KW UniProtKB: DNA polymerase delta catalytic subunit |
-分子 #2: DNA polymerase delta small subunit
分子 | 名称: DNA polymerase delta small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 55.987352 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: GPGGDLHMDA LLTKFNEDRS LQDENLSQPR TRVRIVDDNL YNKSNPFQLC YKKRDYGSQY YHIYQYRLKT FRERVLKECD KRWDAGFTL NGQLVLKKDK VLDIQGNQPC WCVGSIYCEM KYKPNVLDEV INDTYGAPDL TKSYTDKEGG SDEIMLEDES G RVLLVGDF ...文字列: GPGGDLHMDA LLTKFNEDRS LQDENLSQPR TRVRIVDDNL YNKSNPFQLC YKKRDYGSQY YHIYQYRLKT FRERVLKECD KRWDAGFTL NGQLVLKKDK VLDIQGNQPC WCVGSIYCEM KYKPNVLDEV INDTYGAPDL TKSYTDKEGG SDEIMLEDES G RVLLVGDF IRSTPFITGV VVGILGMEAE AGTFQVLDIC YPTPLPQNPF PAPIATCPTR GKIALVSGLN LNNTSPDRLL RL EILREFL MGRINNKIDD ISLIGRLLIC GNSVDFDIKS VNKDELMISL TEFSKFLHNI LPSISVDIMP GTNDPSDKSL PQQ PFHKSL FDKSLESYFN GSNKEILNLV TNPYEFSYNG VDVLAVSGKN INDICKYVIP SNDNGESENK VEEGESNDFK DDIE HRLDL MECTMKWQNI APTAPDTLWC YPYTDKDPFV LDKWPHVYIV ANQPYFGTRV VEIGGKNIKI ISVPEFSSTG MIILL DLET LEAETVKIDI UniProtKB: DNA polymerase delta small subunit |
-分子 #3: DNA polymerase delta subunit 3
分子 | 名称: DNA polymerase delta subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 40.377715 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MDQKASYFIN EKLFTEVKPV LFTDLIHHLK IGPSMAKKLM FDYYKQTTNA KYNCVVICCY KDQTIKIIHD LSNIPQQDSI IDCFIYAFN PMDSFIPYYD IIDQKDCLTI KNSYELKVSE SSKIIERTKT LEEKSKPLVR PTARSKTTPE ETTGRKSKSK D MGLRSTAL ...文字列: MDQKASYFIN EKLFTEVKPV LFTDLIHHLK IGPSMAKKLM FDYYKQTTNA KYNCVVICCY KDQTIKIIHD LSNIPQQDSI IDCFIYAFN PMDSFIPYYD IIDQKDCLTI KNSYELKVSE SSKIIERTKT LEEKSKPLVR PTARSKTTPE ETTGRKSKSK D MGLRSTAL LAKMKKDRDD KETSRQNELR KRKEENLQKI NKQNPEREAQ MKELNNLFVE DDLDTEEVNG GSKPNSPKET DS NDKDKNN DDLEDLLETT AEDSLMDVPK IQQTKPSETE HSKEPKSEEE PSSFIDEDGY IVTKRPATST PPRKPSPVVK RAL SSSKKQ ETPSSNKRLK KQGTLESFFK RKAK UniProtKB: DNA polymerase delta subunit 3 |
-分子 #4: DNA (30-MER)
分子 | 名称: DNA (30-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 9.247966 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DC) |
-分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER
分子 | 名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SF4 |
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分子量 | 理論値: 351.64 Da |
Chemical component information | ChemComp-FS1: |
-分子 #6: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: DCP |
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分子量 | 理論値: 467.157 Da |
Chemical component information | ChemComp-DCP: |
-分子 #7: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 44 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 166444 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-6p1h: |