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- EMDB-1285: Structure of the ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1285
タイトルStructure of the ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA.
マップデータComplex between the yeast 80S ribosome and the cricket paralysis virus IRES
試料
  • 試料: yeast 80S ribosome in complex with the CrPV IRES RNA
  • 複合体: yeast 80S ribosome
  • RNA: CrPV IRES
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus ...Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L5, conserved site ...Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL1A / Small ribosomal subunit protein uS7 / 60S ribosomal protein L1-B / Large ribosomal subunit protein uL5B
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Schuler M / Connell SR / Lescoute A / Giesebrecht J / Dabrowski M / Schroeer B / Mielke T / Penczek PA / Westhof E / Spahn CM
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2006
タイトル: Structure of the ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA.
著者: Martin Schüler / Sean R Connell / Aurelie Lescoute / Jan Giesebrecht / Marylena Dabrowski / Birgit Schroeer / Thorsten Mielke / Pawel A Penczek / Eric Westhof / Christian M T Spahn /
要旨: Internal ribosome entry sites (IRESs) facilitate an alternative, end-independent pathway of translation initiation. A particular family of dicistroviral IRESs can assemble elongation-competent 80S ...Internal ribosome entry sites (IRESs) facilitate an alternative, end-independent pathway of translation initiation. A particular family of dicistroviral IRESs can assemble elongation-competent 80S ribosomal complexes in the absence of canonical initiation factors and initiator transfer RNA. We present here a cryo-EM reconstruction of a dicistroviral IRES bound to the 80S ribosome. The resolution of the cryo-EM reconstruction, in the subnanometer range, allowed the molecular structure of the complete IRES in its active, ribosome-bound state to be solved. The structure, harboring three pseudoknot-containing domains, each with a specific functional role, shows how defined elements of the IRES emerge from a compactly folded core and interact with the key ribosomal components that form the A, P and E sites, where tRNAs normally bind. Our results exemplify the molecular strategy for recruitment of an IRES and reveal the dynamic features necessary for internal initiation.
履歴
登録2006年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年10月31日-
マップ公開2007年10月31日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2noq
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2noq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1285.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1285.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Complex between the yeast 80S ribosome and the cricket paralysis virus IRES
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.22 Å/pix.
x 300 pix.
= 366. Å		1.22 Å/pix.
x 300 pix.
= 366. Å		1.22 Å/pix.
x 300 pix.
= 366. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.22 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2.76 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-6.03604 - 12.044600000000001
平均 (標準偏差)0.0102696 (±1.28183)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 366 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.221.221.22
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z366.000366.000366.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-6.03612.0450.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : yeast 80S ribosome in complex with the CrPV IRES RNA

全体名称: yeast 80S ribosome in complex with the CrPV IRES RNA
要素
  • 試料: yeast 80S ribosome in complex with the CrPV IRES RNA
  • 複合体: yeast 80S ribosome
  • RNA: CrPV IRES

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超分子 #1000: yeast 80S ribosome in complex with the CrPV IRES RNA

超分子名称: yeast 80S ribosome in complex with the CrPV IRES RNA
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: yeast 80S ribosome

超分子名称: yeast 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast

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分子 #1: CrPV IRES

分子名称: CrPV IRES / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.7 µm / 実像数: 341 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Defocus groups
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 73313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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