EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

• EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
• これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

• 国際ウイルス分類委員会(ICTV)は、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の病原ウイルスの略称を「SARS-CoV-2」と決定しました。
• The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2 - nature microbiology
• 万見で扱っている構造データベースでは、"COVID-19 virus"、"2019-nCoV"といった別称・仮称でも登録されています。こちらでウイルスの詳細と構造データの一覧を見られます。
• Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
• SARS-CoV-2 - 万見検索

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

EMDBのIDの桁数の変更

• EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
• EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

PDB大規模アップデート

• 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
• 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
• このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
• EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

新しくなったEM Navigatorと万見

EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報:新しいEM Navigatorと万見の変更点

新しいEM Navigatorと万見

• これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
• 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報:新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

Omokage検索が速くなりました

• データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
• これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報:Omokage検索

2月19日の蛋白研セミナーのプレゼンテーション(PDFファイル)

外部リンク:蛋白研セミナー・2016年2月19日 / プレゼンテーション(PDF)

A: EMDBの画像はEM Navigatorの画像、PDBデータの画像は万見の画像です。色付けは複数のパターンがあります。

詳細はについては、それぞれの項目をご覧ください。

関連情報:Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか？ / Q: 万見やOmokageのEMDBの画像は、どうやって作っていますか？ / Q: 万見やOmokageのPDBの画像は、どうやって作っていますか？

A: Chimeraを利用して半自動的に作成しています

• 方法:
• EM Navigatoの構造エントリの動画・画像は、動画はUSCF Chimeraを利用して半自動的に作成しています。
• 方向:
• 手作業で、そのデータに相応しい方向（論文が出版・発行されている場合はその図を参考にします）、あるいは同様の構造がある場合は極力それに似た方向になるようにしています。
• 正20面体対称の構造体の場合は、一般的な描画では2回対称軸に沿った方向にしますが、EM Navigatorでは5回対称軸を縦に向けています。これは尾構造を持つバクテリオファージなどに見られる擬似的な正20面体対称構造と方向を統一するためです。
• 色:
• EM Navigatorでは、ほとんどのデータに対して、着色したものと単色の画像を用意していますが、Omokage検索では着色したものが表示されます。
• 色は中心からの距離か、円筒半径か、あるいはある軸に沿った「高さ」によって決まります。個々の動画の着色法ついては、データの詳細ページに表示されています。

関連情報:Q: 万見やOmokageのPDBの画像は、どうやって作っていますか？ / Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか？ / Q: 構造データの画像はどうやって作っているのですか？色はどういう意味があるのですか？

外部リンク:UCSF Chimera Home Page

A: Jmolを利用して全自動で作成しています。スタイルはデータの種類によります。

• 方向:
• 正20面体対称構造: そのままの方向
• らせん対称構造: まず6方向(+/- X,Y,Z 方向)からの画像をJPEG形式で作成し、ファイルのサイズが一番大きかったものを採用しています。(同じサイズの画像のJPEG形式のファイルのサイズは、圧縮の難しさ、つまり画像の複雑さによるからです)
• その他: Jmolの"roate best"コマンドを利用
• リボソーム: Jmolの"roate best"コマンドを利用(ただしRNAの座標のみ考慮)
• 色:
• モノマーのAU: 配列順による虹色 (N->C, 青->赤)
• モノマーのAUのBU: Jmolの"color molecule"
• マルチマーのAUと、そのBU (BUがモノマーの場合も含む): "color chain" (Jmolの "color chain"は虹色着色ではなく、鎖IDごとに定められた色による着色です)
• (ここでいうモノマーとは、DNAかRNAかポリペプチドの鎖が一つしかない構造です)
• 問題点:
• 集合体のモデル作成はJmolのシステムを利用しています。ほとんどのデータについてはうまく動作していますが、一部うまく作成できていないものがあります。
• 現在、画像のチェックと再作成を進めています。正しく描画されていない画像が残っています。

関連情報:Q: 万見やOmokageのEMDBの画像は、どうやって作っていますか？

外部リンク:Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D

幾万の構造データを、幾万の視点から

URL: https://pdbj.org/emnavi/quick.php

• 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
• EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

EMDB/PDB/SASBDBなどの横断検索

URL: https://pdbj.org/emnavi/ysearch.php

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / EMN検索 / 万見 (Yorodumi) / 実験手法・装置(施設・設備・機器)・ソフトウェアのデータ / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

URL: https://pdbj.org/emnavi/pap.php

• EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
• Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/taxo.php

EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

万見・EM Navigator・Omokageなどのヘルプや情報を検索・閲覧

URL: https://pdbj.org/emnavi/doc.php

新型コロナウイルスの情報ページ

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

関連情報:3つのデータバンクの比較 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

機能・相同性の類似性検索

URL: https://pdbj.org/emnavi/fh-search.php

構造データに関連付けられた機能・相同性アイテムの類似性に基づき、類似するデータを構造データベースから検索します。

関連情報:機能・相同性情報

オープンソースの3次元化学構造ビューア

• マウス・タッチ操作

  	X-Y回転	X-Y移動	拡大・縮小
  マウス操作	左ボタンドラッグ	[Ctrl] + 右ボタンドラッグ	中ボタンドラッグ(縦方向) ・ ホイール回転
  タッチ操作	1本指	2本指	ピンチ（つまむ動作）

• Jmolメニュー: [Ctrl] + クリック / 右クリック

関連情報:Molmil / 万見 (Yorodumi)

外部リンク:Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D

WebGLを利用した分子構造ビューア

• PCだけでなく、スマートフォンやタブレットでも動作します。(WebGLと呼ばれる仕組みを利用しています)
• マウス・タッチ操作

  	X-Y回転	X-Y移動	拡大・縮小
  マウス操作	左ボタンドラッグ	中ボタンドラッグ / [Shift] + 左ボタンドラッグ	右ボタンドラッグ(縦方向) ・ ホイール回転
  タッチ操作	1本指	_	ピンチ（つまむ動作）

• 機能メニュー: ビューアースクリーンの左上部ボタン

関連情報:Jmol/JSmol / SurfView / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

外部リンク:Documentation of Molmil in PDBj site / Molmil page in GitHub

PDBにおける糖鎖・炭水化物の情報の表現について

• 2020年7月にPDBでの糖鎖データの表現について、大規模な更新が実施されました。
• 糖鎖の画像はGlycanBuilder2で作成されています。
• その他、詳細は下記のリンクを参照してください。

外部リンク:Implementation of GlycanBuilder to draw a wide variety of ambiguous glycans - ScienceDirect / GlycanBuilder2 - RINGS (Resource For INformatics Of Glycomes at Soka) / Carbohydrate Remediation - wwPDB documentation / 7月29日に糖鎖分子の表現を改善したPDBデータを公開します - PDBjお知らせ

EMDB・PDB・SABDBから収集した実験情報のデータベース

URL: https://pdbj.org/emnavi/ysearch.php?&act_tab=met

関連情報:3つのデータバンクの比較 / 万見検索

関連データベースから収集した分子機能・ドメイン・相同性などの情報

• 万見と万見検索では、構造データの機能の理解や類似構造データの検索に役立つように、分子機能や相同性に関するデータベースの情報を表示・活用しています。
• EMDBのヘッダXML、PDBx/mmcif、sasCIFの公式のデータに含まれるEC、EMBL、GeneBank、GO、InterPro、UniProtなどの情報に加えて、PDBMLplus経由、EMDB-PDBフィッティングデータ経由、UniProt経由で収集された、Pfam、PROSITE、Reactome、UniProtKBなどの情報が整理されています。

  カテゴリ	データベース名・定義名
  分子機能	Gene ontology, Enzyme Commission number, Reactome, etc.
  ドメイン・相同性	CATH, InterPro, SMART, etc.
  構成要素	UniProt, GenBank, PDB chemical component, etc.

関連情報:F&H 検索 / PDBML-plusからの情報 / 万見検索 / 万見 (Yorodumi) / F&H 検索

新しいEM Navigatorと万見の変更点(2016年9月)

• 変更点
• ページ外観や操作性を刷新しました。新しい「万見」と「Omokage検索」と共通化し、PCだけでなくモバイル機器にも対応しました。
• EM Navigatorの個別のデータエントリのページ（旧版の「詳細ページ」）は、新しい「万見」が受け持ちます。「Omokage検索」のフロントエンド・詳細情報表示も兼ねた、EMDB、PDB、SASBDB用の共通の詳細ページです。
• 構造ビューア、ムービービューアは個別のポップアップウインドウに表示されます。PCでは一度に複数のビューアウインドウの表示が可能です。モバイル機器ではタッチ操作にも対応しています。
• 新しい機能
• 3次元構造の閲覧に、分子構造ビューア「Molmil」と、EMDBマップ表面モデルビューア「SurfView」が利用できるようになりました。
• 万見はSASBDBのデータエントリの表示に対応しました。
• その他新しいページ （引用文献のデータベース「万見文献」「EMN文献」、キーワードによる横断検索「万見検索」など)
• 旧版のページも、当面は継続します。

関連情報:EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / SurfView / Molmil / ムービービューア / EMN文献 / 万見文献 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

PDBMLplusはXML形式のPDBデータフォーマットである「PDBML」のデータに対し、個々の分子に関する情報をPDBjで独自に追加したものです。

関連情報:PDBj / 機能・相同性情報

外部リンク:PDBMLplus - PDBjヘルプ / 機能情報のページについて - PDBjヘルプ

万見・EM Navigatorの管理者による注釈

関連情報:Q: この文書を書いているのは誰ですか？EM Navigator、万見、Omokage検索などの開発者は？