English 日本語简体中文繁體中文 한국어

✖

Menu

RCSB PDB PDBe BMRB Adv. Search Search help

Summary Structural details Experimental details Functional details Sequence Neighbor History Downloads

3V0M

Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalactosaminyltransferase (GTA, cisAB mutant L266G, G268A) in complex with a novel UDP-Gal derived inhibitor (5GW) and H-antigen acceptor

Functional Information from GO Data

Chain	GOid	namespace	contents
A	0005975	biological_process	carbohydrate metabolic process
A	0016020	cellular_component	membrane
A	0016758	molecular_function	hexosyltransferase activity
B	0005975	biological_process	carbohydrate metabolic process
B	0016020	cellular_component	membrane
B	0016758	molecular_function	hexosyltransferase activity

Functional Information from PDB Data

site_id	AC1
Number of Residues	4
Details	BINDING SITE FOR RESIDUE MN A 1

Chain	Residue
A	ASP211
A	ASP213
A	HOH379
A	5GW450

site_id	AC2
Number of Residues	17
Details	BINDING SITE FOR RESIDUE 5GW A 450

Chain	Residue
A	TRP181
A	VAL184
A	ASP211
A	VAL212
A	ASP213
A	LYS346
A	HOH379
A	HOH408
A	HOH457
A	BHE475
A	HOH481
A	HOH489
A	MN1
A	HOH42
A	PHE121
A	ILE123
A	TYR126

site_id	AC3
Number of Residues	15
Details	BINDING SITE FOR RESIDUE BHE A 475

Chain	Residue
A	HIS233
A	GLY235
A	PHE236
A	THR245
A	TRP300
A	GLU303
A	ASP326
A	HOH419
A	5GW450
A	HOH462
A	HOH480
A	HOH506
A	HOH571
A	HOH592
B	ASN113

site_id	AC4
Number of Residues	4
Details	BINDING SITE FOR RESIDUE MN B 1

Chain	Residue
B	ASP211
B	ASP213
B	5GW450
B	HOH462

site_id	AC5
Number of Residues	18
Details	BINDING SITE FOR RESIDUE 5GW B 450

Chain	Residue
B	MN1
B	PHE121
B	ILE123
B	TYR126
B	TRP181
B	VAL184
B	ARG188
B	ASP211
B	VAL212
B	ASP213
B	LYS346
B	HOH367
B	HOH409
B	HOH462
B	BHE475
B	HOH490
B	HOH540
B	HOH585

site_id	AC6
Number of Residues	16
Details	BINDING SITE FOR RESIDUE BHE B 475

Chain	Residue
B	HIS233
B	GLY235
B	PHE236
B	THR245
B	TRP300
B	GLU303
B	ASP326
B	HOH386
B	HOH437
B	HOH438
B	5GW450
B	HOH461
B	HOH477
B	HOH486
B	HOH507
B	HOH585

site_id	AC7
Number of Residues	3
Details	BINDING SITE FOR RESIDUE SO4 B 355

Chain	Residue
B	SER171
B	ARG199
B	HOH470

Functional Information from SwissProt/UniProt

site_id	SWS_FT_FI1
Number of Residues	2
Details	ACT_SITE: Nucleophile => ECO:0000250\|UniProtKB:P14769

Chain	Residue	Details
A	GLU303
B	GLU303

site_id	SWS_FT_FI2
Number of Residues	2
Details	BINDING: BINDING => ECO:0000269\|PubMed:12198488, ECO:0000269\|PubMed:12972418, ECO:0000269\|PubMed:15475562, ECO:0000269\|PubMed:16326711, ECO:0000269\|PubMed:17259183, ECO:0007744\|PDB:1LZI, ECO:0007744\|PDB:1LZJ, ECO:0007744\|PDB:1R7Y, ECO:0007744\|PDB:1R80, ECO:0007744\|PDB:1R81, ECO:0007744\|PDB:1R82, ECO:0007744\|PDB:1WT3, ECO:0007744\|PDB:1ZI5, ECO:0007744\|PDB:1ZJ2, ECO:0007744\|PDB:1ZJO, ECO:0007744\|PDB:1ZJP, ECO:0007744\|PDB:2A8U, ECO:0007744\|PDB:2A8W, ECO:0007744\|PDB:2O1H, ECO:0007744\|PDB:2RIX, ECO:0007744\|PDB:2RJ0, ECO:0007744\|PDB:2RJ1, ECO:0007744\|PDB:2RJ4, ECO:0007744\|PDB:2RJ5, ECO:0007744\|PDB:2RJ7, ECO:0007744\|PDB:2RJ8, ECO:0007744\|PDB:2RJ9, ECO:0007744\|PDB:2Y7A, ECO:0007744\|PDB:3I0D, ECO:0007744\|PDB:3I0F, ECO:0007744\|PDB:3I0G, ECO:0007744\|PDB:3I0I, ECO:0007744\|PDB:3I0K, ECO:0007744\|PDB:3I0L, ECO:0007744\|PDB:3IOI, ECO:0007744\|PDB:3IOJ, ECO:0007744\|PDB:3SX3, ECO:0007744\|PDB:3SX5, ECO:0007744\|PDB:3SX7, ECO:0007744\|PDB:3SX8, ECO:0007744\|PDB:3SXA, ECO:0007744\|PDB:3SXB, ECO:0007744\|PDB:3SXC, ECO:0007744\|PDB:3SXD, ECO:0007744\|PDB:3SXE, ECO:0007744\|PDB:3SXG, ECO:0007744\|PDB:3U0Y, ECO:0007744\|PDB:3V0L, ECO:0007744\|PDB:3V0N, ECO:0007744\|PDB:3V0Q, ECO:0007744\|PDB:3ZGF, ECO:0007744\|PDB:3ZGG, ECO:0007744\|PDB:4C2S, ECO:0007744\|PDB:4FQW, ECO:0007744\|PDB:4FRA, ECO:0007744\|PDB:4FRB, ECO:0007744\|PDB:4FRD, ECO:0007744\|PDB:4FRE, ECO:0007744\|PDB:4FRH, ECO:0007744\|PDB:4FRL, ECO:0007744\|PDB:4FRM, ECO:0007744\|PDB:4FRO, ECO:0007744\|PDB:4FRP, ECO:0007744\|PDB:4FRQ, ECO:0007744\|PDB:4GBP, ECO:0007744\|PDB:4KC1, ECO:0007744\|PDB:4KC2, ECO:0007744\|PDB:4KC4

Chain	Residue	Details
A	PHE121
B	PHE121

site_id	SWS_FT_FI3
Number of Residues	2
Details	BINDING: BINDING => ECO:0000269\|PubMed:12198488, ECO:0000269\|PubMed:12972418, ECO:0000269\|PubMed:15475562, ECO:0000269\|PubMed:16326711, ECO:0000269\|PubMed:17259183, ECO:0007744\|PDB:1LZI, ECO:0007744\|PDB:1LZJ, ECO:0007744\|PDB:1R7Y, ECO:0007744\|PDB:1R80, ECO:0007744\|PDB:1R81, ECO:0007744\|PDB:1R82, ECO:0007744\|PDB:1WT1, ECO:0007744\|PDB:1WT2, ECO:0007744\|PDB:1WT3, ECO:0007744\|PDB:1ZI5, ECO:0007744\|PDB:1ZJ2, ECO:0007744\|PDB:1ZJO, ECO:0007744\|PDB:1ZJP, ECO:0007744\|PDB:2A8U, ECO:0007744\|PDB:2A8W, ECO:0007744\|PDB:2O1H, ECO:0007744\|PDB:2RIX, ECO:0007744\|PDB:2RJ0, ECO:0007744\|PDB:2RJ1, ECO:0007744\|PDB:2RJ4, ECO:0007744\|PDB:2RJ5, ECO:0007744\|PDB:2RJ7, ECO:0007744\|PDB:2RJ8, ECO:0007744\|PDB:2RJ9, ECO:0007744\|PDB:2Y7A, ECO:0007744\|PDB:3I0D, ECO:0007744\|PDB:3I0F, ECO:0007744\|PDB:3I0G, ECO:0007744\|PDB:3I0I, ECO:0007744\|PDB:3I0K, ECO:0007744\|PDB:3I0L, ECO:0007744\|PDB:3IOI, ECO:0007744\|PDB:3IOJ, ECO:0007744\|PDB:3SX3, ECO:0007744\|PDB:3SX5, ECO:0007744\|PDB:3SX7, ECO:0007744\|PDB:3SX8, ECO:0007744\|PDB:3SXA, ECO:0007744\|PDB:3SXB, ECO:0007744\|PDB:3SXC, ECO:0007744\|PDB:3SXD, ECO:0007744\|PDB:3SXE, ECO:0007744\|PDB:3SXG, ECO:0007744\|PDB:3U0Y, ECO:0007744\|PDB:3V0L, ECO:0007744\|PDB:3V0N, ECO:0007744\|PDB:3V0Q, ECO:0007744\|PDB:3ZGF, ECO:0007744\|PDB:3ZGG, ECO:0007744\|PDB:4C2S, ECO:0007744\|PDB:4FQW, ECO:0007744\|PDB:4FRA, ECO:0007744\|PDB:4FRB, ECO:0007744\|PDB:4FRD, ECO:0007744\|PDB:4FRE, ECO:0007744\|PDB:4FRH, ECO:0007744\|PDB:4FRL, ECO:0007744\|PDB:4FRM, ECO:0007744\|PDB:4FRO, ECO:0007744\|PDB:4FRP, ECO:0007744\|PDB:4FRQ, ECO:0007744\|PDB:4GBP, ECO:0007744\|PDB:4KC1, ECO:0007744\|PDB:4KC2, ECO:0007744\|PDB:4KC4

Chain	Residue	Details
A	TYR126
B	TYR126

site_id	SWS_FT_FI4
Number of Residues	4
Details	BINDING: BINDING => ECO:0000269\|PubMed:12198488, ECO:0000269\|PubMed:12972418, ECO:0000269\|PubMed:16326711, ECO:0000269\|PubMed:17259183, ECO:0007744\|PDB:1LZJ, ECO:0007744\|PDB:1R80, ECO:0007744\|PDB:1ZJ2, ECO:0007744\|PDB:1ZJP, ECO:0007744\|PDB:2A8U, ECO:0007744\|PDB:2O1H, ECO:0007744\|PDB:2RIX, ECO:0007744\|PDB:2RJ0, ECO:0007744\|PDB:2RJ1, ECO:0007744\|PDB:2RJ4, ECO:0007744\|PDB:2RJ5, ECO:0007744\|PDB:2RJ7, ECO:0007744\|PDB:2RJ8, ECO:0007744\|PDB:2RJ9, ECO:0007744\|PDB:3I0F, ECO:0007744\|PDB:3IOI, ECO:0007744\|PDB:3IOJ, ECO:0007744\|PDB:3SX3, ECO:0007744\|PDB:3SX5, ECO:0007744\|PDB:3SX7, ECO:0007744\|PDB:3SXA, ECO:0007744\|PDB:3SXB, ECO:0007744\|PDB:3SXD, ECO:0007744\|PDB:3SXE, ECO:0007744\|PDB:3SXG, ECO:0007744\|PDB:3U0Y, ECO:0007744\|PDB:3V0L, ECO:0007744\|PDB:3V0M, ECO:0007744\|PDB:3V0N, ECO:0007744\|PDB:3V0O, ECO:0007744\|PDB:3V0P, ECO:0007744\|PDB:3V0Q, ECO:0007744\|PDB:3ZGF, ECO:0007744\|PDB:3ZGG, ECO:0007744\|PDB:4C2S, ECO:0007744\|PDB:4FRB, ECO:0007744\|PDB:4FRD, ECO:0007744\|PDB:4FRH, ECO:0007744\|PDB:4FRL, ECO:0007744\|PDB:4FRO, ECO:0007744\|PDB:4FRP, ECO:0007744\|PDB:4FRQ, ECO:0007744\|PDB:4GBP

Chain	Residue	Details
A	ASP211
A	ASP213
B	ASP211
B	ASP213

site_id	SWS_FT_FI5
Number of Residues	2
Details	BINDING: BINDING => ECO:0000269\|PubMed:16326711, ECO:0007744\|PDB:1ZHJ, ECO:0007744\|PDB:1ZI3, ECO:0007744\|PDB:1ZI4, ECO:0007744\|PDB:1ZI5, ECO:0007744\|PDB:1ZJ1, ECO:0007744\|PDB:1ZJ2, ECO:0007744\|PDB:1ZJ3, ECO:0007744\|PDB:2A8U, ECO:0007744\|PDB:2RJ1, ECO:0007744\|PDB:2RJ4, ECO:0007744\|PDB:2RJ7, ECO:0007744\|PDB:2RJ8, ECO:0007744\|PDB:2RJ9, ECO:0007744\|PDB:3SX3, ECO:0007744\|PDB:3SX7, ECO:0007744\|PDB:3SX8, ECO:0007744\|PDB:3SXA, ECO:0007744\|PDB:3SXG, ECO:0007744\|PDB:3V0M, ECO:0007744\|PDB:3V0N, ECO:0007744\|PDB:3V0O, ECO:0007744\|PDB:3V0P, ECO:0007744\|PDB:3V0Q, ECO:0007744\|PDB:3ZGF, ECO:0007744\|PDB:4C2S, ECO:0007744\|PDB:4FQW, ECO:0007744\|PDB:4FRA, ECO:0007744\|PDB:4FRB, ECO:0007744\|PDB:4FRD, ECO:0007744\|PDB:4FRE, ECO:0007744\|PDB:4FRH, ECO:0007744\|PDB:4FRL, ECO:0007744\|PDB:4FRM, ECO:0007744\|PDB:4FRO, ECO:0007744\|PDB:4FRP, ECO:0007744\|PDB:4FRQ, ECO:0007744\|PDB:4GBP, ECO:0007744\|PDB:4KC1, ECO:0007744\|PDB:4KC2, ECO:0007744\|PDB:4KC4

Chain	Residue	Details
A	HIS233
B	HIS233

site_id	SWS_FT_FI6
Number of Residues	2
Details	BINDING: BINDING => ECO:0000269\|PubMed:12972418, ECO:0000269\|PubMed:15475562, ECO:0000269\|PubMed:16326711, ECO:0007744\|PDB:1R7T, ECO:0007744\|PDB:1R7U, ECO:0007744\|PDB:1WT2, ECO:0007744\|PDB:1ZHJ, ECO:0007744\|PDB:1ZI3, ECO:0007744\|PDB:1ZI4, ECO:0007744\|PDB:1ZI5, ECO:0007744\|PDB:1ZIZ, ECO:0007744\|PDB:1ZJ0, ECO:0007744\|PDB:1ZJ1, ECO:0007744\|PDB:1ZJ2, ECO:0007744\|PDB:1ZJ3, ECO:0007744\|PDB:2A8U, ECO:0007744\|PDB:2RIY, ECO:0007744\|PDB:2RJ1, ECO:0007744\|PDB:2RJ4, ECO:0007744\|PDB:2RJ6, ECO:0007744\|PDB:2RJ7, ECO:0007744\|PDB:2RJ8, ECO:0007744\|PDB:2RJ9, ECO:0007744\|PDB:3SX3, ECO:0007744\|PDB:3SX5, ECO:0007744\|PDB:3SX7, ECO:0007744\|PDB:3SX8, ECO:0007744\|PDB:3SXA, ECO:0007744\|PDB:3SXB, ECO:0007744\|PDB:3SXC, ECO:0007744\|PDB:3SXD, ECO:0007744\|PDB:3SXE, ECO:0007744\|PDB:3SXG, ECO:0007744\|PDB:3V0M, ECO:0007744\|PDB:3V0O, ECO:0007744\|PDB:3V0P, ECO:0007744\|PDB:3V0Q, ECO:0007744\|PDB:4C2S, ECO:0007744\|PDB:4FQW, ECO:0007744\|PDB:4FRA, ECO:0007744\|PDB:4FRB, ECO:0007744\|PDB:4FRD, ECO:0007744\|PDB:4FRE, ECO:0007744\|PDB:4FRH, ECO:0007744\|PDB:4FRL, ECO:0007744\|PDB:4FRM, ECO:0007744\|PDB:4FRO, ECO:0007744\|PDB:4FRP, ECO:0007744\|PDB:4FRQ, ECO:0007744\|PDB:4GBP, ECO:0007744\|PDB:4KC1, ECO:0007744\|PDB:4KC2, ECO:0007744\|PDB:4KC4

Chain	Residue	Details
A	THR245
B	THR245

site_id	SWS_FT_FI7
Number of Residues	2
Details	BINDING: BINDING => ECO:0000269\|PubMed:12972418, ECO:0000269\|PubMed:15475562, ECO:0000269\|PubMed:16326711, ECO:0007744\|PDB:1R7T, ECO:0007744\|PDB:1R7U, ECO:0007744\|PDB:1WT2, ECO:0007744\|PDB:1ZHJ, ECO:0007744\|PDB:1ZI3, ECO:0007744\|PDB:1ZI4, ECO:0007744\|PDB:1ZI5, ECO:0007744\|PDB:1ZIZ, ECO:0007744\|PDB:1ZJ0, ECO:0007744\|PDB:1ZJ1, ECO:0007744\|PDB:1ZJ2, ECO:0007744\|PDB:1ZJ3, ECO:0007744\|PDB:2A8U, ECO:0007744\|PDB:2RIY, ECO:0007744\|PDB:2RJ1, ECO:0007744\|PDB:2RJ4, ECO:0007744\|PDB:2RJ6, ECO:0007744\|PDB:2RJ7, ECO:0007744\|PDB:2RJ8, ECO:0007744\|PDB:2RJ9, ECO:0007744\|PDB:3I0G, ECO:0007744\|PDB:3I0L, ECO:0007744\|PDB:3IOI, ECO:0007744\|PDB:3SX3, ECO:0007744\|PDB:3SX5, ECO:0007744\|PDB:3SX7, ECO:0007744\|PDB:3SX8, ECO:0007744\|PDB:3SXA, ECO:0007744\|PDB:3SXB, ECO:0007744\|PDB:3SXC, ECO:0007744\|PDB:3SXD, ECO:0007744\|PDB:3SXE, ECO:0007744\|PDB:3SXG, ECO:0007744\|PDB:3V0L, ECO:0007744\|PDB:3V0M, ECO:0007744\|PDB:3V0O, ECO:0007744\|PDB:3V0P, ECO:0007744\|PDB:3V0Q, ECO:0007744\|PDB:3ZGG, ECO:0007744\|PDB:4C2S, ECO:0007744\|PDB:4FQW, ECO:0007744\|PDB:4FRA, ECO:0007744\|PDB:4FRB, ECO:0007744\|PDB:4FRD, ECO:0007744\|PDB:4FRE, ECO:0007744\|PDB:4FRH, ECO:0007744\|PDB:4FRL, ECO:0007744\|PDB:4FRM, ECO:0007744\|PDB:4FRO, ECO:0007744\|PDB:4FRP, ECO:0007744\|PDB:4FRQ, ECO:0007744\|PDB:4GBP, ECO:0007744\|PDB:4KC1, ECO:0007744\|PDB:4KC2, ECO:0007744\|PDB:4KC4

Chain	Residue	Details
A	GLU303
B	GLU303

site_id	SWS_FT_FI8
Number of Residues	2
Details	BINDING: BINDING => ECO:0000269\|PubMed:12972418, ECO:0000269\|PubMed:16326711, ECO:0007744\|PDB:1R7T, ECO:0007744\|PDB:1ZI4, ECO:0007744\|PDB:1ZI5, ECO:0007744\|PDB:1ZJ2, ECO:0007744\|PDB:1ZJ3, ECO:0007744\|PDB:2RIY, ECO:0007744\|PDB:2RJ1, ECO:0007744\|PDB:2RJ4, ECO:0007744\|PDB:2RJ6, ECO:0007744\|PDB:2RJ7, ECO:0007744\|PDB:2RJ8, ECO:0007744\|PDB:2RJ9, ECO:0007744\|PDB:3V0M, ECO:0007744\|PDB:3V0O, ECO:0007744\|PDB:3V0P, ECO:0007744\|PDB:3V0Q, ECO:0007744\|PDB:4C2S, ECO:0007744\|PDB:4KC1, ECO:0007744\|PDB:4KC2, ECO:0007744\|PDB:4KC4

Chain	Residue	Details
A	ASP326
B	ASP326

site_id	SWS_FT_FI9
Number of Residues	2
Details	CARBOHYD: N-linked (GlcNAc...) asparagine => ECO:0000255

Chain	Residue	Details
A	ASN113
B	ASN113

219140

PDB entries from 2024-05-01

PDB statistics

PDBj update info

Contact PDBj

numon