[日本語] English
万見
- PDB-5bqb: Crystal structure of Norrin, a Wnt signalling activator, Crystal ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bqb
タイトルCrystal structure of Norrin, a Wnt signalling activator, Crystal Form III
要素Norrin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt signalling pathway (Wntシグナル経路) / Norrie disease protein / cystine-knot like growth factor / ligand for Frizzled 4 receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation / ubiquitin-dependent endocytosis / retina layer formation / retinal pigment epithelium development ...retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation / ubiquitin-dependent endocytosis / retina layer formation / retinal pigment epithelium development / establishment of blood-retinal barrier / microglial cell proliferation / glycine metabolic process / endothelial cell differentiation / dendritic spine development / establishment of blood-brain barrier / protein targeting to lysosome / vacuole organization / microglia differentiation / frizzled binding / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / lens development in camera-type eye / exploration behavior / 活動電位 / smoothened signaling pathway / decidualization / canonical Wnt signaling pathway / response to axon injury / blood vessel remodeling / glutathione metabolic process / クエン酸回路 / 視覚 / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cytokine activity / mitotic cell cycle / nervous system development / cellular response to hypoxia / 血管新生 / neuron apoptotic process / collagen-containing extracellular matrix / transcription by RNA polymerase II / protein ubiquitination / 炎症 / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / protein homodimerization activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine ...Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / Norrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Harlos, K. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0900084 英国
Cancer Research UKC375/A10976 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structure and functional properties of Norrin mimic Wnt for signalling with Frizzled4, Lrp5/6, and proteoglycan.
著者: Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Zebisch, M. / Harlos, K. / Elegheert, J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Norrin
B: Norrin
C: Norrin
D: Norrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,29810
ポリマ－54,4594
非ポリマー8396
水1,29772
1
A: Norrin
B: Norrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6495
ポリマ－27,2292
非ポリマー4203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
2
C: Norrin
D: Norrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6495
ポリマ－27,2292
非ポリマー4203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.761, 38.095, 177.197
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Norrin / / Norrie disease protein / X-linked exudative vitreoretinopathy 2 protein


分子量: 13614.706 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 25-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDP, EVR2 / プラスミド: pHLIgK-STR-8H-SUMO-1D4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00604
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M citrate, pH 5.0, 30% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.19 Å / Num. obs: 26073 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 51.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 151301
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.3-2.3860.821531525380.7210.3697.7
8.91-44.195.10.03152.425224960.9980.01598

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å44.19 Å
Translation2.3 Å44.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.2.17データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BPU

5bpu


解像度: 2.3→44.19 Å / FOM work R set: 0.6505 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 1354 5.19 %Random selection
Rwork0.2212 24717 --
obs0.2228 26071 99.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 283.09 Å2 / Biso mean: 91.3 Å2 / Biso min: 24.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→44.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3104 0 54 72 3230
Biso mean--142.13 71.59 -
残基数----393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043246
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9154324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1151254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.38220.38231190.30642458X-RAY DIFFRACTION98
2.3822-2.47760.29791340.29142448X-RAY DIFFRACTION100
2.4776-2.59030.32781270.2742378X-RAY DIFFRACTION98
2.5903-2.72690.32091450.26882452X-RAY DIFFRACTION99
2.7269-2.89770.26921410.25912468X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-3.12140.28381260.24382486X-RAY DIFFRACTION99
3.1214-3.43540.28751340.23212459X-RAY DIFFRACTION99
3.4354-3.93220.23611320.20882489X-RAY DIFFRACTION99
3.9322-4.95310.20091420.172488X-RAY DIFFRACTION100
4.9531-44.20.23441540.22152591X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.61054.53715.00463.20613.36653.8045-0.01190.61151.17730.524-0.11640.5582-0.3826-1.8036-4.18290.80250.23810.23680.7753-0.0660.744410.8982.883420.93
20.45190.4113-0.02222.0971-1.33010.33850.09990.1860.25790.1610.0354-0.335-0.31670.02440.01020.34610.0195-0.01980.24210.01590.447226.9681-3.69574.9765
30.8275-0.3762-0.23410.1337-0.08340.06240.2145-0.28480.16210.178-0.07220.1256-0.3834-0.1327-0.00080.5401-0.10690.07480.52770.01610.451513.2292-8.998132.1193
41.99491.6907-1.43072.4632-2.99085.27230.38130.3156-0.7888-1.5716-0.23690.78872.58581.1355-0.13220.7530.0396-0.03660.8273-0.03140.583219.7474-28.163840.7015
50.41131.00190.09761.5254-0.65442.06050.00790.2180.0414-0.03150.16030.0754-0.1513-0.36690.01770.26880.00480.00350.23160.01470.331322.6266-12.00447.4435
60.09770.17-0.01690.04490.06550.22570.4212-0.28690.14951.2583-0.46230.5815-0.48960.0813-0.00070.50.0135-0.01160.5065-0.03280.442813.0492-12.027819.2346
70.5735-0.2559-0.01160.09210.05490.50160.2491-0.4360.4795-0.6271-0.09570.6088-0.3071-0.07180.00150.8497-0.08060.14170.6839-0.05250.61913.8018-9.590244.4177
81.4639-0.3208-0.10940.0920.11690.014-0.24850.1282-0.244-0.27330.59221.0784-0.1153-0.33140.00920.5777-0.17890.04550.72740.04380.706210.192-24.754848.1899
91.98841.1082-0.74630.7818-0.87151.87180.10890.0999-0.09660.2259-0.0544-0.18980.7410.35040.13190.3641-0.0029-0.0270.29920.00750.405523.762-10.348715.8208
101.3407-1.04660.90850.762-0.56980.6580.2348-0.4728-0.3019-0.1848-0.17220.2273-0.0160.3181-0.00010.4494-0.209-0.04630.67090.00580.499518.7577-24.076347.3938
110.15070.17780.00260.0668-0.2080.20010.6964-0.08320.33910.2461-0.353-0.06420.10420.06520.00050.7939-0.1521-0.05270.6387-0.07180.480824.3955-11.201333.7121
121.9959-3.6102-1.56256.90064.4898.76540.1238-0.5094-0.79640.2235-0.01682.3410.0999-1.0518-0.67670.8733-0.1590.42721.11980.27411.07320.0691-6.138364.0527
130.6093-1.2651-0.13521.87550.0080.14-0.3562-0.39870.5686-0.0542-0.1977-0.27410.31080.1881-0.00010.487-0.1687-0.05880.83560.10.758533.01698.870951.0438
140.85841.1209-0.70541.3567-0.79860.85780.0416-0.2482-0.32730.2785-0.2420.56570.32040.16120.00041.15680.0178-0.02630.99690.02920.496740.8719-21.048270.3058
151.0697-0.10380.85341.37440.29010.567-0.30330.49760.0701-0.64810.3658-0.18870.3993-0.55140.00040.6252-0.218-0.01570.870.06490.535435.95873.141645.3991
162.2439-1.3331-0.99835.195-0.05781.7596-0.04050.19050.18010.19030.81380.83481.660.98-0.15390.7201-0.0272-0.16070.9342-0.0480.256132.0595-12.025857.7411
170.51980.3576-0.25040.2295-0.08320.0023-0.1739-0.2283-0.55411.398-0.29550.7071-0.490.0458-0.00031.57860.13060.05971.541-0.00070.777633.567-19.712481.6592
180.0544-0.0590.02670.0117-0.02820.0148-0.8806-0.10890.51490.12-1.0731-0.2687-0.48820.1865-0.00512.05730.0964-0.14731.4348-0.0411.774647.7796-40.490676.1072
190.5250.115-0.02670.589-1.49431.8051-0.5832-1.11540.62791.850.92520.4651-1.19-0.34750.19651.23580.2757-0.14981.198-0.01440.301434.615-13.333172.8804
200.0278-0.0856-0.26660.59941.11412.8429-0.53060.11321.032-0.06170.3942-0.84070.82930.47580.07790.5831-0.1530.07980.6311-0.01241.036342.95770.913147.2487
210.12010.078-0.02840.0720.02170.0747-0.2435-0.18060.24010.96310.1727-0.7114-0.99470.8377-0.00190.8595-0.1281-0.35540.84650.06950.781137.1735-2.756559.7378
220.62190.278-0.55390.1648-0.27270.3496-0.38430.09610.24280.37780.3664-0.7356-1.06310.5284-0.01031.07950.255-0.30571.0699-0.2040.71846.6939-22.628579.5189
230.0005-0.138-0.05870.09690.11140.1412-0.34310.1377-1.13640.8569-0.1866-1.34260.15120.05340.00051.10540.1888-0.07661.62680.2881.55451.9691-31.917980.2211
241.03880.0126-0.22360.6306-0.67930.8224-0.11320.83460.91221.2111-0.3752-0.48310.11530.53080.23351.39310.0783-0.28351.2590.0620.5640.946-9.81473.3779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 39 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 66 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 77 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 78 through 88 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 89 through 123 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 124 through 133 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 36 through 48 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 49 through 66 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 67 through 93 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 94 through 123 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 124 through 133 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 35 through 39 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 40 through 66 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 67 through 93 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 94 through 123 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 124 through 133 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 36 through 47 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 48 through 58 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 59 through 77 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 78 through 88 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 89 through 93 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 94 through 110 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 111 through 123 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 124 through 133 )D0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る