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万見
- PDB-7cee: Crystal structure of mouse neuroligin-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cee
タイトルCrystal structure of mouse neuroligin-3
要素Neuroligin-3NLGN3
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / synapse organization / trans-synaptic complex / esterase domain (エステラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


rhythmic synaptic transmission / Neurexins and neuroligins / postsynaptic specialization assembly / regulation of terminal button organization / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / postsynaptic membrane assembly / positive regulation of synaptic vesicle clustering / circadian sleep/wake cycle / presynaptic membrane assembly / inhibitory synapse ...rhythmic synaptic transmission / Neurexins and neuroligins / postsynaptic specialization assembly / regulation of terminal button organization / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / postsynaptic membrane assembly / positive regulation of synaptic vesicle clustering / circadian sleep/wake cycle / presynaptic membrane assembly / inhibitory synapse / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / neuron cell-cell adhesion / neurexin family protein binding / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / vocalization behavior / regulation of AMPA receptor activity / regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / inhibitory postsynaptic potential / axon extension / postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synapse assembly / regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of AMPA receptor activity / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of protein localization to synapse / adult behavior / positive regulation of dendritic spine development / oligodendrocyte differentiation / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / synaptic vesicle endocytosis / excitatory synapse / endocytic vesicle / GABA-ergic synapse / prepulse inhibition / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / excitatory postsynaptic potential / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / 学習 / long-term synaptic potentiation / synapse organization / visual learning / modulation of chemical synaptic transmission / presynapse / signaling receptor activity / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / molecular adaptor activity / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / 樹状突起 / 細胞膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Neuroligin-3 / ニューロリギン / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.763 Å
データ登録者Yamagata, A. / Yoshida, T. / Shiroshima, T. / Maeda, A. / Fukai, S.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H04749 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP25293057 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24247014 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR12M5 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Canonical versus non-canonical transsynaptic signaling of neuroligin 3 tunes development of sociality in mice.
著者: Yoshida, T. / Yamagata, A. / Imai, A. / Kim, J. / Izumi, H. / Nakashima, S. / Shiroshima, T. / Maeda, A. / Iwasawa-Okamoto, S. / Azechi, K. / Osaka, F. / Saitoh, T. / Maenaka, K. / Shimada, T. ...著者: Yoshida, T. / Yamagata, A. / Imai, A. / Kim, J. / Izumi, H. / Nakashima, S. / Shiroshima, T. / Maeda, A. / Iwasawa-Okamoto, S. / Azechi, K. / Osaka, F. / Saitoh, T. / Maenaka, K. / Shimada, T. / Fukata, Y. / Fukata, M. / Matsumoto, J. / Nishijo, H. / Takao, K. / Tanaka, S. / Okabe, S. / Tabuchi, K. / Uemura, T. / Mishina, M. / Mori, H. / Fukai, S.
履歴
登録2020年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroligin-3
B: Neuroligin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,8706
ポリマ－145,9852
非ポリマー8854
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area40630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.842, 167.142, 177.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0

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要素

#1: タンパク質 Neuroligin-3 / NLGN3 / Gliotactin homolog


分子量: 72992.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nlgn3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8BYM5
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride, 0.1 M MES-Na

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→50 Å / Num. obs: 50446 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 55.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.777 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 388970
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.76-2.814.80.39824430.5180.190.4440.34298.7
2.81-2.864.70.38124890.6360.1790.4240.36997.6
2.86-2.9150.35624290.7350.1630.3940.37298.3
2.91-2.975.10.34324700.7530.1540.3790.39898.1
2.97-3.045.30.31724500.8270.140.3490.39898
3.04-3.115.20.29524870.8620.130.3250.41798.3
3.11-3.195.60.27124590.9170.1140.2950.42998.3
3.19-3.276.50.24224850.9580.0930.2610.50299.2
3.27-3.376.90.21925000.9750.0810.2340.5699.1
3.37-3.487.20.19825210.9790.0730.2120.56799.4
3.48-3.67.70.17624900.9850.0610.1870.70299.2
3.6-3.757.90.15925090.9890.0540.1690.899.5
3.75-3.927.90.14325320.990.050.1520.84599.3
3.92-4.129.60.13325610.9930.0420.140.94999.9
4.12-4.3810.20.11525330.9960.0350.121.03499.7
4.38-4.7210.50.10225550.9960.0310.1071.16699.9
4.72-5.199.80.09825470.9960.0310.1031.04899.7
5.19-5.94110.09226010.9970.0280.0960.93299.9
5.94-7.4810.70.07826130.9970.0240.0820.88199.7
7.48-5011.40.05427720.9980.0160.0560.96199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BIX

3bix


解像度: 2.763→49.664 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 28.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 2501 4.96 %
Rwork0.2175 47875 -
obs0.2192 50376 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 189.63 Å2 / Biso mean: 70.8628 Å2 / Biso min: 41.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.763→49.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8374 0 56 59 8489
Biso mean--128.24 59.42 -
残基数----1067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87111878
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7923106
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5038X-RAY DIFFRACTION4.55TORSIONAL
12B5038X-RAY DIFFRACTION4.55TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.763-2.8160.38771170.379220184
2.816-2.87350.40441510.3663264598
2.8735-2.93590.38821320.3496258198
2.9359-3.00420.391450.3299262198
3.0042-3.07930.36081420.3174261298
3.0793-3.16260.32421450.2927262098
3.1626-3.25560.29021220.2699265099
3.2556-3.36070.29991100.2415268599
3.3607-3.48080.25651180.2356269999
3.4808-3.62010.25961110.2317269199
3.6201-3.78480.28851340.2167267399
3.7848-3.98430.26811700.2042265299
3.9843-4.23380.22191530.18232685100
4.2338-4.56040.21341500.16642708100
4.5604-5.0190.19311340.16092735100
5.019-5.74430.21751330.16992756100
5.7443-7.23370.18391720.18882762100
7.2337-49.6640.20361620.18372899100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.5403 Å / Origin y: 13.8112 Å / Origin z: -10.5651 Å
111213212223313233
T0.56 Å20.0115 Å2-0.048 Å2-0.5819 Å2-0.0504 Å2--0.5394 Å2
L1.5988 °2-0.0363 °2-1.2903 °2-0.0812 °20.1352 °2--1.1163 °2
S0.0287 Å °0.1898 Å °0.0452 Å °-0.063 Å °-0.0066 Å °0.0001 Å °-0.0314 Å °-0.0852 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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