+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mjc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Candida glabrata Csm1:Dsn1(43-67DD) complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / monopolin / kinetochore (動原体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / MIS12/MIND type complex / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / rDNA chromatin condensation / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore ...microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / MIS12/MIND type complex / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / rDNA chromatin condensation / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromosome segregation / 紡錘体 / 紡錘体 / 核膜 / 細胞分裂 / 核小体 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candida glabrata (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, N. / Corbett, K.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Chromosoma / 年: 2019 タイトル: The molecular basis of monopolin recruitment to the kinetochore. 著者: Plowman, R. / Singh, N. / Tromer, E.C. / Payan, A. / Duro, E. / Spanos, C. / Rappsilber, J. / Snel, B. / Kops, G.J.P.L. / Corbett, K.D. / Marston, A.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mjc.cif.gz | 96.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6mjc.ent.gz | 74 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mjc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/6mjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/6mjc | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 6mj8C 6mjbC 6mjeC 3n4rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/609 / データの種類: diffraction image data / 詳細: SBGrid |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13513.335 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 69-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: AO440_000897, AO440_004693 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0W0CH22, UniProt: Q6FVN3*PLUS |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3231.515 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-67 / Mutation: S66D, S67D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0L09603g, AO440_005223, AO440_005782 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0W0D923, UniProt: Q6FKQ5*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 3 M sodium chloride, cryoprotectant: 0.5 M sodium chloride, 0.5 M sodium malonate, pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月22日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→75 Å / Num. obs: 25112 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 1462 / Rpim(I) all: 0.753 / Rrim(I) all: 1.025 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3N4R 解像度: 1.79→52.529 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.01
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→52.529 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -13.1902 Å / Origin y: 48.7233 Å / Origin z: 6.238 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |