PDB-5o03: GII.10 Vietnam 026 protruding domain in complex with Nanobody Nano-32

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o03

タイトル

GII.10 Vietnam 026 protruding domain in complex with Nanobody Nano-32

要素

Capsid proteinカプシド
Nanobody (VHH) Nano-32

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

Norovirus (ノロウイルス) / Protruding domain /

capsid (カプシド) / VHH /

Nanobody (ナノボディ)

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein /

Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.194 Å

データ登録者

Koromyslova, A.D. / Hansman, G.H.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Nanobodies targeting norovirus capsid reveal functional epitopes and potential mechanisms of neutralization.
著者: Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2017年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年9月12日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant
改定 1.3	2019年2月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.4	2019年4月10日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o03.cif.gz	355.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o03.ent.gz	302.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/5o03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/5o03	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o02C 5o04C 5o05C 5ommC 5omnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lig-d 6dnd-d 2cst-d 1ajs-d 8aat-d 1ars-1 5r1r-1 1ajr-d 6r1r-1 1aka-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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ナノボディ (Nanobodies)
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#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
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RecAとRad51 (RecA and Rad51)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

C: Nanobody (VHH) Nano-32

D: Nanobody (VHH) Nano-32

ヘテロ分子

98.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.660, 109.660, 268.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
1	2	chain C
2	2	chain D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	224 - 538
2	1	1	chain B	B	224 - 538
1	1	2	chain C	C	1 - 135
2	1	2	chain D	D	1 - 135

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Capsid protein / カプシド分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / プラスミド: pHEN6C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6 / 参照: UniProt: Q5F4T5
#2: 抗体	Nanobody (VHH) Nano-32 分子量: 14158.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.965 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.19→49.041 Å / Num. obs: 84293 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.641 % / B_iso Wilson estimate: 45.77 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1.049 / Net I/σ(I): 23.86

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.19-2.33	8.486	0.773	2.66	13258	0.925	0.824	98.9
2.33-2.49	10.995	0.484	5.01	12638	0.974	0.508	100
2.49-2.69	11.366	0.267	9.14	11827	0.99	0.28	100
2.69-2.94	10.806	0.143	15.43	10872	0.996	0.15	100
2.94-3.29	11.555	0.076	27.69	9922	0.999	0.08	100
3.29-3.79	11.362	0.048	42.31	8811	0.999	0.05	100
3.79-4.64	10.475	0.034	54.23	7509	0.999	0.036	100
4.64-6.53	11.092	0.032	60.7	5938	0.999	0.034	100
6.53-49.041	9.741	0.036	62.98	3518	0.999	0.038	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.194→49.041 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1929	4212	5 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.1732	84222	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.51 Å² / B_iso mean: 63.0572 Å² / B_iso min: 20 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.194→49.041 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6638	0	70	235	6943
B_iso mean	-	-	75.26	54.41	-
残基数	-	-	-	-	886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6955
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	9487
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1248
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.292	2433

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2778	X-RAY DIFFRACTION	4.91	TORSIONAL
1	2	B	2778	X-RAY DIFFRACTION	4.91	TORSIONAL
2	1	C	1074	X-RAY DIFFRACTION	4.91	TORSIONAL
2	2	D	1074	X-RAY DIFFRACTION	4.91	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1942-2.2192	0.2849	129	0.2599	2452	2581	94
2.2192-2.2453	0.2777	140	0.2326	2651	2791	100
2.2453-2.2727	0.2275	136	0.2295	2602	2738	100
2.2727-2.3014	0.2485	137	0.2363	2605	2742	100
2.3014-2.3317	0.2829	141	0.2292	2678	2819	100
2.3317-2.3637	0.2984	137	0.215	2591	2728	100
2.3637-2.3974	0.2546	139	0.2096	2641	2780	100
2.3974-2.4332	0.2235	140	0.2015	2640	2780	100
2.4332-2.4712	0.2347	139	0.1975	2633	2772	100
2.4712-2.5117	0.2582	139	0.2067	2641	2780	100
2.5117-2.5551	0.2634	140	0.2039	2653	2793	100
2.5551-2.6015	0.2357	138	0.1975	2637	2775	100
2.6015-2.6516	0.229	138	0.1962	2615	2753	100
2.6516-2.7057	0.2577	139	0.1951	2662	2801	100
2.7057-2.7645	0.2099	140	0.1796	2656	2796	100
2.7645-2.8288	0.2282	140	0.1903	2657	2797	100
2.8288-2.8995	0.1899	138	0.1891	2651	2789	100
2.8995-2.9779	0.2234	141	0.186	2664	2805	100
2.9779-3.0655	0.2027	140	0.1883	2667	2807	100
3.0655-3.1645	0.2405	141	0.1859	2674	2815	100
3.1645-3.2775	0.1873	140	0.1948	2661	2801	100
3.2775-3.4087	0.2322	141	0.1848	2683	2824	100
3.4087-3.5638	0.1783	142	0.1836	2683	2825	100
3.5638-3.7517	0.2206	141	0.1693	2671	2812	100
3.7517-3.9866	0.1858	143	0.1633	2724	2867	100
3.9866-4.2943	0.157	142	0.1389	2695	2837	100
4.2943-4.7261	0.1339	144	0.1196	2729	2873	100
4.7261-5.4092	0.1557	145	0.1386	2747	2892	100
5.4092-6.8122	0.1612	148	0.1586	2798	2946	100
6.8122-49.0537	0.1702	154	0.1748	2949	3103	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0885	0.0215	-0.7331	3.3865	-1.2849	3.7018	-0.0041	0.3891	-0.2794	-0.1384	-0.0522	-0.0188	-0.0639	-0.1494	0.0805	0.2693	0.0231	-0.0551	0.5129	-0.0349	0.3119	0.6664	39.9474	-37.6771
2	6.6055	-4.5222	4.9007	4.2135	-5.2533	8.5477	-0.0189	-0.2832	0.0085	-0.0094	0.0672	0.0669	0.1094	-0.4231	-0.0103	0.2741	-0.0475	-0.0083	0.4424	-0.0538	0.312	2.3425	32.1183	-22.2796
3	2.8708	-0.6188	1.026	0.606	-1.2695	3.0831	0.0855	-0.0335	-0.1392	0.1166	-0.1562	-0.0027	0.1179	-0.152	0.1027	0.3371	-0.0962	-0.0446	0.5473	-0.0276	0.4577	2.6012	24.0618	-20.3488
4	4.2234	1.6615	1.2322	3.2811	0.7577	2.8776	0.0111	-0.1922	-0.3085	0.2223	-0.179	-0.3285	0.2162	0.4682	0.1268	0.2552	0.0462	-0.0667	0.477	0.0618	0.4443	13.969	23.2896	-19.7518
5	2.0827	0.2011	0.0314	1.3651	-0.4088	2.9816	0.0682	0.1905	-0.3537	0.0092	-0.098	-0.0159	0.3097	-0.1802	-0.0229	0.2472	-0.0116	-0.0392	0.4707	-0.0888	0.3971	4.2523	25.4247	-32.2303
6	3.9255	-0.7037	0.5627	2.1915	-0.0691	3.8352	0.0235	0.4477	0.1788	-0.1376	-0.1188	0.021	-0.4314	-0.3117	0.0986	0.3213	0.0676	-0.0233	0.6099	0.0097	0.3435	-2.4274	46.71	-40.8326
7	8.0539	0.1032	4.2658	4.1028	3.2159	8.4148	-0.4157	0.3293	0.6655	-0.4434	-0.1221	0.4423	-0.8263	-1.1278	0.5613	0.5866	0.1916	0.0031	0.7556	0.1211	0.3932	-8.9379	51.0952	-45.4968
8	3.1232	0.2105	-0.6343	1.4785	0.3817	2.5015	0.1005	-0.3918	0.2516	0.3702	-0.2159	-0.3264	-0.7325	0.5498	0.0705	0.5476	-0.1822	-0.0883	0.5227	0.0252	0.3719	14.437	50.0644	-16.7274
9	5.9972	-3.7622	-2.4159	2.6046	0.721	2.8451	0.0451	0.3595	-0.1775	0.2455	-0.3311	-0.2862	-0.5516	0.6066	0.0003	0.3493	-0.1297	-0.091	0.6699	0.126	0.4038	21.536	46.0029	-31.9383
10	1.0259	-0.1566	-0.8061	0.9796	1.3933	2.3349	-0.002	0.2645	0.09	-0.1752	-0.1233	-0.1687	-0.3146	0.9876	0.1433	0.4161	-0.1793	-0.0818	1.0019	0.1371	0.5516	29.6243	42.6854	-33.7181
11	7.1341	2.8146	2.5466	4.1406	0.7176	1.6561	-0.1612	0.5156	-0.4648	-0.2796	-0.0365	-0.4649	-0.2159	1.1055	0.068	0.258	0.0287	0.0081	0.8372	0.0587	0.4965	25.9209	31.8363	-35.1906
12	0.8978	1.0821	-0.3296	2.1462	0.0983	1.8017	-0.0797	0.015	-0.1299	0.1798	-0.1115	-0.5397	0.0735	0.9045	0.0875	0.2997	-0.0428	-0.103	0.9745	0.0969	0.5875	29.7136	34.0554	-28.5535
13	5.5686	0.3269	0.1152	2.5799	-1.107	0.4941	0.1214	0.2978	0.4517	0.3373	-0.2077	-0.797	-0.9696	0.8656	-0.069	0.6119	-0.478	-0.1715	1.0405	0.1123	0.6658	31.8912	52.3141	-24.2827
14	2.7959	-0.232	-0.5015	0.101	0.529	2.9089	-0.0473	-0.4311	0.1465	0.635	-0.0891	-0.1146	-0.6448	0.7608	0.0032	0.6422	-0.2559	-0.1739	0.7163	0.035	0.4279	20.1962	47.0815	-10.4341
15	1.9684	-0.3469	-0.7626	5.311	-0.1879	4.8867	0.1332	-0.0147	0.2416	0.231	-0.1147	0.1844	-1.1809	0.1273	0.0307	0.6227	-0.1294	-0.0614	0.4471	-0.004	0.3812	7.4252	56.0566	-15.7995
16	5.0118	1.0461	-0.1401	3.1617	0.9652	4.7629	-0.014	-0.0105	0.4404	0.8369	-0.0559	-0.0791	-0.7798	0.5979	0.153	0.6925	-0.1544	-0.1617	0.5152	-0.0108	0.377	13.0334	52.9163	-7.5281
17	3.5557	2.5697	4.9371	7.2692	2.7835	7.0042	-0.1125	-0.37	0.5342	0.0222	-0.1227	0.139	-1.7373	0.2847	0.3347	0.9985	-0.1308	0.0538	0.6101	-0.0305	0.4596	7.4478	62.8512	-8.7962
18	2.7189	-0.4078	0.7909	4.4635	-0.347	2.0907	0.2434	0.4667	-0.577	-0.4053	-0.1762	-0.7401	0.1059	0.1686	0.0247	0.4532	0.0432	0.0642	1.0364	0.1186	0.5476	25.7346	43.7682	-56.1103
19	7.1316	-1.7208	-1.7898	3.5863	0.0771	4.0396	0.2259	1.1669	0.1906	-0.5808	-0.2229	-0.5817	-0.2898	0.6704	-0.0045	0.5191	-0.0139	0.114	1.066	0.1489	0.5759	27.2623	47.0695	-61.6216
20	4.178	2.7517	-5.4979	9.7119	-6.1852	8.4885	0.4938	1.5381	1.8091	-0.9574	0.2905	1.5435	-0.862	-1.3341	-0.7262	0.9446	0.1738	0.0178	1.1131	0.1553	0.7205	13.7804	54.0648	-59.4972
21	7.4114	1.3629	-1.6803	3.9788	0.9733	2.4161	0.14	0.0051	-0.1697	0.1847	-0.2431	-0.5343	-0.3392	0.4724	0.1115	0.4012	-0.0161	-0.0367	0.9052	0.1371	0.5277	25.7925	48.5631	-50.4399
22	3.6099	5.1905	-0.7247	8.4144	0.4923	7.5398	0.4629	-0.5482	-1.2959	-0.057	-0.3251	-0.7903	0.6181	-0.1537	0.1266	0.7088	-0.098	-0.2181	0.6361	0.1905	0.8234	4.2815	21.5795	1.0877
23	4.4317	2.0533	0.441	6.7253	-0.4676	6.407	0.6798	-0.8624	-0.6299	0.7799	-0.4911	-0.2507	0.2676	-0.3862	-0.1638	0.7106	-0.2588	-0.1037	0.5996	0.0829	0.4493	0.3674	29.8525	5.5808
24	2.613	0.9462	-1.0988	6.273	-3.4638	4.9598	0.6168	-0.6663	-0.5814	0.536	-0.2747	0.1437	1.0563	-0.3884	-0.237	0.9288	-0.3514	-0.2504	0.7429	0.1152	0.6324	-4.1135	22.7577	1.3543
25	7.4754	4.0028	-1.4697	4.2621	-3.2904	3.5259	0.4931	-0.1183	0.3084	0.3966	-0.3287	-0.0118	0.0289	-0.8612	-0.1839	0.6604	-0.1413	-0.1255	0.6225	-0.0684	0.4118	-2.3122	33.1725	-1.2823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 224 through 266 )	A	224 - 266
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 267 through 294 )	A	267 - 294
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 295 through 332 )	A	295 - 332
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 333 through 370 )	A	333 - 370
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 371 through 455 )	A	371 - 455
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 456 through 520 )	A	456 - 520
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 521 through 538 )	A	521 - 538
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 224 through 266 )	B	224 - 266
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 267 through 294 )	B	267 - 294
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 295 through 332 )	B	295 - 332
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 333 through 370 )	B	333 - 370
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 371 through 409 )	B	371 - 409
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 410 through 429 )	B	410 - 429
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 430 through 455 )	B	430 - 455
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 456 through 500 )	B	456 - 500
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 501 through 520 )	B	501 - 520
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 521 through 538 )	B	521 - 538
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 1 through 51 )	C	1 - 51
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 52 through 99 )	C	52 - 99
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 100 through 112 )	C	100 - 112
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 113 through 135 )	C	113 - 135
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 1 through 17 )	D	1 - 17
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 18 through 83 )	D	18 - 83
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 84 through 99 )	D	84 - 99
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 100 through 135 )	D	100 - 135

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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