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Yorodumi- PDB-5omm: GII.10 Vietnam 026 protruding domain in complex with Nanobody Nano-14 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5omm | ||||||
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Title | GII.10 Vietnam 026 protruding domain in complex with Nanobody Nano-14 | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Norovirus / Protruding domain / capsid / VHH / Nanobody | ||||||
Function / homology | Function and homology information Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Norovirus GII.10 Vicugna pacos (alpaca) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S. | ||||||
Citation | Journal: PLoS Pathog. / Year: 2017 Title: Nanobodies targeting norovirus capsid reveal functional epitopes and potential mechanisms of neutralization. Authors: Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5omm.cif.gz | 288.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5omm.ent.gz | 243 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5omm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/5omm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/5omm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34506.660 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Protruding domain, UNP residues 224-538 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Norovirus GII.10 / Plasmid: pMBP / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q5F4T5 #2: Antibody | | Mass: 12979.402 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): WK6 #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M sodium citrate, 20% (w/v) PEG3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.9677 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Jul 23, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9677 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→48.497 Å / Num. obs: 99684 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.901 % / Biso Wilson estimate: 16.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.045 / Net I/σ(I): 16.55 / Num. measured all: 488528 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.7→48.497 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 18.48 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→48.497 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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