[日本語] English
万見
- PDB-5o04: GII.10 Vietnam 026 norovirus protruding domain in complex with Na... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o04
タイトルGII.10 Vietnam 026 norovirus protruding domain in complex with Nanobody Nano-26 and Nano-85
要素
  • Capsid proteinカプシド
  • Nanobody (VHH) Nano-26
  • Nanobody (VHH) Nano-85
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Norovirus (ノロウイルス) / Protruding domain / capsid (カプシド) / VHH / Nanobody Nanobody (VHH) Nano-4
機能・相同性
機能・相同性情報


Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Norwalk virus (ノロウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Koromyslova, A.D. / Hansman, A.D.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Nanobodies targeting norovirus capsid reveal functional epitopes and potential mechanisms of neutralization.
著者: Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.
履歴
登録2017年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
E: Nanobody (VHH) Nano-26
D: Nanobody (VHH) Nano-85
F: Nanobody (VHH) Nano-26
C: Nanobody (VHH) Nano-85
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,76924
ポリマ－121,6526
非ポリマー1,11718
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14090 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area42260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.250, 91.480, 118.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid
12chain E and segid
22chain F and segid CAAA

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0
112chain E and segidE0
212chain F and segid CAAAF0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein / カプシド


分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / Variant: Vietnam 026 / プラスミド: pMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5
#2: 抗体 Nanobody (VHH) Nano-26


分子量: 12917.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pHEN6C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#3: 抗体 Nanobody (VHH) Nano-85


分子量: 13401.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pHEN6C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 40% PEG600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.978 Å / Num. obs: 58206 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.823 % / Biso Wilson estimate: 39.76 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 10.74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.442.7330.5922.2991740.7630.72790.1
2.44-2.612.6950.4293.1488270.8310.52792.1
2.61-2.812.8930.2884.7484160.9150.34994.3
2.81-3.082.8780.1717.5677030.960.20893.5
3.08-3.442.7730.09411.9468080.9830.11591.5
3.44-3.972.9730.05318.3961310.9940.06492.5
3.97-4.862.8330.03524.2350400.9970.04390.2
4.86-6.842.9360.03324.9239300.9970.0489.8
6.84-47.9782.7650.03129.5721770.9970.03986.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→47.978 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 2911 5 %
Rwork0.2116 --
obs0.2131 58188 91.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.68 Å2 / Biso mean: 52.2446 Å2 / Biso min: 21.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→47.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8045 0 72 81 8198
Biso mean--58.59 38.18 -
残基数----1076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67411330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9662897
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2750X-RAY DIFFRACTION5.195TORSIONAL
12B2750X-RAY DIFFRACTION5.195TORSIONAL
21E792X-RAY DIFFRACTION5.195TORSIONAL
22F792X-RAY DIFFRACTION5.195TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2993-2.3370.39441220.37492304242680
2.337-2.37730.30231400.31052673281395
2.3773-2.42050.36091420.30522684282694
2.4205-2.46710.3231410.29782671281294
2.4671-2.51750.26831380.28532628276693
2.5175-2.57220.33641370.29452608274591
2.5722-2.6320.32461410.2792680282194
2.632-2.69780.31291410.28692675281695
2.6978-2.77080.28811420.27262693283594
2.7708-2.85230.31081400.26722672281294
2.8523-2.94430.30061410.25992678281994
2.9443-3.04960.28971420.25322690283294
3.0496-3.17160.24961400.23442671281193
3.1716-3.3160.26831360.22442581271791
3.316-3.49070.22991400.21142647278792
3.4907-3.70940.25561390.20112650278993
3.7094-3.99560.23361400.18542652279292
3.9956-4.39750.19491380.15742636277491
4.3975-5.03320.1521350.14242556269189
5.0332-6.3390.19771390.16832637277691
6.339-47.9880.18941370.16822591272888
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99210.6158-1.16191.1323-0.59191.5598-0.0521-0.18430.00140.05620.04410.0149-0.0029-0.006-0.03520.43670.0379-0.01940.3213-0.02110.2383-36.6067-32.408325.5636
21.58710.19430.85812.14780.581.36890.0079-0.3842-0.03730.409-0.04370.0627-0.0704-0.09760.04120.4730.03030.04370.43830.02670.2394-43.7313-38.142434.146
31.7210.4411-0.51381.1138-0.32210.8484-0.0788-0.07850.1455-0.049-0.0108-0.0936-0.15980.04660.08590.36670.0244-0.01740.21690.00310.2185-29.5538-23.113514.3051
43.5661-0.27090.91840.624-0.10571.0238-0.04990.0264-0.3036-0.08080.0320.05230.07210.01880.00390.38470.00390.01790.1763-0.00570.2516-35.7763-51.068911.9158
50.7202-0.09470.12631.0451-0.17020.9588-0.0428-0.1015-0.21110.09220.06190.14620.0768-0.0142-0.02650.30560.00660.0480.21610.00320.2546-42.4569-52.416315.0096
64.0843-1.1877-0.75724.00620.3064.3343-0.0185-0.3511-0.24170.2262-0.0959-0.41620.17970.18910.14050.30150.04230.0070.31870.09020.392-13.4338-56.162320.9333
74.16161.24193.32936.2573-0.3783.00270.4281-0.0944-0.3276-0.63350.1227-0.08590.02180.412-0.34450.655-0.10260.16970.6482-0.18310.4682-21.3769-52.0784-8.5901
83.28780.26110.5724.3984-3.81233.73620.19410.86890.4383-1.39760.06370.14940.07560.3095-0.10140.959-0.10710.01120.91690.00490.445-25.1672-48.1873-23.0521
93.05171.10690.35387.07552.73474.83740.12670.2444-0.3153-0.69650.0282-1.2557-0.43070.1746-0.18690.27080.06870.05030.31260.00290.3229-23.209-42.3816-0.8953
102.70951.68812.59374.9674-0.78175.89730.68820.6338-0.2577-1.1947-0.11-1.0554-0.34810.6044-0.57630.6772-0.00260.23250.5588-0.0550.5041-11.5983-46.3368-18.265
112.792-3.5334-4.69824.71716.12518.05450.5402-0.45270.4925-0.74520.3153-0.9079-1.22110.2829-0.60280.7386-0.02750.02520.36410.04480.4653-16.8638-35.2242-12.1891
123.93020.0895-1.05580.87581.43437.83580.05581.4380.4674-1.29050.2247-0.1228-0.5932-0.3585-0.2281.2080.05260.11970.72650.08970.4002-19.8378-36.1122-20.3863
133.9270.9876-1.28773.19172.45283.06230.26890.98230.2653-0.8364-0.40480.22760.4288-1.08320.22620.78620.14380.01670.6835-0.0350.3538-27.019-42.6396-12.9275
146.5732-1.0121-5.96691.16031.67896.0503-0.46110.26420.2866-1.09240.56440.0427-0.7299-0.649-0.10771.33590.21580.01411.444-0.03330.5206-18.8167-43.9197-30.6411
151.25630.12812.64613.75692.8857.4963-0.36430.6919-0.5956-0.0856-0.1805-0.28210.35890.12050.55320.6506-0.03030.24270.6081-0.10170.3707-15.4095-45.8342-12.1756
163.81160.72822.35434.19862.40386.97320.13670.7299-0.9495-0.54350.6608-0.58890.12230.5464-0.54430.4386-0.01770.19510.4988-0.09370.5173-15.9788-49.9654-14.5788
179.7499-5.61683.71826.3935-2.57868.17440.7522-0.50140.4293-0.3492-0.0996-0.9463-0.31580.6207-0.62820.37180.00270.17970.61860.16561.050212.6313-65.222312.51
189.4071-1.2387-4.2270.16540.47718.6637-1.3780.2938-0.1166-0.02980.3096-0.28670.2498-0.22670.86850.6717-0.0581-0.03390.60460.23480.908312.0596-86.058420.1323
190.92512.7044-0.75358.0362-1.62794.8999-0.00290.00860.32880.2464-0.0605-0.53980.51040.46130.31350.31530.07640.16840.50010.19410.96811.7075-69.48918.8294
201.0635-0.11760.14266.58210.8850.4133-0.07770.343-0.2853-0.70770.135-1.2977-0.04420.0131-0.10050.38570.0650.22390.43950.15940.83953.6802-65.848814.8262
214.68051.63060.97482.0513-2.04394.74860.4182-0.05980.3764-0.56570.1656-0.0462-0.4748-0.9989-0.38931.0194-0.05540.34710.9475-0.32831.12440.8559-83.12135.0647
222.9806-1.5153-0.19625.59941.60265.3559-0.2888-0.2917-1.05010.5854-0.21980.9190.3548-0.63750.41040.3690.07070.14590.45310.14950.8607-2.7414-73.827620.4423
234.22762.124-0.89012.782-2.62433.0189-0.0126-0.7152-0.42151.5649-0.2517-0.586-0.79040.24320.23760.84030.15580.07020.5950.21160.75926.5642-67.750824.7762
243.19714.5826-0.09069.61910.52161.1915-0.2127-0.25760.6124-0.2909-0.1601-0.12950.0390.17640.14390.53070.0711-0.01150.41910.16950.7748.4034-70.974122.3913
251.3382-1.77550.95842.7554-0.6442.56740.1390.1029-0.3112-0.7041-0.0368-0.13560.7876-0.1163-0.06030.45330.04460.1970.44540.13260.8534.2642-75.771514.6483
269.3499-4.188-0.81885.40150.1675.2602-0.15420.41350.27480.51860.29140.36020.09580.1405-0.21640.37020.11760.1490.47620.22980.6061-0.1463-55.64249.4606
270.8469-2.0210.94875.4019-1.99161.1787-0.2536-0.1705-1.089-0.5888-0.06630.22730.5026-0.10580.20960.69370.14110.28930.44510.12641.141711.0338-81.473312.1248
286.42470.60975.07940.07590.49984.006-1.1188-1.20081.01990.3867-0.2242-0.4902-1.0083-0.47211.20850.98110.0654-0.141.082-0.08470.5558-8.9407-25.627543.8184
297.38012.58145.38255.15892.7837.813-0.5598-0.3128-0.3328-0.29190.2676-0.9281-0.72550.55580.29130.4429-0.0647-0.03450.54910.08710.4618-6.4699-32.305834.4308
300.7024-1.4653-0.84513.77650.40653.70950.2124-1.2919-0.32170.4319-0.1752-1.34130.21770.7339-0.00830.6723-0.0974-0.34471.10120.15870.6404-0.5268-37.820440.8447
313.7645-1.52861.30371.8655-0.43917.5844-0.0364-1.30690.62440.8825-0.2176-1.0652-1.0392-0.12710.1720.7259-0.1656-0.19120.8169-0.10840.7294-5.0319-28.041939.1401
321.8541-2.9990.80326.9164-0.49552.8981-0.3031-0.16590.24030.18290.1955-1.0355-0.560.41230.08540.4002-0.09380.04860.37610.07840.5724-11.92416.54371.255
336.5315-0.7093-0.21627.5686-0.75943.2751-0.2945-0.18380.65420.729-0.123-0.264-0.27510.31550.36340.3225-0.0316-0.08090.28160.08090.3907-17.1843-2.58588.0843
347.4319-2.0345-2.04934.23990.72845.6268-0.21180.5369-0.2663-0.0145-0.0787-0.1839-0.2532-0.03320.31830.3492-0.0601-0.05630.34640.01030.3016-20.19981.71360.6185
352.27390.19531.75845.4245-3.53993.8424-0.3979-0.23630.04961.0526-0.0509-0.7209-0.82710.0560.44750.3652-0.004-0.05220.35860.01340.396-16.74574.89467.9733
362.4108-1.96170.67418.1412-0.78141.61940.1246-0.06330.52020.3122-0.4498-1.1955-0.58880.20980.3530.3713-0.03230.03960.34760.05230.4435-11.89854.27578.6531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 226 through 307 )A226 - 307
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 308 through 417 )A308 - 417
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 418 through 538 )A418 - 538
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 224 through 327 )B224 - 327
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 328 through 472 )B328 - 472
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 473 through 538 )B473 - 538
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 1 through 7 )E1 - 7
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 8 through 23 )E8 - 23
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 24 through 32 )E24 - 32
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 33 through 45 )E33 - 45
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 46 through 56 )E46 - 56
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 57 through 72 )E57 - 72
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 73 through 82 )E73 - 82
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 83 through 90 )E83 - 90
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 91 through 99 )E91 - 99
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 100 through 114 )E100 - 114
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 7 )D1 - 7
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 8 through 17 )D8 - 17
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 18 through 26 )D18 - 26
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 27 through 39 )D27 - 39
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 40 through 45 )D40 - 45
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 46 through 66 )D46 - 66
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 67 through 75 )D67 - 75
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 76 through 82 )D76 - 82
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 83 through 100 )D83 - 100
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 101 through 110 )D101 - 110
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 111 through 119 )D111 - 119
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 1 through 23 )F1 - 23
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 24 through 51 )F24 - 51
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 52 through 72 )F52 - 72
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 73 through 111 )F73 - 111
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 1 through 26 )C1 - 26
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'C' and (resid 27 through 59 )C27 - 59
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'C' and (resid 60 through 82 )C60 - 82
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'C' and (resid 83 through 100 )C83 - 100
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'C' and (resid 101 through 123 )C101 - 123

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る