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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5e8r | ||||||
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タイトル | Human HMT1 hnRNP methyltransferase-like protein 6 (S. cerevisiae) | ||||||
要素 | Protein arginine N-methyltransferase 6 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HRMT1L6 / MS-023 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / regulation of megakaryocyte differentiation / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulation of mitochondrion organization ...histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / regulation of megakaryocyte differentiation / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulation of mitochondrion organization / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of signal transduction by p53 class mediator / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / 塩基除去修復 / protein modification process / RMTs methylate histone arginines / 細胞老化 / histone binding / メチル化 / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | DONG, A. / ZENG, H. / LIU, J. / TEMPEL, W. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / JIN, J. ...DONG, A. / ZENG, H. / LIU, J. / TEMPEL, W. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / JIN, J. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016 タイトル: A Potent, Selective, and Cell-Active Inhibitor of Human Type I Protein Arginine Methyltransferases. 著者: Eram, M.S. / Shen, Y. / Szewczyk, M.M. / Wu, H. / Senisterra, G. / Li, F. / Butler, K.V. / Kaniskan, H.U. / Speed, B.A. / Dela Sena, C. / Dong, A. / Zeng, H. / Schapira, M. / Brown, P.J. / ...著者: Eram, M.S. / Shen, Y. / Szewczyk, M.M. / Wu, H. / Senisterra, G. / Li, F. / Butler, K.V. / Kaniskan, H.U. / Speed, B.A. / Dela Sena, C. / Dong, A. / Zeng, H. / Schapira, M. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C.H. / Barsyte-Lovejoy, D. / Liu, J. / Vedadi, M. / Jin, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e8r.cif.gz | 146.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e8r.ent.gz | 111.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e8r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/5e8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/5e8r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | As per the authors the biological assembly is unknown |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 42074.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT6, HRMT1L6 / プラスミド: pFBOH-MHL 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 参照: UniProt: Q96LA8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125 |
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-非ポリマー , 5種, 83分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-UNX / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Sodium Cacadylate, pH6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 28929 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.198 / Χ2: 1.693 / Net I/av σ(I): 8.89 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 91551 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / WRfactor Rfree: 0.2218 / WRfactor Rwork: 0.1778 / FOM work R set: 0.7859 / SU B: 11.493 / SU ML: 0.247 / SU R Cruickshank DPI: 0.4657 / SU Rfree: 0.2787 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.499 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.11 Å2 / Biso mean: 25.338 Å2 / Biso min: 9.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.55→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.551→2.617 Å / Total num. of bins used: 20
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