PDB-4luh: Complex of ovine serum albumin with 3,5-diiodosalicylic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4luh

タイトル

Complex of ovine serum albumin with 3,5-diiodosalicylic acid

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Helical structure / transport /

Fatty acids (脂肪酸) /

metabolites (代謝物質)

機能・相同性

機能・相同性情報

enterobactin binding /

lipid binding /

extracellular space /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ovis aries (ヒツジ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bujacz, A. / Talaj, J.A. / Pietrzyk, A.J. / Bujacz, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ovine serum albumin and its complex with 3,5-diiodosalicylic acid
著者: Bujacz, A. / Talaj, J.A. / Pietrzyk, A.J.

履歴

登録	2013年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4luh.cif.gz	248.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4luh.ent.gz	201.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4luh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4luh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4luh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lufSC 2bxl 4j2v 4jk4 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4emx-2 4ot2-d 4f5s-2 7mbl-d 5osw-d 4l9k-2 6mdq-d 6oci-d 3v09-d 6u4x-d 4iw1-d 6ocl-d 6r7s-d 3lu7-1 6ocj-d 4l9k-1 5iiu-d 6m5e-1 2bxb-2 4f5s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

68.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.530, 118.530, 120.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-739- HOH
2	1	A-887- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Serum albumin / 分子量: 66427.820 Da / 分子数: 1 / 断片: Mature form of ovine serum albumin / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: P14639

-
非ポリマー , 8種, 225分子

#2: 化合物	ChemComp-DIU / 2-HYDROXY-3,5-DIIODO-BENZOIC ACID / 2-HYDROXY-3,5-DIIODOBENZOIC ACID / 3,5-ジヨ-ドサリチル酸分子量: 389.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₄I₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸 / リンゴ酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#8: 化合物	ChemComp-2Q5 / (2R)-2-{[(2R)-2-{[(2S)-2-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}propyl]oxy}propyl]oxy}propan-1-ol 分子量: 250.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₅
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 70% Tacsimate, 4% PPG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 50089 / Num. obs: 50067 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.44 % / B_iso Wilson estimate: 44.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 2.96
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 7.55 % / R_merge(I) obs: 0.0843 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique all: 6156 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4LUF

4luf

解像度: 2.2→47.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 8.706 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20887	1503	3 %	RANDOM
R_work	0.17098	-	-	-
all	0.17212	50089	-	-
obs	0.17212	48564	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.437 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0.52 Å²	-0 Å²
2-	-	0.52 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4645	0	129	210	4984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	4884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.17	1.994	6592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.749	5	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.01	24.955	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.942	15	870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.796	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.944	3.006	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.965	4.488	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.014	3.771	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.038	27.308	7754

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	110	-
R_work	0.23	3547	-
obs	-	3547	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4037	0.1465	-0.3907	0.7907	-0.2603	0.4096	0.0554	0.0894	-0.0045	-0.1813	-0.0423	-0.0856	-0.0334	-0.0993	-0.0131	0.1265	0.026	0.0217	0.0978	0.0332	0.0744	63.3937	-17.5901	-6.6947
2	0.0961	0.0692	0.2604	0.2832	0.3257	0.8016	0.0184	0.0233	0.0185	0.1376	-0.0024	-0.0113	0.1801	0.0572	-0.016	0.1255	0.0095	0.0019	0.0668	-0.0059	0.1298	67.5416	-35.2749	4.1795
3	1.4877	-0.5174	-0.2255	0.3491	0.1764	0.1302	-0.1357	-0.1325	0.1437	0.1944	0.1197	0.0352	0.1708	0.0683	0.0161	0.2474	0.0855	0.0365	0.0427	0.0202	0.062	68.6084	-31.9157	14.2123
4	0.1139	0.1555	0.0432	0.2969	0.1798	1.0606	0.0208	0.0379	0.07	0.0126	0.0482	0.0095	-0.0225	-0.0495	-0.069	0.1139	-0.0018	0.0186	0.0457	0.0171	0.1353	54.6164	-11.3615	16.83
5	1.1119	-0.16	-1.0153	0.6371	0.6269	1.3366	-0.0258	-0.1011	0.1777	0.0857	0.1681	-0.0197	0.1261	0.2404	-0.1423	0.1104	0.0333	-0.0063	0.0829	-0.008	0.1122	68.7547	-12.4122	20.9664
6	2.3988	0.0604	0.4493	0.0051	0.0508	0.7335	-0.0208	-0.0217	0.0842	-0.0044	0.0114	-0.0077	-0.0937	-0.0331	0.0093	0.1291	0.0317	-0.0017	0.0585	0.0041	0.1019	45.7855	-2.8629	33.7954
7	1.2281	-1.4102	0.3611	2.1087	0.1268	0.7326	0.0193	-0.1061	-0.0746	-0.0169	-0.0044	0.0777	0.0583	-0.1866	-0.0148	0.0834	-0.0132	0.0067	0.103	0.0106	0.1094	38.3974	-9.7269	31.6417
8	1.7063	-4.353	-0.4762	11.7088	1.7521	0.616	-0.0679	-0.117	-0.1213	0.3158	0.1001	0.2611	0.1378	-0.1446	-0.0323	0.0931	-0.0221	0.0436	0.0834	0.0316	0.1102	40.9463	-25.0231	35.8276
9	2.3464	-0.8014	1.2659	0.8724	0.5077	2.1606	-0.0397	-0.0937	-0.0566	0.0812	0.0131	0.0406	0.0726	-0.1067	0.0266	0.0847	-0.0715	-0.0186	0.0813	-0.0128	0.1138	40.6239	-40.9292	20.9345
10	0.6419	0.1492	0.3471	0.2005	0.3252	0.7439	-0.0011	0.0856	-0.0167	0.0404	0.0861	-0.0695	0.025	0.0166	-0.0851	0.1202	-0.0148	-0.0159	0.1162	-0.0222	0.0854	47.9929	-31.9784	20.0685
11	1.4069	1.0121	0.6387	1.4547	1.0157	0.7944	0.0571	-0.0343	0.1213	0.0308	-0.1822	0.208	-0.0172	-0.0454	0.1251	0.0656	-0.0419	-0.0179	0.1294	-0.0357	0.1121	34.2134	-28.758	17.6874
12	0.1899	-0.2447	-0.0653	0.936	0.6581	0.5555	0.0794	0.0675	0.1018	0.184	-0.0471	-0.1502	0.229	-0.0159	-0.0324	0.1666	0.0071	0.0036	0.1095	-0.002	0.1085	42.4145	-51.8275	12.7607
13	2.2082	-1.7886	-1.4765	1.502	1.4884	3.3081	-0.1779	-0.1312	-0.079	0.2585	0.1089	0.0691	0.4956	0.1481	0.0689	0.278	-0.0491	0.0182	0.0388	0.0088	0.0149	40.9569	-61.5197	16.6657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	367 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	399 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	418 - 468
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	469 - 497
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	498 - 537
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	538 - 583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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