PDB-4c05: Crystal structure of M. musculus protein arginine methyltransfera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c05

タイトル

Crystal structure of M. musculus protein arginine methyltransferase PRMT6 with SAH

要素

PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.195 Å

データ登録者

Bonnefond, L. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Mailliot, J. / Wurtz, J.M. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Functional Insights from High Resolution Structures of Mouse Protein Arginine Methyltransferase 6.
著者: Bonnefond, L. / Stojko, J. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Wurtz, J.M. / Cianferani, S. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2013年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c05.cif.gz	142.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c05.ent.gz	109.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c03C 4c04C 4c06C 4c07C 4c08C 2y1wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c06-1 6sq3-d 5fqo-1 6sqh-d 4c08-1 5lv4-1 4qqk-1 5fqn-1 6wad-1 4hc4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.427, 78.427, 118.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 6 / HISTONE-ARGININE N-METHYLTRANSFERASE PRMT6 分子量: 42321.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q6NZB1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.09 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.73
反射	解像度: 2.2→40.43 Å / Num. obs: 17706 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.08 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.46
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / % possible all: 78.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y1W

2y1w

解像度: 2.195→40.428 Å / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.185	900	5.1 %
R_work	0.1462	-	-
obs	0.1681	17706	97.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.195→40.428 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2493	0	26	73	2592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2590
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.043	3519
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.13	956
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	390
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1983-2.336	0.2762	131	0.231	2426	X-RAY DIFFRACTION	80
2.336-2.5163	0.2459	150	0.2042	2871	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5163-2.7694	0.2041	150	0.1896	2844	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7694-3.1699	0.2132	149	0.1729	2871	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1699-3.9929	0.2114	154	0.1649	2884	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9929-35.1938	0.1751	152	0.1385	2906	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5664	-0.5342	0.3497	3.0233	0.5426	5.1055	0.1002	0.0349	-0.2925	0.0654	-0.0361	0.1232	0.1113	-0.11	-0.0617	0.1985	0.01	0.0104	0.1935	0.0099	0.1534	16.693	-17.6866	7.5232
2	3.6498	4.2834	1.6934	7.6819	2.7512	1.9162	0.0553	0.2967	-0.0983	-0.058	-0.0498	0.12	0.0233	-0.0842	0.0138	0.208	0.0604	-0.0168	0.287	0.0237	0.115	11.8741	-4.377	3.9426
3	8.5563	3.6497	4.0931	1.6126	1.7854	1.9293	0.1517	0.0793	-0.0338	0.1886	-0.0539	0.0011	0.1706	0.1602	-0.0884	0.2842	0.0079	0.02	0.3229	0.0002	0.2095	43.5226	18.2151	11.9864
4	3.4373	-0.1871	0.5184	5.4025	2.8303	3.5892	0.0942	-0.1694	0.1455	0.4703	-0.073	0.0002	-0.0708	-0.0265	0.0026	0.3156	-0.018	0.0625	0.1844	0.0906	0.0942	20.7551	11.8628	16.4144
5	2.3077	1.9922	0.1311	3.8315	0.5754	1.245	0.0352	0.1328	0.102	0.1433	-0.0171	0.1268	-0.0941	-0.0881	-0.0145	0.2096	0.0436	0.0343	0.2237	0.0417	0.1136	18.2781	10.7406	12.0592
6	5.7857	0.9302	0.4917	3.4495	5.1455	9.0632	0.0388	0.2838	0.1982	-0.632	-0.0522	0.1833	-0.3289	-0.1577	0.0165	0.2409	-0.0217	0.042	0.2715	0.0848	0.1446	21.5103	16.3186	0.6002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 56:147)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 148:201)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 202:240)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 241:258)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 259:342)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 343:376)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)