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- PDB-1vkr: STRUCTURE OF IIB DOMAIN OF THE MANNITOL-SPECIFIC PERMEASE ENZYME II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vkr
タイトルSTRUCTURE OF IIB DOMAIN OF THE MANNITOL-SPECIFIC PERMEASE ENZYME II
要素mannitol-specific PTS system enzyme IIABC components
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PHOSPHOTRANSFERASE / KINASE (キナーゼ) / SUGAR TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-D-mannitol phosphotransferase / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannitol phosphotransferase system transmembrane transporter activity / protein-phosphocysteine-mannitol phosphotransferase system transporter activity / mannitol transmembrane transport / protein-phosphocysteine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / リン酸化 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, mannitol-specific enzyme IIC / Phosphotransferase system EIIB component, mannitol-specific / Phosphotransferase system, EIIC component, type 2 / PTS_EIIC type-2 domain profile. / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 2. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2 / PTS_EIIB type-2 domain profile. / PTS EIIA type-2 domain / Phosphotransferase system, EIIC / Phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 2 ...Phosphotransferase system, mannitol-specific enzyme IIC / Phosphotransferase system EIIB component, mannitol-specific / Phosphotransferase system, EIIC component, type 2 / PTS_EIIC type-2 domain profile. / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 2. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2 / PTS_EIIB type-2 domain profile. / PTS EIIA type-2 domain / Phosphotransferase system, EIIC / Phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 2 / Phosphotransferase system, EIIC / PTS_EIIA type-2 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2/3 / PTS system IIB component-like superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIB subunit / Phosphotransferase/anion transporter / Response regulator / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system mannitol-specific EIICBA component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Clore, G.M. / Legler, P.M. / Cai, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Three-dimensional Solution Structure of the Cytoplasmic B Domain of the Mannitol Transporter II-Mannitol of the Escherichia coli Phosphotransferase System.
著者: Legler, P.M. / Cai, M. / Peterkofsky, A. / Clore, G.M.
履歴
登録2004年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mannitol-specific PTS system enzyme IIABC components


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4621
ポリマ－13,4621
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 80REGULARIZED MEAN STRUCTURE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 mannitol-specific PTS system enzyme IIABC components / IIBMTL PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME II / B COMPONENT / EIIB-MTL


分子量: 13462.077 Da / 分子数: 1 / 断片: IIB DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00550

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111) TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN
121(2) QUANTITATIVE J CORRELATION FOR COUPLING CONSTANTS
131(3) 3D, 4D HETERONUCLEAR SEPARATED NOE EXPTS
141(4) IPAP and COUPLED HSQC EXPERIMENTS FOR DIPOLAR COUPLINGS. DIPOLAR COUPLINGS WERE MEASURED IN PEG/HEXANOL

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試料調製

試料状態イオン強度: 40 mM SODIUM PHOSPHATE / pH: 7.1 / 温度: 308.00 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX500BrukerDMX5005001
Bruker DMX600BrukerDMX6006002
Bruker DRX600BrukerDRX6007503
Bruker DMC750BrukerDMC7508004
Bruker DRX800BrukerDRX8008005

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解析

NMR software名称: X-PLOR NIH / バージョン: (HTTP://NMR.CIT.NIH.GOV/XPLOR_NIH) / 開発者: SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJANDRA, CLORE / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE TARGET FUNCTION COMPRISES TERMS FOR THE NOE-DERIVED INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS, TORSION ANGLE RESTRAINTS, 3JHN-HALPHA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS, 13CALPHA/BETA CHEMICAL SHIFT ...詳細: THE TARGET FUNCTION COMPRISES TERMS FOR THE NOE-DERIVED INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS, TORSION ANGLE RESTRAINTS, 3JHN-HALPHA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS, 13CALPHA/BETA CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS, AND RESIDUAL DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS (N-H, N-C' AND HN-C'); A QUARTIC VAN DER WAALS REPULSION TERM, TORSION ANGLE AND HYDROGEN BONDING DATABASE POTENTIALS OF MEAN FORCE, AND A RADIUS OF GYRATION RESTRAINTS. IN THIS ENTRY THE LAST COLUMN REPRESENTS THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL SIMULATED BEST-FITTED TO RESIDUES 375-471. ONLY RESIDUES 375-471 ARE SHOWN SINCE RESIDUES 365-374 AND 472-489 AT THE N- AND C-TERMINI RESPECTIVELY, ARE DISORDERED IN SOLUTION. EXPERIMENTAL RESTRAINTS: 1444 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS: (90 INTRARESIDUE; 419 SEQUENTIAL, 347 MEDIUM-RANGE, AND 517 LONG-RANGE INTERRESIDUE; 50 SEQUENTIAL/MEDIUM-RANGE AMBIGUOUS; 21 LONG-RANGE AMBIGUOUS 110 DISTANCE RESTRAINTS FOR 55 BACKBONE H-BONDS 214 TORSION ANGLE RESTRAINTS (90 PHI, 94 PSI, 68 CHI) 189 CALPHA/CBETA CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS 70 3JHN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS 200 RESIDUAL DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS (74 N-H, 62 N-C', 64 HN-C') DIPOLAR COUPLING R-FACTORS: N-H 2.8% N-C' 14.9% HN-C' 13.5%
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: REGULARIZED MEAN STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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