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万見
- PDB-8rty: Structure of the F-actin barbed end bound by Cdc12 and profilin (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rty
タイトルStructure of the F-actin barbed end bound by Cdc12 and profilin (ring complex) at a resolution of 6.3 Angstrom
要素
  • Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processedアクチン
  • Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12
  • Phalloidin (Amanita phalloides)
  • Profilin-1プロフィリン
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / actin (アクチン) / formin / Cdc12 / profilin (プロフィリン) / actin assembly (アクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


F-bar domain binding / protein localization to mitotic actomyosin contractile ring / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring, proximal layer / MGMT-mediated DNA damage reversal / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / positive regulation of norepinephrine uptake ...F-bar domain binding / protein localization to mitotic actomyosin contractile ring / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring, proximal layer / MGMT-mediated DNA damage reversal / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / positive regulation of norepinephrine uptake / synapse maturation / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / negative regulation of actin filament bundle assembly / mitotic actomyosin contractile ring / cellular response to cytochalasin B / adenyl-nucleotide exchange factor activity / DNA-methyltransferase activity / bBAF complex / npBAF complex / postsynaptic actin cytoskeleton organization / regulation of transepithelial transport / brahma complex / nBAF complex / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / morphogenesis of a polarized epithelium / GBAF complex / positive regulation of actin filament bundle assembly / postsynaptic actin cytoskeleton / protein localization to adherens junction / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of G0 to G1 transition / Formation of annular gap junctions / dense body / Tat protein binding / Gap junction degradation / Signaling by ROBO receptors / Cell-extracellular matrix interactions / Folding of actin by CCT/TriC / regulation of actin filament polymerization / regulation of double-strand break repair / DNA ligation / regulation of nucleotide-excision repair / apical protein localization / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / DNA alkylation repair / adherens junction assembly / RHOF GTPase cycle / RSC-type complex / Adherens junctions interactions / positive regulation of ATP-dependent activity / PCP/CE pathway / proline-rich region binding / 密着結合 / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / positive regulation of ruffle assembly / Interaction between L1 and Ankyrins / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of stress fiber assembly / regulation of synaptic vesicle endocytosis / NuA4 histone acetyltransferase complex / apical junction complex / establishment or maintenance of cell polarity / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of epithelial cell migration / cortical cytoskeleton / cell division site / nitric-oxide synthase binding / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Recycling pathway of L1 / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / kinesin binding / negative regulation of cell differentiation / ヘルト萼状シナプス / 刷子縁 / actin filament bundle assembly / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / actin monomer binding / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / positive regulation of myoblast differentiation / regulation of protein localization to plasma membrane / EPHB-mediated forward signaling / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / substantia nigra development / actin filament polymerization / phosphotyrosine residue binding / 軸索誘導 / negative regulation of protein binding / methyltransferase activity / neural tube closure
類似検索 - 分子機能
Profilin1/2/3, vertebrate / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain ...Profilin1/2/3, vertebrate / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / : / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Profilin conserved site / Profilin signature. / プロフィリン / プロフィリン / プロフィリン / Profilin superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family / アクチン / ATPase, nucleotide binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リン酸塩 / Profilin-1 / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Actin, cytoplasmic 1 / Cell division control protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
Amanita phalloides (タマゴテングタケ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.25 Å
データ登録者Oosterheert, W. / Boiero Sanders, M. / Funk, J. / Prumbaum, D. / Raunser, S. / Bieling, P.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
German Research Foundation (DFG)BI 1998/2-1 ドイツ
European Research Council (ERC)856118European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of actin filament elongation by formins.
著者: Wout Oosterheert / Micaela Boiero Sanders / Johanna Funk / Daniel Prumbaum / Stefan Raunser / Peter Bieling /
要旨: Formins control the assembly of actin filaments (F-actin) that drive cell morphogenesis and motility in eukaryotes. However, their molecular interaction with F-actin and their mechanism of action ...Formins control the assembly of actin filaments (F-actin) that drive cell morphogenesis and motility in eukaryotes. However, their molecular interaction with F-actin and their mechanism of action remain unclear. In this work, we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of F-actin barbed ends bound by three distinct formins, revealing a common asymmetric formin conformation imposed by the filament. Formation of new intersubunit contacts during actin polymerization sterically displaces formin and triggers its translocation. This "undock-and-lock" mechanism explains how actin-filament growth is coordinated with formin movement. Filament elongation speeds are controlled by the positioning and stability of actin-formin interfaces, which distinguish fast and slow formins. Furthermore, we provide a structure of the actin-formin-profilin ring complex, which resolves how profilin is rapidly released from the barbed end during filament elongation.
履歴
登録2024年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: em_entity_assembly / em_entity_assembly_molwt ...em_entity_assembly / em_entity_assembly_molwt / em_entity_assembly_naturalsource / em_entity_assembly_recombinant / entity / entity_src_gen / entity_src_nat
Item: _em_entity_assembly.details / _em_entity_assembly.entity_id_list ..._em_entity_assembly.details / _em_entity_assembly.entity_id_list / _em_entity_assembly.name / _em_entity_assembly.source / _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism / _entity.src_method
改定 1.22024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
B: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
C: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
D: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
E: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12
F: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12
H: Phalloidin (Amanita phalloides)
I: Phalloidin (Amanita phalloides)
J: Phalloidin (Amanita phalloides)
P: Profilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,82521
ポリマ－339,73410
非ポリマー2,09111
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 7分子 ABCDEFP

#1: タンパク質
Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed / アクチン


分子量: 41632.422 Da / 分子数: 4 / 変異: C272A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cytoplasmic beta-actin was recombinantly purified from BTI-Tnao38 cells.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTB / プラスミド: p2336 pFL_ACTB_C272A / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tnao38 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60709
#2: タンパク質 Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12 / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase


分子量: 77888.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cdc12(FH1FH2) was purified recombinantly from E. coli with a N-terminal snap-tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: MGMT, cdc12, SPAC1F5.04c / プラスミド: pETM-11
詳細 (発現宿主): The construct contains an N-terminal His10-TEV-SNAP tag
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star pRARE
参照: UniProt: P16455, UniProt: Q10059, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#4: タンパク質 Profilin-1 / プロフィリン / Epididymis tissue protein Li 184a / Profilin I


分子量: 15000.207 Da / 分子数: 1 / 変異: S29C, S71M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PFN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: P07737

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タンパク質・ペプチド , 1種, 3分子 HIJ

#3: タンパク質・ペプチド Phalloidin (Amanita phalloides) /


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 毒素毒素 / 分子量: 808.899 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Phalloidin was bought from sigma.
由来: (天然) Amanita phalloides (タマゴテングタケ)
参照: BIRD: PRD_002366

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非ポリマー , 3種, 11分子

#5: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Actin-formin-profilin ring complex: the phalloidin-stabilized F-actin barbed end bound by dimeric-Cdc12 and profilin-S71M.COMPLEXHuman beta-actin, human profilin1-S29C/S71M and S. Pombe Cdc12 were purified separately, phalloidin (from Amanita phalloides) was bought from sigma. All components were mixed to assemble the complex prior to cryo-EM grid preparation.#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Actin filamentマイクロフィラメントCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Dimeric FH1FH2 domain of S. Pombe Cdc12COMPLEX#21RECOMBINANT
4Profilin-1-S29C/S71MCOMPLEX#41RECOMBINANT
5PhalloidinCOMPLEXStabilizes the actin filament.#31NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)4896
63Homo sapiens (ヒト)9606
44Homo sapiens (ヒト)9606
55Amanita phalloides (タマゴテングタケ)67723
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞プラスミド
22Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111BTI-Tnao38
33Escherichia coli (大腸菌)562BL21 Star pRAREpETM11
44Escherichia coli (大腸菌)562BL21 Rosetta
緩衝液pH: 7.1
詳細: 1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPES1
2100 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
32 mMmagnesium chlorideMgCl21
41 mMEGTA1
50.5 mMTCEP1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K / 詳細: 3 seconds, force 0.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: 300 kV Titan Krios G2 microscope (Thermo Fisher Scientific) with an in-column Cs-corrector.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 63.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5287
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / 詳細: Gatan energy filter. / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV
球面収差補正装置: Titan Krios G2 microscope (Thermo Fisher Scientific) with an in-column Cs-corrector.

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.5.8粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.13CTF補正
7UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
8Coot0.9.8.1モデルフィッティング
10cryoSPARCv4.2.1初期オイラー角割当
11cryoSPARCv4.2.1最終オイラー角割当
12cryoSPARCv4.2.1分類
13cryoSPARCv4.2.1３次元再構成
14Coot0.9.8.1モデル精密化
15PHENIX1.21rc1_5015モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1963686 / 詳細: Particles picked using SPHIRE-crYOLO.
3次元再構成解像度: 6.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29092 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: Refinement performed using phenix real-space refine
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession code詳細Initial refinement model-ID
18RTT

8rtt

8RTTactin-Cdc12-phalloidin model1
22PAV

2pav

2PAVprofilin model2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00219668
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55726642
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.3592678
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412947
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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