Q) jVのアプレット版を利用していますが、エラーが発生して表示できません。 A) JRE6 Update15(1.6.0_15), JRE6 Update16(1.6.0_16) をお使いの場合、以下のエラーが発生し、jVの表示ができなくなることがあります。 JRE6 Update17(1.6.0_17)以降をお使いください。 Error:java.io.IOException:Cannot find certificates for JNLP AppletLauncher class そ ...

Q) PDBjViewerを使用していますが、表示に問題があります。 A) PDBjViewerは、現在 jV と名前を変えています。 jVのダウンロードページ から最新版をインストールして下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) 構造データのPDBファイルがRasMacで認識できません。 A) RasMacのバグだと思われます。 対処として、pdbファイルの拡張子を.pdbから.txtに変更する、または.pdbのファイルをRasMacに関連付けすることで、回避可能です。 また、PDBjではRasmolをベースとしたjVというviewerを開発し、随時アップデートを行っております。 「jV: Graphic Viewer」 をご覧下さい。 rasmolの様にスタンドアロンで使用する場合は、 jVのダウンロードページ ...

Q) ある構造について、PDBj Mineの概要ページへリンクさせるには、どのように記載すればよいでしょうか？ A) 下記の例のように、http://pdbj.org/pdb/の後ろにpdb idを指定して頂くことで、PDBj Mineの概要ページへリンクさせることができます。(例：1NIH) - 一般的なURL（言語は自動判別） http://pdbj.org/pdb/1nih - 日本語ページ http://pdbj.org/pdb j /1nih [質問一覧に戻る]

Q) Windows環境で、gzip形式の圧縮ファイル(.gz)を解凍したり、圧縮されていないファイルをgzip形式に圧縮する方法を教えてください。 A) Windowsで標準でサポートしている圧縮・解凍形式はZIP形式(.zip)です。 gzipや他の圧縮形式を扱うためには、圧縮・解凍ソフトウェアをダウンロードしてお使いください。 フリーでお使い頂けるものとして、例えば下記のようなソフトがあります。 - 7zip 英語サイト ： http://sevenzip.sourceforge. ...

Q) どうしてJapan のJ は大文字なのにPDBj のj は小文字なのですか？ A) 我々 PDBj （日本蛋白質構造データバンク）は wwPDB（国際蛋白質構造データバンク）の一員として米国RCSB-PDB、BMRB、および欧州PDBeと協力して国際的に統一された生体高分子の立体構造データベース「 PDB」の運営を担っております。 この「 PDB 」の存在を明確にするため、末尾に付け加えるメンバー識別の文字 j は敢えて「PDB」とは異なる小文字にしています。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBのXMLフォーマットやサービスについて、参考文献がありますか？ A) XMLフォーマットについては下記の文献を参考にして下さい PDBML: The representation of archival macromolecular structure data in XML Westbrook, J.D., Ito, N., Nakamura, H., Henrick, K., Berman, H.M. Bioinformatics 21 (7): 98 (2005) [PubMed ...

Q) jVで図の背景色を変える等、表示の設定を変える方法を教えて下さい。 A) 例えば背景色を青色に変更する場合、jVのコマンド set を使用して、下記のように入力して下さい set background blue 又は background blue [質問一覧に戻る]

Q) GIRAF: PDBファイルをUploadして検索して得られた結果一覧ページの中身が空です。 A) GIRAFでは検索処理を行う際、PDBファイルATOM行の77、78文字目に記載される元素記号も参照しています。 一部のアプリケーションが出力するPDBファイルはこの情報が欠落しているため、GIRAFは正しく処理できません。 元素記号を補完した上でsubmitし直してみて下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) EM Navigatorのセッションファイルを使用して、Chimeraでマップを再現する方法を教えてください。 A) EM Navigatorの詳細ページから、セッションファイルとマップファイルをダウンロードしてください。 マップデータを解凍し、セッションファイルと同じディレクトリに置いて下さい。 Chimeraでセッションファイルを開くと、セッションが再現され、原子モデルとマップが表示されます。 万見 の「あてはめたモデル」を使っても、原子モデルとマップの表面構造の重ねあわせを見ることができます ...

Q) EM Navigatorについて質問があるのですが、このFAQページには質問・回答が見つかりません。 A) EM NavigatorのFAQページ をご覧下さい。 ご質問に対する回答が見つからない場合は、 「お問い合わせページ」 からお問い合わせ下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) jVでより精密な画像を保存する方法を教えて下さい。 A) スタンドアロンでお使いの場合、jVのコマンドラインで、コマンド set を使用して、画面のサイズを大きくしてから保存します。 set imagesize 800 800 数字はピクセル値です。解像度は、表示に用いるディスプレイ（ハードウェア）の大きさにも依存します。 大きめのディスプレイをご使用の場合、上記の800を例えば1000にすればもっと高い解像度が出ます。 また、コマンド zoomで、表示されるタンパク質の絵をウィンド ...

Q) jVで表示した画像を保存する方法を教えて下さい。 A) メニューの [File]から[Save] ->[PNG/JPEG] を選択すれば指定した形式で保存できます。 （アプレットでお使いの場合は、右クリックするとメニューが表示されます） スタンドアロンでお使いの場合、コマンド saveを使用して保存することもできます。 [質問一覧に戻る]

Q) 特定のアミノ酸・原子をリボンモデルに追加して表示する方法を教えて下さい。 A) jV のメニューの「Display」から「Cartoon」を選択するとリボンモデルの表示に切り替わります。 特定のアミノ酸又は原子を充填モデルで表示するためには、コマンド select でアミノ酸又は原子を指定した後、[Display]から[Spacefill]を選択して下さい。 （例）アミノ酸を残基番号で指定した場合 select 32 || 64 （例）残基番号と原子名で指定した場合 select ...

Q) jVを利用したいのですが、OS等のシステム要件を教えて下さい。 A) JRE (Java Runtime Environment) が動作している環境であればWindows、MacOS、Linuxなど各OSでご利用になれます。詳しくは 「jV: Graphic Viewer」のダウンロードページ をご覧ください。 また、ウェブサーバでjVアプレットを提供するには、スタンドアロン版jVと同様にしてウェブサーバにjVをダウンロード・インストールを行って下さい。 詳しくは アプレットを使用するに ...

Q) jVを利用したいのですが、チュートリアルはありますか？ A) PDBjトップページのメニューにあります 「jV: Graphic Viewer」 をご覧ください。ダウンロード、操作方法などがご覧になれます。 コマンド等の詳細・使用例はこちらの 「マニュアル」 をご覧ください。 [質問一覧に戻る]

Q) いつ、誰がどんな内容のクエリをしたかという情報は、ログを取られているのでしょうか？それを第三者に知られる可能性はありますか？ A) ログデータは、統計分析の目的のためにのみ取得しており、第三者に開示することはありません。 個人情報保護の基本方針については、 利用規約・プライバシーポリシーのページもご参照下さい。 [質問一覧に戻る]

お使いの環境が、WebGLに対応していないことが原因と考えられます。 PDBjのウェブインターフェースについてをご覧頂き、お使いのブラウザのバージョンを確認してください。 お使いのブラウザがWebGLに対応していない場合、ブラウザを最新のバージョンに更新するか、別のWebGLに対応したブラウザをお使いください。 また、グラフィクスドライバのバージョンが十分新しく、 お使いのブラウザでブラックリストに分類されていないかも、ご確認ください。 Linuxの場合、標準でインストールされたグラフィクスドラ ...

ハードウェアやシステム環境がMolmilビュアー動作要件に該当していないと考えられます。 恐れ入りますが、OSやドライバのアップデートを行うか、または他の環境でのご利用をお願いします。 ※Mac 10.6環境などでこの現象が確認されています。 [FAQページ] に戻る [Molmilヘルプページ] に戻る

これまでMolmilを使用できていた環境で、急に使用できなくなった場合、 グラフィクスドライバの不具合が原因である可能性があります。1 PDBjのウェブインターフェースについてをご覧頂き、 お使いのブラウザが、WebGLに対応しているかどうかをご確認ください。 WebGLに対応していない場合、ブラウザを最新のバージョンに更新するか、別のWebGLに対応したブラウザをお使いください。 WebGLに対応している場合や、ブラウザを最新版に更新しても問題が解消されない場合、 グラフィクスドライバを、最新のバー ...

Q) EMDBからの三次元動画をビデオで使用したいのですが、許可が必要ですか？引用元はどうすればよいですか？ A) EM Data Bankのデータは、無料で自由にご利用いただけます。 EM Navigatorの動画は全てPDBjで作成したものであり、こちらも無料で自由にご利用いただけます。 引用元は”EM Navigator, PDBj”としていただければ幸いです。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBのデータ・画像等を引用したいのですが、PDBjでなくPDBに問い合わせる必要がありますか？ A) 2003年よりPDBjは、 RCSB PDB 、 PDBe との３極で wwPDB としてPDBのデータベースを運営しております。 ですので、ご質問の件についてはPDBjへお問い合わせいただいて問題ございません。 但し、Molecule of the Month（今月の分子）の図の著作権はRCSB PDBに帰属しますので、 RCSBおよび著者のDavid S. Goodsell博士へ直接 ...

PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが更新されます。 2016年3月に、PDBアーカイブの全てのX線結晶構造に対して、検証レポートが更新されます。 新しいレポートでは、以下の点が更新されています。 - 統計グラフには、2015年12月30日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されています。 - 新しいバージョンのソフトウェアを使用しています。 - CCP4 V6.5 (Refmac 5.8.0135) - Mogul 2015 (CSD archive ...

wwPDBの登録・アノテーションシステムから、NMRと電子顕微鏡法（3DEM）で解析された構造を、ご登録頂けるようになりました。 wwPDBの新しい登録・アノテーションシステムから、電子顕微鏡法（3DEM）、NMR、X線、中性子線、電子線結晶解析で解析された構造を、ご登録頂けるようになりました。 現在は、以下のサイトからご登録頂けます。 http://deposit-next.wwpdb.org/deposition/ 新しいシステムでは、EMDBやBMRBと相互に連携することにより、 ...

jV 4.4.5を公開しました。 jV 4.4.4の署名に用いている証明書は2016年1月21日で失効し、 失効するとappletでは利用できなくなります。 jV appletを埋め込んだウェブページを運営されている方はjV 4.4.5に更新をお願いし ます。 変更点について詳しくは jVマニュアルの変更履歴 を参照下さい。" /> 新たな証明書で署名したjV 4.4.5を公開しました。 jV 4.4.4の署名に用いている証明書は2016年1月21日で失効し、 失効するとappletでは利用できなくなり ...