PDBアーカイブで公開している検証レポートを更新しました。 wwPDBパートナーは、 2017年3月15日に、X線、NMR、電子顕微鏡法によって解析された全ての構造に対する検証レポートが更新されたことを報告します。 新しい統計グラフに、2016年12月31日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されていることや、 更新版のMogulソフトウェア（2017）やCSDアーカイブ (as538be)が使用されたことが、検証レポートの主な更新点となります。 更新されたレポートは、以下の ...

データ管理：中核データを維持するための国際的な連携 2016年11月18-19日に、ヒューマン・フロンティア・サイエンス・プログラム組織 (Human Frontier Science Program Organization, HFSPO)は、 重要なデータリソースのシニアマネージャー（wwPDBのメンバーを含む）や 複数の主要な資金援助組織のリーダーとともに会議を開催し、 生物学的、生物医学的な（すなわち、生命科学の）データリソースと、関連したインフラ基盤を持続させるための課題を議論しました。 ...

PDBに登録されている分子の構造データから作ったペーパーモデルです。 生き物の設計図・DNA ウシなどに病気を起こす・口蹄疫ウイルス 蚊が媒介するウイルスの一つ・ジカウイルス HIVゲノムの収納箱・HIVカプシド 光るタンパク質・緑色蛍光タンパク質（GFP）

ペーパーモデル緑色蛍光タンパク質（GFP） 光るタンパク質・緑色蛍光タンパク質（GFP） ここでは緑色蛍光タンパク質（GFP）のペーパーモデルを作って、GFPの構造と機能について学びます。 1. GFPって何？ - 分子の紹介 2. GFPのペーパーモデルを作る - ペーパーモデルの型紙とその作り方 1. GFPって何？ 緑色蛍光タンパク質（Green Fluorescent Protein、GFP）は1980年代の初め、オワンクラゲ（Aequorea victoria）から初めて単離 ...

ペーパーモデルHIVカプシド HIVゲノムの収納箱・HIVカプシド ウイルスには様々な形や大きさのものがあります。RNAかDNAが入ったタンパク質の殻だけでできた単純なウイルスもあれば、膜に包まれた区画を持った細胞に匹敵するような複雑さを持つウイルスもあります。HIV（ヒト免疫不全ウイルス、エイズウイルス）は複雑な方に分類されるウイルスの一種で、膜に囲まれた区画の中にはウイルス由来の分子と宿主細胞由来の分子がいろいろ入っています。 上図をクリックすると、HIVカプシドのペーパーモデルのPDFデータ ...

ペーパーモデルジカウイルス 蚊が運ぶ・ジカウイルス 2015年、ジカウイルスによって引き起こされるジカ熱がアメリカ大陸で流行し、世界に広まりつつあります。 重い症状になることはあまりありませんが、妊娠中の方が感染すると胎児に先天性疾患を引き起こす恐れがあると言われています。 このジカウイルスの分子構造が電子顕微鏡を使って解かれました。この情報を使ってジカウイルスワクチンの開発が期待されています。 上図をクリックすると、ジカウイルスのペーパーモデルのPDFデータをダウンロードできます。 関連情報 ...

ペーパーモデル口蹄疫ウイルス ウシなどに病気を起こす・口蹄疫ウイルス 2010年、牛などの動物がかかるおそろしい病気が宮崎県南部を中心に流行し、たくさんの牛が死んでしまいました。その病気をひきおこす病原体が口蹄疫ウイルス（FMDV）です。 口蹄疫ウイルスはウイルスの設計図であるRNAと、そのRNAを包みこむこの丸い殻とでできています。 上図をクリックすると、口蹄疫ウイルスのペーパーモデルのPDFデータをダウンロードできます。 関連情報 - Dengue virus - PDB-101 ...

ペーパーモデルDNA 生き物の設計図・DNA 親と子が似ていること、けがをしても同じような細胞が増えてきずをふさいでくれること、このような現象は生き物の設計図である遺伝情報が受け継がれていることに基づいています。それぞれの細胞は、DNA（デオキシリボ核酸）という分子のかたちで遺伝情報をもっています。DNAは2本のくさりが互いに巻き付き合ったかたちをしています。 これは1周分のDNA二重らせんのペーパーモデルです。10塩基で1周すること、二重らせんの溝には大きな溝と小さな溝があることを確認しまし ...

wwPDBのOneDepシステムに関する論文が公開されました。 OneDepシステムについて紹介した 論文がオンラインで公開されました。 wwPDBは、今後数十年間にわたって増え続ける研究者の要望に対応するため、生体高分子構造の登録・アノテーション・検証について、 wwPDB、EMDB及びBMRBの登録サイトにまたがる、統合化されたシステムを開発し、公開しました。 OneDepシステムは、使いやすい登録インターフェースと、改善された検証機能を提供します。 構造の検証は、各実験手法の研究者を代表 ...

PDBアーカイブの2017年1月1日付けのスナップショットを公開しました。 2017年1月1日現在の、PDBアーカイブ (ftp://ftp.pdbj.org) のスナップショットを、 ftp://snapshots.pdbj.org/に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 「20170101」という名前のディレクトリは、125,463件の実験的に決定された座標ファイルと、関連する実験デ ...

現在、検証レポートでは、EDS手続きの中で、REFMACプログラムを使って計算したマップを使って、電子密度への一致度を評価しています （一つ前のFAQをご覧ください）。 もし、あなたの電子密度マップの調査ではよく一致しているのに、検証レポートではRSRZ外れ値が指摘される場合、 たいていの原因は、REFMACがマップを正しく計算しなかったということにあります。 大変申し訳ありませんが、こういった事態はしばしば起こります。 現在、以下の構造の場合に、問題が起こることがわかっています。 - 水素原子を含 ...

RSRZは、 Uppsala EDSサーバ*1)によって使用されるソフトウェアの再実装である、 検証パイプライン中のEDS (電子密度サーバ、Electron-Density Server)コンポーネントによって計算されます (Kleywegt et al., 2004)。 計算は、以下の一連の過程に従います。 - REFMACプログラムを使用して、アップロードされたモデル座標と構造因子に基づいた電子密度マップを計算します。 - モデルと2Fo-Fc電子密度マップの重なりは、実空間のR因子 (RSR ...

検証レポートと一緒に生成されたXMLファイルは、結合長と角度の外れ値に関しての、Mogulの追加情報を含んでいます。 あるリガンドに関するMogulの全出力情報の公開については、CCDCの許可が必要になるでしょう。 （データマイニング問題のため） 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

例えば、リガンドの外れ値は、一般向けの検証サーバや、登録サーバでは、指摘されませんが、PDBのアノテーション処理の中で、指摘されました。 Mogulが妥当な結果を出すためには、リガンドの正しい結合配置をプログラムに提供することが必要です。 最終的なレポートに対しては、結合次数が定義された、PDBの化合物辞書が使用されます。 現在は、初期の検証レポートでは、CCDCのプログラムGold_utilsを使用して、結合性を見つけ、ユーザが提供した座標のみから、結合性と結合次数を割り当てています。 こ ...

wwPDBの検証レポートは、Mogulを使用して、 リガンド幾何学のレポートを作成しています。 低分子構造からの情報を含むリガンドの制限情報を引き出すためには、以下のような良い方法があります。 - CCP4のACEDRGプログラム （別の低分子構造のオープンデータベースCODを使う） - Phenix Elbow （ライセンスを持つMogulプログラムをインストール済の場合は特に） - Global Phasing Gradeプログラム （ライセンスを持つMogulプログラムがインストール済みであ ...

いくつか理由があります。 例えば、リガンドに対する幾何学的制限を生成するために使われた方法が良くなかった、という場合です。 （次のFAQを参照してください） 電子密度にへの重ね合わせが誤っている場合や、問題のあるX線の重みを使った精密化が行われた場合にも、外れ値が導かれます。 検証パイプラインソフトウェアが、分子の化学について誤った記述をMogulツールに提供している場合も、外れ値につながります。 初期の検証レポートでは、このようなケースが生じることがありますが、 最終版の検証レポートでは、そのリガンドに対 ...

wwPDBの検証レポートでは、低分子有機物構造を集めたケンブリッジ構造データベース（CSD）に対して、 CCDC Mogulプログラムを使って、リガンドの幾何構造の検証を行います。 リガンド内の結合長、結合角、ねじれ角、リング各々に対して、Mogulは特徴を含む構造を同定し、観測された値に対する分布をつくります。 Engh & Huberは、CSDが、天然アミノ酸に対して幾何学情報のよい情報源となることを示しました。 Mogulは、リガンドに対して、よく似たアプローチをとっています。 リガンド内の結合長、結 ...

wwPDBの検証サービスhttp://validate.wwpdb.orgは、スタンドアロンのサーバーであり、 検証パイプラインソフトウェアは、ユーザが確認したいどんなモデルや構造に対しても、実行することができます。 登録時に使用されるのと同じソフトウェアが使用され、RSRやRSRZを算出する際にも使うことができます。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

LLDFは、リガンドとリガンドを囲む蛋白質又は核酸残基のRSR値を比較します。 比較においては、残基を取り囲む標準偏差を使用しています。 LLDF = (RSR_ligand -)/σ(RSR_site) LLDFの値が高い場合、リガンドに対する電子密度への一致度が、蛋白質や核酸残基のそれよりも、非常に悪いことを示唆しています。 リガンドの配置がまずい場合は通常、LLDFの値が高くなりますが、その反対は、必ずしも真実ではありません。 PDBエントリー3n86は、 ...

RCSBのユーティリティーDCCは、アップロードされた座標と構造因子ファイルを使って、R因子を再計算するために使用されます。 DCCは、又はREFMAC、phenix-refine、CNSのいずれかを使用しますが、現在、BUSTERはサポートしていません。 BUSTERのR因子は、X線の最尤推定計算について、異なるアプローチを使用しているため、 他のプログラムとは直接は比較できません 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

PDBjへのお問い合わせ、ありがとうございました お問い合わせ頂いた内容は、PDBj管理者に電子メールにて送信されました。 送信者様にも、同時に送信されましたので、ご確認ください。 PDBj担当者から、後ほどご回答させて頂きますまで、しばらくお待ち下さい。 (注意) お問い合わせ内容のメールが届かない場合、電子メールアドレスを誤入力されたか、spam/junk/迷惑メールフォルダに 移動された可能性があります。

電子顕微鏡法エントリーの2016年改良版ファイルを公開しました。 wwPDBとEMデータバンク/電子顕微鏡法の統合データリソースプロジェクトは、 PDBアーカイブ中で、電子顕微鏡と電子線結晶学によって解析された全てのエントリーの実験手法に関する記述を、協力して更新してきました。 この更新が完了し、電子顕微鏡法による全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用できるようにEMデータバンクが開発した、改良データモデルに従うようになりました。 2016年1月以来、 ...

最新の情報は、wwPDB: wwPDB OneDep System （英語）をご覧ください。 wwPDB OneDep システム 概要 wwPDBのパートナーは協力して、次世代のPDB登録・アノテーションツールを開発してきました。 新システムは、この先10年にわたって進化し続ける登録に関する要求に、wwPDBが対応していくために開発されました。 新システムは、wwPDBの全登録拠点にまたがる登録・アノテーションシステムを統合し、PDBアーカイブのデータ品質と完全性を改善することに焦点をあてると ...

検証レポートPDFファイルは少々冗長です。 Cootプログラムの最新のバージョンでは、 検証過程で生成されたXMLファイルを読み込み、 外れ値が構造の中のどの部分にあるかを、もっと会話的な方法でクリックして表示する機能が備わっています。 現在、この機能は、Cootのメニュー・オプション「File（ファイル）, Fetch PDB using Accession Code（アクセッションコードからPDBを取得する）」 を使って読み込まれた、公開済みのPDBエントリーに対してのみ利用できます。 検証サーバ、又は ...

PDBj ではPDBデータに基づき下記のサービスを提供しています。 - データ登録 PDBへの登録 （X線結晶構造・電子顕微鏡（EM）構造・NMR構造の登録）【チュートリアル】 - PDBへの登録 （X線結晶構造・電子顕微鏡（EM）構造・NMR構造の登録）【チュートリアル】 - ダウンロード PDBアーカイブからのデータダウンロード - PDBアーカイブからのデータダウンロード - 新フォーマット PDBx/mmCIFについて フォーマット変換 - PDBx/mmCIFについて - フォーマット ...