2021年10月26日(火)、CBI学会2021年大会にて下記の通りCBI学会スポンサーセッションを開催します。 日時 2021年10月26日(火) 15:00～16:30 開催方法 オンライン プログラム スポンサーセッション（SS-12） 参加登録 学会の事前参加登録(参加費がかかります）が必要。( 申し込み ) 講演言語 日本語/英語 演題・演者 - 「コロナ禍におけるPDBの活動と構造データの品質向上およびデータ検証の取り組みについて」 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所) ...

PDB創設50周年を記念し、下記内容で「PDBアジア地区50周年記念シンポジウム～アジア地区構造生物学の最先端とProtein Data Bank 50年の歩み～」を開催します。 日程 2021年11月24日（水）（以下いずれも日本時間＝UTC+9） 会場 オンライン 開催趣旨・概要 1971年、構造生物学のコミュニティは、生体高分子の三次元構造データを保存する世界で唯一のグローバルアーカイブProtein Data Bank（PDB）を設立しました。 PDBデータ全体の約4分の1はアジアからの ...

CC0 1.0 全世界 (CC0 1.0)パブリック・ドメイン提供 wwPDBは、PDBコア・アーカイブをFAIR原則(検索、アクセス、相互運用、再利用可能)に則った公共財として管理しています。 FAIRの目的に賛同し、wwPDBは過去のデータアクセスライセンスを、クリエイティブ・コモンズの 標準的なオープンソースライセンスである CC0 1.0 全世界 (CC0 1.0)パブリック・ドメイン提供に変更しました。 新しいCC0ライセンスは、従来のライセンスと同様にオープンアクセスを提供します。 ...

2021年8月21日から１年間開催されている「第30回青少年のための科学の祭典 大阪大会 2021 Webサイエンスフェスタ2021」に、PDBjから動画を出展しています。 今回は、「生命を支えるタンパク質のかたち -新型コロナウィルスの形-」と題して、新型コロナウィルス関連の立体構造をMolmilで表示するWEBページを作成し、それを説明する動画を一般公開しています。 コロナのウィルス粒子の形、スパイクタンパク質、受容体や抗体との結合構造、デルタ株などの変異部位、抗体カクテル療法、レムデシビルなどの治療薬 ...

2022年2月9日より、wwPDB EMDBコアアーカイブは、データモデルのバージョン3のみをサポートし、バージョン1.9.6のヘッダファイルは廃止します。 この変更に伴い、アーカイブでのファイル提供に関していくつかの変更がありますので、その概要を説明します。 2015年にOneDepが開始されて以来、EMDBコアアーカイブ (EMBL-EBI: ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/, PDBj: ftp.pdbj.org/pub/emdb/ 又は data.pdbj. ...

現在、PDBjでは、FTPアーカイブサービスとして、ftp.pdbj.org および ftp-versioned.pdbj.org に加え、5/27にリニューアルされたPDBj Mineサービスとともに公開されました、data.pdbj.org を合わせた３つのアーカイブサイトを運営しております。 PDBjでは、これらのアーカイブサイトを以下のように整理し、9/1から整備したものに切り替えます。 (1) ftp.pdbj.org wwPDB共通のアーカイブ pub (pdb/emdb) のみを保持 ...

学術雑誌、PDBユーザー、関連ソフトウェア開発者の皆様は、ご自身の開発されたソフトウェアのコードを見直し、 PDBx/mmCIFファイル内のPDB IDのフォーマット変更とPDB DOIの組み込みに向けて準備を開始してください。 wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、 PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component Dictionary）のIDについて、 コードの文字数を将来的に拡張する計画を立てました（過去のニュース）。 これらの拡張IDを含むエン ...

講習会名 BINDS-PDBj講習会「PDBから見てわかるタンパク質の最新研究」 日時 2021年9月30日(木) 13:00 ～ 17:30 開催趣旨 生体高分子の立体構造を決定する構造生物学は、現代の生物学にとって不可欠なアプローチです。蛋白質構造データバンクPDBには、多くの立体構造データが登録されており、そこから多くの知見を引き出すことができます。しかしながら、立体構造は大変複雑であり、分子ビューアの操作も初心者にはなかなか厄介です。そこで、本講習会では、3人の研究者の方をお招きして、最新 ...

wwPDBは、世界中の研究、教育、創薬の支援を続けています。 PDBデータを誰もが無料で利用できることは、抗コロナウイルス薬、ワクチン、中和抗体などの構造誘導型の発見・開発において、研究者の助けとなっています。 研究者がPDBに存在するよく似た構造など、既存の構造を解析する場合、一次引用文献が公開されていなければPDBエントリーからだけでは得られないような追加情報が必要になることがよくあります。 特に、あるエントリーに関連する一次引用文献がない場合、連絡先情報を得ることはできません。 生体高分子に関 ...

国際蛋白質データバンク（wwPDB）は、国際分業でPDBデータの登録、データ処理、配布を行う組織です。 2003年にRCSB PDB（米国）、PDBe（欧州）、PDBj（日本）の3団体が設立し、NMRデータのアーカイブキーパーとしてBMRB（米国）が2006年に加わりました。 これまでのwwPDBの定款（Charter）は2013年に合意したもので、幾つか現状にそぐわない点がでていました。そこでこの度、新しい定款（Charter）を作成し、 2021年1月に合意しました。この定款では古い物に比べて幾つもの点 ...

curlの例 HEM化合物の構造データファイルをmmCIFフォーマットで取得する際にUNIX系システムで使用されるcurlコマンドの例を示します。 $ curl -F "id=HEM" -F "format=mmcif" https://pdbj.org/rest/downloadCOMPfile > HEM.cif.gz % Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current Dload Upload Total ...

ポスター賞受賞者 PDB50開会のミーティングでは、275件のポスターが発表されました （各ポスターの要旨：1日目、 2日目）。 このうち209件の発表がポスター賞の対象となりました。 - 高校生最優秀賞: Nicholas Mamisashvili, Shelter Island High School, Molecular Dynamics Simulation of 6PEY.pdb a Novel Mutation in the Enzyme ...

OneDepの全ての新規登録エントリーに対して、wwPDB検証レポートをPDBjがPDBx/mmCIFフォーマットで先行して提供していましたが、wwPDB版の提供を開始します。 これによって検証データのPDBアーカイブとの相互運用性が国際的に高まることが期待されます。 検証レポートでは、PDBx/mmCIFフォーマットの方がデータは論理的に整理されているため、XMLフォーマットと比べて、 「データベースに適した」形となっています。 新しく公開又は更新されたエントリーのPDBx/mmCIFフォーマットの検証レ ...

新サーバへの移行に伴い、PDBjウェブサイトを更新しました。 変更点は、過去のニュースもご覧ください。 ご質問やご意見等ございましたら、お問合せページからご連絡ください。

2021年5月27日に、PDBjウェブサービスは新しいサーバに移行します。 移行後は、見かけの変更や広範囲に渡り機能拡張されるものなど、多くのサービスがリニューアルされます。 リニューアルされるサービス一覧は以下の通りです。 - PDB詳細検索とMineトップページのクイック検索の統合 - mmCIFデータや我々独自のpdbjplusデータを抽出するのにこれまであまり馴染みのなかったSQL検索をもっと簡単にご利用していただけるようにように、グラフィックインターフェースのSQL検索である新しいPDBj ...

2021年6月16日(水)、第21回日本蛋白質科学会年会にて下記の通りランチタイムセミナーを開催します。 日時 2021年6月16日(水) 12:40 ～ 13:30 開催方法 オンライン 参加登録 学会の事前参加登録(参加費がかかります）が必要。前期登録は5月11日まで。会期直前及び会期中の後期登録の予定あり。 講演言語 日本語 演題・演者 - 「PDBjの最近の活動とwwPDBの今後の活動方針について」(Activity report of PDBj and scheduled ...

標準のクイック検索では、メタデータの一部のみを対象としたフィルタリングが可能ですが、RDB query builderでは、 Mine 2 RDBに含まれるすべてのメタデータを使って、 PDB、chem_comp、BIRD、EMDB各エントリーをより柔軟にフィルタリングすることができます。 なお、より高度な検索を行う場合は、手動のSQLインターフェースが必要となります。 RDB内の各スキーマを検索することができ（どのスキーマを選択するかによって、PDB検索、chem_comp（Chemie）検索、 ...

wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component Dictionary）のIDについて、コードの文字数を将来的に拡張します。これらの拡張IDを含むエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットではサポートされません。 現在、CCDエントリーは3文字の英数字で識別されています。しかし現在の増加率で想定すると、3年から4年の間に３文字利用可能な新しいコードがなくなってしまうことが予想されます。この時点で、wwPDBは ...

pdb-l@lists.wwpdb.org は、 蛋白質の構造、解析、および関連するトピックに関する質問やPDBユーザーコミュニティとの議論のためのオープンなディスカッションフォーラムです。 pdb-l@lists.wwpdb.org に送信されたメッセージは、すべての購読者に送信されます。 HTMLフォーマットと画像に対応したこの掲示板は、以前のフォーラム（pdb-l@sdsc.edu）に代わるものです。 前の掲示板から移行したメッセージも含めてアーカイブされています。 既存の購読者は、再登録の必 ...

wwPDBの見学有美子さんが処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 見学さんはPDBjの設立メンバーとして，母校である大阪大学にて2000年に業務を開始されました。 今年4月に彼女は10,000件以上の構造を処理した最初のwwPDB研究員となりました。 多くのアジア地区の構造生物学者は，彼女の名前をよくご存知と思います。 見学さんはPDBの編集作業を通じて，20年以上にわたり多くのPDB登録者とともに，高精度エントリーのタイムリーなリリースに貢献しています。 本年4月 ...

PDBx/mmCIF辞書が，回折強度データの異方性を考慮した処理や，フレーム毎にマージしないデータ，異常分散データの品質記述を拡張した事を受けて，OneDepのサポートを改善しました。 2020年10月にwwPDBPDBx/mmCIF専門委員会のサブグループが招集され、実験データのより詳細な記述と関連するデータの品質評価基準の開発を開始しました。データ収集・処理に関するサブグループメンバーは，回折データ処理ソフトウェアの開発とサポートに積極的に取り組みました。 具体的には、数ヶ月にわたってオンライン会議を行 ...

キュレーション処理における生物学的単位の定義をより明確にするために、 wwPDBは、処理後のPDB生物学的単位を、登録者がOneDep上でMol*ビューアを使って確認できるように改善しました。 PDBエントリーのキュレーションにおける重要なプロセスの1つに、各構造の生物学的単位の定義があります。 これにより、PDBデータの利用者は、実験条件で複雑に形成された構造を理解するのに役立ちます。 生物学的単位が正しくキュレーションされていることを確認するために、 処理の過程でキュレータが確認した後、処理 ...

2014年にPDBx/mmCIFがPDBの標準フォーマットとなり、レガシーPDBフォーマットは凍結されました。 wwPDBでは、すべてのエントリーのPDBx/mmCIFファイルに加えて、このレガシーファイルフォーマットで表現できるエントリーについては、PDBフォーマットのファイルを作成しています （例えば、99,999個を超える原子を持つエントリーや、複数文字の鎖IDを持つエントリーはPDBx/mmCIFでしか利用できません）。 PDB構造のサイズと複雑さが増すにつれ、従来のPDBフォーマットの限界が ...

Structure誌に掲載された新しい記事では、 糖鎖の分岐表現や２次元SNFG画像、関心のあるリガンドの識別、電子密度重ね合わせの３次元ビュー、低分子配置の２次元画像などの新機能が紹介されています。 ３次元低分子構造の検証のためのこれらの機能強化とプロセスは、wwPDB/CCDC/D3R Ligand Validation Workshopからの提言と、 コミュニティの共同作業によるソフトウェアの採用を反映しています。 この原稿では、Validation of the Structures ...