Q) PDBjのロゴデータはどこにありますか？ A) こちらにあります。 PDBjに関することであれば自由にご利用いただけます。利用について詳しくは利用規約をご覧の上、不明点などあれば問い合わせフォームよりお問い合わせください。 [質問一覧に戻る]

wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、 PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component Dictionary）のIDについて、コードの文字数を将来的に拡張します。 これらの拡張IDを含むエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットではサポートされません。 過去のニュースもご覧ください。 CCD IDの拡張 現在、CCDエントリーは3文字の英数字で識別されています。 しかし現在の増加率で想定すると、2024年より前に３文字の利用可能な新しいコードがなく ...

wwPDBでは、PDBアーカイブのデータをダウンロードするときにプロトコルとホスト名の対応をわかりやすくするため、新たなホスト名を導入しました。 - FTP: ftp://ftp.wwpdb.org - HTTPS: https://files.wwpdb.org (旧：https://ftp.wwpdb.org) - RSYNC: rsync://rsync.wwpdb.org (旧：rsync://ftp.wwpdb.org) 詳細は、wwPDBサイトのPDBアーカイブのダウンロードペ ...

2022年9月13日(火)、2022年日本バイオインフォマティクス学会年会、第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022）にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2022年9月13日(火) 12:00 ～ 13:00 会場 千里ライフサイエンスセンター（大阪府豊中市新千里東町1丁目4-2） 5階会議室501-503 定員 100名程度 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加登録 当日朝、受付にて整理券を配布 講演言語 日本語 演題・演者 - 「PDBjの最近の活 ...

PDBx/mmCIFエコシステムに関する論文が、Journal of Molecular Biologyの特集号「分子生物学のための計算資源2022」の 一部として掲載されています。 wwPDBとPDBx/mmCIFワーキンググループによる新しい論文では、 PDBアーカイブに不可欠な構造生物学データについて、コミュニティ主導のデータ表現を説明しています。 ファイル規格とガバナンスについて説明し、データ処理とチェックのためのソフトウェアツールについてまとめています。 PDBx/mmCIF ...

2022年5月3日より、PDBアーカイブではPDBx/mmCIF形式で生物学的単位のファイルを提供し、 全てのPDBエントリーの生物学的単位に直接アクセスし、可視化することができるようになりました。 これまでは、PDB形式変換不可(non-PDB compliant)の構造については、PDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルを提供してきました。 しかし、この座標は、複製されたPDBの鎖名を区別するためにモデル番号を使用します。 この方法は、現在のPDBx/mmCIF形式では理想的ではなく、また必 ...

2022年6月9日(木)、第22回日本蛋白質科学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2022年6月9日(木) 11:35 ～ 12:25 会場 茨城県つくば市・つくば国際会議場 (対面開催予定）・B会場（1F/101・102） 定員 100名程度 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加登録 整理券の配布などはありません (直接会場にお越しください) 講演言語 日本語 演題・演者 - 「PDBjの最近の活動とwwPDBの今後の活動方針について」 栗栖 源嗣（ ...

PDB50記念のバーチャル号「Protein Data Bank 50th Anniversary Virtual Issue: Featured structural articles from The Journal of Biochemistry」がThe Journal of Biochemistry （JB）誌で公開されました。 このオンラインバーチャル号では、PDB50周年を記念して、1971年以降JB誌に掲載された論文のうち、引用数が多い上位10件、分解能の高い上位5件を取り上げ、JB ...

計算構造モデルに対してPDBx/mmCIFを拡張した ModelCIFがご利用頂けるようになりました。 PDBx/mmCIFは、国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）が共同で管理する 蛋白質構造データバンク（PDB）コアアーカイブを支えるデータ標準です。 ModelCIFをサポートするためにpython-modelcif というソフトウェアライブラリが開発され、ModelCIFに準拠したmmCIFファイルの読み書きができるようになりました。 ModelCIFは、計算機で得られた高分子の構造モデルを表 ...

CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction) は、来るべきCASP15モデリング実験（2022年5月開始）のターゲットを探しています。CASPコミュニティ実験は、 蛋白質構造モデリングの技術水準を向上させることを目的としています。 1994年以来2年毎に、CASPは、公開間近の実験的構造に関する情報を収集し、配列データを構造モデルコミュニティに伝え、 構造に関するブラインド予測を収集して評価しています。 通常、世界中から約100のモデリ ...

以前お知らせした通り、2022年2月25日より、単粒子、単粒子ベースのヘリカル、およびサブトモグラムの平均化再構成法によるエントリーについて、 ハーフマップをEMデータバンク（EMDB）に登録することが必須になりました。 この変更はwwPDB EMDBコアアーカイブに対する長年の要望に応えたものであり、 2020年のwwPDB単粒子クライオ電子顕微鏡データ管理ワークショップ（準備中の論文）からの提言でもあります。 このワークショップで得られたいくつかの提言は、すでにwwPDB OneDepシステムに実装され ...

PDB50周年の記念号がThe Journal of Biochemistry誌で発刊されました。 - Genji Kurisu, "Fifty years of Protein Data Bank in the Journal of Biochemistry", The Journal of Biochemistry, Volume 171, Issue 1, January 2022, Pages 3–11, DOI:10.1093/jb/mvab133 - Tomitake Tsukihara, ...

2022年5月3日より、PDBアーカイブではPDBx/mmCIF形式で生物学的単位のファイルを提供する予定で、 全てのPDBエントリーの生物学的単位に直接アクセスし、可視化することができるようになります。 現在、PDB形式変換不可(non-PDB compliant)の構造については、PDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルを提供しています。 しかし、この座標は、複製されたPDBの鎖名を区別するためにモデル番号を使用しています。 この方法は、現在のPDBx/mmCIF形式では理想的ではなく、また ...

A snapshot of the PDB Core Archive (ftp://ftp.wwpdb.org) as of January 3rd, 2022 has been added to ftp://snapshots.wwpdb.org and ftp://snapshots.pdbj.org. 2022年1月3日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト ...

2020年2月、SARS-CoV-2メインプロテアーゼについて語るRCSB PDBのバイオキュレータのBrian P. Hudson 博士 wwPDBのバイオキュレーター Brian Hudson博士が処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 Hudson博士は、カリフォルニア工科大学で化学の博士号を取得し、X線結晶学とクライオ電子顕微鏡を専門としています。 2010年にPDBに加わり、科学データと様々な実験技術への深い理解と、卓越した品質のデータキュレーショ ...

2022年2月25日より、単粒子、単粒子ベースのヘリカル、およびサブトモグラムの平均化再構成法によるエントリーについて、 ハーフマップをEMデータバンク（EMDB）に登録することが必須になります。 この変更はwwPDB EMDBコアアーカイブに対する長年の要望に応えたものであり、 2020年のwwPDB単粒子クライオ電子顕微鏡データ管理ワークショップ（準備中の論文）からの提言でもあります。 このワークショップで得られたいくつかの提言は、すでにwwPDB OneDepシステムに実装されています。 これには、 ...

2021年11月24日（水）、PDB創設50周年を記念して「PDBアジア地区50周年記念シンポジウム～アジア地区構造生物学の最先端とProtein Data Bank 50年の歩み～」をオンラインで開催しました。国内外から300名以上の研究者のご参加をいただき盛会のうちに終えることができました。 ポスターセッションでは、アジアを中心に7か国から計78件の発表があり、そのうち、学生ならびに若手研究者による57件がPDBjポスター賞の審査対象となりました。 選考の結果、以下の4名が受賞者と決定し ...

王立化学会の２つのウェビナー「50年目の蛋白質構造データバンク(PDB): PDBデータの利用と理解、評価」にご参加ください 王立化学会の化学情報・計算機応用グループは、 化学のためのオープンソース・ツールに関するワークショップシリーズの一環として、PDB50を記念して2つの無料オンラインイベントを開催します。 50年目の蛋白質構造データバンク(PDB): PDBデータの利用と理解、評価 １日目: 2021年11月16日（火）3-5pm GMT（日本時間：11月17日午前0時～11月17日午前 ...

インド・ハイデラバードで開催された2017年国際結晶学連合会議に参加したJohn Westbrook氏 ラトガース(Rutgers)大学特任教授であり、RCSB PDBのデータ&ソフトウェア・アーキテクトのリーダーであったJohn D. Westbrook Jr.氏(1957-2021) が2021年10月18日に逝去されました。 彼はラトガース大学の同僚や世界中の人々から非常に愛され、尊敬されていて、 辛口のウィットと、データとデータ管理のあらゆる側面について考えることへの限りない熱意で知 ...

PDBは1971年10月20日に学術誌Nature New BiologyのCrystallographyの欄で設立が発表されました。（ Protein Data Bank Nature New Biology 233: 223 (1971) doi: 10.1038/newbio233223b0）。 現在、PDBアーカイブには、18万件以上の蛋白質、核酸、および複合体の構造が含まれており、 学生や研究者が蛋白質合成から健康や病気まで、生物医学や農業のあらゆる側面を理解するのに役立っています。 また、 ...

11月24日にオンラインにて「PDBアジア地区50周年記念シンポジウム～アジア地区構造生物学の最先端とProtein Data Bank 50年の歩み～」を開催します。 日本時間11月8日までにシンポジウムへの参加登録をしてください [ wwPDB News ]

wwPDBのバイオキュレーター Dr. Sutapa Ghosh博士とMonica Sekharan博士が処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 二人は、このマイルストーンに到達した2番目・3番目のバイオキュレーターとなります。 2021年4月に見学有美子さんが初めてこのマイルストーンに到達しました（ wwPDBニュース / PDBjニュース ）。 Ghosh博士はカルカッタ大学で構造生物学の博士号を取得し、企業で構造に基づいた薬剤設計に携わった後、PDBメンバ ...

2021年11月26日(金)、第59回日本生物物理学会年会にて下記の通りバイオフィジックスセミナーを開催します。 日時 2021年11月26日(金) 12:00～12:50 開催方法 オンライン プログラム名 バイオフィジックスセミナー 部屋番号：ch2 参加登録 学会の事前参加登録(参加費がかかります）が必要。( 申し込み ) 講演言語 英語 演題・演者 - PDB activities under ongoing Covid-19 situation, and up-to- ...

PI name, email, and ORCiD ID will be publicly available in PDBx/mmCIF data files starting September 24, 2021 wwPDBは、世界中の研究、教育、創薬の支援を続けています。 PDBデータを誰もが無料で利用できることは、抗コロナウイルス薬、ワクチン、中和抗体などの構造誘導型の発見・開発において、研究者の助けとなっています。 研究者がPDBに存在するよく似た構造など、既存の構造を解析する場合、一次引 ...

化合物辞書のエントリー別の定義ファイルとアーカイブ内のファイル一覧をダウンロードできるようになりました 低分子の定義ファイルへのアクセスを改善 （新しいディレクトリ：/pdb/refdata/） 化合物辞書(Chemical Component Dictionary, CCD)とBIRD辞書 (Biologically Interest molecule Reference Dictionary)の 個々の定義ファイルが、PDBアーカイブ内の新しいFTPツリーからアクセスできるようになりました。 ...