日本時間（JST=UTC+9）2023年7月11日（火）、以下に記すホストを廃止しました。これらは主にサービスごとのサイト用として設けたものですが、いずれもPDBjメインサイトなどへリダイレクトするよう設定していました。 今後はリダイレクト先となっていたURLに直接アクセスしていただきますようお願いします。 ホスト名 内容、リダイレクト先 doc.pdbj.org PDBj Help（ヘルプなどの文書） ash.pdbj.org ASH（構造アライメントツールおよびそれを使ったウェブサービス） ...

wwPDBは2023年に設立20周年を迎えます 今から20年前の2003年7月、結晶学(MX)、核磁気共鳴(NMR)、電子顕微鏡(3DEM; 1,2)の実験手法で決定された 生体高分子の蛋白質構造データであるコアアーカイブ（Protein Data Bank Core Archive）を運営するために、 RCSB蛋白質構造データバンク(RCSB PDB, 米国)、 欧州蛋白質構造データバンク(PDBe)、 日本蛋白質構造データバンク(PDBj)が パートナーシップを結んで国際蛋白質構造データバンク（ ...

PDBアーカイブの次世代アーカイブリポジトリ（NextGen）のバージョン1.0が 2023年初めに公開されました。 この "NextGen "アーカイブは、PDBx/mmCIFとPDBMLの両方のフォーマットで、拡張された原子座標ファイルを保有しており、 ファイルは files-nextgen.wwpdb.orgや PDBjのfiles-nextgen.pdbj.org からダウンロードできます。 NextGenアーカイブの最初の公開では、 PDBコアアーカイブの座標ファイルに、UniProt、 ...

2023年7月5日（水）、第23回日本蛋白質科学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。皆さまのお越しをお待ちしています。 日時 2023年7月5日（水）12:00 ～ 12:50（JST = UTC+9） 会場 名古屋国際会議場（愛知県名古屋市熱田区熱田西町1-1 Google Map） 1号館 3F D会場 定員 80名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 直接会場にお越しください（整理券の配布はありません） 講演言語 日本語 開催方式 対面 演題・演者 - ...

Q) X線/中性子線ハイブリッド法の構造の登録について、構造因子ファイルの登録方法を教えてください。 A) 構造因子ファイルは以下のようにして準備してください。 (original.mtz contains as follows; I-obs-xray SIGI-obs-xray R-free-flags-xray I-obs-neutron SIGI-obs-neutron R-free-flags-neutron ) cad HKLIN1 original.mtz HKLOUT ...

NMRデータファイルは、多くの異なるソフトウェア固有のフォーマットでNMRデータを持つPDBエントリに対して、 NEFおよび NMR-STARフォーマット [Ulrich, 2019]で標準化されています。 この改善プロジェクトでは、PDBエントリーのNMRデータを1つのNMR-STAR/NEFファイルに統合して提供します。 wwPDBでは、NMRデータ（距離制限、化学シフト、場合によってはピークリスト）のNMR-STAR/NEF形式での単一ファイルのアップロードを 進めており、将来的にはOneDepでのソ ...

大阪大学が主催する大阪大学共創DAY＠EXPOCITY2023『未来社会を創造中！』に蛋白質研究所・PDBjも出展します。 皆さまのお越しをお待ちしています。 大阪大学共創DAYとは、体験イベント、ミニレクチャー、展示などを通して、大阪大学のさまざまな研究成果や、社会課題を発掘・解決する「共創」の取り組み、そして、その先に創造する未来社会の姿をご紹介するイベントです。 今年は「光の広場」に加え、「空の広場」や「EXPOCITY Lab」にも展開します。 子どもから大人まで多くの皆さまと、科学・研究・ ...

PDBアーカイブの継続的な増加に伴い、全ディレクトリの内容を一覧できるファイル （現在はhttps://files.wwpdb.org/pub/pdb/ls-lR） のサイズが長期的なメンテナンスの課題となります。 wwPDBでは、このファイルを2023年7月12日00時00分（UTC）にPDBアーカイブから削除する予定です。 今後は、同じデータを含むファイル （https://files.wwpdb.org/pub/pdb/holdings/ 配下） を活用してください。 これらの一覧データファイル ...

PDBj開始以来約23年間に渡ってPDBjで処理してきたPDB登録処理件数が5万件に達しました！ この数は全登録数の約1/4に相当します。 詳細は以下のプレスリリースを参照ください（日本語のみ）。 -大阪大学が世界の蛋白質構造データバンク（PDB）を運営して20年- 世界のPDBデータの4分の１相当 5万件に到達！｜研究成果｜大阪大学蛋白質研究所

pdb_extractは、構造決定プログラムの出力ファイルから、座標データ、登録者が提供するメタデータ、 データ処理情報を統合し、OneDepシステムでの容易な登録に利用できる完全なPDBx/mmCIFファイルを生成できます。 オンラインフォーム又は、再設計され簡単にインストールできる コマンドラインインターフェイス （Python）をご利用ください。 座標データ アップロードされた座標ファイル（PDBx/mmCIFまたはPDB）は、PDBx/mmCIF辞書と照合されます。 レガシーPDBフォーマット ...

2023年5月18日(木)、第27回台湾生物物理学会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2023年5月18日（木）13:00 ～ 13:50（CST = UTC+8） 会場 台湾、花蓮、慈濟大学、和敬樓演藝廳 (B106) Performance Hall (B106) , He-Jing Building, Tzu Chi University, Hualien, Taiwan 定員 240名 参加費 無料（別途学会参加費は必要）

PDBアーカイブの継続的な増加に伴い、全ディレクトリの内容を一覧できるファイル （現在はhttps://files.wwpdb.org/pub/pdb/ls-lR） のサイズが長期的なメンテナンスの課題となります。 wwPDBでは、このファイルを2023年7月12日00時00分（UTC）にPDBアーカイブから削除する予定です。 今後は、同じデータを含むファイル （https://files.wwpdb.org/pub/pdb/holdings/） のを活用してください。 これらの一覧データファイルを参 ...

コンタクトオーサーがORCiDsを使用して、OneDepにログインできるようになりましたのでお知らせいたします。 この認証方法により、各コンタクトオーサーはパスワードを共有することなくOneDepにログインし、 すべての登録エントリーを閲覧したり、アクセスすることができます。 登録セッションID・パスワードによるOneDepへのログインは引き続き可能ですが、特定の登録セッションにしかアクセスできません。 ORCiDをOneDepで使用すると、コンタクトオーサーにORCiDが提供されているエントリ ...

PDBjが行った最近の活動などを紹介したPDBj Newsletter Vol.23（日本語版・英語版）を公開しました。

wwPDBは、大英帝国勲章受賞者で王立協会フェローであるOlga Kennard博士の 訃報に接し、追悼の意を表します。 結晶学データベースの開発における彼女の先駆的な研究は、現代の分子構造データアーカイブの基礎を築き、 その後のデータ駆動型研究に大きな進歩をもたらしました。 画像は英国結晶学会（British Crystallographic Association）より引用 Olga博士は、低分子のケンブリッジ結晶構造データベース（CSD）を維持するために、 ケンブリッジ結晶構造 ...

wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、 PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component Dictionary）のIDについて、コードの文字数を将来的に拡張します。 これらの拡張IDを含むエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットではサポートされません。 過去のニュースもご覧ください。 CCD IDの拡張 現在、CCDエントリーは3文字の英数字で識別されています。 しかし現在の増加率で想定すると、2024年より前に３文字の利用可能な新しいコードがなく ...

ファイルをダウンロードする際に使用されるFTPプロトコルは、HTTP/Sに取って代わられ、年々利用者が減っています。 HTTP/Sには、速度、ステートレス、セキュリティ（HTTPS）、より良いサポートなど、多くの利点があります。 重要なのは、過去2～3年の間に、主要なウェブブラウザ（ChromeとFirefox）がFTPプロトコルのサポートを終了したことで、 一般のユーザーにとっては、FTPプロトコルが事実上廃止されたのです。 インターネット上のファイルダウンロードの大部分がHTTP/Sに移行したこと ...

PDBの次世代アーカイブリポジトリのプロトタイプを公開しました。 「NextGen」と呼ばれるこのアーカイブは、PDBx/mmCIFおよびPDBML形式の構造モデルファイルを提供し、 新しいサイトfiles-nextgen.wwpdb.org （PDBj:https://ftp-nextgen.pdbj.org）で公開しています。 このPDBアーカイブは、 PDBメインアーカイブ（files.wwpdb.org / https://ftp.pdbj.org） の構造モデルファイルの内容に加え、 外部のデータ ...

PDBへ構造を登録された方へ：この画像をダウンロードして、登録した構造の数を記載し、写真にタグ付けしてください 今週の公開で、PDBアーカイブのエントリ数は200,069件となりました。 2019年には15万件 (wwPDB News) を、 2014年には10万件 (wwPDB News) の節目を達成してきました。 1971年に創設されたこのPDBアーカイブは、 実験で決定したタンパク質や核酸の膨大な構造データを、世界中の構造生物学者が登録してくださったおかげで、 大きな節目を迎えること ...

A snapshot of the PDB Core Archive as of January 2, 2023 is available. 2023年1月2日現在のPDBアーカイブ (ftp://ftp.wwpdb.org、https://s3.rcsb.org/又は PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、 スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、https://s3snapshots.rcsb.org/（AWS ...

蛋白質構造データバンク（PDB）はGlobal Biodata Coalition（GBC）が認定する Global Core Biodata Resource（GCBR）の一つに認定されました。 GBCRには、世界中のライフサイエンスおよび生物医学研究にとって長期的に持続性が重要と考えられる 37のリソースが含まれます。 PDBは、Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)パートナーシップによって共同運営されている3つのコアアーカイブのうちの1つです。 wwPDBのメンバ ...

2022年11月26日(土)、令和4年(2022年)度 日本結晶学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2022年11月26日(土) 12:30 ～ 13:00 会場 関西学院大学 西宮上ケ原キャンパス B 号館 講演会場D 定員 85名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 当日朝、受付にて整理券を配布 講演言語 日本語 開催方式 対面 演題・演者 - 「PDBjとwwPDBの最近の活動状況について」 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所) プログラム・ ...

XMLフォーマットで記述したPDBMLplusのファイル提供は終了しました。今後はPDBj MineのRDB検索またはjsonフォーマットで記述したmmjson-plusをご利用ください。 概要 PDBMLplusは、XML形式のPDBデータフォーマットPDBMLのデータに対し、個々のPDBエントリーに関する情報をPDBjで独自に追加したPDBMLaddの情報を追加したものとして提供していました。XML形式でのファイル提供は終了しましたが、PDBMLaddに相当する内容をjson形式で記したファイル ...

2022年10月31日(月)、2022年アジア結晶学会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2022年10月31日(月) 12:00 ～ 13:00 会場 韓国、済州島、ラマダプラザチェジュ ホテル 定員 100名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 講演言語 英語 演題・演者 - 「Recent Activities of PDBj and wwPDB」 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所) - 「OneDep: Unified System for ...

2003年に設立されたWorldwide Protein Data Bank (wwPDB）は、構造生物学データのアーカイブ、管理、一般公開を目的とし、 パブリックドメイン情報の責任ある管理の象徴であるFAIR原則（見つけやすさ、アクセス性、相互運用性、再利用性）を掲げています。 wwPDBの運営は、直近2021年に更新されたwwPDB定款（PDF） により規定されています。更新された規約では、2種類のwwPDBメンバー（正規メンバーおよび準メンバー）が規定されています。 現在のwwPDB正規メ ...