| DNA鎖とRNA鎖を共に含んでいるものを除いたエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - DNA鎖とRNA鎖を共に含んでいるものを除いたエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE NOT ('{3,4}' && chain_type_ids) 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な高分子鎖の種別名を番号に置き換えてchain_type_idsカラムに保存しています。対応については構成要素情報をご覧ください。 タグ ... |
| 高分子鎖の中にDNA（polydeoxyribonucleotide）を含まないエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 高分子鎖の中にDNA（polydeoxyribonucleotide）を含まないエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE NOT ('{3}' && chain_type_ids) 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な高分子鎖の種別名を番号に置き換えてchain_type_idsカラムに保存しています。対応については構成要素情報 ... |
| 高分子鎖の中にD体またはL体のポリペプチド鎖を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 高分子鎖の中にD体またはL体のポリペプチド鎖を含むエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE ('{1,2}' && chain_type_ids) 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な高分子鎖の種別名を番号に置き換えてchain_type_idsカラムに保存しています。対応については構成要素情報をご覧ください。 タグ ... |
| 高分子鎖の中にD体とL体両方のポリペプチド鎖を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 高分子鎖の中にD体とL体両方のポリペプチド鎖を含むエントリーのPDBIDを得る 検索は |
| 高分子鎖の中にD体ポリペプチド（polypeptide(D)）を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 高分子鎖の中にD体ポリペプチド（polypeptide(D)）を含むエントリーのPDBIDを得る 検索は |
| 公開日が2003年1月1日以降、登録日が2001年1月1日以降で、PDBIDが「2k」で始まる各エントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 公開日が2003年1月1日以降、登録日が2001年1月1日以降で、PDBIDが「2k」で始まる各エントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE release_date >= '2003-01-01' AND deposition_date >= '2001-01-01' AND b.pdbid LIKE '2k%' タグ - brief_ ... |
| 「1g」で始まるPDBID全てを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQLクエリ文の事例 - 「1g」で始まるPDBID全てを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE pdbid like '1g%' タグ - brief_summary - エントリー情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - 部分一致（LIKE） |
| 文献著者名に「Ito, N.」を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 文献著者名に「Ito, N.」を含むエントリーのPDBIDを得る 検索は |
| 全PDBエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 全PDBエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary タグ - brief_summary - エントリー情報 - 情報を取り出す（SELECT） |
| 公開日が2000年1月1日以降であるエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 公開日が2000年1月1日以降であるエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE release_date >= '2000-01-01' タグ - brief_summary - エントリー情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） |
| PDB IDの全件数を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDB IDの全件数を得る 検索はこちら SELECT COUNT(pdbid) FROM brief_summary タグ - brief_summary - エントリー情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 件数を数える（COUNT） |
| PDBエントリー「1gof」の概要情報を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー「1gof」の概要情報を得る 検索はこちら SELECT pdbid, struct_title FROM brief_summary WHERE pdbid='1gof' タグ - brief_summary - エントリー情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） |
| 著者名（citation_author）に「Ito, N.」と「Phillips, S.E.V.」の両方を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 著者名（citation_author）に「Ito, N.」と「Phillips, S.E.V.」の両方を含むエントリーのPDBIDを得る 検索は |
| 一次文献著者名に「Ito, N.」を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 一次文献著者名に「Ito, N.」を含むエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE '{"Ito, N."}' <@ citation_author_pri タグ - brief_summary - 著者・登録者、文献の情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - ある値が配列にあるか調べる（包含、<@,>@） |
| 実験手法が「SOLUTION NMR」（溶液NMR）であるエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 実験手法が「SOLUTION NMR」（溶液NMR）であるエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE 6 = ANY(exptl_method_ids) タグ - brief_summary - 実験情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な実験 ... |
| 雑誌の巻番号が555であるエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 雑誌の巻番号が555であるエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE '{"555"}' && citation_volume タグ - brief_summary - 著者・登録者、文献の情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - 2つの配列に共通要素があるか調べる（重複、&&） |
| 雑誌の発行年が2001であるエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 雑誌の発行年が2001であるエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE '{2001}' && citation_year タグ - brief_summary - 著者・登録者、文献の情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - 2つの配列に共通要素があるか調べる（重複、&&） |
| 雑誌の発行年が1991年、巻番号が266、実験手法が「X-RAY DIFFRACTION」（X線回折）であるエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 雑誌の発行年が1991年、巻番号が266、実験手法が「X-RAY DIFFRACTION」（X線回折）であるエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE '{1991}' && citation_year AND '{"266"}' && citation_volume AND '{1}' && exptl_method_ids タグ - ... |
| 簡易検索 - 検索サービス - PDBj Mine - 簡易検索 [基本的な使い方] PDBj各ページ上部にある検索ボックスを使って、以下の内容を対象にしてエントリーを検索することができます。 結果は、条件に適合したエントリーの一覧が簡単な要約付きで表示されます。 - PDB IDまたはキーワード - アミノ酸または核酸配列 - 著者名 |
| 関連データベース情報 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - 関連データベース情報 関連データベースに関する情報は下記の項目から得ることができます。 WHERE節を併用すれば 条件に合ったエントリーの概要だけを抽出できます。 項目名 内容 db_pubmed 各論文のPubmed ID db_doi 各論文のDOI db_ec_number 含まれる各分子の酵素番号（ある分子のみ） db_goid 各分子に関係する用語（GO、Gene ... |
| 生物種情報 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - 生物種情報 分子の遺伝子源生物や、発現に使った生物の情報は下記の項目から得ることができます。 WHERE節を併用すれば 条件に合ったエントリーの概要だけを抽出できます。 項目名 内容 biol_species エントリーに含まれる各分子の由来生物種名（学名、一般名） host_species エントリーに含まれる各分子をつくるのに使った生物の学名 （遺伝子源生物とは異なる生物を使って発現さ ... |
| 実験手法 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - 実験手法 項目名 内容 exptl_method 実験手法名のリスト exptl_method_ids 実験手法名番号のリスト exptl_method_idsの実験手法名番号は下記のように数値で定義されています。条件を指定する際は該当する数値で指定して下さい。 1. X線回折（X-RAY DIFFRACTION） 2. 中性子回折（NEUTRON DIFFRACTION） 3. 繊 ... |
| エントリーの概要、キーワード - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - エントリーの概要、キーワード 分子の説明やキーワードは下記の項目から得ることができます。 WHERE節を併用すれば 条件に合ったエントリーの概要だけを抽出できます。 項目名 内容 struct_title エントリーの名称。分子の簡単な説明を記した文字列。 keywords エントリーに関連するキーワード。 - PDBエントリー「1gof」の概要情報を得る |
| PDBID一覧、件数 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - PDBID一覧、件数 pdbid列の情報を参照することでPDBIDを得ることができます。 WHERE節を使って条件をつけることにより 条件に合ったエントリーのPDBIDだけを抽出することもできます。 また、COUNTを使って条件に合うエントリーの数を得ることもできます。 - 全PDBエントリーのPDBIDを得る - PDBエントリーの全件数を得る - PDBIDが「1g」で始まるエントリーの ... |
| 遺伝子オントロジー（GO）のbiological_processカテゴリtricarboxylic acid cycleに関連づけられているPDBエントリーのPDBID一覧を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 遺伝子オントロジー（GO）のbiological_processカテゴリtricarboxylic acid cycleに関連づけられているPDBエントリーのPDBID一覧を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT e.pdbid FROM gene_ontology_pdbmlplus e WHERE e.namespace='biological_process' AND e.name='tricarboxylic ... |
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件を2024-04-24に公開中
