| 並べ替え（ORDER BY） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 並べ替え（ORDER BY） 値を並べ替えて表示するには ORDER BY を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.5. 行の並べ替え）。 降順（大きい順）で並べ替えるには ORDER BY カラム名 DESC を、 昇順（小さい順）で並べ替えるには ORDER BY カラム名 ASCを用います。 DESC, ASCどちらもつけなかった場合はASC（昇順並べ替え）が指定されたものとして扱 ... |
| テーブルの結合（JOIN） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - テーブルの結合（JOIN） ２つのテーブルを結合するには JOIN ... ON を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.2. テーブル式）。 ON の後には両テーブルを結合するための条件を記します。JOIN ... ON では条件に合った両テーブルのレコードのみが結合済みテーブルに含められます。代わりに LEFT JOIN ... ON を使うと、先に記したテーブルは全レコードが、 ... |
| 件数を数える（COUNT） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 件数を数える（COUNT） 値ではなく件数を得るにはCOUNTを用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 表9.49 汎用集約関数）。 SELECT COUNT(項目名) FROM テーブル名 |
| 複数条件の結合（AND、OR）と否定（NOT） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 複数条件の結合（AND、OR）と否定（NOT） WHERE節などで複数の条件を結合したり、条件を否定したりするには 以下の論理演算子を使います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.1. 論理演算子）。 演算子 意味 AND 論理積（両方真なら真） OR 論理積（どちらか一方でも真なら真） NOT 否定（偽なら真） 書式 【書式1】2つの条件が両方とも真であるデータを抽出 ... |
| 正規表現による条件指定 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 正規表現による条件指定 正規表現（regular expression）を使うとWHERE節などでより詳細な条件指定ができます （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.7.3. POSIX正規表現）。 正規表現の指定はチルダ（~）を使って行います。特殊な意味を持つパターン記述文字が以下の通りLIKEとは異なることに注意して下さい 文字 意味 . 任意の1文字 * 直前パターンが0個以上（ ... |
| 部分一致（LIKE） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 部分一致（LIKE） WHERE節などで部分一致の条件指定を行うにはLIKEを使います（参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.7.1. LIKE）。 LIKE のパターン指定において以下の文字は特殊な意味を持ちます。 文字 意味 % 任意の0文字以上の文字（列） _ 任意の1文字 例えば、パターン「123%」は123、1234、12345 などに一致し、「123_」は 1234 ... |
| 対象を限定する（WHERE） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 対象を限定する（WHERE） 検索条件を付加しSELECT文による抽出結果を限定するには、SELECT文の後にWHERE節を付け加えます（参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.2.2. WHERE句）。 - 条件は「項目名 [演算子] 値」の形式で指定します。以下に使える演算子をいくつか示します。 演算子 内容 例 結果 + 和 1 + 2 3 - 差 3 - 2 1 * 積 2 * 3 6 / ... |
| 機能情報 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 機能情報 以下に分子の機能情報に関する検索例を挙げます。 - 遺伝子オントロジー（GO）のbiological_processカテゴリtricarboxylic acid cycleに関連づけられているPDBエントリーのPDBID一覧を得る - Pfamコードが"PF00046" (Homeobox) で、分解能が2.0Åより高く、鎖長が58残基以上のPDBエントリーの配列を得る |
| 実験情報 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 実験情報 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な実験手法名を番号に置き換えてexptl_methodカラムに保存しています。対応は以下の通りです。 1. X線回折（X-RAY DIFFRACTION） 2. 中性子回折（NEUTRON DIFFRACTION） 3. 繊維回折（FIBER DIFFRACTION） 4. 電子線結晶解析（ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY） 5. 電子顕微鏡（ ... |
| 情報を取り出す（SELECT） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 情報を取り出す（SELECT） テーブルから情報を取り出すにはSELECT文を使います（参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.1. 概要）。 - 出力対象となる項目名（列名、カラム名）はコンマで区切って複数指定できます。 - すべての項目名を出力対象とする場合、項目名にアスタリスク（*）を指定します。 - 条件をつけて返される結果を限定するにはWHERE節を併用してください。 - 返される結果数 ... |
| Pfamコードが\ - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - Pfamコードが"PF00046" (Homeobox) で、分解能が2.0Åより高く、鎖長が58残基以上のPDBエントリーの配列を得る 検索はこちら SELECT s.*, r.ls_d_res_high AS reso, LENGTH(p.pdbx_seq_one_letter_code_can) AS len, ('>' || s.pdbid || s.chain) AS header, p.pdbx_seq_one_ ... |
| [wwPDB] 研究公正局（ORI）による研究不正行為判断に従い、PDBエントリーを廃止しました。 2018年に、米国保健福祉省（U.S. Department of Health and Human Services）の研究公正局（Office of Research Integrity, ORI）は、 H.M. Krishna Murthy事件の最終的な調査で、研究不正行為があったと発表しました。 Murthy氏は、10件の研究論文と、それらに対応する12件のPDB構造において、偽造及び/又は捏造した研究を報告したことが判明しました 。 研究公正局がこの問題で証拠を集めて評価している間に、 ... |
| 2種類の生物種に由来するキメラタンパク質のPDBID、エンティティID、Taxonomy IDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 2種類の生物種に由来するキメラタンパク質のPDBID、エンティティID、Taxonomy IDを得る 検索はこちら WITH t2(pdbid,chain,tax_id) AS (SELECT DISTINCT t.pdbid, t.chain, t.tax_id FROM sifts.pdb_chain_taxonomy t) SELECT e.pdbid,e.entity_id, ARRAY_AGG(DISTINCT t2.tax ... |
| GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）である、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）である、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT e.pdbid, e.entity_id, s.sp_primary FROM entity_poly AS e JOIN sifts.pdb_chain_go AS s ON s.pdbid = e.pdbid AND s.chain = ANY(STRING_ ... |
| GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）でかつヒト由来のタンパク質の、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）でかつヒト由来のタンパク質の、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT e.pdbid, e.entity_id, s.sp_primary FROM entity_poly e JOIN sifts.pdb_chain_go s ON s.pdbid = e.pdbid AND s.chain = ANY( ... |
| キーワードとそのキーワードが定義されているPDBエントリーの件数を得る（表示順は件数の多い順でキーワードの大文字小文字は区別なし、件数が多いものから順に並べ、多いもの10件を表示） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - キーワードとそのキーワードが定義されているPDBエントリーの件数を得る（表示順は件数の多い順でキーワードの大文字小文字は区別なし、件数が多いものから順に並べ、多いもの10件を表示） 検索はこちら SELECT LOWER(pdbx_keywords), COUNT(entry_id) AS noe FROM struct_keywords GROUP BY LOWER(pdbx_keywords) ORDER BY COUNT( ... |
| PDBエントリー1bbtの生物学的単位生成情報を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1bbtの生物学的単位生成情報を得る 検索はこちら SELECT e1.assembly_id, e1.asym_id_list, e1.oper_expression, e2.oligomeric_details, e2.oligomeric_count FROM pdbx_struct_assembly_gen AS e1 LEFT JOIN pdbx_struct_assembly AS e2 ON e1. ... |
| PDBエントリー1babに含まれる各高分子鎖のentity ID、Chain ID（auth_asym_id）、UniProt IDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1babに含まれる各高分子鎖のentity ID、Chain ID（auth_asym_id）、UniProt IDを得る 検索はこちら SELECT e.pdbid, e.entity_id, s.chain, s.sp_primary FROM entity_poly AS e JOIN sifts.pdb_chain_uniprot AS s ON s.pdbid = e.pdbid AND s.chain = ... |
| 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDとポリマー鎖数を得て、ポリマー鎖数の少ない順（昇順）に表示する - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDとポリマー鎖数を得て、ポリマー鎖数の少ない順（昇順）に表示する 検索はこちら SELECT e1.pdbid, SUM(e2.pdbx_number_of_molecules) FROM pdbx_database_status e1 JOIN entity e2 ON e1.pdbid=e2.pdbid WHERE e1.pdb_format_ ... |
| 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM pdbx_database_status AS e WHERE e.pdb_format_compatible='N' タグ - エントリー情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - 別名指定（AS） - pdbx_database_ ... |
| PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7番について、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者が定義したChainID）、配列（chem_comp_id 表記をハイフンでつないだ値）を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7番について、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者が定義したChainID）、配列（chem_comp_id 表記をハイフンでつないだ値）を得る 検索はこちら WITH chain(pdbid,entity_id,label_asym_id) AS (SELECT e1.pdbid, e1.entity_ ... |
| アミノ酸配列でPDBエントリーを検索 - FAQ Q) アミノ酸配列でPDBに登録されているタンパク質を調べるのはどうすればよいですか？ A) PDBjページトップにある検索ボックスにアミノ酸一文字表記で検索配列を入力して検索するか、 または左メニューにあるSequence Navigatorサービスをご利用下さい。 Sequence Navigatorに関するご利用方法について詳しくは、ヘルプページもご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| PDBjウェブインターフェースのカスタマイズ [カスタマイズパネル] PDBj's new web interface's home PDBjウェブサイトのメインメニューはページの左側に配置されています。 メインメニューは、カテゴリごとに分割された複数のパネルから構成されています。 このメニューは、PDBjウェブサイトの各ページで共通です。 画面中央には各ページの内容が表示されます。 さらに追加すべき内容や機能がある場合には、右側のメニューに表示されます。 PDBjウェブインターフェースでは、ユーザが、各ページに表示されるパネル ... |
| PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7番について、PDBID、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者が定義したChainID）、残基名を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7番について、PDBID、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者が定義したChainID）、残基名を得る 検索はこちら WITH chain(pdbid,entity_id,label_asym_id) AS (SELECT e1.pdbid, e1.entity_id, e1.id AS label_ ... |
| 対話型チュートリアル PDBjのウェブインターフェースでは様々な新しい機能が用意されています。 その一つが対話型チュートリアルです。 このチュートリアルでは、PDBjのウェブインターフェースについて様々な機能を紹介します。 対話型チュートリアル一覧: ・ウェブインターフェースの紹介はインターフェースチュートリアルをご覧ください。 トップページのみに表示された検索バー（簡易検索）は、他のページに移動しても上部に表示されますので、いつでもご利用頂けます。 簡易検索の機能については、Mine 簡易検索のチュートリアルをご ... |
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