| これまでにない完全なHIVカプシド構造がPDBで公開されました ... structures/mmCIF/3j3q.cif.gz ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/large_structures/XML/3j3q.xml.gz ftp://ftp.ebi.ac. ... uk/pub/databases/pdb/data/large_structures/mmCIF/3j3y.cif.gz ftp://ftp.ebi.ac. ... |
| [wwPDB] PDBアクセションコードを変更しない公開済みの構造の改訂（ファイル・バージョニングシステム）と、FTPアーカイブの変更 ... で、注意してください。 個々のPDBアーカイブのエントリーのバー ... 疑念を回避するため、wwPDBは、PDBアーカイブ中のエントリーに対 ... 先"Can a re-refined structure be deposited to the PDB?"より） 今回、ファイル・バージョニ ... 行う予定です （例えば、"1abc"は、"pdb_00001abc"になります）。 この変更に ... ーマでは、次のようになります。 pdb_00001abc_xyz_v2-0.cif.gz wwPDBは、継続 ... |
| [wwPDB] CCDやPDB IDが拡張されたPDBエントリーは、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供されます ... accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb 例えば、4文字のPDB IDを全て消費 ... した後に、8文字のPDB ID、pdb_00099xyzでPDBエントリーが発行され ... _database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB pdb_00099xyz pdb_00099xyz 10.2210/pdb_00099xyz/pdb 4文字のPDB IDがすべて消費さ ... |
| [wwPDB] 将来的には、CCDやPDB IDが拡張されたPDBエントリーは、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供する予定です ... _2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB pdb_00099xyz pdb_00099xyz 10.2210/pdb_00099xyz/pdb |
| [wwPDB] PDBx/mmCIFフォーマットと拡張PDB IDへの移行について ... 細は、wwPDBサイト（ wwPDB: Extended PDB ID With 12 Characters） をご覧くだ ... _2.pdbx_DOI PDB 2HYV pdb_00002hyv 10.2210/pdb2hyv/pdb WWPDB D_1000038924 ? ? 新しいPDB DOIフォーマット ... 対応する10.2210/pdb[4-character_PDB_ID]/pdbという形式のDOIを持 ... しいDOIが、10.2210/[Extended_PDB_ID]/pdbの形式で発行されます ... |
| [wwPDB] バージョン化と改訂履歴を導入した新しいPDBアーカイブの管理法について ... .cif.gz →../pdb_versioned/data/entries/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz_v1-2.cif.gz ../pdb_versioned/views/all/coordinates/mmcif/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz ... |
| ニュース (2004年07月30日) PDBデータ検索サービス(xPSSS)で、過去に登録されたTheoretical modelsの検索とダウンロードができるように改良いたしました。 |
| ニュース (2011年08月18日) PDB/RDFサービス を始めました。詳細は ヘルプページ をご覧ください。 |
| ニュース (2010年12月22日) PDBで公開済みのエントリー数が、 7万件を超えました 。（ wwPDBニュース... ） |
| ニュース (2011年04月13日) PDBアーカイブの バージョン4.0 が、2011年の夏に公開されます。( wwPDBニュース... ) |
| ニュース (2009年05月27日) PDB登録 の主要ページに日本語版を追加しました。 |
| ニュース (2004年06月23日) PDBデータ検索サービス(xPSSS)の検索結果にある Functional Details Page で、正しい鎖の名前が示されるように改良いたしました。 |
| 4-3) 同じエントリーに対して、昨年から、パーセンタイル順位が変わったのはなぜですか？ - validation FAQ - PDBアーカイブのエントリーの増加 ... |
| ペーパーモデル PDBに登録されている分子の構 ... |
| ニュース (2007年08月01日) PDBアーカイブデータの修正が完了し、2007年8月1日から ftp://ftp.wwpdb.org/ および、PDBj ftp ミラーサイトftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/から、ご利用いただけます。 |
| 3-1) 精密化プログラムのログファイルからデータを取得して、完全なPDBxフォーマットのファイルを生成する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - pdb_extractを使って、精密化した座標 ... を”採取する”ことができます。 pdb_extractを使うと、生成した座標や ... |
| データ登録 PDBへの登録 wPDB 登録・アノテーショ ... ンパク質などの構造情報をPDBとBMRBに登録するツールです。 URL ... |
| ニュース (2015年4月12日) PDBのアーカイブデータの公開処理 ... いる蛋白質構造データバンク（PDB）のアーカイブデータの公開処理 ... |
| ニュース (2008年12月08日) ... ージョン3.15が公開されます PDBアーカイブの新しく標準化さ ... 前に公開されたファイルはPDBフォーマット バージョン3.15と ... |
| ニュース (2008年09月16日) PDBフォーマットガイド バージョン ... 力してきました。その成果が、PDBファイルのフォーマットをよ ... り完全に説明するPDBフォーマットガイド バージョン ... |
| ニュース (2008年11月25日) PDBフォーマットガイド バージョン ... 公開/更新される全てのPDBエントリーは、PDBフォーマットガイド バ ... |
| ニュース (2009年03月18日) PDBアーカイブ バージョン3.15が公 ... と拡張がされたバージョンのPDBアーカイブが ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp ... 前に公開されたファイルはPDBフォーマット バージョン3.15準 ... す。手順は PDBjウェブサイトの “ PDB Archive/Snapshot Archive ” または、 http://www.wwpdb.org/downloads.html ... |
| ニュース (2016年10月15日) PDBの電子顕微鏡エントリーの改 ... ェクト ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26578576)は、PDBアーカイブ中で、電子顕微鏡と ... いディレクトリ(ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/test_data/EM/)に配置され、 改良データ ... れる予定です。 2017年に、現在のPDBアーカイブにあるファイルは ... |
| ニュース (2009年02月13日) PDBアーカイブバージョン3.15が、2009 ... 化し拡張されたバージョンのPDBアーカイブを ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp ... 前に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.15に ... 降に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.20に ... す。手順は PDBjウェブサイトの PDB Archive/Snapshot Archive または、 http://www.wwpdb.org/downloads.html ... |
| ニュース (2012年10月19日) PDBの新しい辞書（BIRD）が、2012年12月 ... サイトで公開されます。 wwPDBは、PDBアーカイブ中の、ペプチド様の ... 情報などが含まれています。PDBエントリにペプチド様の抗 ... ・コビルカ氏に贈られました。 PDBには多くのGPCRが登録されて ... 造についての詳細は、 PDBe や RCSB PDB の記事もご覧ください。 PDBj で ... |
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件を2025-12-03に公開中
