| 日本語キーワードが翻訳されない・翻訳内容が不適切 - FAQ ... 翻訳内容で検索されません A) キーワードに含まれる日本語を ... |
| 4-1) アップロードしたファイルに問題がありました。問題点を一覧表示で確認する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - ファイルのアップロード中に生じた問題は、２つの場所で確認できます。 (1) ファイルアップロードページの”Populate”又は”Repopulate”ボタンを押した後現れる診断画面（赤いギアの絵に続く） (2) 登録インターフェースのUpload Summary（アップロード概要）ページ [質問一覧に戻る] |
| jV: 特定のアミノ酸・原子の表示指定 -FAQ ... 示する方法を教えて下さい。 A) jV のメニューの「Display」から「Cartoon」を選 ... |
| 1-7) パスワードを初期化、又は変更できますか？ - wwPDB D&A FAQ - 現在は、登録セッションのパスワードは、初期化も変更もできません。将来は、できるようになる予定です。 [質問一覧に戻る] |
| PDBデータの部分抽出 - FAQ ... ロードすることはできますか？ A) PDBj Mine検索 や PDBj Mine RESTサービス、XPath ... |
| 1-2) 登録のために必要な情報とファイルを教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 登録に必要な情報は旧システムと変更ありません。 登録予定の構造について、配列データベース（例えばUniProtKBやBLAST）から蛋白質や核酸の情報を また、リガンド（Ligand Expoを使って）の情報を集めてください。 新しいリガンドを登録する場合は、登録中に指示が与えられます。 データ処理やスケーリング、分子置換（MR）、精密化などのプログラムからログファイルを集め、 pdb_extractを使ってこれらログファイルをパースし、 試料中に存在する残基の配列情報を集めてください。 [質問一覧に戻 ... |
| jV: 画像の保存 -FAQ ... 存する方法を教えて下さい。 A) メニューの [File]から[Save] ->[PNG/JPEG] を選 ... |
| 1-8) 構造の著者や引用文献の著者に、著者を追加する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 著者名の隣の”+”ボタンをクリックしてください。新しい著者名を入力するための空欄が追加されます。 著者一覧の順序を並べ替えたい場合、上/下向きの矢印アイコンををドラッグしてください。 ゴミ箱アイコンを選択すると、著者一覧から名前を削除できます。 [質問一覧に戻る] |
| 2-1) ハイブリッド手法の構造を登録する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 登録開始時に、構造の決定に用いた実験手法についての情報を求められます。 複数の実験手法を選択することもできます。 例えば、X線/中性子線ハイブリッド法を使用した場合、X線回折と中性子線回折の両方を選択してください。 登録が終了すると、関連するアクセッションコードが割り当てられます （例えば、X線回折と溶液NMR法で解析された構造には、PDBアクセッションコードとBMRBアクセッションコードの両方が割り当てられます）。 登録セッションが進むと、登録者は、各々の実験手法に対するデータ収集や精密化とい ... |
| PDBj Mine（PDBjにおけるPDBデータ検索サービス）の使い方 - FAQ ... 関するヘルプはありますか？ A) PDBj Mineでは、簡易検索、詳細検索 ... |
| 1-5) パスワードを忘れてしまいました。どうすればよいですか？ - wwPDB D&A FAQ - 忘れてしまったパスワードを取得するために、登録ページの左側パネル（”Existing Deposition（既存の登録）”）にある”Forgot Password（ﾊﾟｽﾜｰﾄﾞを忘れました）”ボタンをクリックしてください。 小さいウインドウが現れ、Deposition IDと電子メールアドレスの入力を求められます。 これらを入力後、Submitボタンを押すと、指定された電子メールアドレスにパスワードが届きます。 未公開情報の安全性と機密性を維持するために、登録時に連絡先情報に追加された電子メールアドレスに ... |
| 1-10) 構造予測コンテストの登録であることを指定する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 「Release Status（公開条件）」ページで、「Y（はい）」を選択して、登録構造が予測ターゲットであることを指定してください。 既存構造に対する配列の一致度合いが50%以下であるか、さもなければ、予測対象として興味深いと考える場合は、CASPなど適切な開発方法を選択してください。 [質問一覧に戻る] |
| PDBj各種検索サービスの利用方法 - FAQ ... 関するヘルプはありますか？ A) ヘルプページの検索サービスに ... |
| [wwPDB] PDBのエントリー数が15万件を突破しました ... , 2017) - How community has shaped the Protein Data Bank (Structure, 2013) - Creating a Community Resource for Protein Science (Protein Science, 2012) 全文献リ ... |
| 3-2) PDBフォーマットのファイルをPDBxフォーマットのファイルに変換する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 新しい登録システムでは、PDBフォーマットでアップロードされたファイルは、自動的にPDBx/mmCIFフォーマットに変換されます。 アップロードしたPDBフォーマットファイルと変換後のPDBx/mmCIFフォーマットファイルは、左側パネルの最下部にあるリンク"Download files"からダウンロードできます。 あるいは、登録前にPDBフォーマットのファイルをPDBxフォーマットに変換したい場合は、pdb_extractを使用して変換し登録用のファイルを準備することもできます。 [質問一覧に ... |
| PDBデータのCD/DVD提供について - FAQ ... 入手することはできますか？ A) 申し訳ございませんが、PDBjか ... |
| 1-6) パスワードを取得しようと試みたのですが、パスワードが記載された電子メールが届きません。なぜですか？ - wwPDB D&A FAQ - いくつかの理由が考えられます。 1. 電子メール又はdeposition IDに入力ミスがあった 2. パスワード取得のために入力された電子メールアドレスが、登録セッションと関連がない 3. 電子メールがスパムフォルダに振り分けられた。登録関連の電子メールは、noreply@mail.wwpdb.orgから届きますので、このアドレスからのメールがスパムフォルダに振り分けられないよう、メール設定の調整が必要かもしれません。また、メールサーバで、スパムとして振り分けられている可能性もあります。 メールソフト ... |
| 1-3) 多数の関連構造を簡単に登録する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - まず１つの構造を登録してください。その後、関連構造を登録する際、登録ページで"Related depositions(関連する登録)"に、 最初に登録した構造のPDB IDを入力してください。 新しいシステムでは、登録者の連絡先情報、公開条件、データ収集情報、蛋白質名、由来する生物種、配列情報などの情報を新しい登録セッションに自動的にコピーする選択肢があります。 [質問一覧に戻る] |
| 1-9) 登録セッションが保管される期間を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 最後にログインしたときから、90日間保管されます。 [質問一覧に戻る] |
| 1-4) 以前に登録したエントリーに基づいて、新しいエントリーを登録する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 最初に座標と実験データファイルをアップロードする前に、File Upload（ファイルのアップロード）ページで、以前に登録したエントリーのDeposition ID (D_xxxxxxxxxx)とパスワードを入力してください。 その後、登録済みのエントリーからコピーするデータカテゴリーを選択してください。 先にファイルをアップロードして”populate”ボタンを押してしまうと、以前の登録からデータを選択することはできませんので、注意してください。 この後、新しい登録セッションを開始し、以前の登録から情報を ... |
| ニュース (2014年4月24日) ... (Structure, 2013)」 「The future of the Protein Data Bank (Biopolymers, 2013)」 「Creating a Community Resource for Protein Science (Protein Science, 2012)」 完全なリ ... |
| Molmil 分子ビューア ... 、論文を引用してください:Molmil: a molecular viewer for the PDB and beyond 利用方法 Molmil ... |
| 機能情報のダウンロード - FAQ ... からダウンロードできますか？ A) 機能情報（Functional Details）ページに掲載さ ... |
| フォーマット変換: ファイルフォーマットをPDBフォーマット - PDBx/mmCIF の間で変換するサービスはありますか - FAQ ... 換するサービスはありますか A)フォーマット変換のウェブサ ... |
| Promode ヘルプ ... ルは２本の線分からなり、$line##A***, $line##B*** と名づけられている。##は ... |
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件を2025-07-09に公開中
