| PDBj のj が小文字の理由 -FAQ ... PDBj のj は小文字なのですか？ A) 我々 PDBj （日本蛋白質構造データバ ... |
| 1-1) PDBへ生データを登録できますか？- wwPDB D&A FAQ - 登録者は登録構造の生データを登録し、wwPDB OneDepシステムから構造を登録する際に、“Related Entries（関連エントリー）”に対応するDOIを記載することが推奨されます。 以下のキュレーション付きアーカイブへ登録してください。 - X線結晶構造 - ProteinDiffraction.org - https://proteindiffraction.org - SBGrid - https://sbgrid.org - CXIDB - http://www.cxidb. ... |
| 5-6j) 登録構造中のリガンドのIDは、何を指定すればよいですか？- wwPDB D&A FAQ - 登録処理の過程で、リガンドを特定しますので、登録前には仮のIDを使用して頂いて構いません。 リガンドの特定時に、化合物辞書（CCD）に一致するリガンドがあれば、そのIDに置き換えることができます。 この場合、“Use exact match ID of XXX instead of originally proposed ID”を選択してください。 CCDに一致するものがなければ、新しいリガンドとして登録するために、構造の絵やSMILES等の追加情報を求められます。 [質問一覧に戻る] |
| 3-2) PDBフォーマットのファイルをPDBxフォーマットのファイルに変換する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 新しい登録システムでは、PDBフォーマットでアップロードされたファイルは、自動的にPDBx/mmCIFフォーマットに変換されます。 アップロードしたPDBフォーマットファイルと変換後のPDBx/mmCIFフォーマットファイルは、左側パネルの最下部にあるリンク"Download files"からダウンロードできます。 あるいは、登録前にPDBフォーマットのファイルをPDBxフォーマットに変換したい場合は、pdb_extractを使用して変換し登録用のファイルを準備することもできます。 [質問一覧に ... |
| 登録内容の修正についての連絡先 -FAQ ... すが、連絡先がわかりません。 A) 「PDB登録・編集に関するお問い ... |
| 1-2) 登録のために必要な情報とファイルを教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 登録に必要な情報は旧システムと変更ありません。 登録予定の構造について、配列データベース（例えばUniProtKBやBLAST）から蛋白質や核酸の情報を また、リガンド（Ligand Expoを使って）の情報を集めてください。 新しいリガンドを登録する場合は、登録中に指示が与えられます。 データ処理やスケーリング、分子置換（MR）、精密化などのプログラムからログファイルを集め、 pdb_extractを使ってこれらログファイルをパースし、 試料中に存在する残基の配列情報を集めてください。 [質問一覧に戻 ... |
| Windows環境で使用できる、gzip形式の圧縮・解凍ソフト -FAQ ... する方法を教えてください。 A) Windowsで標準でサポートしている ... |
| Molmil 分子ビューア ... 、論文を引用してください:Molmil: a molecular viewer for the PDB and beyond 利用方法 Molmil ... |
| SIFTS ... TEXT -- SCOP ID. ); CREATE TABLE uniprot_pdb ( SP_PRIMARY TEXT, PDBIDS TEXT, -- A list of PDBID's (in text). PDBIDS_arr TEXT[] -- The same as ... |
| PDBデータのダウンロードURL - FAQ ... ためのURL等を教えて下さい A) FTPを使ってダウンロードする ... |
| 4-1) アップロードしたファイルに問題がありました。問題点を一覧表示で確認する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - ファイルのアップロード中に生じた問題は、２つの場所で確認できます。 (1) ファイルアップロードページの”Populate”又は”Repopulate”ボタンを押した後現れる診断画面（赤いギアの絵に続く） (2) 登録インターフェースのUpload Summary（アップロード概要）ページ [質問一覧に戻る] |
| jV: 精密な画像の保存 -FAQ ... 存する方法を教えて下さい。 A) スタンドアロンでお使いの ... |
| 5-7j) 登録構造中のリガンドが、化合物辞書（CCD）に登録されていないリガンドの場合、どんな手続きが必要ですか？- wwPDB D&A FAQ - 登録処理のリガンド特定時に、リガンドに対する追加情報（SMILES等）を求められますので、指示に従って、情報を提供してください。 [質問一覧に戻る] |
| UniProt ID（Swiss-Prot ID）での検索 - FAQ ... のはどうすればいいですか？ A) PDBjページトップにある検索ボ ... |
| PDBj Mine（PDBjにおけるPDBデータ検索サービス）の使い方 - FAQ ... 関するヘルプはありますか？ A) PDBj Mineでは、簡易検索、詳細検索 ... |
| wwPDB 新登録・編集システム －よくあるご質問（FAQ）－ ... ンド情報を入力しましたが、”a ligand mismatch requires attention（リガンドのミスマ ... |
| ある化合物を含むPDBエントリーの検索 - FAQ ... にはどうすればいいですか？ A) 化合物の名称を、PDBjページトッ ... |
| 機能情報のダウンロード - FAQ ... からダウンロードできますか？ A) 機能情報（Functional Details）ページに掲載さ ... |
| NMR統合データ ... 方、NEF (NMR exchange format; Gutmanas et al. (2015) NMR Exchange Format: a unified and open standard for representation of NMR restraint data Nature Structural ... |
| 日本語キーワードが翻訳されない・翻訳内容が不適切 - FAQ ... 翻訳内容で検索されません A) キーワードに含まれる日本語を ... |
| ニュース (2014年4月24日) ... (Structure, 2013)」 「The future of the Protein Data Bank (Biopolymers, 2013)」 「Creating a Community Resource for Protein Science (Protein Science, 2012)」 完全なリ ... |
| 1-6) パスワードを取得しようと試みたのですが、パスワードが記載された電子メールが届きません。なぜですか？ - wwPDB D&A FAQ - いくつかの理由が考えられます。 1. 電子メール又はdeposition IDに入力ミスがあった 2. パスワード取得のために入力された電子メールアドレスが、登録セッションと関連がない 3. 電子メールがスパムフォルダに振り分けられた。登録関連の電子メールは、noreply@mail.wwpdb.orgから届きますので、このアドレスからのメールがスパムフォルダに振り分けられないよう、メール設定の調整が必要かもしれません。また、メールサーバで、スパムとして振り分けられている可能性もあります。 メールソフト ... |
| 各フォーマットごとのダウンロード - FAQ ... ードする方法を教えて下さい A) FTPサイトの下記ディレクト ... |
| PDBデータのCD/DVD提供について - FAQ ... 入手することはできますか？ A) 申し訳ございませんが、PDBjか ... |
| PDBデータの部分抽出 - FAQ ... ロードすることはできますか？ A) PDBj Mine検索 や PDBj Mine RESTサービス、XPath ... |
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件を2024-07-10に公開中
