| InChIKeyの値が「ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-N」である化合物を含んでいるPDBエントリーのPDBIDと該当化合物の化合物ID（chem_comp ID）を得る ... 要素 内容 pdbj.chem_comp PDBIDとchem_comp ID（PDBで定義している化合物ID）と ... を収めたテーブル pdbj.chem_comp.id PDBで定義している化合物ID（chem ... _comp ID） cc.pdbx_chem_comp_descriptor chem_comp ID（PDBで定義している化合物ID）と ... めたテーブル cc.pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id PDBで定義している化合物ID（chem ... |
| [wwPDB] PDB検証レポートの概要に関する論文がStructure誌で公開されました ... ました。 その論文では、2013年にPDBのX線結晶構造に対する検 ... うになり(PDBjニュース）、 2014年にはPDB Archiveへ追加された事が記述さ ... 提供されるようになり、 後にPDB Archiveに加えられました (PDBjニュ ... )で作成されます。 wwPDBパートナーは、PDBアーカイブへデータを登録する ... 稿されなければなりません。 PDBエントリーが公開される時に ... 、対応する検証レポートもまた、PDBアーカイブに公開されます。 |
| GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）である、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る ... _id, s.sp_primary FROM entity_poly AS e JOIN sifts.pdb_chain_go AS s ON s.pdbid = e.pdbid AND s ... Chain ID」との対応情報テーブル「sifts.pdb_chain_go」におけるChainID（＝atom_site.auth_ ... asym_id） sifts.pdb_chain_go.sp_primary GO IDと「PDBID＋Chain ID」 ... |
| [wwPDB] 2020年に、PDBデータ中の糖鎖分子の表現を改良します ... 標準化された表現を使って、PDB構造ファイルと参照データフ ... ァイルを更新し、PDBデータの発見可能性（Findability）と相互 ... トからご利用いただけます 。 PDBデータを作成・アクセスしたり ... を開発しました。 このツールは、PDBアーカイブ内のオリゴ糖や多 ... ともできます。 影響を受けるPDBエントリーおよそ12,000件のそ ... 改善しています。 これにより、PDB内の低分子の代替名称をよ ... |
| 2016年9月6日より、電子顕微鏡法(3DEM）によって決定した構造をPDBへ登録する際は、EMDBへのマップの登録が必須になります。 ... ）によって決定した構造をPDBへ登録する際は、EMDBへのマ ... 3DEM）で決定した原子座標をPDBへ登録する場合、マップを ... 録サイトから、統合化されたPDB、EMDB、BMRB登録ツールを使って ... 、登録できます。 RCSB PDB (http://deposit.wwpdb.org) PDBe (https://deposit-pdbe.wwpdb.org) PDBj ... の状態にしておけます。 PDBとEMDB両方の登録の場合、2016 ... ります。 方針の変更は、PDBやEMDBユーザの意見に基づいて ... |
| wwPDBとRCSB PDBウェブサイトへのアクセスについて wwPDBとRCSB PDBウェブサイトへのアクセス ... 子の立体構造データを集めたPDBアーカイブを 世界中の利用者 ... 、wwPDBウェブサイトは、wwPDB.org又はPDB.orgで アクセスできるように ... なります。 RCSB PDBのリソースは、これまで通り、RCSB ... .orgからご利用頂けます。 RCSB PDBのリソースへのブックマークを ... |
| [wwPDB] PDBエントリーの検証レポートを更新しました ... _reports/ (wwPDB) - ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ (RCSB PDB) - ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/validation_reports/ (PDBe) - ftp://ftp.pdbj.org ... 10日時点の検証レポートは、RCSB PDBとPDBjのスナップショットに ... ます。 さらに、EMマップの解析、PDB構造モデルとEMDBマップの重 ... |
| [wwPDB] 新しいバージョンのPDB-IHM 検証レポートに、クロスリンキング質量分析に基づく構造モデルの評価が追加されました。 新しいバージョンのPDB-IHM 検証レポートに、クロスリン ... 評価が追加されました PDBアーカイブのPDB-IHMブランチに保管さ ... た。 検証レポートは、アーカイブやPDB-IHMのウェブサイトから入手 ... す。 IHM検証ソフトウェア v2 はPDB-IHMの登録・アノテーションシス ... コミュニティ、PRIDEリポジトリ、 PDB-IHMチームの密接な協力の成果 ... の進歩をサポートするために、PDB-IHMとPRIDE間の相互運用性メカ ... な検証を可能にするために、PDB-IHM登録のPRIDEクロスリンキン ... |
| [wwPDB] 結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルが必須になります ... より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフ ... 分子の結晶構造解析によるPDB構造の登録に対して、OneDepで ... れるようになります。 旧来のPDBフォーマットと比べて、PDBx/mmCIF ... 、２文字以上の鎖名を持つPDBエントリーは、既に、旧来の ... ません。更に、2021年までには、PDBの化合物IDは、４文字以上へ ... 利用するユーザのために、wwPDBは、PDBフォーマットからPDBx/mmCIFフォーマ ... ンやウェブベースのツール（MAXITやpdb_extract）を提供しています。 登録の ... |
| [wwPDB] 研究公正局（ORI）による判断に従い、PDBエントリーが廃止され、論文も取り消されました ... と、それらに対応する12件のPDB構造において、偽造及び/又は ... している間に、 Murthy氏の5件のPDB構造は、4件の研究論文の撤 ... 応じて、Murthy氏の残りの7つのPDB構造は、wwPDBの方針に従って再 ... 場で発表した、H.M. Krishna Murthy氏のPDBエントリー12件と 10件の関連 ... れました。 この事件の詳細なPDBの経緯は、wwPDBサイトをご覧く ... ブデータのリソースとしてのPDBの役割 PDBは、構造モデルとその関 ... する専門家委員会の提言は、PDB構造の登録、アノテーション及 ... |
| [wwPDB] 研究公正局（ORI）による研究不正行為判断に従い、PDBエントリーを廃止しました。 ... と、それらに対応する12件のPDB構造において、偽造及び/又は ... している間に、 Murthy氏の5件のPDB構造は、4件の研究論文の撤 ... 応じて、Murthy氏の残りの7つのPDB構造は、wwPDBの方針に従って再 ... 場で発表した、H.M. Krishna Murthy氏のPDBエントリー12件と 10件の関連 ... れました。 この事件の詳細なPDBの経緯は、wwPDBサイトをご覧く ... ブデータのリソースとしてのPDBの役割 PDBは、構造モデルとその関 ... する専門家委員会の提言は、PDB構造の登録、アノテーション ... |
| GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）でかつヒト由来のタンパク質の、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る ... id, s.sp_primary FROM entity_poly e JOIN sifts.pdb_chain_go s ON s.pdbid = e.pdbid AND ... ANY(STRING_TO_ARRAY(e.pdbx_strand_id,',')) JOIN sifts.pdb_chain_taxonomy t ON t.pdbid = e.pdbid AND ... （＝atom_site.auth_asym_id） sifts.pdb_chain_go.sp_primary GO IDと「PDBID ... |
| [wwPDB] 結晶構造のPDBへの登録において、本日からPDBx/mmCIFフォーマットファイルが必須になりました ... より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフ ... 分子の結晶構造解析によるPDB構造の登録に対して、OneDepで ... が受け付けられます。 旧来のPDBフォーマットと比べて、PDBx/mmCIFフ ... 、２文字以上の鎖名を持つPDBエントリーは、既に、旧来の ... ません。 更に、2021年までには、PDBの化合物IDは４文字以上へ ... 利用するユーザのために、wwPDBは、PDBフォーマットからPDBx/mmCIFフォーマ ... ンやウェブベースのツール（MAXITやpdb_extract）を提供しています。登録の ... |
| [wwPDB] OneDepのデータ基準に準拠した、より強化された内容のPDB構造ファイルが、テストサイトから公開されました。 ... る予定です。V5.0は、すでに、PDBデータの登録、アノテーション ... 月の更新への準備として、PDB構造ファイルの利用者・開発 ... トリ（ftp://ftp-beta.wwpdb.org/）から、 PDBアーカイブのすべてのエント ... ト用のファイルは、現行PDBアーカイブの週次更新に合 ... org/documentation/remediation)でご確認ください。 PDB構造ファイルの利用者は、V5 ... ト用FTP領域 ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/test_data/EM/ に含まれていました ... |
| [wwPDB] PDB-DevはPDB-IHMへ改名しました ... いて決定されています。 PDB-IHM(旧PDB-Dev)は、統合的手法やハ ... です。 2024年8月、PDB-DevはPDBと統合され、PDBアーカイブの実験 ... になりました。 PDB-DevはPDB-IHMと改名され、PDBにアーカイブさ ... なりました。 統合構造はPDB-IHM登録ポータルを通じて ... す。 将来的には、米国のRCSB PDB、欧州のPDBe、 日本のPDBjを含 ... は、deposit-help@mail.wwpdb.org又は heldesk@pdb-ihm.orgへ、英語でご連絡くださ ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブとともに統合的ハイブリッド法(IHM)で決定された構造を提供します ... 、未公開エントリーの一覧) - /pdb_ihm/data/entries/hash/{PDB_id}/validation_reports/ (要約版及び完全 ... 版の検証レポートを含む) - /pdb_ihm/data/entries/hash/{PDB_id}/structures/ (最新バージョンのモ ... ファイル) - 例えば、https://files.wwpdb.org/pub/pdb_ihm/data/entries/zz/8zz1/structures/8zz1.cif.gz データは ... |
| [wwPDB] 新しい４文字のCCD IDを含むエントリーや８文字のPDB IDのエントリーは、PDB形式では提供できなくなります ... ワーキンググループと協力して、PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component ... ントリー「1ABC」は、拡張PDB ID（pdb_00001abc）と対応するPDB DOI（10.2210/pdb1abc/pdb）もPDBx/mmCIFの _database ... _accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb WWPDB D_1xxxxxxxxx ? ? 4文字のPDB IDがすべて消 ... |
| [wwPDB] 拡張した8桁のPDB IDとPDB DOIがPDBx/mmCIFファイルに含まれるようになりました ... キンググループと協力して、 PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component ... リー「1ABC」は、拡張PDB ID（pdb_00001abc）と 対応するPDB DOI（10.2210/pdb1abc/pdb）を持ちます。 ... database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb WWPDB D_1xxxxxxxxx ? ? 学術誌、ユーザー、ソ ... |
| [wwPDB] I/H構造モデルの登録システム「PDB-Dev」をStructure誌で発表しました ... 録用プロトタイプシステム「PDB-Dev」について Structure誌で発表 ... る方法が開発されています。 PDB-Devは、 I/Hモデルを、より ... するために、設立されました。 PDB-Devは、wwPDB I/H法専門委員 ... 下の文献で発表されました。 PDB-Dev: A Prototype System for Depositing Integrative/Hybrid Structural Models Stephen ... する方針を発表しました。 PDB-DevとI/H法のデータ辞書 ... |
| [wwPDB] PDB IDを変更せずに、公開済みのPDBエントリーの座標を改善できます（第２段階） ... 18日から、全ての公開済みのPDBエントリーの登録者（PI）は、同 ... デル座標を更新でき、そのPDB IDの論文とのリンクを維持 ... 望を連絡し、件名と本文にPDB IDを記載する必要がありま ... バージョンが公開されます。 PDBエントリーのバージョニングは ... ーの最新のバージョンは、メインPDBアーカイブのFTPサイト（ftp.pdbj. ... 。全てのメジャーバージョンのPDB構造ファイルは、バージョン化 ... アーカイブの構造は、将来のPDBアクセションコードの拡張を ... カテゴリに記録されます。 PDBバージョニングについて何か ... |
| [wwPDB] PDBのエントリー数が15万件を突破しました ... よそ10倍に増加しています。PDBは、1982年に100件、1993年には ... 水準を維持していきます。 PDBアーカイブとwwPDBの組織、それ ... for 3D macromolecular structure data (Nucleic Acids Res., 2019) - Protein Data Bank (PDB): The Single Global Macromolecular Structure Archive (Methods in Molecular Biology, 2017) - ... |
| [wwPDB] PDBエントリーのDOI参照の仕組みを改良しました ... を改良しました。 公開されたPDBエントリー各々に対して、wwPDBサ ... ィングページ（https://doi.org/10.2210/pdb6qw9/pdb）をご覧ください。 従来の仕組 ... みでは、DOIsはPDBフォーマットファイルに紐づ ... 大きな進歩となっています。 PDBエントリーの構造が発表され ... た、この機会を利用して、各PDB DOIに紐づくメタデータを更 ... また、なじみがある４文字のPDBアクセションコードは近いう ... い。 新しいコードは、接頭語「PDB_」から始まり、８文字の英数字 ... |
| これまでにない完全なHIVカプシド構造がPDBで公開されました ... structures/mmCIF/3j3q.cif.gz ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/large_structures/XML/3j3q.xml.gz ftp://ftp.ebi.ac. ... uk/pub/databases/pdb/data/large_structures/mmCIF/3j3y.cif.gz ftp://ftp.ebi.ac. ... |
| [wwPDB] PDBアクセションコードを変更しない公開済みの構造の改訂（ファイル・バージョニングシステム）と、FTPアーカイブの変更 ... で、注意してください。 個々のPDBアーカイブのエントリーのバー ... 疑念を回避するため、wwPDBは、PDBアーカイブ中のエントリーに対 ... 先"Can a re-refined structure be deposited to the PDB?"より） 今回、ファイル・バージョニ ... 行う予定です （例えば、"1abc"は、"pdb_00001abc"になります）。 この変更に ... ーマでは、次のようになります。 pdb_00001abc_xyz_v2-0.cif.gz wwPDBは、継続 ... |
| [wwPDB] CCDやPDB IDが拡張されたPDBエントリーは、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供されます ... accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb 例えば、4文字のPDB IDを全て消費 ... した後に、8文字のPDB ID、pdb_00099xyzでPDBエントリーが発行され ... _database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB pdb_00099xyz pdb_00099xyz 10.2210/pdb_00099xyz/pdb 4文字のPDB IDがすべて消費さ ... |
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件を2025-07-09に公開中
