| [wwPDB] 研究公正局（ORI）による研究不正行為判断に従い、PDBエントリーを廃止しました。 ... と、それらに対応する12件のPDB構造において、偽造及び/又は ... している間に、 Murthy氏の5件のPDB構造は、4件の研究論文の撤 ... 応じて、Murthy氏の残りの7つのPDB構造は、wwPDBの方針に従って再 ... 場で発表した、H.M. Krishna Murthy氏のPDBエントリー12件と 10件の関連 ... れました。 この事件の詳細なPDBの経緯は、wwPDBサイトをご覧く ... ブデータのリソースとしてのPDBの役割 PDBは、構造モデルとその関 ... する専門家委員会の提言は、PDB構造の登録、アノテーション ... |
| [wwPDB] OneDepのデータ基準に準拠した、より強化された内容のPDB構造ファイルが、テストサイトから公開されました。 ... る予定です。V5.0は、すでに、PDBデータの登録、アノテーション ... 月の更新への準備として、PDB構造ファイルの利用者・開発 ... トリ（ftp://ftp-beta.wwpdb.org/）から、 PDBアーカイブのすべてのエント ... ト用のファイルは、現行PDBアーカイブの週次更新に合 ... org/documentation/remediation)でご確認ください。 PDB構造ファイルの利用者は、V5 ... ト用FTP領域 ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/test_data/EM/ に含まれていました ... |
| [wwPDB] 結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルが必須になります ... より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフ ... 分子の結晶構造解析によるPDB構造の登録に対して、OneDepで ... れるようになります。 旧来のPDBフォーマットと比べて、PDBx/mmCIF ... 、２文字以上の鎖名を持つPDBエントリーは、既に、旧来の ... ません。更に、2021年までには、PDBの化合物IDは、４文字以上へ ... 利用するユーザのために、wwPDBは、PDBフォーマットからPDBx/mmCIFフォーマ ... ンやウェブベースのツール（MAXITやpdb_extract）を提供しています。 登録の ... |
| GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）でかつヒト由来のタンパク質の、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る ... id, s.sp_primary FROM entity_poly e JOIN sifts.pdb_chain_go s ON s.pdbid = e.pdbid AND ... ANY(STRING_TO_ARRAY(e.pdbx_strand_id,',')) JOIN sifts.pdb_chain_taxonomy t ON t.pdbid = e.pdbid AND ... （＝atom_site.auth_asym_id） sifts.pdb_chain_go.sp_primary GO IDと「PDBID ... |
| [wwPDB] 結晶構造のPDBへの登録において、本日からPDBx/mmCIFフォーマットファイルが必須になりました ... より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフ ... 分子の結晶構造解析によるPDB構造の登録に対して、OneDepで ... が受け付けられます。 旧来のPDBフォーマットと比べて、PDBx/mmCIFフ ... 、２文字以上の鎖名を持つPDBエントリーは、既に、旧来の ... ません。 更に、2021年までには、PDBの化合物IDは４文字以上へ ... 利用するユーザのために、wwPDBは、PDBフォーマットからPDBx/mmCIFフォーマ ... ンやウェブベースのツール（MAXITやpdb_extract）を提供しています。登録の ... |
| [wwPDB] PDBのエントリー数が15万件を突破しました ... よそ10倍に増加しています。PDBは、1982年に100件、1993年には ... 水準を維持していきます。 PDBアーカイブとwwPDBの組織、それ ... for 3D macromolecular structure data (Nucleic Acids Res., 2019) - Protein Data Bank (PDB): The Single Global Macromolecular Structure Archive (Methods in Molecular Biology, 2017) - ... |
| [wwPDB] PDB IDを変更せずに、公開済みのPDBエントリーの座標を改善できます（第２段階） ... 18日から、全ての公開済みのPDBエントリーの登録者（PI）は、同 ... デル座標を更新でき、そのPDB IDの論文とのリンクを維持 ... 望を連絡し、件名と本文にPDB IDを記載する必要がありま ... バージョンが公開されます。 PDBエントリーのバージョニングは ... ーの最新のバージョンは、メインPDBアーカイブのFTPサイト（ftp.pdbj. ... 。全てのメジャーバージョンのPDB構造ファイルは、バージョン化 ... アーカイブの構造は、将来のPDBアクセションコードの拡張を ... カテゴリに記録されます。 PDBバージョニングについて何か ... |
| これまでにない完全なHIVカプシド構造がPDBで公開されました ... structures/mmCIF/3j3q.cif.gz ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/large_structures/XML/3j3q.xml.gz ftp://ftp.ebi.ac. ... uk/pub/databases/pdb/data/large_structures/mmCIF/3j3y.cif.gz ftp://ftp.ebi.ac. ... |
| [wwPDB] PDBエントリーのDOI参照の仕組みを改良しました ... を改良しました。 公開されたPDBエントリー各々に対して、wwPDBサ ... ィングページ（https://doi.org/10.2210/pdb6qw9/pdb）をご覧ください。 従来の仕組 ... みでは、DOIsはPDBフォーマットファイルに紐づ ... 大きな進歩となっています。 PDBエントリーの構造が発表され ... た、この機会を利用して、各PDB DOIに紐づくメタデータを更 ... また、なじみがある４文字のPDBアクセションコードは近いう ... い。 新しいコードは、接頭語「PDB_」から始まり、８文字の英数字 ... |
| [wwPDB] I/H構造モデルの登録システム「PDB-Dev」をStructure誌で発表しました ... 録用プロトタイプシステム「PDB-Dev」について Structure誌で発表 ... る方法が開発されています。 PDB-Devは、 I/Hモデルを、より ... するために、設立されました。 PDB-Devは、wwPDB I/H法専門委員 ... 下の文献で発表されました。 PDB-Dev: A Prototype System for Depositing Integrative/Hybrid Structural Models Stephen ... する方針を発表しました。 PDB-DevとI/H法のデータ辞書 ... |
| [wwPDB] CCDやPDB IDが拡張されたPDBエントリーは、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供されます ... accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb 例えば、4文字のPDB IDを全て消費 ... した後に、8文字のPDB ID、pdb_00099xyzでPDBエントリーが発行され ... _database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB pdb_00099xyz pdb_00099xyz 10.2210/pdb_00099xyz/pdb 4文字のPDB IDがすべて消費さ ... |
| [wwPDB] 拡張した8桁のPDB IDとPDB DOIがPDBx/mmCIFファイルに含まれるようになりました ... キンググループと協力して、 PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component ... リー「1ABC」は、拡張PDB ID（pdb_00001abc）と 対応するPDB DOI（10.2210/pdb1abc/pdb）を持ちます。 ... database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb WWPDB D_1xxxxxxxxx ? ? 学術誌、ユーザー、ソ ... |
| [wwPDB] 新しい４文字のCCD IDを含むエントリーや８文字のPDB IDのエントリーは、PDB形式では提供できなくなります ... ワーキンググループと協力して、PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component ... ントリー「1ABC」は、拡張PDB ID（pdb_00001abc）と対応するPDB DOI（10.2210/pdb1abc/pdb）もPDBx/mmCIFの _database ... _accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb WWPDB D_1xxxxxxxxx ? ? 4文字のPDB IDがすべて消 ... |
| [wwPDB] 拡張PDB IDフォーマット(pdb_00001abc)に関するリソースをご利用ください ... 改訂しました（例えば、"1abc "は "pdb_00001abc "になります）。 これにより、公 ... ロードしてください。 wwPDB recently announced that PDB three-character Chemical Component IDs have been consumed. Five-character alphanumeric ... IDs are now issued by the OneDep system. wwPDBは最近、PDBの3文字の化合物IDが消費 ... |
| [wwPDB] PDBアクセションコードを変更しない公開済みの構造の改訂（ファイル・バージョニングシステム）と、FTPアーカイブの変更 ... で、注意してください。 個々のPDBアーカイブのエントリーのバー ... 疑念を回避するため、wwPDBは、PDBアーカイブ中のエントリーに対 ... 先"Can a re-refined structure be deposited to the PDB?"より） 今回、ファイル・バージョニ ... 行う予定です （例えば、"1abc"は、"pdb_00001abc"になります）。 この変更に ... ーマでは、次のようになります。 pdb_00001abc_xyz_v2-0.cif.gz wwPDBは、継続 ... |
| [wwPDB] 将来的には、CCDやPDB IDが拡張されたPDBエントリーは、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供する予定です ... _2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB pdb_00099xyz pdb_00099xyz 10.2210/pdb_00099xyz/pdb |
| [wwPDB] バージョン化と改訂履歴を導入した新しいPDBアーカイブの管理法について ... .cif.gz →../pdb_versioned/data/entries/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz_v1-2.cif.gz ../pdb_versioned/views/all/coordinates/mmcif/ab/pdb_00001abc/pdb_00001abc/pdb_00001abc_xyz ... |
| ニュース (2009年05月27日) PDB登録 の主要ページに日本語版を追加しました。 |
| ニュース (2011年08月18日) PDB/RDFサービス を始めました。詳細は ヘルプページ をご覧ください。 |
| ニュース (2004年07月30日) PDBデータ検索サービス(xPSSS)で、過去に登録されたTheoretical modelsの検索とダウンロードができるように改良いたしました。 |
| ニュース (2010年12月22日) PDBで公開済みのエントリー数が、 7万件を超えました 。（ wwPDBニュース... ） |
| ニュース (2011年04月13日) PDBアーカイブの バージョン4.0 が、2011年の夏に公開されます。( wwPDBニュース... ) |
| ニュース (2004年06月23日) PDBデータ検索サービス(xPSSS)の検索結果にある Functional Details Page で、正しい鎖の名前が示されるように改良いたしました。 |
| 4-3) 同じエントリーに対して、昨年から、パーセンタイル順位が変わったのはなぜですか？ - validation FAQ - PDBアーカイブのエントリーの増加 ... |
| ペーパーモデル PDBに登録されている分子の構 ... |
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件を2024-07-10に公開中
