| PDBデータ・画像等の引用についての問合わせ先 - FAQ ... 合わせる必要がありますか？ A) 2003年よりPDBjは、 RCSB PDB 、 PDBe との３ ... |
| 3-5) PDBフォーマットには適合しない、99,999個以上の原子や62本以上のポリマー鎖を含むエントリーを登録できますか？ - wwPDB D&A FAQ - 巨大構造のエントリーは、PDBx/mmCIFフォーマットで登録することができます。 対称操作（らせん対称、点対称、非結晶学的対称操作(NCS)など）を使って生成される巨大構造については、登録者は精密化に使った鎖のみを登録し、 完全集合を生成する演算子（行列変換）をPDBに提供する必要があります。 [質問一覧に戻る] |
| jV: 図の背景色設定 -FAQ ... 変える方法を教えて下さい。 A) 例えば背景色を青色に変更 ... |
| PDBj Mineの概要ページへのリンクURL -FAQ ... 記載すればよいでしょうか？ A) 下記の例のように、http://pdbj.org/pdb ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブから、NMR実験データを統合フォーマットで提供します ... 方、NEF (NMR exchange format; Gutmanas et al. (2015) NMR Exchange Format: a unified and open standard for representation of NMR restraint data Nature Structural ... |
| データ・画像の利用条件 - FAQ ... 件等あれば、教えてください。 A) PDBjサイトで提供している各 ... |
| 4-3) ファイルをアップロードしようとしていますが問題があり、先に進めません。PDBスタッフに連絡する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 登録インターフェースの中で、コミュニケーションページから、wwPDBアノテータの支援を求めてください。 できるだけ詳細に状況を説明してください。アノテータがセッションの状況を調べ、コミュニケーションページからアドバイスします。 アノテータからのコミュニケーションを受け取ると、その登録セッションに関して、連絡先が登録された著者全員に通知メールが届くことに注意してください。 [質問一覧に戻る] |
| News Letterの宛先変更 -FAQ Q) News Letterの宛先を変更していただけますか？ A) 新しい宛先を お問い合わせページからご連絡下さい。 次号よりご連絡いただいた宛先に送付させていただきます。 [質問一覧に戻る] |
| PDBj のj が小文字の理由 -FAQ ... PDBj のj は小文字なのですか？ A) 我々 PDBj （日本蛋白質構造データバ ... |
| entity.typeでは各エンティティー（分子種）ごとにpolymer/non-polymerなどの分子タイプが規程されていますが、その判断基準はどのようになっているでしょうか？ - FAQ ... うになっているでしょうか？ A) 現在、ペプチド鎖の場合は3 ... |
| 11月30日（水）〜12月2日（金）に、パシフィコ横浜で開催される 第39回 日本分子生物学会年会 にブース出展します。 ... 場：パシフィコ横浜 展示ホール A・B・C 特別企画バイオデータヘ ... |
| PDBデータのダウンロードURL - FAQ ... ためのURL等を教えて下さい A) FTPを使ってダウンロードする ... |
| 9-2) システム全般についてのフィードバックは、どのようにして伝えたらよいですか？- wwPDB D&A FAQ - 登録システムやFAQページの情報についての、フィードバックを歓迎します。 もしも登録中に問題に出会ったり、インストラクションについて更に説明が必要な場合は、http://deposit-feedback.wwpdb.orgから、ご連絡ください。 [質問一覧に戻る] |
| Windows環境で使用できる、gzip形式の圧縮・解凍ソフト -FAQ ... する方法を教えてください。 A) Windowsで標準でサポートしている ... |
| EM: EM Navigatorについて質問 -FAQ ... 質問・回答が見つかりません。 A) EM NavigatorのFAQページ をご覧下さい ... |
| SIFTS ... TEXT -- SCOP ID. ); CREATE TABLE uniprot_pdb ( SP_PRIMARY TEXT, PDBIDS TEXT, -- A list of PDBID's (in text). PDBIDS_arr TEXT[] -- The same as ... |
| 4-2) ファイルのアップロードが失敗する理由を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - まず、"Upload Summary（アップロードサマリー）"ページを表示し、エラーメッセージを確認してください。 エラーメッセージ #1: "File is not readable（ファイルが読めません）" このエラーメッセージは、"Upload Summary"ページ内の"Upload file summary（アップロードファイルの概要）"の"File header check"列で見られます。（各ページは登録ツールの左メニューを使用して選択することができます）。 もしもエラ ... |
| PDBアーカイブのX線結晶構造について、検証レポートが更新されます。 ... 、 また、wwPDB登録・アノテーション（D&A）システムの開発を進め、 登録 ... |
| EM: セッションファイルから、Chimeraでマップを再現 -FAQ ... する方法を教えてください。 A) EM Navigatorの詳細ページから、セッシ ... |
| 8-5) アノテーション担当者が、登録セッションのロックを解除してくれたのですが、一部修正が必要な箇所はロックされたままです。どうすればよいですか？- wwPDB D&A FAQ - セッションのロックが解除された場合でも、登録セッションのある部分は、ロックされたままになります。 ロックされた値に変更又は修正を行う必要がある場合、コミュニケーションページから、wwPDBアノテーション担当者に変更内容を連絡してください。 アノテーション処理担当者が、代わって変更を行います。 [質問一覧に戻る] |
| 構造因子ファイルを持つPDBエントリーの検索 - FAQ ... にはどうすればいいですか？ A) PDB最新情報ページの「構造因子 ... |
| 5-1) 新しい化合物（リガンド）の情報を、どのように登録することができますか？ - wwPDB D&A FAQ - 登録インターフェースでは、化合物辞書(CCD: Chemical Component Dictionary)を使って一致する化合物がないか検索できます。 アップロードしたファイル中に検出された化合物（リガンド）について、概要が表示されます。 登録者は、この情報を確認して何か欠けたデータがないか注意する必要があります。 もしCCDで一致するものがなければ、登録者は登録ツールを使って２次元構造図をアップロードするか、またはSMILESやInCHIを入力するかして、完全な化合物情報を提供する必要があります。 ... |
| 教材 ... HM, Burley SK (2015) The RCSB PDB “Molecule of the Month”: Inspiring a Molecular View of Biology. PLoS Biol 13(5): e1002140. doi:10.1371 ... |
| jV: 精密な画像の保存 -FAQ ... 存する方法を教えて下さい。 A) スタンドアロンでお使いの ... |
| 9-1) 登録後の問合わせ方法を教えてください。- wwPDB D&A FAQ - 登録について質問がある場合は、自身の登録セッションにログインし、コミュニケーションページから、wwPDBアノテーションスタッフとやりとりできます。 コミュニケーションページは、登録ツールの最下部にあります。 [質問一覧に戻る] |
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件を2025-07-09に公開中
