... ーが発生して表示できません。 A) JRE6 Update15(1.6.0_15), JRE6 Update16(1.6.0_16 ...

... ステム要件を教えて下さい。 A) JRE (Java Runtime Environment) が動作している環 ...

... する方法を教えてください。 A) EM Navigatorの詳細ページから、セッシ ...

登録インターフェースでは、化合物辞書(CCD: Chemical Component Dictionary)を使って一致する化合物がないか検索できます。 アップロードしたファイル中に検出された化合物（リガンド）について、概要が表示されます。 登録者は、この情報を確認して何か欠けたデータがないか注意する必要があります。 もしCCDで一致するものがなければ、登録者は登録ツールを使って２次元構造図をアップロードするか、またはSMILESやInCHIを入力するかして、完全な化合物情報を提供する必要があります。 ...

最初に座標と実験データファイルをアップロードする前に、File Upload（ファイルのアップロード）ページで、以前に登録したエントリーのDeposition ID (D_xxxxxxxxxx)とパスワードを入力してください。 その後、登録済みのエントリーからコピーするデータカテゴリーを選択してください。 先にファイルをアップロードして”populate”ボタンを押してしまうと、以前の登録からデータを選択することはできませんので、注意してください。 この後、新しい登録セッションを開始し、以前の登録から情報を ...

... 頃公開されるのでしょうか？ A) 「PDB登録・編集に関するお問い ...

... られる可能性はありますか？ A) ログデータは、統計分析の目的 ...

... クセスできなくなりました。 A) 2012年のミラーサイトの設置以 ...

登録者は、完全なアミノ酸配列についての情報を提供する必要があります。 最終段階の座標ファイルには含まれなかった発現タグや、他の観測されない領域も、配列に含めてください。 標準アミノ酸を含むポリペプチド鎖に対しては、ポリマー鎖に含まれる全ての標準アミノ酸を一文字表記で表したアミノ酸配列を登録してください（例：GLU -> E） 同様に、核酸配列に対しても、ポリマー鎖に含まれる標準ヌクレオチドは一文字表記で表してください（例：Uracil -> U）。 標準アミノ酸と核酸の一文字表記の一覧を参考にし ...

... 果一覧ページの中身が空です。 A) GIRAFでは検索処理を行う際、PDB ...

忘れてしまったパスワードを取得するために、登録ページの左側パネル（”Existing Deposition（既存の登録）”）にある”Forgot Password（ﾊﾟｽﾜｰﾄﾞを忘れました）”ボタンをクリックしてください。 小さいウインドウが現れ、Deposition IDと電子メールアドレスの入力を求められます。 これらを入力後、Submitボタンを押すと、指定された電子メールアドレスにパスワードが届きます。 未公開情報の安全性と機密性を維持するために、登録時に連絡先情報に追加された電子メールアドレスに ...

... /HPUB）を今すぐ公開できますか？ A) 登録者は、編集作業が完了し ...

アップロードされた座標ファイルに配列が記載されていない場合、登録システムでは、座標から抽出した配列に基づいて、自動的に一意のポリマーエンティティが作成されます。 同じポリマー鎖でも、異なるエンティティは配列の異なる部分集合を持つ可能性があるので、一つのポリマー鎖に対して複数のエンティティが生成される場合があります。 処理の過程で、これらを同じポリマーと識別できるようエンティティを関連づけるには（各々のエンティティが”Macromolecules（高分子）”ヘッダの下に異なるページを持つよう）、 いずれ ...

... 、チュートリアルはありますか？ A) PDBjウェブサイトの左メニュ ...

... イルがRasMacで認識できません。 A) RasMacのバグだと思われます。 対 ...

リガンド特定ページでは、CCDに一致する構造がないリガンドに対して、”Address mismatched instances of”というメッセージが表示されます。 リガンドのタイプを確認した後、リガンドの図（必須）とリガンドの定義ファイル（任意）を入力してください。 [質問一覧に戻る]

Q) 登録作業を途中で中断・保存し、再開したいのですが、「Session Restart ID」は何日間有効なのでしょうか？ A) wwPDB 登録システムからご登録の場合、6か月間有効です。 [質問一覧に戻る]

... 質問・回答が見つかりません。 A) EM NavigatorのFAQページ をご覧下さい ...

まず１つの構造を登録してください。その後、関連構造を登録する際、登録ページで"Related depositions(関連する登録)"に、 最初に登録した構造のPDB IDを入力してください。 新しいシステムでは、登録者の連絡先情報、公開条件、データ収集情報、蛋白質名、由来する生物種、配列情報などの情報を新しい登録セッションに自動的にコピーする選択肢があります。 [質問一覧に戻る]

... 記載すればよいでしょうか？ A) 下記の例のように、http://pdbj.org/pdb ...

リガンドIDは、登録者が指定できるものではなく、アノテーション処理の過程で決定されます。 登録構造のリガンドが、未公開のものも含めて化合物辞書（CCD）に登録されておらず、登録者が希望するIDが使用されていなければ、そのままのIDで登録される可能性があります。 [質問一覧に戻る]

まず、"Upload Summary（アップロードサマリー）"ページを表示し、エラーメッセージを確認してください。 エラーメッセージ #1: "File is not readable（ファイルが読めません）" このエラーメッセージは、"Upload Summary"ページ内の"Upload file summary（アップロードファイルの概要）"の"File header check"列で見られます。（各ページは登録ツールの左メニューを使用して選択することができます）。 もしもエラ ...

登録者は登録構造の生データを登録し、wwPDB OneDepシステムから構造を登録する際に、“Related Entries（関連エントリー）”に対応するDOIを記載することが推奨されます。 以下のキュレーション付きアーカイブへ登録してください。 - X線結晶構造 - ProteinDiffraction.org - https://proteindiffraction.org - SBGrid - https://sbgrid.org - CXIDB - http://www.cxidb. ...

... ットの説明書はありますか？ A) PDBでは、wwPDBという国際組織を ...

... 存する方法を教えて下さい。 A) メニューの [File]から[Save] ->[PNG/JPEG] を選 ...