| [wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました ... ットをご利用頂けます 2025年1月1日時点のPDBアーカイブ (https://files ... す。 ディレクトリ 20250101は、 2025年1月1日時点での229,564件の実験的 ... ナップショットのサイズは、1,437 GBとなっています。 2025年 ... 1月1日現在のEMDBアーカイブ (ftp://ftp.ebi. ... |
| グループ化（GROUP BY）と集約関数 ... 9.20. 集約関数）。 SELECT カラム名1 , カラム名2 FROM テーブル名 GROUP ... BY カラム名1 GROUP BY節で指定したカラムに ... 名) 各カラム値の平均値 avg(1,2,3)→2 count(カラム名) ... カラム値の中で最大の値 max(1,2,3)→3 min(カラム名) ... ム値の中で最小の値 min(1,2,3)→1 sum(カラム名) カラム ... 値の合計 sum(1,2,3)→6 string_agg(カラム名, ... |
| 新登録システム：はじめに ... ステムを使って 座標の登録 1. 登録トップページ（https://deposit-pdbj.wwpdb.org ... 、次の２か所に表示されます。(1) 「File upload（ファイルのアップロード ... ードが必須となっています。 1. 主マップ、及びこのマップに ... すが、必須ではありません。 1. 半分のマップ（FSC計算で使用 ... れます。以下に例を示します。 1. 試料全体の説明：リボソーム サ ... 力しておく必要があります。 1. Specimen preparation (試料調製) このセクショ ... |
| [wwPDB] バージョン化を導入した新規ファイル管理法について ... 、メジャーバージョンの数字が1増加します。 その他の変更は ... ファイルを公開します。 - 第1段階（2017年10月）では、 新しいバ ... す。 PDBエントリー1abcについて、１回目のマイナー更新が行われ ... ようになります。 pdb_00001abc_xyz_v1-1.cif.gz PDBエントリー1abcにメジャ ... ）のディレクトリ配下の、 1つのディレクトリ内に保管 ... 1abcについて、メジャーバージョン1、マイナーバージョン2のファイ ... て提供されます。 2017年の第1段階では、現在のリポジトリ ... |
| 日付 ... げます。 - 公開日（release date）が2000年1月1日以降であるエントリーのPDB ... 約を得る - 公開日（release date）が2003年1月1日以降、登録日（deposition date）が2001年 ... 1月1日以降で、PDB IDが「2k」で始まる ... |
| PDB50周年の記念号がThe Journal of Biochemistry誌で発刊されました ... the Journal of Biochemistry", The Journal of Biochemistry, Volume 171, Issue 1, January 2022, Pages 3–11, DOI:10.1093/jb/mvab133 ... of plant-type ferredoxin", The Journal of Biochemistry, Volume 171, Issue 1, January 2022, Pages 19–21, DOI:10.1093/jb/mvab113 ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました 2020年1月1日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp. ... ://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショッ ... ズは、575GBとなっています。 2020年1月1日現在のEMDBアーカイブ(ftp://ftp ... ナップショットのサイズは、1.7TBとなっています。 [ wwPDB News ... |
| [wwPDB] IUCrでポスター賞授与 ... Phosphatases through Structural Biology Liliana Guerrero (1), Ali Ebrahim (1), Blake T. Riley (1), Minyoung Kim (1,2), Qingqiu Huang (3), ... Aaron D. Finke (3), Daniel A. Keedy (1,4) 1) Structural Biology Initiative, CUNY Advanced Science Research Center 2 ... |
| 2つの配列に共通要素があるか調べる（重複、&&） ... べる（重複、&&） 配列同士を比較し、1つでも共通する要素がある ... 名2 の値（配列）に {値1,値2} のいずれか1つを含むデータについ ... て、カラム名1 を表示する ... 。 SELECT カラム名1 FROM テーブル名 WHERE {値 ... |
| 6-2) 登録構造中に同じ蛋白質鎖が複数ありますが、登録インターフェースでは、複数の高分子が表示されます。Macromolecule（高分子）ページで、一意となるポリマー鎖の数と鎖名を修正する方法を教えてください。- wwPDB D&A FAQ - ... ーエンティティ（例えば”Molecule（分子） 1”）のページを参照してください ... 、 異なるポリマーエンティティ1,2であると同定されます。 分 ... 子１のページでは、登録者はポリマ ... し、ページ上部のボックス内に「1」を入力し、”Copy every field from Molecule（分子か ... テーション処理の過程で、分子1と2は、両方のリゾチーム分子 ... を含む分子1に統合されます。 [質問一覧に ... |
| PDBのエントリー数が10万件を突破しました ... タバンク（PDB）について 図 １： PDBのローカルアーカイブ RCSB ... 、全世界の総登録数の1/4の登録処理を行っ ... 複雑な生体高分子の構造（1～8）とデータ数の推移 ... 構造の例 1. ミオグロビン (PDB ID: 1mbn ... , P. B. Sigler. (1992) Crystal structure at 1.7 Å of the bovine papillomavirus-1 E2 DNA-binding domain bound to its DNA target ... |
| NMR構造の登録件数が10000件に到達しました ... 万件に達する予定です。 図 1： NMR構造のPDB登録件数の推 ... に適用される予定です。 表 1: PDBエントリー2LPZを例にした ... Grid 2LPZ NRG-CING validation information 2LPZ PSVS validation information http://psvs-1_4-dev.nesg.org/ ResProx validation information http://www.resprox.ca/ ... |
| [wwPDB] PDBアクセションコードを変更しない公開済みの構造の改訂（ファイル・バージョニングシステム）と、FTPアーカイブの変更 ... された原子座標は、バージョン1-0と表記されます。 メジャーバ ... れて0になります（例えば、1-0から1-1、2-0へ）。 疑念を回避する ... る場合には、 現在のwwPDBの方針*1はこれまで通り変わりませ ... のみに、厳密に限定されます。 *1) 再精密化構造（re-refined structure）は、査読 ... |
| [wwPDB] wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します ... 3のみをサポートし、バージョン1.9.6のヘッダファイルは廃 ... 式EMDBデータモデルはバージョン1.9.6ですが、2015年には、EMDBエン ... 3つの変更が加えられます。
1. 現在のEMDBデータモデルは、 |
| wwPDBは設立10周年を迎えました ... . Tertiary interactions stabilise the C-terminal region of human glutathione transferase A1-1: a crystallographic and calorimetric study (2005) J.Mol.Biol. 349: 825 ... れるよう努力して参ります。 (1) Announcing the worldwide Protein Data Bank. Berman H, Henrick K, ... |
| [wwPDB] 生物物理学会年会にてポスター賞を授与しました ... repair in health and disease Hsiang-Ling Huang (1), Giovanna Grandinetti (1,2), Sarah M. Heissler (1), Krishna Chinthalapudi (1) (1) Department of Physiology and Cell Biology, Dorothy M ... |
| 2021年11月24日（水）オンラインにて「PDBアジア地区50周年記念シンポジウム」を開催します ... した。 PDBデータ全体の約4分の1はアジアからのものです。 2000 ... ウムとして実施） セッション1: 座長 中村春木（大阪大学） 13:30 ... 発表資料登録期間 2021年11月1日（月）～11月8日（月）日本時間23 ... ポスターセッション内で一人1演題のみです。生物物理学会 ... ステムを使用して、2021年11月1日（月）～11月8日（月）日本時間23 ... |
| PDBj FTP Archiveの整備について ... トを以下のように整理し、9/1から整備したものに切り替 ... えます。 (1) ftp.pdbj.org wwPDB共通のアーカイブ pub ... ーカイブのみを保持 (3) data.pdbj.org (1) (2) を含み、かつ PDBjで生成して ... ベース群の各データを保持 現在、(1)の ftp.pdbj.org から "pub (pdb/emdb) " 以外の ... ページもご覧ください。 また、9/1の切り替えに伴い、ftp.pdbj.orgか ... |
| ある値が配列にあるか調べる（包含、<@,>@） ... ）。 例：カラム名2 の値（配列）が 値1 １つだけを含む集合を包含し ... あるデータについて、カラム名1 を表示する。 SELECT カラム名 ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました ... ットをご利用頂けます 2024年1月2日現在のPDBアーカイブ (ftp ... ます。 ディレクトリ 20240101は、 2024年1月2日時点での214,121件の実 ... ナップショットのサイズは、1,242 GBとなっています。 2024年 ... 1月1日現在のEMDBアーカイブ(ftp://ftp.ebi. ... |
| 正規表現による条件指定 ... して下さい 文字 意味 . 任意の1文字 * 直前パターンが0個以上 ... 名~'(Actin|Myosin)' 例：カラム値が「1」から「9」の数字1文字＋英数字3文字で ... ム名 FROM テーブル名 WHERE カラム名~'[1-9][0-9A-Za-z]{3}' 例：カラム値が ... 「abc」のいずれか1文字＋任意の2文字であるも ... |
| PDBデータの書式 [PDB format] １行が80列の固定長となって ... 取り出し、原子ごとの情報を１つの要素にまとめたもので ... す）。 [NMR距離制限情報] 2008年2月1日より、NMRによって解析され ... ています。 登録時には、 NMR-STAR v3.1形式の化学シフトファイル ... た構造因子データで、2008年2月1日より、Ｘ線結晶解析による ... |
| PDBjウェブサイト検索 - REST ... わせて利用） - sortBy: 並べ替え方法（1〜8の自然数、任意、指定がない ... 場合の既定値は1、各値の意味は以下の通り ... 。1: ヒットスコア、2: PDBID昇順、3: PDBID ... かを指定（指定可能値は0か1？、任意、指定がない場合の既定 ... 0。0だと実際の結果を返し、1？だと結果数だけを返す）。 - format: 返 ... |
| 分子ビューア ... とJmolは、分子構造の分子量が1.25MDより小さい場合に、Java実 ... とJmolは、分子構造の分子量が1.25MDより小さい場合に、Java実 ... モデルを参考にしています*1)。 - 生物学的単位の静止画像 ... モデルを参考にしています*1)。 - 利用可能なビューアは、jVと ... 対称単位の場合と同じです。 *1) Software extensions to UCSF chimera for interactive visualization of large molecular assemblies ... |
| [wwPDB] バージョン化と改訂履歴を導入した新しいPDBアーカイブの管理法について ... 合、メジャーバージョンの数字が1増加します。 その他の変更は ... ます。 PDBエントリー1abcについて、１回目のマイナー更新が行われ ... のようになります。 pdb_00001abc_xyz_v1-1.cif.gz PDBエントリー1abcにメジャ ... 字目）のディレクトリ配下の、 1つのディレクトリ内に保管 ... ー1abcについて、メジャーバージョン1、マイナーバージョン2のファイ ... |
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件を2025-06-25に公開中
