以前お知らせした通り、2022年2月25日より、単粒子、単粒子ベースのヘリカル、およびサブトモグラムの平均化再構成法によるエントリーについて、 ハーフマップをEMデータバンク（EMDB）に登録することが必須になりました。 この変更はwwPDB EMDBコアアーカイブに対する長年の要望に応えたものであり、 2020年のwwPDB単粒子クライオ電子顕微鏡データ管理ワークショップ（準備中の論文）からの提言でもあります。 このワークショップで得られたいくつかの提言は、すでにwwPDB OneDepシステムに実装され ...

PDB50周年の記念号がThe Journal of Biochemistry誌で発刊されました。 - Genji Kurisu, "Fifty years of Protein Data Bank in the Journal of Biochemistry", The Journal of Biochemistry, Volume 171, Issue 1, January 2022, Pages 3–11, DOI:10.1093/jb/mvab133 - Tomitake Tsukihara, ...

2022年5月3日より、PDBアーカイブではPDBx/mmCIF形式で生物学的単位のファイルを提供する予定で、 全てのPDBエントリーの生物学的単位に直接アクセスし、可視化することができるようになります。 現在、PDB形式変換不可(non-PDB compliant)の構造については、PDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルを提供しています。 しかし、この座標は、複製されたPDBの鎖名を区別するためにモデル番号を使用しています。 この方法は、現在のPDBx/mmCIF形式では理想的ではなく、また ...

A snapshot of the PDB Core Archive (ftp://ftp.wwpdb.org) as of January 3rd, 2022 has been added to ftp://snapshots.wwpdb.org and ftp://snapshots.pdbj.org. 2022年1月3日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト ...

2020年2月、SARS-CoV-2メインプロテアーゼについて語るRCSB PDBのバイオキュレータのBrian P. Hudson 博士 wwPDBのバイオキュレーター Brian Hudson博士が処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 Hudson博士は、カリフォルニア工科大学で化学の博士号を取得し、X線結晶学とクライオ電子顕微鏡を専門としています。 2010年にPDBに加わり、科学データと様々な実験技術への深い理解と、卓越した品質のデータキュレーショ ...

2022年2月25日より、単粒子、単粒子ベースのヘリカル、およびサブトモグラムの平均化再構成法によるエントリーについて、 ハーフマップをEMデータバンク（EMDB）に登録することが必須になります。 この変更はwwPDB EMDBコアアーカイブに対する長年の要望に応えたものであり、 2020年のwwPDB単粒子クライオ電子顕微鏡データ管理ワークショップ（準備中の論文）からの提言でもあります。 このワークショップで得られたいくつかの提言は、すでにwwPDB OneDepシステムに実装されています。 これには、 ...

2021年11月24日（水）、PDB創設50周年を記念して「PDBアジア地区50周年記念シンポジウム～アジア地区構造生物学の最先端とProtein Data Bank 50年の歩み～」をオンラインで開催しました。国内外から300名以上の研究者のご参加をいただき盛会のうちに終えることができました。 ポスターセッションでは、アジアを中心に7か国から計78件の発表があり、そのうち、学生ならびに若手研究者による57件がPDBjポスター賞の審査対象となりました。 選考の結果、以下の4名が受賞者と決定し ...

王立化学会の２つのウェビナー「50年目の蛋白質構造データバンク(PDB): PDBデータの利用と理解、評価」にご参加ください 王立化学会の化学情報・計算機応用グループは、 化学のためのオープンソース・ツールに関するワークショップシリーズの一環として、PDB50を記念して2つの無料オンラインイベントを開催します。 50年目の蛋白質構造データバンク(PDB): PDBデータの利用と理解、評価 １日目: 2021年11月16日（火）3-5pm GMT（日本時間：11月17日午前0時～11月17日午前 ...

インド・ハイデラバードで開催された2017年国際結晶学連合会議に参加したJohn Westbrook氏 ラトガース(Rutgers)大学特任教授であり、RCSB PDBのデータ&ソフトウェア・アーキテクトのリーダーであったJohn D. Westbrook Jr.氏(1957-2021) が2021年10月18日に逝去されました。 彼はラトガース大学の同僚や世界中の人々から非常に愛され、尊敬されていて、 辛口のウィットと、データとデータ管理のあらゆる側面について考えることへの限りない熱意で知 ...

PDBは1971年10月20日に学術誌Nature New BiologyのCrystallographyの欄で設立が発表されました。（ Protein Data Bank Nature New Biology 233: 223 (1971) doi: 10.1038/newbio233223b0）。 現在、PDBアーカイブには、18万件以上の蛋白質、核酸、および複合体の構造が含まれており、 学生や研究者が蛋白質合成から健康や病気まで、生物医学や農業のあらゆる側面を理解するのに役立っています。 また、 ...

11月24日にオンラインにて「PDBアジア地区50周年記念シンポジウム～アジア地区構造生物学の最先端とProtein Data Bank 50年の歩み～」を開催します。 日本時間11月8日までにシンポジウムへの参加登録をしてください [ wwPDB News ]

wwPDBのバイオキュレーター Dr. Sutapa Ghosh博士とMonica Sekharan博士が処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 二人は、このマイルストーンに到達した2番目・3番目のバイオキュレーターとなります。 2021年4月に見学有美子さんが初めてこのマイルストーンに到達しました（ wwPDBニュース / PDBjニュース ）。 Ghosh博士はカルカッタ大学で構造生物学の博士号を取得し、企業で構造に基づいた薬剤設計に携わった後、PDBメンバ ...

2021年11月26日(金)、第59回日本生物物理学会年会にて下記の通りバイオフィジックスセミナーを開催します。 日時 2021年11月26日(金) 12:00～12:50 開催方法 オンライン プログラム名 バイオフィジックスセミナー 部屋番号：ch2 参加登録 学会の事前参加登録(参加費がかかります）が必要。( 申し込み ) 講演言語 英語 演題・演者 - PDB activities under ongoing Covid-19 situation, and up-to- ...

PI name, email, and ORCiD ID will be publicly available in PDBx/mmCIF data files starting September 24, 2021 wwPDBは、世界中の研究、教育、創薬の支援を続けています。 PDBデータを誰もが無料で利用できることは、抗コロナウイルス薬、ワクチン、中和抗体などの構造誘導型の発見・開発において、研究者の助けとなっています。 研究者がPDBに存在するよく似た構造など、既存の構造を解析する場合、一次引 ...

化合物辞書のエントリー別の定義ファイルとアーカイブ内のファイル一覧をダウンロードできるようになりました 低分子の定義ファイルへのアクセスを改善 （新しいディレクトリ：/pdb/refdata/） 化合物辞書(Chemical Component Dictionary, CCD)とBIRD辞書 (Biologically Interest molecule Reference Dictionary)の 個々の定義ファイルが、PDBアーカイブ内の新しいFTPツリーからアクセスできるようになりました。 ...

2021年10月26日(火)、CBI学会2021年大会にて下記の通りCBI学会スポンサーセッションを開催します。 日時 2021年10月26日(火) 15:00～16:30 開催方法 オンライン プログラム スポンサーセッション（SS-12） 参加登録 学会の事前参加登録(参加費がかかります）が必要。( 申し込み ) 講演言語 日本語/英語 演題・演者 - 「コロナ禍におけるPDBの活動と構造データの品質向上およびデータ検証の取り組みについて」 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所) ...

PDB創設50周年を記念し、下記内容で「PDBアジア地区50周年記念シンポジウム～アジア地区構造生物学の最先端とProtein Data Bank 50年の歩み～」を開催します。 日程 2021年11月24日（水）（以下いずれも日本時間＝UTC+9） 会場 オンライン 開催趣旨・概要 1971年、構造生物学のコミュニティは、生体高分子の三次元構造データを保存する世界で唯一のグローバルアーカイブProtein Data Bank（PDB）を設立しました。 PDBデータ全体の約4分の1はアジアからの ...

CC0 1.0 全世界 (CC0 1.0)パブリック・ドメイン提供 wwPDBは、PDBコア・アーカイブをFAIR原則(検索、アクセス、相互運用、再利用可能)に則った公共財として管理しています。 FAIRの目的に賛同し、wwPDBは過去のデータアクセスライセンスを、クリエイティブ・コモンズの 標準的なオープンソースライセンスである CC0 1.0 全世界 (CC0 1.0)パブリック・ドメイン提供に変更しました。 新しいCC0ライセンスは、従来のライセンスと同様にオープンアクセスを提供します。 ...

2021年8月21日から１年間開催されている「第30回青少年のための科学の祭典 大阪大会 2021 Webサイエンスフェスタ2021」に、PDBjから動画を出展しています。 今回は、「生命を支えるタンパク質のかたち -新型コロナウィルスの形-」と題して、新型コロナウィルス関連の立体構造をMolmilで表示するWEBページを作成し、それを説明する動画を一般公開しています。 コロナのウィルス粒子の形、スパイクタンパク質、受容体や抗体との結合構造、デルタ株などの変異部位、抗体カクテル療法、レムデシビルなどの治療薬 ...

2022年2月9日より、wwPDB EMDBコアアーカイブは、データモデルのバージョン3のみをサポートし、バージョン1.9.6のヘッダファイルは廃止します。 この変更に伴い、アーカイブでのファイル提供に関していくつかの変更がありますので、その概要を説明します。 2015年にOneDepが開始されて以来、EMDBコアアーカイブ (EMBL-EBI: ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/, PDBj: ftp.pdbj.org/pub/emdb/ 又は data.pdbj. ...

現在、PDBjでは、FTPアーカイブサービスとして、ftp.pdbj.org および ftp-versioned.pdbj.org に加え、5/27にリニューアルされたPDBj Mineサービスとともに公開されました、data.pdbj.org を合わせた３つのアーカイブサイトを運営しております。 PDBjでは、これらのアーカイブサイトを以下のように整理し、9/1から整備したものに切り替えます。 (1) ftp.pdbj.org wwPDB共通のアーカイブ pub (pdb/emdb) のみを保持 ...

学術雑誌、PDBユーザー、関連ソフトウェア開発者の皆様は、ご自身の開発されたソフトウェアのコードを見直し、 PDBx/mmCIFファイル内のPDB IDのフォーマット変更とPDB DOIの組み込みに向けて準備を開始してください。 wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、 PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component Dictionary）のIDについて、 コードの文字数を将来的に拡張する計画を立てました（過去のニュース）。 これらの拡張IDを含むエン ...

講習会名 BINDS-PDBj講習会「PDBから見てわかるタンパク質の最新研究」 日時 2021年9月30日(木) 13:00 ～ 17:30 開催趣旨 生体高分子の立体構造を決定する構造生物学は、現代の生物学にとって不可欠なアプローチです。蛋白質構造データバンクPDBには、多くの立体構造データが登録されており、そこから多くの知見を引き出すことができます。しかしながら、立体構造は大変複雑であり、分子ビューアの操作も初心者にはなかなか厄介です。そこで、本講習会では、3人の研究者の方をお招きして、最新 ...

wwPDBは、世界中の研究、教育、創薬の支援を続けています。 PDBデータを誰もが無料で利用できることは、抗コロナウイルス薬、ワクチン、中和抗体などの構造誘導型の発見・開発において、研究者の助けとなっています。 研究者がPDBに存在するよく似た構造など、既存の構造を解析する場合、一次引用文献が公開されていなければPDBエントリーからだけでは得られないような追加情報が必要になることがよくあります。 特に、あるエントリーに関連する一次引用文献がない場合、連絡先情報を得ることはできません。 生体高分子に関 ...

国際蛋白質データバンク（wwPDB）は、国際分業でPDBデータの登録、データ処理、配布を行う組織です。 2003年にRCSB PDB（米国）、PDBe（欧州）、PDBj（日本）の3団体が設立し、NMRデータのアーカイブキーパーとしてBMRB（米国）が2006年に加わりました。 これまでのwwPDBの定款（Charter）は2013年に合意したもので、幾つか現状にそぐわない点がでていました。そこでこの度、新しい定款（Charter）を作成し、 2021年1月に合意しました。この定款では古い物に比べて幾つもの点 ...