wwPDBのFTPサイトについての変更がありましたので、 wwPDBのページ に、"The advisory notice"として掲載されております。 （2009年9月25日）

PDB登録 の主要ページに日本語版を追加しました。

PDBアーカイブ バージョン3.15が公開されました 新しく標準化と拡張がされたバージョンのPDBアーカイブが ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/ および ftp://ftp.wwpdb.org/ で公開されました。 2008年12月2日以前に公開されたファイルはPDBフォーマット バージョン3.15準拠で、それ以降に公開されたファイルはバージョン3.2準拠で公開されます。 本アーカイブ公開前のタイムスタンプ スナップショットは、 ftp://snapshots. ...

PDBアーカイブバージョン3.15が、2009年3月18日に公開されます wwPDBは、2009年3月18日 (日本時間) の更新で、新たに標準化し拡張されたバージョンのPDBアーカイブを ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/ および ftp://ftp.wwpdb.org/ で公開します。 2008年12月2日以前に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.15に準拠します。それ以降に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.20に準拠します ...

FTPサイトのディレクトリ構造を変更します 「 ダウンロード 」のページでもお知らせしておりますとおり、remediation project適用前の20070731スナップショットは当面の間上記URLで入手可能としておりました。同スナップショットは、現在では PDBjスナップショットサイト から入手可能であることから、同スナップショットを削除した上で、以下のとおりディレクトリ構造を変更致します。 変更前 現在のPDBアーカイブ ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/ ...

PDBアーカイブバージョン3.15が公開されます PDBアーカイブの新しく標準化されたバージョンが、2009年初頭に ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/ および ftp://ftp.wwpdb.org/ で公開されます。2008年12月2日以前に公開されたファイルはPDBフォーマット バージョン3.15として再リリースされます。このリリースによって、全ての既存ファイルは上書きされる予定です。このリリース前のスナップショットは、新バージョンの公開後に ftp:// ...

PDBフォーマットガイド バージョン3.2に準拠したファイルがファイルがリリースされます 2008-12-02 (日本時間2008-12-03) 以降、新規公開/更新される全てのPDBエントリーは、PDBフォーマットガイド バージョン3.2 ( PDF | HTML ) に準拠したものとなります。本フォーマットには、部位や会合に関する注釈が含まれ、に2007年に導入された Chemical Component Dictionary に基づく命名法が使用されています。 バージョン3.2 変更点ガイド ...

PDBフォーマットガイド バージョン3.2が公開されました wwPDBの編集者は、データの処理および編集に関係する詳細や手順を明確にするために協力してきました。その成果が、PDBファイルのフォーマットをより完全に説明するPDBフォーマットガイド バージョン3.2です。本文書は PDF形式 および HTML形式 で提供されています。また、本文書には、変更の要点をまとめた 付随文書が添えられています。 今後数か月のうちに、wwPDBによってリリースされたすべてのファイルが、本文書に基づくフォーマットに移 ...

2008年6月11日に、 第8回日本蛋白質科学会年会 にて、ランチョンセミナー「PDBj: Protein Data Bank Japan」を開催いたしました。セミナー資料は、 過去の講習会のページ をご覧ください。

David S. Goodsell博士が、RCSB-PDBのWeb pageに毎月掲載しております「今月の分子（Molecule of the Month: MOM）」の記事を、PDBj のスタッフが日本語に翻訳し、 PDBj のページ から公開することになりました。

2008年3月3日に、PDBj講習会を大阪大学中之島センターで開催いたしました。 詳細については、 過去の講習会 のページをご覧ください。

rsyncによるPDBアーカイブのダウンロードサービスを始めました。 remediated fileについて、 rsync によるPDBアーカイブの配布を開始します。rsyncは、差分符号化を使ってデータ転送量を最小化し、遠隔地間のファイルやディレクトリの同期を行うアプリケーションソフトウェアです。PDBアーカイブの取得については、 PDBアーカイブ についてのページをご覧ください。

2008年2月1日より、PDBへの登録の際に構造因子データ (結晶構造解析の場合) または制限情報データ (NMR構造解析の場合) が必須となります。 これらのデータはWorldwide Protein Data Bank ( www.wwpdb.org )のメンバーサイト: PDBj ( www.pdbj.org ), RCSB PDB ( www.pdb.org ), MSD-EBI ( www.ebi.ac.uk/msd ), BMRB ( www.bmrb.wisc.edu ) で登録する必要が ...

NMR構造解析データの新規登録は、ADIT-NMRから行ってください。ADITによるNMR構造解析データの新規登録は終了しました。

PDBアーカイブデータの修正が完了し、2007年8月1日から ftp://ftp.wwpdb.org/ および、PDBj ftp ミラーサイトftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/から、ご利用いただけます。

PDBjでは、 EM Navigator という電子顕微鏡構造検索サービスを開始いたしました。 また、XQuery生成を支援するXQueryアドバイサ（ XQuad )を開発、公開しました。(xPSSSのページから利用できます。)

wwPDB (www.wwpdb.org)は、協力してPDBアーカイブデータの修正をするプロジェクトを行ってきましたが、このほど新たなデータセットを作成しテスト公開をすることになりました。

native XML-DBを用いて運用をしておりますxPSSS (xml-based Protein Structure Search Service)では、従来のXPathに加えて、XQueryによる検索サービスを開始いたしました。

PDBjでは、Gridの最新技術であるOpal-OPを利用し、Structure Navigator-RT 新version のWebサービス運用を開始いたしました。

Theoretical modelの編集方針および受付ポリシーが2006年8月15日より変更されます。詳細はこちらをご覧下さい。

4月21日(金) PDBjのトップページをリニューアルいたしました。

3D-insight, GDB, KEGG へのリンクをPDBデータ検索サービス(xPSSS)の検索結果のリンクページに追加いたしました。

RCSB-PDB mirror site in Osaka University, Japan は2005年12月28日に終了致します。今後はPDBjのサイトをお使いください。

第２０回国際結晶学会 － 2005年8月23日-31日(イタリア、フローレンス）－ 期間中、28・29ブースにてwwPDBメンバーと展示を行います。デモンストレーションとメンバーとのディスカッションを予定しておりますのでお立ち寄りください。

PDBjでは、Structure Navigatorという類似構造検索システムと、GASHと称する立体構造アラインメントのサービスを開始いたしました。