NMRによる構造の登録には、同時に化学シフトの登録が必須事項となりました。（ 詳細... ）

新しいPDBMLplusスキーマ を公開しました。詳細は ヘルプページ をご覧下さい。

2010年12月6日より、PDBへNMR構造解析のエントリーを登録する場合、化学シフトデータの登録も必須になります。（ 詳細... ）

第48回生物物理学会年会（2010年9月20日（月）～22日（水）、会場： 東北大学・川内キャンパス ）にて、20日にランチョンセミナー、21日・22日に講習会を開催いたしました。( 詳細・セミナー資料 )

PDF形式の構造検証レポートについて wwwPDBメンバーは、構造データの編集処理の一環として、分子構造データや実験的データの検証結果を含む詳細なレポートを、登録者に提供します。 これらの文書は、どのwwPDB編集拠点からでもPDFファイルとして利用できますので、登録者による再検討や登録者間の情報共有が、これまで以上に容易になります。 PDB検証レポートによって、登録された構造の質の評価が得られる一方で、座標ファイルの秘匿性は確保されますので、 論文雑誌の編集者や査読者は、論文投稿や査読の一環として ...

PDBj が開発しておりますフリーの分子グラフィックス・ビューア: jVの最新版（jV3.8) がリリースされました。displayatom on/off のコマンド機能が追加され、多様な表示が容易にできるようになっております。どうぞ、 こちら からダウンロードしてお使いください。

2010年8月9日(月)、10日(火）に、「ライフサイエンス・データベース講習会 in 名大」を名古屋大学情報文化学部棟にて開催いたしました。セミナー資料は、 過去の講習会のページ をご覧ください。

NMR距離制限情報ファイル バージョン2 が公開されました。

jVの最新版 (jV3.7.1)が公開されました。

PDBj Webサーバ および PDBj FTPサーバ （PDBMLplusを含む各種PDBデータファイルのファイルサーバ）を変更しました（PDBj FTPサーバの新IPアドレスは 133.1.158.142 です。Webサーバ、FTPサーバとも通常のホスト名でのアクセスについては特に変更の必要はありません）。

登録者に送付する構造検証レポートをPDF形式で提供します 構造データ編集の一環として、wwPDBメンバーは登録者に対して、分子構造や実験データの確認結果を含む詳細な検証レポートを提供しています。2010年5月17日より、これらの文書はwwPDB編集拠点からPDF形式で提供され、登録者による再検討や登録者間の情報共有が、これまで以上に容易になります。 PDBによる検証レポートでは登録構造の質に関する検証を提供する一方、座標ファイルの秘匿性は確保されます。したがって、論文雑誌の編集者や査読者には論文 ...

2009年11月25日（水）から、PDBjのデータ検索システムxPSSSは、PDBj Mineに統合されます。 2009年10月14日より、PDBjで開発してまいりましたデータ検索システムを、従来のNative XML-DBを利用する方法（xPSSS）から、 RDB (PostgreSQL)を利用する方式に変更し、PDBj Mineという名称で運営を始めております。 2009年11月25日午前9時以降は、これまでのデータ検索ビューア「xPSSS」に対するアクセスは、自動的にPDBj Mineへのアク ...

2009年10月22日（木）から、PDBjでは、主要なページおよびデータ登録に関するページについて、 繁体中国語 のページを公開しました。

2009年10月14日（水）から、wwPDBでは、毎週のデータアプデートを、原則として、日本時間の毎水曜日午前9時（UTC0時）に行います。 このデータ更新は、米国のRCSB-PDB、欧州のPDBe、PDBjにおいて、同時刻に行われます。 2009年10月14日（水）から、PDBjにおけるデータ検索システムとして新たに開発した「 PDBj Mine 」の稼動を始めます。 PDBj Mineは、relational DBを用いているため、XPath/XQueryの利用はできなくなります。また、これま ...

wwPDBのFTPサイトについての変更がありましたので、 wwPDBのページ に、"The advisory notice"として掲載されております。 （2009年9月25日）

PDB登録 の主要ページに日本語版を追加しました。

PDBアーカイブ バージョン3.15が公開されました 新しく標準化と拡張がされたバージョンのPDBアーカイブが ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/ および ftp://ftp.wwpdb.org/ で公開されました。 2008年12月2日以前に公開されたファイルはPDBフォーマット バージョン3.15準拠で、それ以降に公開されたファイルはバージョン3.2準拠で公開されます。 本アーカイブ公開前のタイムスタンプ スナップショットは、 ftp://snapshots. ...

PDBアーカイブバージョン3.15が、2009年3月18日に公開されます wwPDBは、2009年3月18日 (日本時間) の更新で、新たに標準化し拡張されたバージョンのPDBアーカイブを ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/ および ftp://ftp.wwpdb.org/ で公開します。 2008年12月2日以前に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.15に準拠します。それ以降に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.20に準拠します ...

FTPサイトのディレクトリ構造を変更します 「 ダウンロード 」のページでもお知らせしておりますとおり、remediation project適用前の20070731スナップショットは当面の間上記URLで入手可能としておりました。同スナップショットは、現在では PDBjスナップショットサイト から入手可能であることから、同スナップショットを削除した上で、以下のとおりディレクトリ構造を変更致します。 変更前 現在のPDBアーカイブ ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/ ...

PDBアーカイブバージョン3.15が公開されます PDBアーカイブの新しく標準化されたバージョンが、2009年初頭に ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/ および ftp://ftp.wwpdb.org/ で公開されます。2008年12月2日以前に公開されたファイルはPDBフォーマット バージョン3.15として再リリースされます。このリリースによって、全ての既存ファイルは上書きされる予定です。このリリース前のスナップショットは、新バージョンの公開後に ftp:// ...

PDBフォーマットガイド バージョン3.2に準拠したファイルがファイルがリリースされます 2008-12-02 (日本時間2008-12-03) 以降、新規公開/更新される全てのPDBエントリーは、PDBフォーマットガイド バージョン3.2 ( PDF | HTML ) に準拠したものとなります。本フォーマットには、部位や会合に関する注釈が含まれ、に2007年に導入された Chemical Component Dictionary に基づく命名法が使用されています。 バージョン3.2 変更点ガイド ...

PDBフォーマットガイド バージョン3.2が公開されました wwPDBの編集者は、データの処理および編集に関係する詳細や手順を明確にするために協力してきました。その成果が、PDBファイルのフォーマットをより完全に説明するPDBフォーマットガイド バージョン3.2です。本文書は PDF形式 および HTML形式 で提供されています。また、本文書には、変更の要点をまとめた 付随文書が添えられています。 今後数か月のうちに、wwPDBによってリリースされたすべてのファイルが、本文書に基づくフォーマットに移 ...

2008年6月11日に、 第8回日本蛋白質科学会年会 にて、ランチョンセミナー「PDBj: Protein Data Bank Japan」を開催いたしました。セミナー資料は、 過去の講習会のページ をご覧ください。

David S. Goodsell博士が、RCSB-PDBのWeb pageに毎月掲載しております「今月の分子（Molecule of the Month: MOM）」の記事を、PDBj のスタッフが日本語に翻訳し、 PDBj のページ から公開することになりました。

2008年3月3日に、PDBj講習会を大阪大学中之島センターで開催いたしました。 詳細については、 過去の講習会 のページをご覧ください。