Site クエリの検索結果 - 日本蛋白質構造データバンク

PDB ウェブページ: 468 件ステータス検索 Chemie search BIRD

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[wwPDB] PDBアーカイブからSDF/MOL形式のCCDファイルをご利用頂けます

... ード頂けます。 https://files.wwpdb.org/pub/pdb/refdata/chem_comp/ （又は、PDBjサイトのhttps ... ://files.pdbj.org/pub/pdb/refdata/chem_comp/）また、連結したSDF/MOL ... イルも提供され（https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components-pub.sdf.gz / PDBj：https://files.pdbj ...

PDB形式変換不可かどうかの識別 - FAQ

... A) PDBx/mmCIFまたはPDBMLで、pdbx_database_status.pdb_format_compatibleを見ると、そのエントリ ... ーがPDB形式変換不可であるかどう ... 「Y」が設定されていればPDB形式変換可（従来同様 ... 供）、「N」が設定されていればPDB形式変換不可（ChainIDを読み替 ... え、複数のPDB formatファイルとChainID対応情報 ... を含めたPDB bundleを提供）エントリーです。 [ ...

[wwPDB] PDBの50年

PDBは1971年10月20日に、 Crystallography: Protein Data Bank ... 表されました。 50年後の今日、PDBアーカイブには17万件を超え ... 質構造データバンク（wwPDB, Worldwide PDB）組織が、PDBを世界中の人に自由に公 ... るよう運営管理しています。 PDBアーカイブ50周年を記念した ... 、ポスター賞の対象となります。 PDB 50周年を迎えるにあたり ... 、PDBの公共性、協調、教育の精神を ...

[wwPDB] 新規登録の化合物を含むPDBエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットでは提供されません

PDBで使用してきた3文字の ... 物IDがなくなりましたので、 PDBはOneDepシステムでCCD ID用の5 ... 始しました。現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4 ... ードは使用されません。従来のPDBフォーマットは制約により新 ... のCCD IDを含むエントリーには、PDBフォーマットは提供されませ ... -99、DRG、INH、LIGを予約済みとしてPDBでは使用しないことにしま ... ーザーとソフトウェア開発者に、PDBとCCD IDの長さに関する現在 ... よう求めています。拡張後のPDB IDやCCDのIDをもつファイル ...

[wwPDB] PDBアーカイブの検証レポートが更新されました。

... _reports/ (wwPDB) - ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ (RCSB PDB) - ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/validation_reports/ (PDBe) - ftp://ftp.pdbj.org ... / (PDBj) 更新前の検証レポートは、RCSB PDBやPDBj のスナップショットに ...

[wwPDB] PDBアーカイブからインデックスファイルls-lRを削除します

... - obsolete_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・廃止されたPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの ... - released_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・公開済みのPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの ... をご利用ください。例えば、/pub/pdb/holdings/ にある current_file_holdings.json.gz や released_structures ...

[wwPDB] 7月29日に糖鎖分子の表現を改善したPDBデータを公開します

... ている線形記述法を採用 - PDB構造における糖鎖修飾部位 ... news/PDBj news）でも強調したように、PDBデータの生成、アクセス、視覚化 ... れる個々の単糖要素すべてをPDBエントリーのデータに記述し ... 法を標準化し、8000を超えるPDBエントリーにおいて分岐エン ... 究所のPDB2GlycanからのWURCS、ドイツのpdb-careからのLINUCSが含まれます。さ ... 善しています。これにより、PDB内の低分子の代替名称をよ ... ージー州立ラトガース大学のRCSB PDBが主導して実施するwwPDBの共 ...

[wwPDB] PDB 次世代(NextGen)アーカイブのプロトタイプを公開しました

... https://files-nextgen.wwpdb.org, rsync://rsync-nextgen.wwpdb.org - RCSB PDB (USA): https://files-nextgen.rcsb.org, rsync://rsync-nextgen.rcsb.org ... - PDBe (UK): ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb_nextgen/ - PDBj (Japan): https://ftp-nextgen.pdbj.org デ ...

[wwPDB] PDBエントリー数が20万件を突破しました

... てください今週の公開で、PDBアーカイブのエントリ数は ... した。 1971年に創設されたこのPDBアーカイブは、実験で決定 ... 達成することができました。 PDBデータはSARS-CoV-2の理解に ... 礎を築きました。 2021年にはPDBは50周年を迎えました。現 ... 、1971年に設立されました。 PDBに登録された初期の構造に ... シップは、2003年7月にPDBe、PDBj、RCSB PDBの間で設立されましたが、現 ... ます。 wwPDBは、これらの貴重なPDBデータを安全に保管し、専門家 ...

[wwPDB] PDBの次世代（NextGen）アーカイブにおいて、分子内結合情報が追加されました

... 性が追加され、レガシーPDBフォーマットからPDBx/mmCIFフ ... します。結合情報には、PDB化合物辞書（CCD）から取り ... とができます。レガシーPDBフォーマットからPDBx/mmCIFに ... のハッシュコードは、PDB IDコードがpdb_接頭辞付きで5文 ... ます。 https://files-nextgen.wwpdb.org/pdb_nextgen/data/entries/divided/al/pdb_00008aly/pdb_00008aly_xyz-enrich.cif.gz。ユーザ ...

[wwPDB] 糖鎖分子の表現を改善したPDBデータを公開しました

... ている線形記述法を採用 - PDB構造における糖鎖修飾部位 ... news/PDBj news）でも強調したように、PDBデータの生成、アクセス、視覚化 ... れる個々の単糖要素すべてをPDBエントリーのデータに記述し ... 法を標準化し、8000を超えるPDBエントリーにおいて分岐エン ... 究所のPDB2GlycanからのWURCS、ドイツのpdb-careからのLINUCSが含まれます。 ... 善しています。これにより、PDB内の低分子の代替名称をよ ... ージー州立ラトガース大学のRCSB PDBが主導して実施するwwPDBの共 ...

[wwPDB] OneDepでPDB IDを変更せずに、公開済みのPDBエントリーの座標を改善できます

... OneDepシステムから登録されたPDBエントリーに限定されます。 ... バージョンが公開されます。 PDBエントリーのバージョニング ... ーの最新のバージョンは、メインPDBアーカイブのFTPサイト（ftp.pdbj ... 全てのメジャーバージョンのPDB構造ファイルは、バージョン化 ... アーカイブの構造は、将来のPDBアクセションコードの拡張 ... っています。そのためPDBエントリー1abcのファイルは ... 、pdb_00001abcというフォルダ内に ... カテゴリに記録されます。 PDBバージョニングについて何 ...

[wwPDB] 2023年7月12日に、PDBアーカイブからインデックスファイルls-lRを削除します

... - released_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・公開済みのPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの ... - obsolete_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・廃止されたPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの ... をご利用ください。例えば、/pub/pdb/holdings/ にある current_file_holdings.json.gz や released_structures ...

PDBレコードの説明（簡易版）

... , NEUTRON DIFFRACTION, SOLUTION NMR, ELECTRON MICROSCOPY etc.） NUMMDL PDBエントリーの合計モデル数（NMR ... minimized average”、CA ATOMS ONLY等） AUTHOR PDBエントリーの登録者名（カン ... 6 TITLE 9 – 10 継続 11 – 80 PDBエントリーの表題 [トップに戻 ... 32 参照データベースの名称 (GB, PDB, UNP, NORINE) 34 - 41 参照データ ...

各PDBエントリーのPDBIDと高分子鎖の合計化学式量を得る（合計化学式量の多い順）

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 各PDBエントリーのPDBIDと高分子鎖の ...

化学式量が1000 Da以下の抗体を含むPDBエントリーのPDBID、分子名を得る

... 量が1000 Da以下の抗体を含むPDBエントリーのPDBID、分子名を得る ...

公開済みの登録構造が9万件を超えました。 2013年5月1日の更新時点で、90,206件のPDB登録構造が公開されています。

[wwPDB] PDBアジア地区50周年記念シンポジウムの開催

11月24日にオンラインにて「PDBアジア地区50周年記念シン ...

UniProtのDB Codeが「CDK3_HUMAN」であるPDBエントリー一覧を得る

... 検索 - UniProtのDB Codeが「CDK3_HUMAN」であるPDBエントリー一覧を得る検索は ...

[wwPDB] PDBは、信頼できるデジタルリポジトリの認定を受けました。

... れました。この認定の要件は、PDBデータの管理やプロジェクト ...

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