| 2021年11月24日（水）オンラインにて「PDBアジア地区50周年記念シンポジウム」を開催します ... 年を記念し、下記内容で「PDBアジア地区50周年記念シン ... ーカイブProtein Data Bank（PDB）を設立しました。 PDBデータ全体の約4分の ... です。 2000年、Protein Data Bank Japan（PDBj）は、PDBのアジア地区のハブとして ... 2003年に米国RCSB PDBと欧州PDBeとともにworldwide PDB（wwPDB）を設立して国 ... きました。 2021年、私たちはPDB設立50周年を祝い、特に今回 ... れません。 問い合わせ先 PDBアジア地区50周年記念シン ... |
| [wwPDB] PDB-Devのウェブサイトを更新しました ... ました 新しく改善されたPDB-Devウェブサイトをご利用 ... 頂けるようになりました。 PDB-Devは、wwPDBが統合構造のアーカ ... 基づいて構築されました。 PDB-Devには現在、37件の生体高 ... 造があります。 更新されたPDB-Devウェブインターフェイス ... 新機能が含まれています。 - PDB-Devにアーカイブされた構造の ... 要な詳細、ダウンロードリンク。 PDB-Devチームは、ユーザからのフィー ... やご提案がございましたら、pdb-dev@mail.wwpdb.orgまで、英語にてお ... |
| [wwPDB] 7月29日に糖鎖分子の表現を改善したPDBデータを公開します ... ている線形記述法を採用 - PDB構造における糖鎖修飾部位 ... news/PDBj news）でも強調したように、PDBデータの生成、アクセス、視覚化 ... れる個々の単糖要素すべてをPDBエントリーのデータに記述し ... 法を標準化し、8000を超えるPDBエントリーにおいて分岐エン ... 究所のPDB2GlycanからのWURCS、ドイツのpdb-careからのLINUCSが含まれます。 さ ... 善しています。 これにより、PDB内の低分子の代替名称をよ ... ージー州立ラトガース大学のRCSB PDBが主導して実施するwwPDBの共 ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブからSDF/MOL形式のCCDファイルをご利用頂けます ... ード頂けます。 https://files.wwpdb.org/pub/pdb/refdata/chem_comp/ （又は、PDBjサイトのhttps ... ://files.pdbj.org/pub/pdb/refdata/chem_comp/） また、連結したSDF/MOL ... イルも提供され （https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components-pub.sdf.gz / PDBj：https://files.pdbj ... |
| PDB形式変換不可かどうかの識別 - FAQ ... A) PDBx/mmCIFまたはPDBMLで、pdbx_database_status.pdb_format_compatibleを見ると、そのエントリ ... ーがPDB形式変換不可であるかどう ... 「Y」が設定されていればPDB形式変換可（従来同様 ... 供）、「N」が設定されていればPDB形式変換不可（ChainIDを読み替 ... え、複数のPDB formatファイルとChainID対応情報 ... を含めたPDB bundleを提供）エントリーです。 [ ... |
| [wwPDB] 糖鎖分子の表現を改善したPDBデータを公開しました ... ている線形記述法を採用 - PDB構造における糖鎖修飾部位 ... news/PDBj news）でも強調したように、PDBデータの生成、アクセス、視覚化 ... れる個々の単糖要素すべてをPDBエントリーのデータに記述し ... 法を標準化し、8000を超えるPDBエントリーにおいて分岐エン ... 究所のPDB2GlycanからのWURCS、ドイツのpdb-careからのLINUCSが含まれます。 ... 善しています。 これにより、PDB内の低分子の代替名称をよ ... ージー州立ラトガース大学のRCSB PDBが主導して実施するwwPDBの共 ... |
| [wwPDB] 新規登録の化合物を含むPDBエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットでは提供されません PDBで使用してきた3文字の ... 物IDがなくなりましたので、 PDBはOneDepシステムでCCD ID用の5 ... 始しました。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4 ... ードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新 ... のCCD IDを含むエントリーには、PDBフォーマットは提供されませ ... -99、DRG、INH、LIGを予約済みとしてPDBでは使用しないことにしま ... ーザーとソフトウェア開発者に、PDBとCCD IDの長さに関する現在 ... よう求めています。 拡張後のPDB IDやCCDのIDをもつファイル ... |
| [wwPDB] OneDepでPDB IDを変更せずに、公開済みのPDBエントリーの座標を改善できます ... OneDepシステムから登録されたPDBエントリーに限定されます。 ... バージョンが公開されます。 PDBエントリーのバージョニング ... ーの最新のバージョンは、メインPDBアーカイブのFTPサイト（ftp.pdbj ... 全てのメジャーバージョンのPDB構造ファイルは、バージョン化 ... アーカイブの構造は、将来のPDBアクセションコードの拡張 ... っています。 そのためPDBエントリー1abcのファイルは ... 、pdb_00001abcというフォルダ内に ... カテゴリに記録されます。 PDBバージョニングについて何 ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブからインデックスファイルls-lRを削除します ... - obsolete_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・廃止されたPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの ... - released_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・公開済みのPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの ... をご利用ください。 例えば、/pub/pdb/holdings/ にある current_file_holdings.json.gz や released_structures ... |
| [wwPDB] PDB 次世代(NextGen)アーカイブのプロトタイプを公開しました ... https://files-nextgen.wwpdb.org, rsync://rsync-nextgen.wwpdb.org - RCSB PDB (USA): https://files-nextgen.rcsb.org, rsync://rsync-nextgen.rcsb.org ... - PDBe (UK): ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb_nextgen/ - PDBj (Japan): https://ftp-nextgen.pdbj.org デ ... |
| [wwPDB] PDBエントリー数が20万件を突破しました ... てください 今週の公開で、PDBアーカイブのエントリ数は ... した。 1971年に創設されたこのPDBアーカイブは、 実験で決定 ... 達成することができました。 PDBデータはSARS-CoV-2の理解に ... 礎を築きました。 2021年にはPDBは50周年を迎えました。 現 ... 、1971年に設立されました。 PDBに登録された初期の構造に ... シップは、2003年7月にPDBe、PDBj、RCSB PDBの間で設立されましたが、現 ... ます。 wwPDBは、これらの貴重なPDBデータを安全に保管し、専門家 ... |
| [wwPDB] PDBの次世代（NextGen）アーカイブにおいて、分子内結合情報が追加されました ... 性が追加され、 レガシーPDBフォーマットからPDBx/mmCIFフ ... します。 結合情報には、PDB化合物辞書（CCD）から取り ... とができます。 レガシーPDBフォーマットからPDBx/mmCIFに ... のハッシュコードは、PDB IDコードがpdb_接頭辞付きで5文 ... ます。 https://files-nextgen.wwpdb.org/pdb_nextgen/data/entries/divided/al/pdb_00008aly/pdb_00008aly_xyz-enrich.cif.gz。 ユーザ ... |
| [wwPDB] 2023年7月12日に、PDBアーカイブからインデックスファイルls-lRを削除します ... - released_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・公開済みのPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの ... - obsolete_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・廃止されたPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの ... をご利用ください。 例えば、/pub/pdb/holdings/ にある current_file_holdings.json.gz や released_structures ... |
| PDBレコードの説明（簡易版） ... , NEUTRON DIFFRACTION, SOLUTION NMR, ELECTRON MICROSCOPY etc.） NUMMDL PDBエントリーの合計モデル数（NMR ... minimized average”、CA ATOMS ONLY等） AUTHOR PDBエントリーの登録者名（カン ... 6 TITLE 9 – 10 継続 11 – 80 PDBエントリーの表題 [トップに戻 ... 32 参照データベースの名称 (GB, PDB, UNP, NORINE) 34 - 41 参照データ ... |
| [wwPDB] 10,000件以上のPDB登録を処理したバイオキュレータ wwPDBのDeborah Harrus博士が処理したPDBエントリーが10,000件に到達し ... |
| 公開済みの登録構造が9万件を超えました。 2013年5月1日の更新時点で、90,206件のPDB登録構造が公開されています。 公開済みの登録構造が9万件を超えました。 2013年5月1日の更新時点で、90,206件のPDB登録構造が公開されています。 |
| [wwPDB] PDBアジア地区50周年記念シンポジウムの開催 11月24日にオンラインにて「PDBアジア地区50周年記念シン ... |
| UniProtのDB Codeが「CDK3_HUMAN」であるPDBエントリー一覧を得る ... 検索 - UniProtのDB Codeが「CDK3_HUMAN」であるPDBエントリー一覧を得る 検索は ... |
| [wwPDB] PDBは、信頼できるデジタルリポジトリの認定を受けました。 ... れました。 この認定の要件は、PDBデータの管理やプロジェクト ... |
| [wwPDB] 今すぐ寄付をしてPDBの公開、協力、教育の精神をご支援ください ... 問委員会など将来に渡ってPDBアーカイブを維持する上で重 ... |
| PDBjで処理したPDBエントリー数が40,000件に到達 ... 始し，地域分担して処理したPDBエントリー数が累計で40,000件 ... |
| アミノ酸配列でPDBエントリーを検索 - FAQ Q) アミノ酸配列でPDBに登録されているタンパク ... |
| 全PDBエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 全PDBエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary タグ - brief_summary - エントリー情報 - 情報を取り出す（SELECT） |
| 構造登録者か主引用文献の著者に「Roberts, R.J.」を含むPDBエントリーのPDBIDを得る ... 文献の著者に「Roberts, R.J.」を含むPDBエントリーのPDBIDを得る 検索は ... |
| キーワード（struct_keywords.pdbx_keywords）とそのキーワードが定義されているPDBエントリーの件数を得る（件数の多い順、大文字小文字の区別なし） ... のキーワードが定義されているPDBエントリーの件数を得る（件数 ... |
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