[非対称単位について] 表記の「非対称単位」は、「結晶学的な非対称単位」の意味で使用されている場合と、「非結晶学的な非対称単位」の意味で使用されている場合があります。 結晶学的な非対称単位 結晶学的な対称操作を行うことにより完全な単位格子（結晶繰り返し単位）を作ることができる、結晶構造の最も小さな単位構造です。 結晶学による構造は、この構造単位で登録されます。 結晶学的非対称単位は、必ずしも生物学的集合体と一致せず、生物学的集合体の一部である場合や、複数の生物学的集合体を含む場合があります。 ...

URL: https://pdbj.org/strucNavi Structure Navigator は、似た立体構造を持つタンパク質をPDBエントリーの中から検索するツールです。 立体構造を指定すると、Structure Navigator は 構造ドメイン （ここでは「鋳型 (templates)」と呼びます）の一覧を結果として返します。 結果は ASH 類似度（ASH similarity score）によって順位付けされます。 各鋳型に対して配列と構造の類似度が表示され、ペアワイズアライ ...

巨大構造がメインのPDB FTPアーカイブ内に統合されます wwPDBは、これまで複数のPDBフォーマットファイル（分割エントリー）にまたがって表現されてきた巨大構造（例えばリボソーム）を一つのファイルに統合しました。 統合された構造には新しいPDB IDが発行され、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマットの形で提供されています。 既にお知らせしている通り、統合化されたファイルは、公開テストのため、別のFTPディレクトリで、利用可能となっていました。 これら巨大構造を表現するフ ...

巨大構造エントリーが公開されました" /> 公開アーカイブにおける巨大構造表示方法の改善について PDBの登録が飛躍的に増加していること、そしてこの登録エントリーに含まれる大きくて複雑な構造（巨大構造）の決定にしばしば複数の実験手法 が用いられることに対応するため、wwPDBでは構造の登録とアノテーションを行うための新しいソフトウェアシステムを開発してきました。この新 システムは、PDBx/mmCIFフォーマットに基づいて作られており、あらゆるサイズの構造を扱うことができます。ただ現在対象としてい ...

私たちのサーバが１秒間に数千のスパムメールを送ろうとするようなツールの踏み台とならないようにするため、PDBjのサービスには、メールを送ろうとしているユーザが実際の人間であることを確認するための認証を要求するものがあります。 この認証は、画像認証（Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart、頭文字を取って「CAPTCHA」とも呼ばれます。詳細はこちら）を利用しています。 以下のサービスで、画像認 ...

注意： 設定画面で行った変更は、直ちに保存されます。 テーマ色 お好みに応じて、PDBjウェブサイトのテーマ色を設定できます。 Newweb lite mode このオプションを有効にすると、初期インターフェースがサーバー側ではなく,クライアント側で生成されます。 ご要望・ご提案はお問い合わせページまでご連絡ください。

目的 集中力と記憶力を使って、同じ絵柄のアミノ酸や蛋白質の組み合わせを見つけます。全ての組を完成させましょう。 操作 裏向きのカードの中から一枚を選択し、マウスの左ボタンでクリックすると、クリックされたカードの絵柄が現れます。 その後、もう一枚のカードをクリックします。 同じ絵柄が揃うと、2枚のカードは表向きで表示されたままになります。 揃わなかった場合は、2枚とも裏向きになり、再度同じ絵柄の組み合わせを探さなければなりません。 カードの場所は変わりませんので、めくったカードの中で、どの絵柄がどこにあったか ...

目的 リボソームを矢印キーで操作し、アミノ酸を指示通りにつなげてペプチド鎖を作ります。 操作 矢印キーを使ってリボソームを操作してください（ボタンを押し続けると加速します）。 リボソームが標的のアミノ酸に接触すると、自動的にペプチド鎖が作られます。 周囲の壁に当たるとライフが減少し、ライフが0になるとゲームオーバーになります。 スプライト リボソーム アラニン (Ala, A) システイン (Cys, C) アスパラギン酸 (Asp, D) グルタミン酸 (Glu, E) フェニルアラニン (Phe, F ...

PDBjの検索サービスに、新たに'化合物検索'が追加されました。 また、ウェブページ上部の検索バーが改訂され、様々な情報やサービスをより素早く探すことができるようになりました。

リボソームを矢印キーで操作し、アミノ酸を指示通りにつなげてペプチド鎖を作るスネークゲームです。周囲の壁に当たると ライフが減少し、ライフが0になるとゲームオーバーになります。 遊び方はこちら アミノ酸・蛋白質の神経衰弱ゲームです。 遊び方はこちら

Fetch APIファイルフォーマット 以下は、PDBファイルをダウンロード/表示するためのRESTサービスでご利用いただけるファイルフォーマットの一覧です。 mmcifPDBx/mmcifフォーマットによるPDB data (noatom+atom) mmjson-allmmjsonフォーマットによるPDBデータ (noatom+atom) mmjson-noatom mmjsonフォーマットによるPDBデータ (noatom) mmjson-plusmmjsonフォーマットによるPDBデータ ( ...

まずはじめに PDBjのウェブインターフェースは、利便性とパフォーマンスと効率の良さのバランスがとれるようにデザインされてきました。 これらの目的を考慮して、インターフェースは、以下の２つの構成に分かれています。 - サーバサイドのRESTインターフェース - クライアントサイドのインターフェース RESTインターフェース PDBj RESTインターフェースは、PDBjによって提供されている様々なサービスやデータへのRESTインターフェースを提供します。 ほとんどのREST機能からのデータは、JSON ...

インタフェース mine PDB Explorerのインタフェースは、以下の３つの構成に分かれています。 - タイトルパネル - タブ目次 - 右側のサイドメニュー タイトルパネル タイトルパネルには、エントリーのタイトルや説明が記述されています。さらに、利用できるタブ目次もリストアップされています（詳しくは、以下のタブ目次を参照ください）。 タブ目次 タイトルパパネルの下には、詳細な内容のタブが表示されます。 右側のサイドメニュー 右側のサイドメニューでは、そのエントリーに関する付加情報やリソースが見 ...

MolmilやjVでは、非PDBの３次元構造を表示するために、ポリゴンXMLファイルをロードすることができます。 例えば、電子密度や、分子表面など。 ポリゴンXMLファイルのスキーマは、こちらをご覧ください。

ニュース (2014年8月4日): 国際結晶学会（8月5-12日）でのwwPDB関連イベントのお知らせ wwPDB のメンバー（RCSB, PDBe, PDBj ）はカナダ、ケベック州モントリオールで8月5-12日に開催される全世界規模の国際結晶学会23回目総会に参 加します。PDBアーカイブの10万件エントリ達成を記念するステッカーを配布しますので、スタンド114の展示ブースへぜひお越し下さい。wwPDBの その他のイベントは下記の通りです。 - 8月7日（木） "ポスター発表: The ...

既にお知らせしている通り、これまで提供してきました、PDBj FTPサイトからのPDBMLplusファイルは、7/9をもって、更新を終了いたしました。今後は、PDBj Mineのオンデマンド提供による、"PDBML"と"PDBMLadd(付加部分)"を合成した"PDBMLplus"をご利用ください。 - （例）http://service.pdbj.org/mine/pdbmlplus/noatom/100d また、PDBMLaddファイルのPDBj FTP siteからの提供は引き続き行います。 ...

PDBjで提供した画像がオンライン事典に掲載されました。 ブリタニカ・ジャパン社にて提供されているオンライン事典「ブリタニカ・オンライン・ジャパン」の蛋白質のページに、PDBjから提供した分子画像が掲載されました。

PDBのエントリー数が10万件を突破しました 今週、歴史的な記録を迎えるにあたり、これまでのニュースもご覧ください。 （PDB の構築、初期の登録構造、次世代ツールの開始） PDBへ構造を登録された方へ：この画像をダウンロードして、登録した構造の数を記載してください。 蛋白質構造データバンク（PDB）について 図 １： PDBのローカルアーカイブ RCSB（米国）、PDBe（英国）、PDBj （日本） PDBは、蛋白質、核酸等の生体高分子立体構造データを集めたデータ ...

新バージョンのjV（jV 4.4）を公開しました。mmCIF形式や生物学的単位の読み書きに対応しました。また、PDBMLplusのURL既定値を変更しています。旧URLは廃止する予定ですので、旧バージョンのjVをお使いの方はこの新バージョンに更新お願いします。 ダウンロードはこちらからお願いします。オンラインマニュアルはこちらをご参照下さい。

次世代ツールの稼働開始と10万件への道のり 今週の更新で、PDBアーカイブのエントリー数は 99,928件に達し、まもなく100,000件を迎える見通しです。この節目を迎えるにあたり、今週、PDBの他の節目を振り返っています。 （先週、先々週のニュース PDB 初期の登録構造と10万件への道のりと PDB の構築と10万件への道のりもご覧ください） 今日PDBに登録される構造の多くでは、アーカイブ中で最も適した表現を行うために、データ収集やアノテーションの際、特別なツールと処理が必要とさ ...

PDBの構築と10万件への道のり 今週の更新で、PDBアーカイブのエントリー数は 99,624件に達し、まもなく100,000件を迎える見通しです。この節目を迎えるにあたり、今週、PDBの他の節目を振り返っています。 精力的な話し合いや討論、将来の計画立案を通じて、構造生物学の研究者たちが一団となり、1971年に、ブルックヘブン国立研究所（Brookhaven National Laboratory）1で、実験的に決定した生物学的高分子の構造のデータベースとして、PDBを設立しました。 ...

FTPサイトからのPDBMLplusファイル提供を終了します 現在、PDBjで独自に収集したデータをPDBML-noatom（原子座標部分を除いたもの）に付加した「PDBMLplus」を下記2通りの方法で公開しています。 - FTPサイトに配置している合成済みのファイル例：ftp://ftp.pdbj.org/XML/pdbmlplus/pdbml_xp_gz/100d.pdbmlplus.xml.gz - リクエストに応じオンデマンドでPDBMLと付加部分（PDBMLadd）を合成しているもの例： ...

jVの最新版（ jV4.3 ）が公開されました。 最新版は こちら からダウンロードしてお使い下さい。 更新内容の詳細は リリースノート をご覧ください。

従来の各PDBID entryごとのfasta format sequence情報('fasta_seq_data/PDBID_seq.txt')に加えて、全entryのfasta format情報をまとめたもの('all_fasta_sequence.txt.gz')も、PDBj ftp siteからダウンロードできるようになりましたので、ご利用ください。

FTPサイトから Mine2 RDB（Mine 2 Relational DataBase）を公開しました。 詳細は、ヘルプページをご覧ください。" /> 3月5日（水）に、FTPサイトから Mine2 RDB（Mine 2 Relational DataBase）を公開しました。 詳細は、ヘルプページをご覧ください。