2015年4月10日より、PDBのアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれて行われるようになります。 2015年4月10日より、毎週行われている蛋白質構造データバンク（PDB）のアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれ、 蛋白質立体構造の予測や蛋白質とリガンドの結合に取り組む開発者のニーズをよりいっそう満たしたものとなります。 今後は毎週、第一段階の公開から第二段階の公開までの約４日間の間に、開発者はポリマー配列から蛋白質や核酸の構造を予測したり、 ポリマー配列と結合するリガンドのInChI文字列 ...

理論モデル（Theoretical Models） 2002年7月1日から、PDBは、理論モデルによる座標ファイルを、メインのPDBアーカイブから分離しました。 以降、メインアーカイブには、実験的な手法で解析された構造のみが保管されています。 理論モデルは、PDB FTPサイトからダウンロードできます。 - 理論モデルは全て（公開中及び廃止されたエントリー）FTPアーカイブ中の別の場所に保管されています。(pub/pdb/data/structures/models/current, pub/pdb/ ...

Q) 特定種のポリマーを含むエントリーを検索するにはどうすればいいですか？ A) 詳細条件検索でポリマーの種類を指定し、検索することができます。 例：D体アミノ酸を含むエントリーを検索する 1. 詳細条件検索にアクセス 2. 右列「詳細条件を選択して下さい」パネル中にある「含まれるポリマー鎖の種類」をクリック →中央列に「含まれるポリマー鎖の種類」のメニューが増える。 3. 「ポリペプチド(D体)」の行に3つ並んだ○のうち左側の○をクリック →条件が「含む」に変更される。 4. 中央列下端「検 ...

Q) 日本語キーワードで検索しても適切な翻訳内容で検索されません A) キーワードに含まれる日本語を自動的に英語に翻訳して検索する機能は、表示言語が日本語の場合にのみ有効です。表示言語が日本語になっているかどうかをご確認下さい。もし表示言語が日本語になっていて、検索結果ページに表示される「変換クエリ」の内容が適切でないと思われる場合、お問い合わせページからお知らせ下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) 構造因子ファイルを持っているPDBエントリーを検索するにはどうすればいいですか？ A) PDB最新情報ページの「構造因子エントリー」に、構造因子ファイル（structure file）を持つPDBIDの一覧が記載されています。こちらを参照下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) ある範囲内の分解能で解かれたPDBエントリーを検索するにはどうすればいいですか？ A) PDBj Mineの詳細検索で分解能の項目を設定して検索することにより、分解能がある範囲内にあるPDBエントリーを、検索することができます。 また、 PDBj MineのSQL検索 や PDBj Mine RESTサービスでも分解能がある範囲内にあるPDBエントリーを抽出することができます。具体的な検索例については、下記のヘルプページを参照下さい。 - PDBj Mine: SQLクエリ文の事例 - ...

Q) ある化合物が含まれたPDBエントリーを検索するにはどうすればいいですか？ A) 化合物の名称を、PDBjページトップにある検索ボックスに入力して検索して下さい。ヒットしなければ、PDBには登録されていない可能性が高いです。 他の条件と組み合わせるなどより複雑な条件で検索したい場合は 詳細検索 などをお使い下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) UniProt ID（Swiss-Prot ID）から、その蛋白質のPDBデータを探すのはどうすればいいですか？ A) PDBjページトップにある検索ボックスにUniProt ID（Swiss-Prot ID）を入力して検索することができます。他の条件と組み合わせるなどより複雑な条件を検索したい場合は詳細検索などをお使い下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBデータを部分的に抽出してダウンロードすることはできますか？ A) PDBj Mine検索 や PDBj Mine RESTサービス、XPath検索では一部データを取り出し、csv（コンマ区切り）、tsv（タブ区切り）、json、xmlなどのフォーマットでダウンロードすることができます。PDBフォーマットには対応していません。 抽出方法がご不明の場合は、抽出したい内容等を明記して お問い合わせページからお問い合わせ下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBj Mine検索サービス（PDBjにおけるPDBデータ検索サービス）の使い方に関するヘルプはありますか？ A) PDBj Mineでは、簡易検索、詳細検索、SQL検索を用意しています。それぞれの利用方法を下記リンク先のヘルプページに記載しています。 - 簡易検索：基本的な使い方 - 詳細検索：詳細検索の各種項目 - SQL検索：SQLクエリ文の事例 [質問一覧に戻る]

Q) PDBjの各種検索サービスの利用方法に関するヘルプはありますか？ A) ヘルプページの検索サービスに各検索サービスの利用方法に関する説明を記載しています。PDBj各ページの左メニュー「検索パネル」内の「ヘルプ」からもアクセスできます。 [質問一覧に戻る]

Q) 機能情報（Functional Details）ページに掲載されているデータ（CSA等）はどこからダウンロードできますか？ A) 機能情報（Functional Details）ページに掲載されているデータの一部はPDBj で別途収集し付加した情報ですので、wwPDBで共有しているPDBMLには含まれていません。PDBjで別途追加している情報は、PDBMLaddという別のファイルで提供しています。 PDBMLaddファイルは以下のサイトからダウンロードできます。 ftp://ftp. ...

Q) FTPを使って、PDBデータを指定したフォーマット(PDB,mmCIF,XML)でダウンロードする方法を教えて下さい A) FTPサイトの下記ディレクトリ配下に、フォーマット別にディレクトリを分けてデータを収めています。 ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/ - pdb/ … PDBフォーマット - mmCIF/ … mmCIFフォーマット XMLフォーマットは、必要とするデータに応じて下記の３つのディレクトリからデータ ...

2015年1月27日の日本時間午前9時以降、PDBjのADITはX線結晶構造の登録にはご利用頂けなくなりました。 新規にX線結晶構造の登録を開始する場合、wwPDB登録ツールをご利用ください。 登録途中のセッションは、2015年7月19日までに登録を完了してください。 NMRや電子顕微鏡法などX線結晶解析以外の手法による構造は、当面はADITにてご登録ください。 2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及びアノテーション処理のシステムの一部として、 X線結晶構造を対象に、登録ツールの提供を開 ...

2015年1月27日の日本時間午前9時以降、PDBjのADITはX線結晶構造の登録にはご利用できず wwPDB登録ツールをご利用いただくことになります。 NMRや電子顕微鏡法などX線結晶解析以外の手法による構造の登録は、その後もADITにてご利用頂けます。 2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及びアノテーション処理のシステムの一部として、 X線結晶構造を対象に、登録ツールの提供を開始しました。 3000件以上の構造が新しいシステムを使って登録され、アノテーション処理が行われました。そのう ...

jV 4.4.2を公開しました。機能に変更はありませんが、署名を更新しています。4.4.1の署名に用いている証明書は2014年12月21日で期限を迎えますので、appletでご利用の方は4.4.2に更新をお願いします。 なおスタンドアロン版の利用に関しては影響ありません（必ずしも更新の必要はありません）。 http://pdbj.org/jv/index_j.html#download

wwPDBでは2014年より、1970年代から使われてきた「PDBフォーマット」に替わる新しい標準フォーマット（PDBx/mmCIF）の利用を開始します。 詳細は、wwPDBの新しい標準フォーマットについて記載されたページをご覧ください。 PDBjでは、"mmCIF"について、過去の講習会でも講演しておりますので、以下の講演資料も合わせてご覧ください。 平成25年度PDBj 講習会 －in 大阪－ （2013年8月23日（金） 大阪大学中之島センター） - 「PDBデータの読み解き方： ...

巨大構造がメインのPDB FTPアーカイブ内に統合されました 9月にお知らせした通り、今週の更新で、巨大構造（鎖数が62、原子数が99999より多い構造）を表現するファイルは、 PDBx/mmCIFとPDBMLフォーマットのみ、メインのPDB FTPアーカイブに完全に統合されました。 これまでは、巨大構造は複数の”分割（SPLIT）”エントリーにまたがって表現されていましたが、分割エントリーは削除（廃止）されました。 ”分割（SPLIT）”エントリーのIDをwwPDBパートナーのウェブサイトで検索する ...

2015年1月27日以降、ADITはX線結晶構造の登録にはご利用できず wwPDB登録ツールをご利用いただくことになります。その他の手法による構造の登録は、その後もADITにてご利用頂けます。 2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及びアノテーション処理のシステムの一部として、 X線結晶構造を対象に、登録ツールの提供を開始しました。 3000件以上の構造が新しいシステムを使って登録され、アノテーション処理が行われました。そのうち1200件はすでに公開されています。 またユーザからの意見に基 ...

[非対称単位について] 表記の「非対称単位」は、「結晶学的な非対称単位」の意味で使用されている場合と、「非結晶学的な非対称単位」の意味で使用されている場合があります。 結晶学的な非対称単位 結晶学的な対称操作を行うことにより完全な単位格子（結晶繰り返し単位）を作ることができる、結晶構造の最も小さな単位構造です。 結晶学による構造は、この構造単位で登録されます。 結晶学的非対称単位は、必ずしも生物学的集合体と一致せず、生物学的集合体の一部である場合や、複数の生物学的集合体を含む場合があります。 ...

URL: https://pdbj.org/strucNavi Structure Navigator は、似た立体構造を持つタンパク質をPDBエントリーの中から検索するツールです。 立体構造を指定すると、Structure Navigator は 構造ドメイン （ここでは「鋳型 (templates)」と呼びます）の一覧を結果として返します。 結果は ASH 類似度（ASH similarity score）によって順位付けされます。 各鋳型に対して配列と構造の類似度が表示され、ペアワイズアライ ...

巨大構造がメインのPDB FTPアーカイブ内に統合されます wwPDBは、これまで複数のPDBフォーマットファイル（分割エントリー）にまたがって表現されてきた巨大構造（例えばリボソーム）を一つのファイルに統合しました。 統合された構造には新しいPDB IDが発行され、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマットの形で提供されています。 既にお知らせしている通り、統合化されたファイルは、公開テストのため、別のFTPディレクトリで、利用可能となっていました。 これら巨大構造を表現するフ ...

巨大構造エントリーが公開されました" /> 公開アーカイブにおける巨大構造表示方法の改善について PDBの登録が飛躍的に増加していること、そしてこの登録エントリーに含まれる大きくて複雑な構造（巨大構造）の決定にしばしば複数の実験手法 が用いられることに対応するため、wwPDBでは構造の登録とアノテーションを行うための新しいソフトウェアシステムを開発してきました。この新 システムは、PDBx/mmCIFフォーマットに基づいて作られており、あらゆるサイズの構造を扱うことができます。ただ現在対象としてい ...

私たちのサーバが１秒間に数千のスパムメールを送ろうとするようなツールの踏み台とならないようにするため、PDBjのサービスには、メールを送ろうとしているユーザが実際の人間であることを確認するための認証を要求するものがあります。 この認証は、画像認証（Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart、頭文字を取って「CAPTCHA」とも呼ばれます。詳細はこちら）を利用しています。 以下のサービスで、画像認 ...

注意： 設定画面で行った変更は、直ちに保存されます。 テーマ色 お好みに応じて、PDBjウェブサイトのテーマ色を設定できます。 Newweb lite mode このオプションを有効にすると、初期インターフェースがサーバー側ではなく,クライアント側で生成されます。 ご要望・ご提案はお問い合わせページまでご連絡ください。