jV」を更新しました" /> PDBjで提供している分子ビュアー「jV」を更新しました（4.5→4.5.1）。 修正点は、静止画像保存先に書き込み権限がなかった時のエラー処理に関する不具合修正です。

NMRと電子顕微鏡法による構造に対して、新しい検証レポートが公開されました。 wwPDBパートナーとEMDataBankは、PDBアーカイブの全てのNMR構造と電子顕微鏡法による構造に対して、 検証レポートが公開されたことを報告いたします。 新しい検証レポートは、以下の各FTPサイトからご利用頂けます。 - ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB) - ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/ ...

リガンドの検証に関する会議の成果が出版されました。 初めて開催されたリガンドの検証に関する会議によって、 共結晶構造の決定に関する大学や企業の専門家と X線結晶学や計算化学ソフトウェアの開発者が集まり、 共結晶構造の検証や、共結晶構造の出版に関する編集者又は審判の基準、 アーカイブ中でのリガンドの表現に関する提案について、 最良の方法を議論し開発することにつながりました。 これら提案の内容が、以下の文献から出版されました。 Outcome of the First wwPDB/CCDC/D3R ...

PDBへの登録 wPDB 登録・アノテーション（D&A）システム は、wwPDBが開発した、新しい登録ツールです。 X線結晶構造・電子顕微鏡（EM）構造・NMR構造の登録に対応しています。 wwPDB Deposition tool : http://deposit-pdbj.wwpdb.org/deposition/ (PDBj) ADIT-NMR ADIT-NMR はウェブブラウザを使って、NMRによって決定されたタンパク質などの構造情報をPDBとBMRBに登録する ...

PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが公開されました。 全てのX線結晶構造についての検証レポートが、PDBアーカイブで公開されています。 レポートは、以下のFTPサイトからご覧頂けます。 - ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB) - ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/validation_reports/ (PDBe) - ftp://ftp.pdbj. ...

PDBj のMine2 関係データベース（RDB）に、 PDBeとUniProtが開発したSIFTSデータが統合されました。 PDBj Mine2とSIFTSを組み合わせることにより、ユーザは、SQL検索を使って、PDBアーカイブ中のタンパク質配列の様々なアノテーションを検索することができます。 例えば、Gene Ontologyや、分類学（生物種）、構造的な分類（SCOPやCATH）、酵素番号、UniProt配列との対応があります。詳細は、ヘルプページをご覧ください。 PDBj Mine2データベース ...

SIFTSとは？ SIFTS*1 (Structure integration with function, taxonomy and sequence) は PDB のデータと UniProt のデータを残基レベルでマッピングする、最新のリソースです。 また、IntEnz、GO、Pfam、InterPro、SCOP、CATH、PubMed からの情報にも、残基レベルでアノテーションを付けています。 この情報は、新しいPDBエントリーが公開されると同時に、毎週、更新された情報が公開され、 RCSB、 ...

2016年9月30日に、従来の登録システム AutoDep、 ADIT-NMR、 EMDepを終了します。 5月31日午前9時（JST）以降は、従来のシステムでは、新しい登録セッションが開始できなくなります。 2014年1月に、wwPDBは、X線結晶構造に対して、統合された登録・アノテーション・検証システム （RCSB PDB | PDBe | PDBj） を開始しました。 14000件以上の構造が新しいシステムを使って登録された後、アノテーション処理や検証処理が行われ、そのうち9000件以上が、 ...

ジカウイルスの構造が公開されました。 ジカウイルスの３次元構造が、電子顕微鏡法によって決定され、PDBから公開されました。 ジカウイルスの３次元構造の原子座標が、一般に公開されたことにより、世界中の医学研究者間で、新しい抗ウイルス薬やワクチンの開発が加速されることが期待されます。 構造については、以下の文献をご覧ください。 The 3.8Å Resolution Cryo-EM Structure of Zika Virus Devika Sirohi, Zhenguo Chen, Lei ...

wwPDBの登録・アノテーション・検証システムで、未公開エントリーの登録者とタイトル情報を非公開にするオプションを選択できるようになります。 2016年5月8日から、PDBデータの登録時に、登録者とタイトル情報を、構造の公開まで、非公開にするオプションを選択できるようになります。 この機能は、“オプトイン”原則に基づいて利用できるようになります。 このオプションを選択すると、構造が一般公開されるまでの間、未公開エントリーの検索を行っても、登録者とタイトルの情報は、非公開となります。 この選択肢 ...

PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが更新され、ご利用頂けるようになりました。 2016年3月9日から、PDBアーカイブの全てのX線結晶構造に対して、検証レポートが更新され、ご利用頂けるようになりました。 新しいレポートでは、以下の点が更新されています。 - 統計グラフには、2015年12月30日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されています。 - 新しいバージョンのソフトウェアを使用しています。 - CCP4 V6.5 (Refmac 5.8. ...

H27年度 PDBj & 創薬等PF情報拠点VaProS第4回利用講習会 「生命科学のための立体構造データ・ビッグデータの使い方入門」 立体構造データや様々な生命科学データベースの利用法を知っていただくため、PDBjとVaProSの二つのデータベースの使い方を中心に、 パソコンを用いた講習会を開催いたします。UCSF ChimeraとModellerを用いたホモロジー・モデリングの方法も説明いたします。 構造生物学が専門ではない、一般の生命科学者の方の参加も歓迎いたします。 趣旨 PDBj ...

- 電源配線に足をひっかけないよう、会場内を移動する際はご注意下さい。 - 付近の飲食店などの情報です。昼食の際、ご参考までに。

NMRと電子顕微鏡法による構造に対して、新しい検証レポートが公開されます。 wwPDBパートナーとEMDataBankは、PDBアーカイブの全てのNMR構造と電子顕微鏡法による構造に対して、 今年5月に検証レポートが公開されることを報告いたします。 新しい検証レポートは、以下の各FTPサイトからご利用頂けます。 - ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB) - ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/ ...

Q) FTP又はrsyncを使用してPDBデータをダウンロードするためのURL等を教えて下さい A) FTPを使ってダウンロードする際アクセス先となるURLは以下の通りです。 ftp://ftp.pdbj.org/ rsyncを使う時のアクセス先URLも同様です。コマンドや過去のスナップショット取得方法など詳しくはPDB Archive/Snapshot Archiveページをご覧下さい。 [質問一覧に戻る]

PDBjで提供している分子閲覧ソフトjVの新バージョン（4.5）を公開しました。 新たに低分子用mmCIF（chem_comp mmCIF）フォーマットの読み書きにも対応するようになりました。

Q) Chain IDの付け方の規則について教えて下さい。英字の大文字・小文字、数字の区別はありますか？ A) 大文字, 小文字, 数字の区別はありますが、付け方についての規則はありません。 従来は、PDBフォーマットの制限内（１文字）でChain IDを記述する必要がありました。 現在D&A システムからご登録頂く際は、この制限がなくなり、Chain IDが４文字以内の範囲で、巨大構造を登録できます。 （wwPDB News） [質問一覧に戻る]

Q) 接続先のIPアドレスを登録して以前からアクセスしていたのですが、最近アクセスできなくなりました。 A) 2012年のミラーサイトの設置以降、IPアドレスは動的に変更されます。ホスト名でアクセスしてください。 （ホスト名） PDBj FTPサーバ（PDB Archive含む）： ftp.pdbj.org [質問一覧に戻る]

Q) News Letterの宛先を変更していただけますか？ A) 新しい宛先を お問い合わせページからご連絡下さい。 次号よりご連絡いただいた宛先に送付させていただきます。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBjの各種サービスやソフトウェアについて、チュートリアルはありますか？ A) PDBjウェブサイトの左メニューにあります 各パネル内の「ヘルプ」をクリックしてください。 パネル内の各サービスについて、概要がまとめられており、個々のサービスのチュートリアルへのリンクもあります。 また、上部の検索ボックス内に、サービス名を入力して頂くと、 該当サービスに関連するヘルプページへのリンクが表示されます。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBフォーマットの説明書はありますか？ A) PDBでは、wwPDBという国際組織を作っており、フォーマットについても、そこに整理されています。(英語) wwPDBのFile Format Documentationページ 内にあります 最新版(*)のPDB File Format（PDF, HTML）をご覧ください。 日本語によるPDBフォーマットの簡易版説明は、 こちら をご覧ください 日本語版については、今後充実させていく予定です。 (*)2016年2月19日時点の最新バージョ ...

Q) PDBにデータを登録した後、公開前に登録内容が外部に漏れることはないでしょうか？ A) 登録処理中のデータは厳重なセキュリティのもとに管理されており、外部に漏れる心配はありません。 未公開データにアクセスできるのは、守秘契約を結んだアノテーション専門のスタッフのみです。 [質問一覧に戻る]

Q) 登録したエントリー（HOLD/HPUB）を今すぐ公開できますか？ A) 登録者は、編集作業が完了したエントリーについて、登録時に設定した公開時期に関わらず、いつでも公開の要求を行うことができます。 詳細は、wwPDB Processing Procedures and Policiesの説明をご覧ください。 公開のご依頼は、「PDB登録・編集に関するお問い合わせ」からご連絡ください。 メールの件名にPDB IDとRCSB ID/Deposition IDを明記して、英語でご記入下さい。 ...

Q) あるPDBエントリー(HPUB)の論文は出版されているのに、構造は公開されていません。いつ頃公開されるのでしょうか？ A) 「PDB登録・編集に関するお問い合わせ」 から、文献情報をご連絡頂けると助かります。

Q) 登録作業を途中で中断・保存し、再開したいのですが、「Session Restart ID」は何日間有効なのでしょうか？ A) wwPDB 登録システムからご登録の場合、6か月間有効です。 [質問一覧に戻る]