ニュース (2016年3月31日) ... 従来の登録システム AutoDep、 ADIT-NMR、 EMDepを終了します。 5月31日 ... 造に加えて、核磁気共鳴法(NMR)や電子顕微鏡法(3DEM)で決 ... た。 新しいシステムは、NMRや電子顕微鏡の実験データ ... に、従来の登録システム、 AutoDep、 ADIT-NMR (BMRB |PDBj)、 EMDep は、PDBやEMDBの新し ... せてください。 更新版のADIT-NMRシステム(available from BMRB やPDBj-BMRB ... 元構造の座標をもたないNMR実験データと同様に、現在 ... |
化学シフト ... います。 ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/nmr_chemical_shifts/ 公開済みの全てのファ ... います ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/nmr_chemical_shifts/ 詳細については、 wwPDBニュ ... ォーマット http://bmrb.pdbj.org/formats.html (英語) NMR-STAR 3.1のディクショナリ http ... |
実験情報 ... 子顕微鏡(ELECTRON MICROSCOPY) 6. 溶液NMR(SOLUTION NMR) 7. 固体NMR(SOLID-STATE NMR) 8. 溶液散乱(SOLUTION SCATTERING) 9. 粉 ... を挙げます。 - 実験手法が「SOLUTION NMR」(溶液NMR)であるエントリーのPDBIDを得 ... |
PDBレコードの説明(簡易版) ... 実験手法 (X-RAY DIFFRACTION, NEUTRON DIFFRACTION, SOLUTION NMR, ELECTRON MICROSCOPY etc.) NUMMDL PDBエントリーの合計 ... 場合の実験情報 REMARK 210 NMR法の場合の実験情報 REMARK 230 ... MODEL モデルの通し番号(NMR法等、一つのエントリーに複 ... RESOLUTION. 24 – 30 分解能の値 32 – 41 ANGSTROMS. NMR等、分解能に関係ない実験の ... |
実験手法 ... 子顕微鏡(ELECTRON MICROSCOPY) 6. 溶液NMR(SOLUTION NMR) 7. 固体NMR(SOLID-STATE NMR) 8. 溶液散乱(SOLUTION SCATTERING) 9. 粉 ... ル(THEORETICAL MODEL (obsoleted)) - 実験手法が「溶液NMR」(SOLUTION NMR)であるエントリーのPDB IDと要 ... |
PDBjサービスについて ... 結晶構造・電子顕微鏡(EM)構造・NMR構造の登録)【チュートリアル】 - PDB ... 結晶構造・電子顕微鏡(EM)構造・NMR構造の登録)【チュートリアル】 - ダ ... 合物エントリを検索) BMRB検索 (NMR特有のデータを収めたBMRBエン ... 合物エントリを検索) - BMRB検索 (NMR特有のデータを収めたBMRBエン ... の類似度を算出するツール) NMRToolBox(NMRの登録やデータの評価などに ... の類似度を算出するツール) - NMRToolBox(NMRの登録やデータの評価などに ... |
ニュース (2016年1月11日) ... ムから、電子顕微鏡法(3DEM)、NMR、X線、中性子線、電子線結晶 ... す。 X線/電子顕微鏡法/NMRを統合した包括的な登録・ア ... も、従来の登録ツール(EMDep, ADIT-NMR, AutoDep)を使うこともできます。 ... :10.1016/j.str.2011.12.014 3. Recommendations of the wwPDB NMR Validation Task Force, Gaetano T. Montelione, Michael Nilges, Ad Bax, ... |
wwPDBの登録・アノテーションシステム ... OneDep システム - X線、電子顕微鏡、NMR構造の登録(PDBjサイト) - チュート ... 度マップの登録、又はBMRBへのNMR実験データの登録を、合せて行 ... の特別作業班(Validation Task Forces) (X-ray | EM | NMR)の提言に基づいています。 - リ ... 、各分野の特別作業班(X-ray | EM | NMR)からの提言に基づいて行わ ... 、各分野の特別作業班(X-ray | EM | NMR)からの提言に基づいて行わ ... |
BMRB登録・編集に関するお問い合わせ ... 全般に関するお問い合わせ NMR実験データのBMRB登録・編集、およ ... びADIT-NMRの登録サイトに関する一般 ... ず日本語チュートリアルやADIT-NMRの入力支援情報にお目を通 ... でお問い合わせください。 ADIT-NMRの入力項目ではデータ記入が ... 受けたことがない場合は、ADIT-NMRで入力の際に書き留めた“Session ... |
データ登録 ... 結晶構造・電子顕微鏡(EM)構造・NMR構造の登録に対応していま ... 。 wwPDB Deposition tool : http://deposit-pdbj.wwpdb.org/deposition/ (PDBj) ADIT-NMR ADIT-NMR はウェブブラウザを使って ... 、NMRによって決定されたタンパ ... |
RESTインタフェース ... 子顕微鏡(electron microscopy)、6: 溶液NMR(solution nmr)、7: 固体NMR(solid-state nmr)、8: 溶液散乱(solution scattering)、9: 粉 ... |
[wwPDB] wwPDBは設立20周年を迎えます ... 年7月、結晶学(MX)、核磁気共鳴(NMR)、電子顕微鏡(3DEM; 1,2)の実験手 ... 以来、wwPDB の協力関係は拡大し、NMR分光学的研究から得られた ... イブを担当する 生体高分子NMRデータバンク(BioMagResBank, BMRB, 米国)、 電子顕 ... |
ニュース (2014年4月24日) ... に関する助言を求め、X線やNMR、電子顕微鏡(3DEM)、小角散乱(Small Angle ... 造に対して公開されました。NMRと電子顕微鏡構造に対する ... ます。 X線結晶学、電子顕微鏡、NMR、バイオインフォマティクス ... |
[wwPDB] CASP15のターゲットを募集します ... 晶構造解析、低温電子顕微鏡、NMRなどによるあらゆる種類の ... 得ることである。 また、CASPでは、NMR、SAXS、架橋質量分析などの実験 ... |
出版物 ... in the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB): new policies affecting biomolecular NMR depositions Markley, J.L., Ulrich, E.L., Berman, H.M ... ., Henrick, K., Nakamura, H., Akutsu, H. J. Biomol. NMR 40 (3): 153-155 (2008) [PubMed] [doi:10.1007/s10858-008 ... |
2013年6月12日(水)に、鳥取にて開催される第13回日本蛋白質科学会年会にて、 ランチョンセミナーを実施いたします。 ... 学蛋白質研究所) 生体高分子NMRデータバンク(BMRB)新ポータルサイ ... 用 (Upgraded portal site of Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB): tools for NMR data analysis, deposition to the database) 3. 金城 玲 (大阪 ... |
ニュース (2007年12月12日) ... の場合) または制限情報データ (NMR構造解析の場合) が必須とな ... 体高分子に関する委員会」や「NMRタスクフォース」を含むPDBユーザ ... |
ニュース (2017年3月16日) ... ートナーは、 2017年3月15日に、X線、NMR、電子顕微鏡法によって解析 ... が求められます。 今後も、X線、NMR、 電子顕微鏡(EM) 、リガンド検証 ... |
[wwPDB] PDBエントリーの検証レポートを更新しました ... ブで公開されている、X線やNMR、電子顕微鏡法によって解析 ... 求められます。 今後も、X線やNMR、電子顕微鏡法の専門委員会 ... |
2021年11月24日(水)オンラインにて「PDBアジア地区50周年記念シンポジウム」を開催します ... 大学 蛋白質研究所) 15:20-16:05 「NMRによる膜タンパク質の機能 ... complexes - RNA/DNA molecular machines - Application of Structural Biology - X-ray/XFEL - NMR - 3DEM - Bioinformatics/Protein Structure Prediction 募集件数 100件(予 ... |
[wwPDB] CASP13のため蛋白質の立体構造を求めています。 ... す。 X線結晶解析、核磁気共鳴(NMR)、電子顕微鏡法によるいずれ ... 、蛋白質材料が必要とされる NMR、SAXS(X線小角散乱法)、SANS(中性子 ... |
PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが更新され、ご利用頂けるようになりました。 ... が求められます。 今後は、X線、 NMR、 電子顕微鏡(EM) に対する検証 ... めて、一般に公開されました。 NMRや電子顕微鏡法を使って解 ... |
4-1) 既存のPDBエントリーについて、検証レポートを取得できますか? - validation FAQ - ... 後、2016年5月に、核磁気共鳴法(NMR)と電子顕微鏡法(3DEM)による構 ... す。 (RCSB PDB、 PDBe、 PDBj) |
wwPDBの構造検証サーバが、新しくなりました。 ... )で、 X線結晶構造だけでなく、NMRや電子顕微鏡法によって決 ... は、実験データ(結晶構造因子やNMRの化学シフト)と一緒に評価 ... |
ニュース (2016年5月26日) ... 大学蛋白質研究所) "Application of the integrated NMR database in protein science" (統合化された ... NMRデータベースの蛋白質研究への ... |