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ニュース (2016年3月31日)

... 従来の登録システム AutoDep、 ADIT-NMR、 EMDepを終了します。 5月31日 ... 造に加えて、核磁気共鳴法(NMR)や電子顕微鏡法(3DEM)で決 ... た。 新しいシステムは、NMRや電子顕微鏡の実験データ ... に、従来の登録システム、 AutoDep、 ADIT-NMR (BMRB |PDBj)、 EMDep は、PDBやEMDBの新し ... せてください。 更新版のADIT-NMRシステム(available from BMRB やPDBj-BMRB ... 元構造の座標をもたないNMR実験データと同様に、現在 ...

化学シフト

... います。 ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/nmr_chemical_shifts/ 公開済みの全てのファ ... います ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/nmr_chemical_shifts/ 詳細については、 wwPDBニュ ... ォーマット http://bmrb.pdbj.org/formats.html (英語) NMR-STAR 3.1のディクショナリ http ...

実験情報

... 子顕微鏡(ELECTRON MICROSCOPY) 6. 溶液NMR(SOLUTION NMR) 7. 固体NMR(SOLID-STATE NMR) 8. 溶液散乱(SOLUTION SCATTERING) 9. 粉 ... を挙げます。 - 実験手法が「SOLUTION NMR」(溶液NMR)であるエントリーのPDBIDを得 ...

PDBレコードの説明(簡易版)

... 実験手法 (X-RAY DIFFRACTION, NEUTRON DIFFRACTION, SOLUTION NMR, ELECTRON MICROSCOPY etc.) NUMMDL PDBエントリーの合計 ... 場合の実験情報 REMARK 210 NMR法の場合の実験情報 REMARK 230 ... MODEL モデルの通し番号(NMR法等、一つのエントリーに複 ... RESOLUTION. 24 – 30 分解能の値 32 – 41 ANGSTROMS. NMR等、分解能に関係ない実験の ...

実験手法

... 子顕微鏡(ELECTRON MICROSCOPY) 6. 溶液NMR(SOLUTION NMR) 7. 固体NMR(SOLID-STATE NMR) 8. 溶液散乱(SOLUTION SCATTERING) 9. 粉 ... ル(THEORETICAL MODEL (obsoleted)) - 実験手法が「溶液NMR」(SOLUTION NMR)であるエントリーのPDB IDと要 ...

PDBjサービスについて

... 結晶構造・電子顕微鏡(EM)構造・NMR構造の登録)【チュートリアル】 - PDB ... 結晶構造・電子顕微鏡(EM)構造・NMR構造の登録)【チュートリアル】 - ダ ... 合物エントリを検索) BMRB検索 (NMR特有のデータを収めたBMRBエン ... 合物エントリを検索) - BMRB検索 (NMR特有のデータを収めたBMRBエン ... の類似度を算出するツール) NMRToolBox(NMRの登録やデータの評価などに ... の類似度を算出するツール) - NMRToolBox(NMRの登録やデータの評価などに ...

ニュース (2016年1月11日)

... ムから、電子顕微鏡法(3DEM)、NMR、X線、中性子線、電子線結晶 ... す。 X線/電子顕微鏡法/NMRを統合した包括的な登録・ア ... も、従来の登録ツール(EMDep, ADIT-NMR, AutoDep)を使うこともできます。 ... :10.1016/j.str.2011.12.014 3. Recommendations of the wwPDB NMR Validation Task Force, Gaetano T. Montelione, Michael Nilges, Ad Bax, ...

wwPDBの登録・アノテーションシステム

... OneDep システム - X線、電子顕微鏡、NMR構造の登録(PDBjサイト) - チュート ... 度マップの登録、又はBMRBへのNMR実験データの登録を、合せて行 ... の特別作業班(Validation Task Forces) (X-ray | EM | NMR)の提言に基づいています。 - リ ... 、各分野の特別作業班(X-ray | EM | NMR)からの提言に基づいて行わ ... 、各分野の特別作業班(X-ray | EM | NMR)からの提言に基づいて行わ ...

BMRB登録・編集に関するお問い合わせ

... 全般に関するお問い合わせ NMR実験データのBMRB登録・編集、およ ... びADIT-NMRの登録サイトに関する一般 ... ず日本語チュートリアルやADIT-NMRの入力支援情報にお目を通 ... でお問い合わせください。 ADIT-NMRの入力項目ではデータ記入が ... 受けたことがない場合は、ADIT-NMRで入力の際に書き留めた“Session ...

データ登録

... 結晶構造・電子顕微鏡(EM)構造・NMR構造の登録に対応していま ... 。 wwPDB Deposition tool : http://deposit-pdbj.wwpdb.org/deposition/ (PDBj) ADIT-NMR ADIT-NMR はウェブブラウザを使って ... 、NMRによって決定されたタンパ ...

RESTインタフェース

... 子顕微鏡(electron microscopy)、6: 溶液NMR(solution nmr)、7: 固体NMR(solid-state nmr)、8: 溶液散乱(solution scattering)、9: 粉 ...

[wwPDB] wwPDBは設立20周年を迎えます

... 年7月、結晶学(MX)、核磁気共鳴(NMR)、電子顕微鏡(3DEM; 1,2)の実験手 ... 以来、wwPDB の協力関係は拡大し、NMR分光学的研究から得られた ... イブを担当する 生体高分子NMRデータバンク(BioMagResBank, BMRB, 米国)、 電子顕 ...

ニュース (2014年4月24日)

... に関する助言を求め、X線やNMR、電子顕微鏡(3DEM)、小角散乱(Small Angle ... 造に対して公開されました。NMRと電子顕微鏡構造に対する ... ます。 X線結晶学、電子顕微鏡、NMR、バイオインフォマティクス ...

[wwPDB] CASP15のターゲットを募集します

... 晶構造解析、低温電子顕微鏡、NMRなどによるあらゆる種類の ... 得ることである。 また、CASPでは、NMR、SAXS、架橋質量分析などの実験 ...

出版物

... in the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB): new policies affecting biomolecular NMR depositions Markley, J.L., Ulrich, E.L., Berman, H.M ... ., Henrick, K., Nakamura, H., Akutsu, H. J. Biomol. NMR 40 (3): 153-155 (2008) [PubMed] [doi:10.1007/s10858-008 ...

2013年6月12日(水)に、鳥取にて開催される第13回日本蛋白質科学会年会にて、 ランチョンセミナーを実施いたします。

... 学蛋白質研究所) 生体高分子NMRデータバンク(BMRB)新ポータルサイ ... 用 (Upgraded portal site of Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB): tools for NMR data analysis, deposition to the database) 3. 金城 玲 (大阪 ...

ニュース (2007年12月12日)

... の場合) または制限情報データ (NMR構造解析の場合) が必須とな ... 体高分子に関する委員会」や「NMRタスクフォース」を含むPDBユーザ ...

ニュース (2017年3月16日)

... ートナーは、 2017年3月15日に、X線、NMR、電子顕微鏡法によって解析 ... が求められます。 今後も、X線、NMR、 電子顕微鏡(EM) 、リガンド検証 ...

[wwPDB] PDBエントリーの検証レポートを更新しました

... ブで公開されている、X線やNMR、電子顕微鏡法によって解析 ... 求められます。 今後も、X線やNMR、電子顕微鏡法の専門委員会 ...

2021年11月24日(水)オンラインにて「PDBアジア地区50周年記念シンポジウム」を開催します

... 大学 蛋白質研究所) 15:20-16:05 「NMRによる膜タンパク質の機能 ... complexes - RNA/DNA molecular machines - Application of Structural Biology - X-ray/XFEL - NMR - 3DEM - Bioinformatics/Protein Structure Prediction 募集件数 100件(予 ...

[wwPDB] CASP13のため蛋白質の立体構造を求めています。

... す。 X線結晶解析、核磁気共鳴(NMR)、電子顕微鏡法によるいずれ ... 、蛋白質材料が必要とされる NMR、SAXS(X線小角散乱法)、SANS(中性子 ...

PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが更新され、ご利用頂けるようになりました。

... が求められます。 今後は、X線、 NMR、 電子顕微鏡(EM) に対する検証 ... めて、一般に公開されました。 NMRや電子顕微鏡法を使って解 ...

4-1) 既存のPDBエントリーについて、検証レポートを取得できますか? - validation FAQ -

... 後、2016年5月に、核磁気共鳴法(NMR)と電子顕微鏡法(3DEM)による構 ... す。 (RCSB PDB、 PDBe、 PDBj)

wwPDBの構造検証サーバが、新しくなりました。

... )で、 X線結晶構造だけでなく、NMRや電子顕微鏡法によって決 ... は、実験データ(結晶構造因子やNMRの化学シフト)と一緒に評価 ...

ニュース (2016年5月26日)

... 大学蛋白質研究所) "Application of the integrated NMR database in protein science" (統合化された ... NMRデータベースの蛋白質研究への ...

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件を2024-08-07に公開中

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