PDBID、分解能、R-freeの値を得る ... を得る 検索はこちら SELECT pdbid, ls_d_res_high AS "Resolution", "ls_R_factor_R_free" AS "R_free ... " FROM refine 要素 データ型 内容 refine.ls_d_res_high 浮動小数点 refine.ls_R_factor_R ... |
[wwPDB] wwPDBは設立20周年を迎えます ... 経緯を解説する論文をActa Cryst Dへ投稿しました (PDF, 3)。 PDBcはwwPDB ... Associate Member of the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) Partnership Acta Cryst. D, submitted (PDF) [ wwPDB News ] |
Spanner ... nucleotide sequences, Bioinformatics, 22, 1658-1659. (PubMed DOI) - Standley, D.M., Toh, H. and Nakamura, H. (2007) ASH structure alignment ... , Computers & Chemistry, 16, 243-248.(DOI) - Van Der Spoel, D., Lindahl, E., Hess, B., Groenhof, G., Mark, A. E. ... |
ASH ... a structural perspective. Annu Rev Biochem 74, 867-900. 3. Standley, D.M., Toh, H. and Nakamura, H. (2004) Detecting local structural ... maximizing number of equivalent residues. Proteins 57, 381-91. 4. Standley, D.M., Toh, H. and Nakamura, H. (2005) GASH: an ... |
RESTインタフェース ... 示す4桁の数値、任意) - chain_type_0: D体ポリペプチドを含むかど ... 含まなくてよい) - chain_type_4: 多糖(D体)を含むかどうかを指定。1 ... |
データ管理:中核データを維持するための国際的な連携 ... Cochrane, V. Di Francesco, T. Donohue, C. Durinx, A. Game, E.D. Green, T. Gojobori, P. Goodhand, A. Hamosh, H. Hermjakob, M. ... Cochrane, V. Di Francesco, T. Donohue, C. Durinx, A. Game, E.D. Green, T. Gojobori, P. Goodhand, A. Hamosh, H. Hermjakob, M. ... |
特定種のポリマーを含むエントリーを検索 - FAQ ... 、検索することができます。 例:D体アミノ酸を含むエントリ ... ューが増える。 3. 「ポリペプチド(D体)」の行に3つ並んだ○のうち ... |
[wwPDB] IUCrでポスター賞授与 ... ), Blake T. Riley (1), Minyoung Kim (1,2), Qingqiu Huang (3), Aaron D. Finke (3), Daniel A. Keedy (1,4) 1) Structural Biology Initiative, CUNY ... |
PDB50周年の記念号がThe Journal of Biochemistry誌で発刊されました ... –25, DOI:10.1093/jb/mvab145 - Ikuko Miyahara, "The crystal structure of D-amino acid oxidase with a substrate analog, o-aminobenzoate", The Journal of ... |
2013年6月12日(水)に、鳥取にて開催される第13回日本蛋白質科学会年会にて、 ランチョンセミナーを実施いたします。 ... 12日(水) 11:45-12:45 - 会場(部屋名): D会場(とりぎん文化会館、鳥取 ... |
[wwPDB] 新しい4文字のCCD IDを含むエントリーや8文字のPDB IDのエントリーは、PDB形式では提供できなくなります ... _2.pdbx_DOI PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb WWPDB D_1xxxxxxxxx ? ? 4文字のPDB IDがすべて消 ... |
[wwPDB] 拡張した8桁のPDB IDとPDB DOIがPDBx/mmCIFファイルに含まれるようになりました ... _2.pdbx_DOI PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb WWPDB D_1xxxxxxxxx ? ? 学術誌、ユーザー、ソフトウェア ... |
1-1) PDBへ生データを登録できますか?- wwPDB D&A FAQ - 登録者は登録構造の生データを登録し、wwPDB OneDepシステムから構造を登録する際に、“Related Entries(関連エントリー)”に対応するDOIを記載することが推奨されます。 以下のキュレーション付きアーカイブへ登録してください。 - X線結晶構造 - ProteinDiffraction.org - https://proteindiffraction.org - SBGrid - https://sbgrid.org - CXIDB - http://www.cxidb. ... |
PDBj Mine:ローカルインストール ... 加することができます。 % pg_restore -d mine2 pdbj.mine2.dump -Updbj -j16 残りのスキーマ ... |
ニュース (2012年10月19日) ... しました。 BIRD ( B iologically I nteresting molecule R eference D ictionary)には、化学的な説明や配列 ... |
[wwPDB] wwPDBのバイオキュレーションに関する論文が公開されました。 ... access to high-quality 3D structural biology data Jasmine Y. Young, John D. Westbrook, Zukang Feng, Ezra Peisach, Irina Persikova, Raul Sala, Sanchayita Sen, John ... |
[wwPDB] pdb_extractの新しい機能を使って、登録データを準備してください ... パッケージも含まれます。 - Aimless - DIALS - d*TREK - HKL-2000 - HKL-3000 - Pointless - Scala - Scalepack - XDS - Xia2 - Xscale [ wwPDB ... |
第56回日本生物物理学会年会にて、PDBjランチョンセミナーを開催します ... 所 岡山大学 津島キャンパス D会場(A棟3階 A36) [交通アクセ ... |
[wwPDB] 研究公正局(ORI)による判断に従い、PDBエントリーが廃止され、論文も取り消されました ... . S. Weiss (2010). "In defence of our science--validation now!" Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 66(Pt 2): 115 doi: 10.1107/S1744309110001326 [ wwPDB ニ ... |
ProMode-Elasticとは何か ... 距離マップも表示している。 d) アニメーション。10個の最低振 ... |
日本結晶学会年会にてランチョンセミナーを開催します ... キャンパス B 号館 講演会場D 定員 85名 参加費 無料(別途学 ... |
[wwPDB] 研究公正局(ORI)による研究不正行為判断に従い、PDBエントリーを廃止しました。 ... . S. Weiss (2010). "In defence of our science--validation now!" Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 66(Pt 2): 115 doi: 10.1107/S1744309110001326 [ wwPDB ニ ... |
PDBj データサイト・FTPサイトの詳細 ... .gz ... PDBj Mine データベースのyyyy年m月d日の増分。 - readme.txt ... PDBj Mineデータベース ... |
第23回日本蛋白質科学会年会にてランチョンセミナーを開催します ... 熱田西町1-1 Google Map) 1号館 3F D会場 定員 80名 参加費 無料(別 ... |
2-2) data processing(データ処理)に使用されたソフトウェアを選ぶ際、プルダウンリストの中に使用したソフトウェア名がありません。どうやって情報を入力できますか? - wwPDB D&A FAQ - コミュニケーションページを使用して、足りない情報を入力してください。 担当のアノテータが、どのように進めればよいかを案内します。 また、登録構造のアノテーション処理中に、ソフトウェア情報をプルダウンリストに追加します。 [質問一覧に戻る] |